公社群聊Q&A整理：2017.05.04 15 ~ 2017.05.12 15 Concate - 计算化学公社

2017.05.04 15:13:47
Q:
老师，您好，高斯计算如何用什么关键词体现界面张力对物质反应活性影响呀？
A:
没法体现，更没有关键词
Q:
老师，您好，高斯计算能体现界面张力对某物质的影响么？
A:
没法体现，更没有关键词
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2017.05.05 09:34:14
Q:
最上面的12345是轨道数，1C 2C就是各个碳原子对应的原子轨道系数
比如5是HOMO轨道，6是LUMO轨道，我就把1C的对应竖列数据的平方和加起来就算是其的轨道系数了，一般情况下预测点位也对，多数和实验相符
A:
每一行不是原子轨道系数，而是基函数系数。用平方加和是完全错误的计算方法！最起码也得考虑归一化系数。
算轨道成份看
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Q:
好的，老师，我现在已经不用这个方法了。以前发的文章就随他去吧
老师计算condensed的fukui函数的时候应该把分子+,-,0的wfn分别计算Hirshfeld，然后在excel里进行加减的操作吧？
A:
对
Q:
那为什么condensed的f-=（分子+）-（分子0），而等值面的f-=（分子0）-（分子+），为啥这两个差一个负号
老师，那为什么condensed的f-=（分子+）-（分子0），而等值面的f-=（分子0）-（分子+），为啥这两个差一个负号
OA:
用不着at
[图片]
Q:
这种情况一般来说是问题太低级的意思是吧？
OA:
不是，不at Sob也看得见，而且一天很多人at，打开界面的时候只能显示一条at（而且还不是最后一条），所以at了也有很大概率没用
Q:
你知道刚刚问题吗？
A:
手册里已经说明了，你搞清楚原子电荷和原子布居数是什么关系立刻就明白了
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2017.05.05 14:00:43
Q:
大家好，请问一下，有没有高斯报错指导的文件啊？
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
好的，谢谢老师
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2017.05.05 14:20:37
Q:
请教，高斯中可以计算离子的半径吗？
[图片]
有人算过吗？
A:
简谈原子半径
http://sobereva.com/255
效仿此方式
[图片]
Q:
对于离子，有建议的电子密度吗？
A:
没有
本来半径就没有确切定义的标准
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2017.05.05 14:47:23
Q:
请问老师，写文章将高斯算的虚频列出来的时候，频率以波数为单位时该保留几位？[图片]
A:
一位
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2017.05.05 14:59:47
Q:
老师好，请教个问题，用MOPAC2016半经验方法（PM6-DH+）优化大体系（化合物加300个h20），开了MOZYME，发现CPU占用大部分时间只用1核，很慢，如何提高CPU利用率加快速度？
A:
本来MOPAC的并行效率就低，没什么好办法
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2017.05.05 16:07:06
Q:
请问，有没有什么简便的办法对一个高斯基函数归一化啊？必须每次做一个重叠积分然后再归一么？
A:
没有更简单办法
Q:
OK,那就重叠积分，然后归一
题外话，为什么EMSL不把那些基都归一好，还有gaussian函数，都自己去归一
Pople S，P都是归一好的，再往上都不归一。
Dunning,Ahlrichs 全部没归一。
A:
自己统一再做归一化的好处是可以达到高数值精度。直接在文献里给出的收缩系数的数值精度比较有限
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2017.05.05 16:12:05
Q:
Multiwfn怎么查看LUMO+1轨道的能量
A:
选哪个轨道直接就显示出来哪个轨道能量
这里也说了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2017.05.05 16:20:06
Q:
博文里是开图形的情况，isilent设为1后，怎么查看轨道能量呢
A:
主功能6的选项3也可以显示所有轨道信息
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2017.05.05 16:46:54
Q:
请问一下老师，我有一个复合物，是一个离子对。我是用阳离子加上阴离子能量还是取整体优化后的能量？
A:
当然是后者
Q:
sober老师，因为我不确定阴离子的位置，优化的时候是不是随便放个位置？
A:
根据化学直觉来放，放到正电荷最多的位置
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2017.05.05 16:53:09
Q:
[图片]老师您好，我用orca软件发现这个问题，该如何解决
A:
输入输出文件换个路径再试
还不行的话把orca的绝对路径写明再试
Q:
输入输出文件路径需要在orca文件下吗
A:
不用
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2017.05.05 17:20:07
Q:
想请问一下零点能与单点能有什么区别吗？谢谢
A:
ZPE是0K下核振动对体系内能的贡献，和单点能（电子能量）没任何直接关系
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2017.05.05 17:20:11
Q:
老师，我计算的很多含有苯环的体系在S1态的构型总是有一个非平面振动的虚频，应该怎样消除呢？如果修改构型，苯环就变成非平面了，应该怎么办？使用的方法是td m062x 谢谢老师！
A:
把初始结构的结构随便微调，破坏平面对称就完了
Q:
但是虚频是一个非平面振动
A:
所以你要破坏平面对称啊！
何来“但是”
Q:
修改之后优化苯环就非平面了，不就不合理了
A:
S1的苯凭什么保持基态的平面对称
Q:
不应该还是平面吗？
A:
化学直觉太差
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2017.05.05 17:33:57
Q:
请教各位老师，我有一个作业老报错，每次都提示有语法错误，不知道怎么回事，恳请指正
A:
去掉横杠
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2017.05.05 17:34:55
Q:
请问用双杂化泛函，是不是起码要配TZ基本的基组才行啊
A:
y
最最最差不能低于def-TZVP
Q:
或者是6-311G(d,p)?
A:
6-311G**极化函数太少
Q:
6-311G(2df,2p) 这个level 够不够？
A:
够
不过明显不如直接用def2TZVP
OA:
为何一定要执着于pople基组
Q:
sob老师，以后是不是都可以用def系列的基组替换pople的基组？
[图片]因为gaussian用pople基组会快不少。。。
A:
建议替换同级别pople基组
其实没什么差别
[图片]
def2TZVP性价比绝对是一流的
Q:
def2比def慢10倍啊？
A:
高斯用pople基组快，也就是因为利用了SP壳层，但这对于有高角动量函数的基组来说也不值得一提
加了f角动量耗时猛增
但是这对于后HF方法较好表现电子相关作用又是不可少的
OA:
def2-SV(P)要比6-31g*小
A:
是的，收缩度低
OA:
主要是第一个s轨道收缩度小
Q:
哦我当时是比cc-vdz 和 6-31g(d) 得出的这个结论。。。
请问SP壳层，跟S，P分开积分是一样的吧？
cc-pvdz
OA:
一样
貌似除了高斯，其他的都分开吧
A:
Q-Chem可能也合着
毕竟也是pople一批人的作品
SP壳层读入Multiwfn时都给它分成S和P免得之后考虑特殊情况
Q:
GAMESS的L也是合着做？
了解，我读PySCF就是给分开了
OA:
GAMESS的SP用的好像不是Rys
大部分都是分开的
主要是pyscf用的库
Gaussian的prism写的很精彩。
相比之下libint就有些low了。
硬生生的把所有情况都弄出来了
不过这样做确实快
Q:
真是没想到,6-311G(d,p) 和def2-TZVP 差这么大。。
OA:
就是很大
要比大小，用 gfinput 就可以
Q:
但是对于计算结果的提升，应该没有那么大？
A:
双杂化的话，要定量准确，没def2-TZVP不行
Q:
突然觉得计算资源不够了。。
A:
你不是有44核机子么
OA:
计算资源永远不够，能解决问题就好啦。
量子计算机出来了
快几十万倍
都出生太早了。等几百年后的计算机出来。。。。
A:
那就是个“大新闻”
OA:
仅仅是个“大新闻”
好歹也是新闻
Q:
2699V4 *2 就是44核了
OA:
不同socket间的通信是走MPI还是共享内存的啊
我们冷冻休眠吧。。过个200年在苏醒
不要总想着搞个大新闻
科幻量子化学
不用那么远，你永远也无法预测十年后会怎么样
A:
[图片]
OA:
很多东西真的是糊弄老百姓的
不，我十年以后就可以预测“十年后”会怎样了。
俺老了，整不了大新闻了。
44核的，4×11么？
11个核共享一个socket？
Q:
2 * 22
OA:
22核一个U
88 threads
跑gaussian也不怎么快
44核是指物理核吗？
对
那看跑什么，你跑个大人物看看
我的计算资源仅仅有一台4核i7。。。
Q:
适合跑多个小任务
OA:
还是大节点双
爽
OA:
i7都是8线程的
sob老师也是膜法师
关了超线程
为啥关了超线程？
蛤三篇要多学习
老板给我关了
快挨批了
？？？
怎么挨批
[图片]老板动你的机子？
sob讲过很多次
刚来第一天就给我关了
不能关超线程？
那我再打开。。。
量化计算不用关
我就一台机子，计算的时候写代码，那个憋屈啊。。。
特别是疯狂的进行io操作的时候
卡的不要不要的
你笔记本写代码啊
等我读博的时候再说
台式机跑跑计算得了
笔记本屏幕小
而且放宿舍了
A:
4核笔记本4个线程计算，只有开着超线程时写代码才能不卡
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2017.05.05 17:43:53
A:
刚试了下，发现orca4还是老毛病，够讨厌的，同一个程序win和linux版输出的wfn还不同
[图片][图片]
Q:
这个不同由什么引起的
（bug）
A:
要是Fortran写的就不会这样
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2017.05.05 17:43:53
Q:
老师您好，我请教一下结构优化的问题
我的B离子会和A离子作用（微弱的作用），然后我把B放在A的上下左右前后不同位置来优化。
现在知道把B放在A上面可以正常模拟结束，那么我是否还有必要尝试其他的位置，来找到能量更低的位置？
A:
有必要，除非你从化学直觉上觉得那么做不会找到能量更低的结构
Q:
谢谢老师的回答
老师您好，我接着刚才上面的问题再问一下。
假如把B放在A的上下左右前后，都可以正常模拟结束。(3-21，6-31，6-311++dp等基组都可以正常模拟结束)
假如3-21基组时
体系能量E上＞E下＞E左＞E右＞E前＞E后。
那么这个大小顺序会不会随着基组等级的升高(计算精度提高)而改变
A:
当然可能改变，3-21G这个东西算出来的结果没意义
Q:
那假如6-31＋＋dp基组时
体系能量E上＞下＞左＞右＞前＞后，那么升高基组后，这种大小顺序有变得可能吗
A:
变的可能性不大
不要给氢加弥散，这里说了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2017.05.05 18:02:27
Q:
请问高斯优化之后金属原子与化合物之间配位键还显示吗？
A:
距离近就显示
Q:
优化以后不显示能不能自己加上键？老师
A:
可
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2017.05.05 18:18:48
Q:
我怎么觉得，用前线轨道理论来判断分子的活性位点，比什么福井函数双描述符等，理论上要严谨得多　不知道实际上预测效果是不是也比福井函数双描述符要好得多　？　　…………
A:
前线轨道才不严谨，分子轨道都不是物理上严格的量，而是单电子近似框架下的产物
Q:
那到，从实际的预测效果来看呢？
A:
也是福井函数、双描述符更好。看群文件里《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》
Q:
谢谢老师
福井函数、双描述符能预测活性位点，但是能象前线轨道那样，能预测两个分子间是否能发生反应吗（依据是前线轨道的能量差较小，对称性守恒）？
A:
把两个分子的双描述符相互对照就可以讨论
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2017.05.05 18:25:09
Q:
大博士自己在一篇PCCP里就给氢加了弥散
A:
那不是我执笔的
也不是我计算的，只是在Multiwfn上开发了相应功能而已
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2017.05.05 18:34:00
Q:
您好，我的体系里有氯离子，过渡金属Cu、Fe离子，咪唑环(含有碳、氮、氢原子)，我主要算一下结合能的差(用electronic and zero-point energy那个值)
我只用了6-31++dp基组，我这是不是错了
A:
没错
用不着弥散函数
OA:
过渡金属Cu、Fe离子不应该用赝势基组吗
Q:
我看别的二区文章里，只用了6-31＋＋dp，就参考了/泪奔
OA:
你看的多少年前的?
Q:
谢谢指导
2015的
A:
6-31G*系列算3d靠后的金属性能烂早就被指出来了
[图片]
不要盲目模仿文献
非专业物理化学刊物文章的做计算水平往往都不怎么样
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2017.05.05 19:24:06
Q:
您好，我的体系里有氯离子，过渡金属Cu、Fe离子，咪唑环(含有碳、氮、氢原子)，我主要算一下结合能的差(用electronic and zero-point energy那个值)
我之前只使用了6-31++dp基组。我算错了
现在我的体系使用混合基组gen，对cu使用赝势基组lanl2(就一个cu离子)，对氢不加弥散，其他的使用6-31++dp。
请问这些改变会使计算时间变很长吗？
A:
lanl2是赝势不是赝势基组
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2017.05.05 19:41:16
Q:
老师，高斯中指定温度用什么关键词啊
A:
temperature
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2017.05.05 19:41:16
Q:
[图片]这两个框子有什么关系，特别是第二行low频与mode里的前3个频率很接近
A:
前者是对3N*3N的力常数矩阵对角化，然后从低往高排序的频率，前六个对应平动转动。后者是把平动转动的影响去掉之后，对3N-6维的力常数矩阵对角化得到的频率
像这种情况，如果转动对应的数值不太小，就会明显污染分子内振动
Q:
那有解决方法还是可以忽略不计？
A:
你当前情况没什么需要解决的问题
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2017.05.05 20:14:55
Q:
请教下老师，RDG分析除了范德华力氢键还有没有别的分类，我的体系中没有氢键，却出现-0.02左右的峰值是直接归为范德华力吗[图片]
A:
肯定不是范德华
很负的地方，对应的是明显的静电吸引作用，不仅仅对应于氢键。卤键、二氢键等等也都会出现在这样的区域。你实际体系是什么情况你就怎么说就完了，结合等值面图看
不完全过时，但局限性很大（尤其是很多体系前线轨道接近简并，只讨论一个显然不合适），而且准确度不如概念密度泛函好。搞有机的用用前线轨道理论就罢了，搞量化的，还是主张用概念密度泛函理论讨论。
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2017.05.05 20:18:08
Q:
老师您好，我一个计算不含有任何金属的磷酸酶，优化结果为4个YES,在频率计算时出现一个-31.6的虚频，请问如何消小虚频呢？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2017.05.05 20:25:13
Q:
老师范德华力是在-0.01~0.01吗那么这个图右侧也没有范德华吗[图片]
A:
无
Q:
[图片]这种色带图怎么显示的呢
A:
自行把VMD的色彩刻度条ps一下
Q:
就是RDG等值面图中可以显示刻度条吗
A:
[图片]
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2017.05.05 20:33:30
Q:
#p B2PLYPD3/def2TZVP nosymm
算的单点的fchk
Multiwfn不支持？
[图片]
A:
怎么不支持？
Q:
换成#p M062X/def2TZVP nosymm
[图片]
之前没有输出轨道
A:
isilent设为1了？
Q:
是的
A:
那显然不显示
轨道列表是在主功能0的界面里点左上角才显示的
isilent=1连GUI界面都不显示
Q:
那换成M06怎么就显示了呢，都是在isilent设为1的情况下
A:
不可能显示
你那个是M062X不是M06
B2PLYPD3形式上是后HF级别
你即便去看B2PLYPD3轨道也毫无意义
是杂化泛函那部分SCF计算产生的轨道
Q:
那么PWPB95的轨道有意义吗
A:
双杂化泛函的轨道都无意义
Q:
那就用常用的B3lyp，m062x？
还是用纯泛函？
A:
随便
Q:
有点懵住了
我之前还以为单点能的chk文件都可以
太可怕了
A:
没有确切的轨道概念，虽然可以得到自然轨道
但使用双杂化的自然轨道肯定会被批
Q:
那么，用mp2是最正统的？
A:
讨论什么轨道，先搞清楚到底想干什么
Q:
RDG用双杂化泛函，还是可以的吧
A:
不好说
如果你是指基于双杂化泛函的自然轨道来做，应该还行，但如果是基于其SCF轨道来做，有点危险
普通泛函的密度已经足够
更好点用MP2密度
Q:
优化#p opt M062X/TZVP
单点! RI-PWPB95 D3 RIJCOSX def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J def2-QZVPP/C grid4 tightSCF
然后用单点的做RDG
A:
你就用M062X/TZVP的密度就完了
Q:
试了试，优化M062X/TZVP
单点用MP2/TZVP，容易不收敛
A:
不算不好
而且RDG对密度的质量很不敏感，随便哪个泛函几乎都可以
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2017.05.05 20:48:31
Q:
话说，双杂化泛函的轨道算是自然轨道吗？
A:
没有确切的轨道概念，虽然可以得到自然轨道
但使用双杂化的自然轨道肯定会被批
Q:
也就是纯种post-HF下的自然轨道比双杂化有意义？
A:
对
Q:
哈哈双杂化果然是杂交的，
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2017.05.05 20:57:26
Q:
请问老师，BP97D 计算方法适用什么样的体系，以及在使用时在高斯计算中关键词怎么设定？在手册里没找到相关介绍，找到了B97D计算方法, BP97D是不是它的延伸？
A:
根本没有BP97D
如果某文献里这么写绝对是写错了
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2017.05.05 21:22:05
Q:
各位老师好！能不能请教一下：一个体系里面有大量氢原子如何只对几个氢原子用含有极化的基组6-31G**而其他氢用6-31G基组，但是通过序号来定义基组太复杂了，有没有简单的方法？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
按元素定义
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2017.05.05 21:27:50
Q:
杨伟涛证明MP2和B3LYP得到的电子密度做出来的RDG没有显著区别
B3LYP已经足够得到精确的电子密度
A:
不影响
Q:
那么AIM分析又是否用B3LYP就足够了？
A:
是
Q:
用准电子密度做出来的RDG还是和精确计算的有点不同，，只是定性一致
静电势计算也可以用B3LYP?
A:
是
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2017.05.05 23:13:45
Q:
请教so b老师 CCl4和CH4相比哪个分子的电子离域性强？可以用什么方法表征？
A:
这没什么可比性
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2017.05.05 23:22:01
Q:
大博士，之前发表的那篇pccp里做出的平均定域化离子能的图是怎么做出来的？有参考文章吗
A:
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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2017.05.06 09:19:06
Q:
[图片]各位老师前辈大家好，请教一下我的这个构型，用高斯优化后N-B键缺失，是不是应该在画构型时在N上加上正电荷，在B上加上负电荷，怎么加这个正负电荷呢？
A:
没法加，优化完了是什么样就是什么样
gview对键的判断无物理意义。成了什么样的键，用Multiwfn分析，比如计算Mayer键级、绘制ELF图等
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2017.05.06 09:47:39
Q:
老师们上午好，我第一次做拉曼分析，请问是基于基态的优化文件来做拉曼分析吗[图片]我这样编辑有问题吗，谢谢
我只要算分子的振动峰，所以我这样计算是没有问题的，我这样理解对吗
我不是很懂，我不是做这个方向的，我是帮别人算的，是算拉曼的振动峰，我不知道我这样表述对不对，我现在在下您给我推荐的文献
A:
没问题
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2017.05.06 10:33:07
Q:
老师有些关于PBE泛函的帖子吗
A:
根本没有什么值得写的
针对一个常用泛函能写什么
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2017.05.06 10:45:20
Q:
All the structures were optimized at MP2(full)(second-order Møller–Plesset perturbation theory) level of theory which does not assume a frozen core. The Dunning basis set used for this level of theory is aug-cc-PVTZ(augmented correlation-consistent polarized valence triple-zeta basis set).老师，这里的意思是使用的是全电子机组，没有使用赝势？MP2（full）比起M062x计算量怎么样
A:
是。显然耗时高得多，中等体系高一个数量级以上
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2017.05.06 10:53:19
Q:
[图片]请问红外的校正因子应该选哪个？
A:
fundamental那个
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2017.05.06 11:12:59
Q:
谢谢老师，请问在multiwfn里红外或者拉曼数据乘过校正因子后再输出的txt文件是已经经过校正的还是最原始的数据？
A:
校正后的
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2017.05.06 11:13:12
Q:
老师您好，[图片]
势垒需要用吉布斯自由能吗
A:
这里的Ea是内能
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
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2017.05.06 11:29:55
Q:
sob老师能不能用高斯算单分子磷脂层表面的静电势分布？通过cube(potential,100)类似的命令？
A:
不能。
你那个算的是静电势格点数据，对这么大体系根本算不动
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
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2017.05.06 11:32:46
Q:
[图片]这种范德华表面不同填色使用的是Multiwfn 里的格点处理中的格点屏蔽吗？把电子密度格点拆成两个片段拖进VMD作图？
A:
不是。用的是局部定量分子表面分析
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2017.05.06 11:36:26
Q:
sob老师，您好！我算的一个体系是开壳层的，对开壳层做nbo分析与对限制性开壳层做nbo分析哪一个更好？
A:
一般就用非限制性开壳层就完了
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2017.05.06 11:41:43
Q:
发现我最喜欢的计算化学家已经逐渐转移到Grimme上了，做的所有理论都是能【有效】应用于【实际】问题的
A:
+1
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2017.05.06 11:44:14
Q:
sob老师分子动力学今年还有培训吗
A:
不好说。明年春季的可能性更大
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2017.05.06 12:02:39
Q:
内能用吉布斯自由能吗
A:
显然不是
Q:
但是我的评审意见说，其中的Ea要用吉布斯自由能
A:
用自由能的时候你得用热力学形式的TST公式
Q:
[图片]
A:
仔细看我的excel表格里的注释
Q:
就是得用第一个公式对吗
就是用[图片]
A:
y
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2017.05.06 12:08:47
Q:
老师您好，我请教一个简单的问题，6-31++dp，6-311++dp属于全电子基组吗？
A:
属于
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2017.05.06 12:08:47
Q:
老师您好，您在论坛上说过关于赝势：
[图片]
您昨天说
[图片]
所以我的体系里40个原子，一个Cu，一个Zn，那么我是否可以使用6-31++dp呢
A:
不要用弥散，此时毫无意义
Q:
谢谢您的回复，那对于40个原子，一个Cu一个Zn的体系，使用6-31，6-311模拟，也勉强合适吧
A:
把基组写明确
之前说过，6-31G*算Cu很烂
Q:
那6-311G*
A:
可
----------------------------------------------------
2017.05.06 12:14:26
Q:
[图片]
这本书，有中译本吗？　或者说，有内容相近的中文版书籍吗？
A:
没有
----------------------------------------------------
2017.05.06 12:38:24
Q:
2
This is a Gaussian output file, loading...
This is a pre-resonance Raman calculation, external field frequencies (a.u.):
Load data for which frequency? Input its index, e.g. 3
老师这里应该怎么选？我用的是gaussin的输出文件
Gaussian
A:
你指定了多个入射频率，读哪个情况的数据就选几
----------------------------------------------------
2017.05.06 14:06:47
Q:
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
老师，您这篇文章都是指linux下的G09吧？
OA:
y
Q:
[图片]
玩不转，求指导
想批处理chk 到 fchk
OA:
formchk *.chk
试一下
Q:
这个我知道，就想弄一下批处理，我有二十个chk文件
OA:
写个批处理脚本就行额
Q:
写了，不会执行
[图片]
OA:
你直接把那个x权限加在你写的脚本上
sudo chmod +x *
Q:
chmod +x 脚本名字.sh
这样？
OA:
sudo chmod +x 脚本名字.sh
chmod 755 脚本名字
Q:
明白了
真是一个细细小小的坑，我又完美的掉进去了
我就在想*号代表什么
OA:
所有文件
没理解通配符的意思
这种问题只要去搜肯定能解决
主要他不能上google，才会这么多问题
Q:
[图片]
明明放同一个目录下了
OA:
你的文件名字是什么就是什么没有.sh的话就不用加.sh
你直接用鼠标操作加权限吧
点一下也不会怀孕。。。多尝试
Q:
我感觉快怀孕了。着急上火的
3 一次性把当前目录下所有chk文件转换为fchk文件
把以下内容存到比如chk2fch.sh里，然后执行之即可。会依次调用formchk把当前目录下每个chk转换为同文件名的.fchk文件。
#!/bin/bash
for inf in *.chk
do
formchk ${inf}
done
我就按照这个自己生成了一个sh文件，但是G09里执行的时候总说我找不到文件，是不是我的权限不够呀？
OA:
这种问题肯定能自己折腾出来，不会爆炸的
很多这种“电脑问题”只有全程盯着你看的人才知道为什么出问题了→_→
Q:
[图片]
[图片]
这意思是我不是管理员吧
OA:
好好读。
计算化学懒人特征：
1 不看手册
2 不google √
3 不看英文 √
4 不肯尝试 √
5 不懂就问 √
Q:
2,5特征有，1，3，4没有。5难道不是一个好习惯吗？
OA:
[图片]
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=57
好好读一读。
有任何一条就够懒的
Q:
好吧，你们说了算
OA:
[图片]
天天连最基础的、网上到处都能找到问题都要等别人来喂答案，丝毫不愿锻炼自己检索、解决问题的能力，就等着研究没人搞过的问题的时候懵逼吧
Q:
抱歉，老师，确实在网上查到了，，，以后问之前一定自己先查一下orz
这次我用“好吧”开头是我不对。向大家道歉。
我问的几个问题是最基础的，网上到处能找到答案的？
不学编程的人又有几个知道 *是通配符的意思？，高斯里*又有特别的含义，我问一下怎么不可以了？
平时多用window系统，很少用linux，遇见问题怎么不能问了？SOB也说了，
[图片] 群里有低中高档次的问题讨论，如果你只接受“高”档次的问题讨论，那总有些问题是新手绕不过去的。
此外，你又没有调查，你怎么知道别人就是“丝毫不愿锻炼自己检索、解决问题的能力”
[图片]
OA:
[图片]
问题随便搜一下到处都是
Q:
大约三周前刚刚开始接触高斯和量化计算，这是我看过的一部分资料，没打印出来的不算，你怎么知道我没有检索资料去查阅了？
OA:
[图片]
打两个词Google就帮你自动补全整句话的东西
检索真是勤奋啊
Q:
这一个问题是的，我在实验室，下午一边实验一边计算，觉得群里大家都很亲切，遇见问题了就随手八卦发一下，既然您觉得这样不对，那我下次不发。
也愿您量化路上一路高歌，不要去接触新的研究方向了。免得遇见检索不力的问题
OA:
我从12点开始搭了两个反应，正在装第三根柱子。
[图片]
Q:
你说话气人不气人？总觉得也有人忍很久了吧，大家都怕得不到高手指点所以才不说吧。有些话总要说出来的。如果因此被Kick说明我和大家没有缘分，只能自学喽。
OA:
忍很久可以屏蔽呀
----------------------------------------------------
2017.05.06 16:34:38
Q:
各位老师，请教一个问题，这两个公式是求解跃迁偶极矩的，怎么理解呀~谢谢各位老师
[图片]
A:
这有什么难理解的
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2017.05.06 17:02:22
Q:
[图片]请问sob老师，我在用sobMECP搜索交叉点时，运行runMECP.sh提示这问题是什么情况呢？做test里面的例子，没问题呢。请老师指点下，谢谢
OA:
输出文件的问题
A:
如果确信输入文件无问题，把文件上传我看看
OA:
社长其实我发现，有些pre resonance raman算出来在RAMAN ACTIVITY那一栏是一排*号，然后用multiwfn就会闪退，不知道是不是这个原因
A:
这没办法，高斯的问题
----------------------------------------------------
2017.05.06 17:12:48
Q:
麻烦大家给我看下，审稿人给我回复的这句话是什么意思？尤其是蓝颜色的这句话。非常感谢。[图片]
大家能不能帮忙看下这个意见是啥意思？Comment 5 asked the authors for a justification of their choice of basis set. Instead of providing a justification, the authors repeated their calculations with a different basis set. However, since only 6-311++G(3df,3pd) in combination with LANL2DZ was exchanged for TZVP in combination with SDD, the issue remains.Why was a small, double-zeta basis set (SDD) used with a larger basis set (TZVP) only on the La atom?非常感谢
A:
审稿人还嫌SDD小。换成lanl2TZ(f)再算一次准没意见了
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2017.05.06 17:56:39
Q:
sob老师，我想请问一下基态和激发态优化时的泛函也可以使用不一样的吗？比如基态使用B3LYP/TZVP激发态可以使用wB97XD/def2-TZVP吗？还有单点能的计算，是否要与优化时使用的泛函一样？我知道基组是可以提高一两个档次的
A:
可以不一样
不需要
----------------------------------------------------
2017.05.06 20:06:30
Q:
老师，我算raman的时候定义了波长
输出如下
[图片]
选3没有问题，选1,2的时候multiwfn都会闪退，请问我是不是应该重新算一次？
A:
如果确信输入文件无问题，把文件上传我看看
Q:
好的，老师我在接小孩，晚上发您
老师，我是上传输入文件还是输出文件给您？
A:
输出文件
先看看输出文件里有没有星号之类异常，没有的话再给我
Q:
好的，直接私聊给您还是上传群文件
A:
随便
Q:
LOL
[图片] 老师，这个算是*号吗？
RamAct Fr= 2-- 9.4739 *********** 689.0418
确实找到一些这样的星号，是不是这种没法解决了？
我现在用GV输出了数据在origin里处理可以处理，反正我比较峰位置
不过multiwfn真的会退出，我用家里的计算机算了一次，out文件还是会闪退
但是GV确实能打开
我找到的那些星号不算星号啊？
A:
有星号multiwfn肯定不认
gview没报错只不过没读它罢了
想绕过这个问题就把星号随便改成什么数字就完了
Q:
我现在用GV输出的数据也能处理，就是不如multiwfn方便
请问老师GV输出数据乘以校正因子是不是在excel列里直接对X轴数据做乘法？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.05.06 20:06:30
Q:
请问社长，优化时使用了nosymm，频率计算时也要加上吗
A:
无需
----------------------------------------------------
2017.05.06 20:10:49
Q:
老师晚上好，我想请教一个问题，做分子的轨道图时总是发现一些分子的homo和lumo轨道并没有分布在整个分子上，这是什么原因呢？
A:
很正常，某些MO局域性就是强
----------------------------------------------------
2017.05.06 20:12:39
Q:
想请教下老师，交换关联能是什么，或者哪里可以了解到，谢谢
A:
读A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed就懂了
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2017.05.06 20:14:09
A:
D3校正又来了个新的校正形式
[图片]
Q:
[图片]D3M-BJ反而不如D3-BJ好
A:
就这也发个JPCL，很简单的工作
[图片]
趁着这个题材还有油水，感兴趣者可以也搞几篇
----------------------------------------------------
2017.05.06 20:16:15
Q:
[图片]IRC长这样试试什么鬼...
A:
都跑完了再看
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2017.05.06 20:33:36
Q:
各位大神，有什么方法可以计算 σ键和π键分别对键能到贡献吗？
看见有文献这样做[图片]，请问除了ADF还有其他软件可以吗？
A:
没有其它的能做
----------------------------------------------------
2017.05.06 20:54:11
Q:
http://www.baihaishengwu.com/forum.php
假冒网站又出现了。
A:
早就有了
别点进去
Q:
点进去了有很多广告
A:
点进去会使其赚到广告费
----------------------------------------------------
2017.05.06 20:54:59
Q:
请问老师，这个报错问题，我参考了FAQ[图片]用了opt=cartesian,但加了后让它重新opt=restart运行还是同样的问题，请老师指点一下
A:
甭用restart
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2017.05.06 21:41:24
Q:
请问老师们, 怎么在Gaussian中使用纯粹的Slater型基组呢
A:
没法用
Q:
那请问哪些软件可以用Slater基组呢?
A:
ADF
----------------------------------------------------
2017.05.06 21:48:57
Q:
请问，如果体系较大（C200H195O32N3S1 ），采用分子力学进行几何优化可以吗？
A:
可以，但前提是有合适的力场，否则应当用半经验
Q:
老师，我是菜鸟，问个比较low的问题。
我在选择力场的时候把几个力场 Universal Dreiding COMPASS 都计算一下，看哪个力场条件下得到的能量低，就选哪个可以吗？
OA:
不可以
Q:
哪如何确定哪个力场合适呢？
A:
一般的分子适合MMFF94力场优化
chem3D可以直接做，免费的可以用avogadro
----------------------------------------------------
2017.05.06 23:14:40
Q:
老师，请问基组（7s6p5d）/[4s3p3d]是什么意思呢
A:
前面是收缩前，后面的是收缩后
Q:
U的(7s6p5d)/[4s3p3d]基组意思就是，这个U的的7s轨道，6p轨道以及5d轨道收缩为4个s轨道，3个p轨道以及3个d轨道？
A:
是GTF收缩成收缩型基函数
没轨道的事
Q:
那对于六价U，用MWB78赝势，把1s-5d放进赝势，以及相应的(7s6p5d)/[4s3p3d]基组。这样U就只有6s26p6一共8个电子，U的6d和5f是空轨道，配合物中应该接受配体电子，我用这种基组计算，能考察道U的6d和5f轨道成键情况呢？
A:
用MWB60多好
Q:
MWB60能包括空的6d？
A:
自然而然就能描述
----------------------------------------------------
2017.05.06 23:19:31
Q:
各位老师，请问packmol可以指定运行内存和核数不呢？用top监控发现她内存和CPU占用好低啊
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.05.06 23:50:46
Q:
自旋轨道双电子积分<11|11>这个怎么理解呢？
A:
|1>的电子和自己的自库仑互斥
Q:
那这一项是否等于零呢？HF框架里，这项正好和它对应的交换积分抵消了，是个巧合还是什么，重新看这块儿有点儿不理解了。
A:
显然不为零
----------------------------------------------------
2017.05.07 08:18:55
Q:
请问各位老师，文献中提到的高斯里面的PVTZ基组，是指cc-PVTZ基组的简写吗？
A:
这是非常烂很不正规的写法。直接看引用的基组原文就知道了
----------------------------------------------------
2017.05.07 10:25:01
Q:
老师，高斯在自旋多重度为1的条件下，stable=opt,搜到的还是自选多重度为1的基态吗？还是如果实际基态是三重态，我在设自旋多重度为1的时候也能搜索到？
分别在不同态下优化，还是固定结构算单点即可？
高斯用pbe0泛函，直接写pbe0嘛
嗯嗯
A:
能搜索到
----------------------------------------------------
2017.05.07 12:19:22
Q:
老师，不同物质lumo和homo之间带隙的差值大小能不能说明他们稳定性的大小。同分异构我比较过，确实是的，不同物质不知道能不能拿到一起比较的。
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.05.07 13:27:06
Q:
几何优化的结果错的也太离谱了，可能的原因是什么呢？
[图片]
输入文件[图片][图片]
优化过程[图片]
A:
没给N指定基组
Q:
啊，
感谢
太尴尬了
OA:
没给某个元素指定基组，也可优化？
不给基组，那块就一个电荷在哪。类似背景电荷什么的
不指定基组，怎么也不报错？
A:
会有warning
OA:
那是怎么继续算下去的。。
该做的积分，单双电子全照常做，矩阵也能填出来。基函数中心跟原子核中心不一定非得重合的。
是不是自动略去了未指定基组的原子？
----------------------------------------------------
2017.05.07 14:54:04
Q:
请问使用multiwfn时，内容太多无法显示完，前面的被隐去了，怎么找回呢
[图片]
A:
没法转换
看multiwfn手册5.5节
----------------------------------------------------
2017.05.07 17:46:17
Q:
老师，你好！高斯里面我想固定两个键长的差值来做优化，比如(1，5)键长1.29 (5，4)键长1.35就把这两个键长差0.06固定住。用opt=modredundant关键词，不太确定固定键长差是不冻结优化？
A:
没法这么设
Q:
是不只能固定原子优化
A:
可以固定键长，但没法固定差值
----------------------------------------------------
2017.05.07 18:29:38
Q:
请教一个问题，（可能被鄙视）我算了一个结构的原子自旋布居，发现有一个氧原子的布居数较其它原子都大的多，然后计算该结构的lumo轨道原子贡献时发现该原子贡献最小。我能说这个氧原子位点易发生作用么
A:
如果你是指的这个原子上自旋布居大，说明是容易发生自由基反应的位点
Q:
是原子
为啥它lumo贡献少呢？因为单电子数相对其它的多的原因么？
A:
原子布居数多少和对LUMO贡献多少没有丝毫联系
----------------------------------------------------
2017.05.07 20:49:24
Q:
sob老师，我的分子几何结构优化成功，无虚频，但是计算freq=anharmonic的时候依然出现l502错误，请问这是什么原因？
[图片]
下面是优化过程的能量图
[图片]
A:
优化和SCF不收敛完全是两码事
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.05.07 20:53:35
Q:
我做ρ(r) vs. RDG的散点图
结果如图
[图片]
这说明了什么？
A:
存在色散作用
----------------------------------------------------
2017.05.07 21:00:41
Q:
multiwfn 计算转移电荷[图片] 总转移电荷量是不是应该将这两个值加起来？
A:
显然不是
其中之一取绝对值
Q:
我算出来的正负不一样啊
那应该取哪个
A:
当你格点精度无穷高，正负值显然加和为0
A:
毕竟电子跃迁没有影响总的电子数
Q:
嗯明白了
A:
electron-hole分析，或者基于密度差格点数据的CT分析
----------------------------------------------------
2017.05.07 21:04:25
Q:
请问sob老师，高斯中可以通过在命令行写命令加电场，那么是否可以加电磁场或者是射频
A:
不能
Q:
那磁场是否可以加
A:
不可
----------------------------------------------------
2017.05.08 00:01:04
Q: https://m.toutiao.com/i6416865149361062402/tt_from=weixin&utm_campaign=client_share&app=news_article&utm_source=weixin&iid=9568614525&utm_medium=toutiao_android&wxshare_count=8&pbid=1493855537&from=timeline&isappinstalled=0
OA:
民科...
媒体就爱搞这些事情
A:
引文只有一篇
[图片]
----------------------------------------------------
2017.05.08 00:28:14
Q:
NBO算完之后，电子密度怎么找不到？
看了篇文献，里面说算完nbo后会有电子密度
指单位体积的电子数
A:
水平不足以表达清楚就直接贴文献的图
Q:
原子吸引正电荷离子的能力
A:
对话无法继续
Q:
[图片]
A:
作者连布居数和电子密度这俩最基本的概念都搞不清
Q:
什么意思，不太懂
A:
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
[图片]
----------------------------------------------------
2017.05.08 10:28:48
Q:
我在Multiwfn中输入一个蛋白分子，７０００个原子。
然后我做如下操作
100
1
16,14
7
6777,6777
500,500,500
1,1,1
然后，Multiwfn窗口就关闭停掉了　……　　请问，这是不是因为格点数量太多的原因呀？
A:
0.05时不会体现化学键区域
Q:
即便基于promolecular近似，7000原子体系也肯定没戏
谢谢老师，只计算其中一个区域格点内的ＯＲＧ函数呢？
A:
只限定在一个区域可以。
----------------------------------------------------
2017.05.08 10:28:48
Q:
我想请教个问题，用dushin计算重组能，计算的体系中，有的分子可以得到结果，有的分子就出现nv is incorrect错误是什么原因？
A:
问作者
----------------------------------------------------
2017.05.08 10:28:48
Q:
在linux下如何启动 Multiwfn？
A:
./Multiwfn
Q:
[图片]
这是我在linux目录下的安装后的内容
openmotif-2.3.3　也装了
A:
进相应目录，./Multiwfn就启动了
Q:
export KMP_STACKSIZE=64000000
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/Multiwfn
也设了
[图片]
A:
看是否权限已经设成了可执行
为了避免乱码，系统强烈不建议装成中文的
Q:
嗯
[图片]
老师，是装上面的，还是装下面的？
A:
显然是上面的，下面的是源代码
另外不要用这么老的版本，和当前版本手册不对应
----------------------------------------------------
2017.05.08 10:33:36
Q:
老师们好！本人初次接触高斯，想寻找乙烯与丁二烯发生Diels Alder反应的过渡态结构。在高斯VIEW里绘制过渡态猜想结构如图所示[图片]，然后设置参数如下[图片]，最后跑出来虚频只有一个负数，我自以为过渡态跑出来了，但是当我拿虚频对应的过渡态结构做IRC时，出现了错误“Problem with the distance matrix”，我查看了下过渡态优化结果，如图所示[图片]，感觉这直接变成了产物结构。请问老师们，这是不是我猜想的过渡态结构不对造成的？我该怎么办？
A:
修改初猜
[图片]
实际过渡态是这样的
----------------------------------------------------
2017.05.08 10:33:36
Q:
[图片]在ccsd(t)优化不收敛用nocheck可以吗
A:
不行。至少起码自己看看CCSD已经收敛到了什么程度，决定是否可以认为已经收敛
----------------------------------------------------
2017.05.08 10:47:31
Q:
Determination of dummy atom variables in z-matrix conversion failed.
Determination of dummy atom variables in z-matrix conversion failed.
NNew= 4.04119156D+01 NOld= 4.29804934D+01 Diff= 2.57D+00
请问这问题怎么解决呢？
[图片]
补充刚才的问题
我的计算方法是 #p M062X/6-31G* int=ultrafine opt=tight freq EmpiricalDispersion=GD3 o
ut=wfx
算的是PAHs芴分子
自己at自己是什么意思。。。
求问解决方法
算的是PAHs芴分子
A:
坐标里如果有虚原子就去掉
----------------------------------------------------
2017.05.08 11:51:21
Q:
SOB，从mail.aliyun.com登陆邮箱，界面显示要求[图片]，怎么弄呢？
A:
索引文件里面明说了，要用手机客户端登录
----------------------------------------------------
2017.05.08 13:05:03
Q:
老师，您好~我在优化S1态时，出现了以下错误：Error termination via Lnk1e in/vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l9999.exe 。输入文件是：[图片]请问老师该如何解决
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.05.08 13:30:36
Q:
各位大神，CFOUR可以交换占据和非占据轨道吗？有没有类似gaussian 的guess=alter 的命令？
OA:
可能真是有。。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.05.08 13:34:01
Q:
"体现电子结构的影响"是指这种矫正能纳入SCF迭代过程么？
A:
是
Q:
那是不是可以说，在溶剂环境中，这种校正会比D3更加好一点？
“体现电子结构影响”，迭代完的电子密度也能体现D3了，那波函数分析（对色散影响）会更加好一点？
不是D3 ，是色散作用
A:
会好一点
----------------------------------------------------
2017.05.08 13:34:01
Q:
有没有“范德华密度泛函”？在给一位研究生改毕业论文，出现这个词
A:
[图片]
Q:
所以DFT-D3属于vdwDFT？
A:
不属于
Q:
除了几何优化和结合能计算、能量分解分析外，哪些计算项目的结果对是否进行色散力校正敏感？我记得分子轨道计算可以不用考虑色散力，吸收和发射光谱拟合好像也不用考虑。
A:
也就是这些了
----------------------------------------------------
2017.05.08 13:46:40
Q:
sob老师，我用G09 A.01计算的时候加上IOP（7/33=1,11/33=2）关键字的时候log文件里面输出了normal modes，但是用E版本高斯算没有输出normal modes，是什么原因呢？
A:
不要加这些IOP
本来默认就输出
Q:
老师你是说E版本默认就输出吗？
A:
freq做完怎么可能不输出
哪个版本会不输出？
Q:
[图片]A版本专门给出了这样一段
A:
干嘛读这部分
正则坐标就在规范的输出的频率的下头
Q:
我要算偶极矩和极化率对振动坐标的倒数，所以要读取这一部分数据
A:
那也根本用不着读这部分
读了这里你怎么得到你要的？
[图片]
GAPT电荷的原理和性质
http://sobereva.com/208
正则坐标，和偶极矩对正则坐标的导数完全是两码事
Q:
老师，我从高斯中把偶极矩读取出来，再把简振坐标读取出来，然后编程求偶极矩对简振坐标的倒数，所以需要用到normal modes
A:
直接都输出了，何必自己去算。你那样做还得靠有限差分，精度还有损失
更何况，正则坐标默认就输出，如果嫌精度不够，用freq=hpmodes也解决了，何必用那些乱七八糟的IOp
----------------------------------------------------
2017.05.08 14:34:48
Q:
在Promolecule近似下计算每个格点RDG和sign(λ_2)ρ函数，看结果时，应该看等值面0.25时的结果？
[图片]
我只想看围绕某个残基的ＲＤＧ等值面，ＶＭＤ里能实现吗？
Yuanhe 怎么操作呀，求指导。
A:
看手册4.13.4节了解怎么用Multiwfn对多余区域的格点数据进行屏蔽
Q:
老师，在Promolecule近似下计算每个格点RDG和sign(λ_2)ρ函数，绘图，判断弱相互作用时，应该看0.25时的等值面吗？
A:
等值面数值多少合适视实际情况而定，调到让图像效果尽可能好即可
Q:
嗯，谢谢老师。
A:
一般用我给的脚本文件默认的色彩刻度就行了。也可以自己调，但不宜改变太大，而且必须能反映出自己想表达的情况
----------------------------------------------------
2017.05.08 16:33:17
Q:
老师你好，频率校正因子对partition functions影响大吗
是不是每算一个温度的的反应速率常数就得算一次配分函数（用freqchk工具）
A:
不小
是
本来就应该用吉布斯自由能
Q:
那我用频率校正因子，用的是哪一个？
[图片]
每一个温度下都需要算一次配分函数吗？
A:
只用一个就用ZPE的
[图片]
Q:
好的，谢谢老师
其实就是走计算△G的流程？
A:
是
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2017.05.08 17:05:13
Q:
老师, IRC计算时, 高斯怎么知道哪个方向是Forward哪个方向是Reverse?
那Forward不一定是产物方向咯? 也可能是反应物方向?
A:
高斯自己按照一定规则猜的，手册有提到
可以自行用phase关键词明确指定正逆方向对应的结构变化
Q:
[图片]
好像还是比较麻烦.
还是两边都算, 算完之后, 单独再算一边好了.
A:
一点也不麻烦
----------------------------------------------------
2017.05.08 17:16:59
A:
不要发起莫名其妙的QQ电话
可疑行为已被记录
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2017.05.08 17:29:28
Q:
使用Multiwfn软件需引用那两篇参考文献？
A:
看官网上download栏目的说明
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2017.05.08 19:53:07
Q:
师兄，这个问题怎么破
OA:
你想要做什么
Q:
优化这个分子的激发态
OA:
需要这么麻烦吗
Q:
开导一下
应该怎么做呢
OA:
计算水平？
是否有溶剂
Q:
没有溶剂
OA:
还有，是TD还是什么
Q:
用sac-ci计算
不用td
OA:
CI还是不推荐的吧
Q:
低估能量啊
OA:
SAC-CI也不推荐吧
Q:
是不是用eom-ccsd好点
A:
EOM-CCSD比SAC-CI方便多了
没什么人用SAC-CI，毫无好处
Q:
老师，那eom-ccsd能计算非谐频率么
A:
没戏
g09里EOM-CCSD连一阶解析导数都没有，算非谐振起码三阶，怎么搞，有有限差分做到这么高阶恶心死了
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2017.05.08 20:10:43
Q:
# opt B3LYP/6-31G out=wfn[图片]问下老师算AIM分析时出现这个错误什么原因
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.05.08 20:58:46
Q:
我有个问题想请教一下各位老师就是我要算一个类似磷脂结构的有机分子，里面有磺酸基，我在用acpype.py获得拓扑信息和结构信息之前没有优化，这样经过这个工具用半经验方法优化出来的构型，和下一步想获得resp电荷, 我用hf方法先优化再计算电荷信息，优化出来的构型，是不一致的，比如某个官能团的朝向，方位等不一致，这个时候如果用resp电荷去代替bcc电荷是不是不合理了？请问如何解决这个问题呢？需要我先用hf方法优化，找到一个极小点结构再给acpype工具去优化吗？这样是否会获得一致的结构，再替换电荷？
A:
不是什么问题，没有不兼容性
构象并不会影响antechamber对原子类型的指认
只有原子电荷会依赖于构象
Q:
老师替换电荷那一步计算 [图片]里面有优化，经过这个优化出来的构型和从antechamber出来的构型不一样啊，这样把计算完的resp电荷替换给 antechamber出来的itp文件里的电荷，再用antechamber优化出来的结构去跑动力学可以吗？是否应该用电荷依赖的hf优化出来的构象去跑动力学？用hf方法计算mk电荷是最佳选择吗？用密度泛函方法会更好吗？
A:
可以
什么叫用XX构象跑动力学，动力学过程构象本身就会在不断改变
HF计算MK电荷是为了把HF的误差等效成体现水环境的极化效果；如果你用DFT，MK计算的时候就必须用scrf表现溶剂环境
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2017.05.08 21:08:20
Q:
[图片]老师，molpro ccsd不收敛怎么解决
A:
[图片]
在molpro手册中找类似的选项尝试解决
----------------------------------------------------
2017.05.08 21:50:48
Q:
报错的最后一行显示
Writing a WFNX file to "%chk=C:\lalala\0501 M06-2X\M062X 6-31Gd Freq DFT-D3\wfx\1.wfx"
是什么问题呢？ (整理Q&A)
A:
wfx文件输出路径胡写所致
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2017.05.08 21:58:30
Q:
老师，是否6-311g系列描述Fe不好啊，我看bse基组库里面，如果6-31g系列是可以描述Fe的，但是6-311g系列不能描述Fe
A:
好不好和是否有定义完全是两码事
6-311G系列对Fe有定义，但是EMSL上没有
其在高斯里用的定义可以用gfinput打印出来
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2017.05.09 09:49:52
Q:
这个不是某对轨道对该跃迁模式的贡献吗？
各位老师好，我有点想不太清楚了，如果计算两个类似分子的静电势，如果调整静电势等值面的数值使得两个等值面的形状大小基本接近，那么是不是等值面数值（绝对值）越小说明分子的缺电子越大呢？
A:
根本就不要这么比，太间接。直接把静电势投影到相同的电子密度等值面上，一看相应位置的静电势数值差异一下就清楚了
----------------------------------------------------
2017.05.09 11:41:31
Q:
optPBE-vdW、optB88-vdW,和optB86b-vdW这些色散的泛函和DFT-D2或DFT-D3有什么区别呢
前者是直接把色散力考虑为泛函了是吗
Sob老师有相关的分析文章吗
所以说这些不一定比DFT-D3色散修正的结果准确是吗
A:
对
----------------------------------------------------
2017.05.09 12:27:11
Q:
请问老师，用Gaussian计算金属团簇使用固定对称性改变多重度进行优化与无对称性优化改变多重度进行优化那一个更好@Sobereva
A:
没有“固定”对称性这一说，你只能由改变初始结构来决定高斯能判断出什么对称性
----------------------------------------------------
2017.05.09 13:26:51
Q:
这个等值面说明羟基与氯原子间既存在着位阻效应，也存在着弱氢键作用，互斥和吸引效应并存。－－－　辣么，这两个原子之间，究竟是吸引还是排斥呢？
A:
部分吸引，部分排斥。很正常，特别是分子内氢键。不过感觉你色彩刻度不太合适，范围设得太窄
Q:
老师，吸引和排斥，对电子云都有极化作用吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.05.09 13:51:52
Q:
老师，计算原子上的DCAH电荷，关键词应该怎么写？
A:
看multiwfn 手册4.7.2节的例子
什么额外的关键词也不需要
----------------------------------------------------
2017.05.09 14:19:41
Q:
老师，请问一个有机分子的不同构象之间会有过渡态吗？
A:
有
----------------------------------------------------
2017.05.09 14:29:44
Q:
请问像水分子属于c2v群我怎么也想不到什么是a2轨道。有人能举个例子吗
A:
做个单点计算，看a2的轨道，然后对照特征标表里的对称操作去理解轨道特征
----------------------------------------------------
2017.05.09 14:40:55
Q:
[图片]请教一下，我用gromacs模拟两个分子反应，上面那个分子应该要插入下面分子的，它一直在上面发生形变不下来怎么回事？已经模拟到9ns了。
A:
这不叫反应，只是个插入过程。
如果你认为应当通过疏水效应自发跑进去，继续模拟几十ns再说。
要么用拉伸动力学或者WHAM等，得到进入过程的PMF
Q:
我看文献上模拟到6ns的时候就反应了，是我mdp文件编写有问题吗？
A:
影响因素很多，更何况MD的重现性本来就不好，恰好和文献里情况一样是完全不可能的
----------------------------------------------------
2017.05.09 14:49:20
Q:
[图片]
那请问老师，如果不同构象之间确实有过渡态，怎么去得到这个过渡态呢？
1. 尝试猜一个？
2. 对比两个构象，对变化的键进行扫描，得到能量最低的态？
3. 如果过渡态存在于溶剂过程，用溶剂模型进行计算？
最近也在研究构象的转化，没意识到可以从构象的过渡态去切入，请老师指点一下，谢谢
A:
摆个初猜过渡态，用opt(ts,calcfc,noeigen)找过渡态就完了
最简单的，乙烷中的甲基发生旋转，两个交错式构象之间的重叠式就是过渡态
----------------------------------------------------
2017.05.09 14:51:13
Q:
老师，群里可以问服务器配置价格吗？
A:
可
Q:
Dell T7910，配 2颗 E5-2690 V4, 显卡 K620, 内存三星 RECC DDR4 2133MHz 16G*4, 硬盘 2 T, 有人给报价吗？需要从学校竞价系统走~
恩~ 谢谢啦，另外想请教下 E5-2690 v4 和 E5-2696 v3 哪个性价比高一些~~或者还有其他CPU推荐？
A:
性价比没有能超过2696v3的
本身就是规格外的存在
Q:
为啥是规格外存在？大陆没有正式发行吗？
A:
仅供OEM
----------------------------------------------------
2017.05.09 14:55:41
Q:
请问老师，“投影”静电势这种操作是怎么实现的呢？请问有没有参考的博文或者手册之类的呢？谢谢啦~~
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
----------------------------------------------------
2017.05.09 15:13:45
Q:
过渡态能量比底物低0.6 kcal/mol，是什么原因造成，IRC已经做出来了
老师
A:
忽略了中间体
要么电子能垒很低的情况下用了自由能垒讨论
Q:
电子能垒和自由能垒有什么区别？
A:
显然是用电子能量和自由能求差的差别
----------------------------------------------------
2017.05.09 15:28:21
Q:
各位老师，跑动力学的机器打算升级个gpu，但是服务器是2U的机箱，好像装不下，有什么办法么
A:
买low-profile板型的显卡2U可以装
----------------------------------------------------
2017.05.09 15:32:26
Q:
请问今年还开初级培训班吗
A:
年底可能再开一次
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2017.05.09 16:15:07
Q:
请问老师，Eyring公式是针对气相反应而言，对于本体（例如聚合物熔体）中的反应可否直接代入电子能垒来估算速率常数？因为我觉得对于双分子反应，本体中反应物分子的平动受到很大限制，而用气相中的自由能差（两个平动熵减去一个平动熵）明显把活化自由能垒算大了
A:
至少也得考虑振动的影响。用U(0)求差也比用电子能量求差要好
----------------------------------------------------
2017.05.09 16:22:14
Q:
老师，我用wB97XD/def2SVPD计算银团簇的极化率，大约50个银原子，结构直接从MS里面导出，但是计算的时候总是不收敛，因为有弥散函数的原因，已经写了scf(novaracc,noincfock) int=acc2e=12,但还是收敛失败。把收敛限调到conver=6也没有成功。尝试先用def2SVP计算，没有遇到问题，读取chk作为初猜仍然无法收敛，这种情况下还有什么办法，是不是只能考虑用二次收敛了？
A:
尝试其它泛函，如果能收敛，用其波函数当初猜。或者尝试其它解决不收敛的做法，如能级移动
----------------------------------------------------
2017.05.09 18:06:53
Q:
老师，如何计算S1激发态的Dct
[图片]
A:
看multiwfn手册4.18节的例子
Q:
也是用基态结构的td么，这个我算过，那么S1驰豫态的D也是这样算么
[图片]
老师，这里得到的第一激发态的D是relaxed S1 state的么
A:
到底是电子弛豫了，还是结构弛豫了，要分清楚
结构是否弛豫取决于你是否优化S1，例子用的都是S0极小点的结构，因此没考虑S1的弛豫
是否考虑S1电子的弛豫，看你具体用什么方法分析，electron-hole分析对应的是非弛豫密度
----------------------------------------------------
2017.05.09 18:17:10
Q:
sob老师，tddft计算光谱，关键词写了scf（vshift=400）会不会影响激发能计算？
A:
不会
----------------------------------------------------
2017.05.09 19:46:53
Q:
请教各位一个问题，我按照官网教程安装DALTON2016时(只是为了计算旋轨耦合常数)，有个设置是连接外部数学库(不知道翻译的对不对)，不知道这个设置有什么作用，可以不设置吗？谢谢。安装这个比gaussian麻烦多了
A:
程序会调用数学库里一些函数，比如做对角化的函数
能否不设看看手册试试便知
----------------------------------------------------
2017.05.09 20:41:11
Q:
[图片]
SAC优化基态结构过程中出了问题，求指点
A:
根本就不是用来优化基态的
永远忘掉SAC-CI
Q:
sac可以优化基态啊
因为算的是三原子分子，看近期相关文献是用SAC-CI计算激发态，所以想尝试一下
A:
SAC-CI等价于EOM-CC，用SAC-CI的都有毛病
Q:
这是以前的计算数据，老师您看一下
A:
放着流行的EOM-CC不用，非要用难用的SAC-CI
三原子还不如用NWChem做EOM-CCSDT去
Q:
因为师妹学习很长时间了，哪怕不用至少得搞懂
A:
白耽误工夫，小心延期毕业
Q:
只是想计算几个小分子走一遍流程，已经学习了一阵了，现在只希望能把几个小分子算一下激发态联系一下，不会耽误太长时间，希望弄这个方法的指点一下
A:
悬崖勒马还来得及
量化界垃圾、多余的理论太多了
SAC-CI就是其一
Q:
算一下H2O就一会的事，尝试一下就好了，不至于悬崖的程度啊
A:
根本没人用SAC-CI
Q:
就当是跟比他计算激发态的方法做一下比较吧
A:
除了和开发者有关系的人
有什么好比的，都说了和EOM-CC是等价的
高斯有现成的关键词输入容易得多的EOM-CC不用，非用这个
Q:
这个导师交代了任务至少得完成
A:
让他教你
OA:
导师经常干这种事情，自己可能还一知半解呢
Q:
老师最近忙联系不上所以问大神您
A:
要么问高斯客服去
OA:
大博士挂牌表示不会
A:
我从来不用SAC-CI，因为太垃圾
没有时间去鼓捣垃圾理论
----------------------------------------------------
2017.05.09 20:53:07
Q:
[图片]老师，麻烦问一下，这种情况正常么，放文章里写成100%可以么，谢谢老师
A:
完全意义不明
什么的输出，怎么算的，不交代清楚怎么回答
怎么根据组态系数合理计算看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
[图片]
计算td输出文件，轨道贡献
A:
系数大于100%八成是把去激发的贡献误当成正贡献来算了，看博文
----------------------------------------------------
2017.05.09 21:35:58
Q:
老师，在Gromacs中用隐式溶剂时，forcefield中要写 [ implicit_genborn_params ]，但是有些原子类型在gbsa.itp中找不到，请问该怎么解决，简化模型？
羧基，环氧基中碳，氢，氧的
是氧化石墨烯
A:
借用相似原子类型的
----------------------------------------------------
2017.05.09 22:10:28
Q:
[图片]
请问任务一直死在914是怎么回事？
A:
内存给得太小
----------------------------------------------------
2017.05.09 22:14:13
Q:
做sob老师《振动分辨的电子光谱的计算》里面的例子出现Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
A:
检查文件路径是否正确
----------------------------------------------------
2017.05.09 23:32:43
Q:
群主大人，高级量化班得什么时候呢？
A:
明年
----------------------------------------------------
2017.05.10 11:07:17
Q:
老师等你看到时候帮我看一下怎么回事，我跑完NPT平衡之后是这样[图片]，但是接着跑了15ns的产生相，就成了这样了[图片]，中间水的区域感觉明显边长。采用的各项异性控压。请老师帮我看指正一下。
跑完NPT之后盒子符合预期的额，盒子没有明显的变化，但是在产生相时候盒子从轨迹上看，盒子的形状就有变化
OA:
他两的控制压力一样的呀
Q:
哦，有一个不一样
老师，就是我那NPT里面taut_t=0.1压力的taup_p=2.0而，产生相控制参数tau_t=0.5，tau_p=4.0
OA:
就这两个有区别，其他的都一样
A:
这是自发调节的，如果你就是不想让体系被拉长，就把z方向可压缩系数设成0
Q:
请教一下，能量极小化之后提取.edr里的能量显示如下[图片]，但是xmgrace显示的能量的曲线却发现成了这[图片]，请老师指教一下。谢谢啦
A:
没有什么异常。显然势能会迅速降低
Q:
那可以继续以后得的操作吗？
A:
可
Q1:
谢谢老师
老师，我在问一下哈，就是那势能平均值是负的曲线上的值都是正的啊？这是曲线显示问题还是。
A:
edr里的信息和输出信息最后的统计值是对应的，琢磨一下就知道
----------------------------------------------------
2017.05.10 11:11:59
Q:
老师能不能分享些用了ELF填色图分析的文章丫
A:
ELF综述和重要文献小合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2100
----------------------------------------------------
2017.05.10 11:11:59
Q:
各位老师，请教一下关于电荷的问题：这篇文献中解释，两个过渡态能量的不同是由于电荷分离程度,左面过渡态中，Mulliken布居电荷是 +0.767e,右面是+0.966.所以右面的过渡态能量高。我不太懂为什么电荷多的这个就能量高呢？（J. Phys. Chem. A, 2015, 119 (15), pp 3604–3614）
OA:
[图片][图片]
Q:
好的，谢谢老师，我去看看
A:
仅仅是个猜想，强行找个东西来解释，但实际上肯定不会那么简单
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:05:05
Q:
[图片]请问这个基团到底是怎么成键的
A:
优化完了做做波函数分析就知道了
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:05:12
Q:
老师，请问一个C12的化合物断键算键能和一个C13的化合物断键算键能能用高斯计算来区别吗？
A:
能
Q:
老师，怎么区分C12和C13呀？gjf里面只有一个元素符号
A:
C(iso=13)
质量的影响会体现在热力学量上
Q:
老师，标记的 C(iso=13)的C会和其他元素坐标不对齐了，这样会不会有影响？
A:
不会
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:19:09
Q:
[图片]老师算红外时频率校正因子用Harmonic Frequencies还是
Fundamentals？
A:
Fundamentals
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:20:15
Q:
老师你好，我的版本是g9 B01，用不了D3，请问性能与B3LYP-D3最接近的是哪一种泛函啊
A:
PW91PW91
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:23:19
Q:
sob 老师 multiwfn 显示分子结构时全变成了单键，请问可以显示出双键嘛？我用的fchk的文件打开的
好的，谢谢你
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:24:45
Q:
老师，用CCSD计算出现错误[图片]
计算能量，能帮忙看看吗？我都看不出来是哪里的错误
求大师帮忙解答下，我用Ccsd计算能量的时候出现错误[图片]
A:
换最新版本，重算一遍
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:35:11
Q:
请问老师计算有机小分子的激发态用ωB97XD、B3LYP，M062x哪个比较好？我看不同文献用法不一样。
谢谢老师
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:37:34
Q:
老师，预算1w的机子能推荐一下配置吗，只用于DFT的B3LYP/6-31g*级别的计算，最大70个原子，谢谢，看到公社上没有这个价位的推荐的帖子
A:
超级单路计算
CPU：E5 2696v3 2.3G 18核 4750
散热器：九州风神大霜塔普通版 199
主板：华擎X99 Extreme3 1399
内存：三星DDR4 ECC 16GB*4 850*4
显卡：任意
硬盘：希捷 2TB 64MB SATA3 460
固态硬盘：OCZ饥饿鲨 TR150 240G 529
电源：康舒上品550（额定550W）269
机箱：酷冷至尊 200
光驱：先锋 DVR-221CHV 90
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 85
显示器：优派VA2249s 21.5寸AH-IPS LED背光 650
总价：约12000
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:49:02
Q:
老师请问Mutiwfn如何引用是合乎规矩的
A:
看主页上download栏目的说明，手册里也写明了
----------------------------------------------------
2017.05.10 15:50:25
Q:
请问老师们，VMD画RDG图时，isovalue值体现的是局域电子密度与平均电子密度的比值吗？
Yuanhe 具体含义代表的什么呢？
A:
否。RDG物理含义是什么在我博文里写明了
----------------------------------------------------
2017.05.10 16:34:27
Q:
老师，您好，请问 frontier molecular orbital compositions 是要做什么计算才能算出来，NBO吗？
谢谢老师您
A:
跟NBO毫无关系
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
----------------------------------------------------
2017.05.10 16:55:47
Q:
请问老师，高斯CCSDT计算输出文件中的NORM(A)值是什么？
[图片]在这篇文献中，比较了CoB12-和RhB12-的T1和NORM(A)值
A:
高斯不支持CCSDT
----------------------------------------------------
2017.05.10 17:29:48
Q:
请问VM虚拟机设置时，插槽数和核心数怎么设？我是单路8C16T
A:
1CPU 8核
----------------------------------------------------
2017.05.10 18:08:49
Q:
[图片]各位大侠，这种一半红一半绿的弱相互作用是什么意思啊？
A:
吸引和互斥同时存在
Q:
吸引和互斥同时存在是怎么产生的啊？
A:
挨得太近的地方显然会有交换互斥
而相对远一点的地方显然有色散吸引
Q:
能通过面积的大小和颜色的深浅来判断哪种作用占主导吗？
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.05.10 19:14:15
Q:
老师您好 multiwfn可以给出两原子间键临界点(BCP)处的具体的laplacian of electron density数值吗？谢谢老师。
A:
仔细看手册4.2节的例子
----------------------------------------------------
2017.05.10 19:45:19
Q:
需要提取pdb文件里的元素符号，是以第三列为准，还是最后一列为准？
A:
最后一列
Q:
感谢
A:
第三列是原子名，通常当程序找不到元素那一列的时候，会根据原子名来猜元素，但经常猜不准
----------------------------------------------------
2017.05.10 20:07:36
Q:
各位老师，在g09的结构优化中，如果想要冻结部分原子应该对输入文件做什么修改呢？我看g09的手册里面说的frozen core怎么感觉完全不是一回事
A:
冻结的原子后头写-1，不冻结的写0
冻核是对计算电子相关作用而言的，和冻结坐标完全是两码事
----------------------------------------------------
2017.05.10 20:28:04
Q:
老师，我在用Multiwfn 画UV-VIS 光谱时，在图像后半区域出现不完整现象，想问一下应该怎么调整？
[图片]
A:
把横坐标范围加大就完了
----------------------------------------------------
2017.05.10 20:30:08
Q:
老师，您好：我在绘制化学屏蔽表面(ICSS)时，每个输入文件计算5000个屏蔽张量总是出错，[图片]。我尝试把5000改为3000，错误还是一样，希望老师指点一下，是哪里做的不对了？谢谢老师@Sobereva
OA:
Multiwfn自动生成的别改就没问题
A:
+1
----------------------------------------------------
2017.05.10 20:47:51
Q:
老师，您好：我没有改动Multiwfn生成的文件，结果报错提示是这样的[图片]，多谢老师的指点。
A:
运行方式有问题之类，要按顺序运行，第一个运行完了就会产生.chk文件，里面肯定有波函数信息，第二个文件就会从中读取初猜来节约时间
Q:
老师，那我就只需要一个相同的,chk文件就可以了，接下来第二个...就直接读取初猜了。这样理解对吗？谢谢老师
A:
对
----------------------------------------------------
2017.05.10 20:49:20
Q:
各位老师，本人做DA反应，反应物其中一个是1,3-丁二烯，文献里基元反应中呈船式的，如图所示[图片]，但是当我计算Freq时，出现了一个虚频，[图片]，请问虚频存在合理吗？
OA:
看方向是不是成键
A:
本来顺式的就不是平面，由于有位阻，会错开一点
OA:
这哪叫“船式”
s-cis 有机没学好
Q:
小弟有机比较差，丢人了
A:
船式说的是环己烷
Q:
那是不是应该这么画？[图片]
A:
反式是1,3-丁二烯最稳定的构象
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2017.05.10 21:59:44
Q:
老师，请问不同过渡态的构型分布可以用那个波兹曼分布公式来计算吗
A:
不能
波尔兹曼分布要求体系达到了热力学平衡，而过渡态是一瞬间的事
Q:
哦，知道了老师
[图片]
老师麻烦看下这个过渡态预测他是怎么做的，我看到有波兹曼重量，跟咱们学过的那个波兹曼分布公式有关系没老师
sob老师，我在看了下他那个计算，也有吉布斯自由能及相对能量，他是不是就把过渡态当稳定态来计算了呢？
A:
也许
我说的过渡态不是稳态，不是说各个过渡态与反应物之间不是稳态，说的是，如果某个过渡态有多种构象，不同过渡态构象之间达不到稳态
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2017.05.10 22:06:55
Q:
请问multiwfn 中有没有哪个能比较好的表达一个分子中某个片段负电荷高，而另一个片段正电荷高？
OA:
静电势填色等值面图
A:
算原子电荷，加和成片段电荷
静电势填色等值面图也可以
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2017.05.10 22:12:34
Q:
[图片]老师，您手册里的h指的是什么呢？
A:
基函数角动量最高支持到h
Q:
嗯，是一个具体的值还是...可能我现在还理解不了
A:
举个例子，第二周期元素，你哪怕用到cc-pV5Z，产生的波函数都能支持
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2017.05.11 09:11:19
Q:
请问老师，对含过渡金属离子和硝基配位键的体系的振动分析和一般体系的振动分析有什么不同吗？
A:
并无不同
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2017.05.11 09:26:51
Q:
老师，请教个问题，一个带两个正电荷的分子和一个中性分子，我想看一下它的电荷分布情况，该用什么方法计算呢？我知道在优化分子结构时会输出mulliken电荷分布，但我要看的不是mulliken电荷？有没有其他方法可以计算电荷分布的？
A:
看群文件《原子电荷计算方法的对比》
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2017.05.11 09:49:27
Q:
请问高斯输出文件里能看到物质的内能嘛？
A:
能
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2017.05.11 10:35:19
Q:
请问各位老师，不同分子的运用不同的基组算出来的LUMO，HOMO结果可以互相比较吗？
A:
不能
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2017.05.11 10:58:27
Q:
[图片]老师们放入fchk文件后读到这个位置就吐核是什么原因啊？用了两个fchk文件尝试过了，都是同样的问题
OA:
我不清楚你是不是使用了直接覆盖原chk文件的方式，但是我建议还是写成%oldchk=a.chk %chk=b.chk 还有就是如果你写成geom=check的时候是不是写自选多重度了
A:
尝试官网上最新的windows 64bit版本
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2017.05.11 11:04:25
Q:
http://sobereva.com/346（优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw）帖子里边的template.gjf和下边贴的结果是对应的么，怎么我试了一下结果不一样？[图片]
A:
博文里的结果和那个输入文件不对应
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2017.05.11 16:09:19
Q:
[图片] 老师，G09.D01版本是否支持Lanl08(d)? 为何无法计算[图片]，是这里定义基组有问题么
[表情]
A:
不直接支持。看手册便知
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2017.05.11 16:12:07
Q:
请教个molpro计算时出现的问题，我在计算OHLi体系，分子构型改变时，分子轨道居然出现自动交换了，导致计算的势能曲线出现跳跃的问题，请问用什么指令或方法可以限制分子轨道自动交换啊？？
A:
如果是初猜的轨道占据方式发生了突然变化，读取之前结构的收敛的波函数作为初猜再试
----------------------------------------------------
2017.05.11 17:13:21
Q:
画出来的HOMO，LUMO需要保存吗？关掉gaussview后，下次打开还要重新生成吗
A:
没法保存。
用Multiwfn的话可以把轨道格点数据保存到cub文件里。或者即便每次重新绘制也速度非常快，对于大体系比gview快100倍以上，看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2017.05.11 17:24:48
Q:
请问大家，静电势图的褶皱怎么去除使图可以变好看点
[图片]
A:
这里末尾说了，改抗锯齿设置
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
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2017.05.11 17:39:41
Q:
[图片]老师请问安装的gaussian软件打开出现这个框的原因是什么，需要安装的时候注意些什么吗
A:
gview必须安装到高斯的目录下，否则没法识别并调用高斯
----------------------------------------------------
2017.05.11 19:02:39
A:
我不知道你看的什么教程，结构文件哪来的。以及“charmm生成的”具体何意，是charmm-GUI还是什么的
强烈建议直接用我开发的构建膜的程序，你给的pdb文件里原子是什么顺序，构建完了的膜里面原子就是什么顺序
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
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2017.05.11 19:09:49
Q:
[图片]问下大家，用Gaussian打开chk文件怎么是错误的
A:
输入文件有问题
如果你其它的都这么输入没问题，就是输入文件本身的问题
Q:
.xyz用什么能打开
.xyz文件用什么能打开
A:
能打开的多了，Multiwfn都能打开.xyz
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2017.05.11 19:46:28
Q:
Summing up positive value and multiply differential element:
1.470112037223855E-005
求问这个用multiwfn可以看到自旋密度吗？
我是用multiwfn做自旋密度图，但是没看到等值面图
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
载入的波函数文件必须确实是开壳层状态电子结构才行
Q:
另想问一下老师log文件在哪里看是否是开壳层呢？
A:
自旋多重度>1自然而然就是开壳层，不需要任何特殊设定
自旋多重度=1的开壳层是双自由基、反铁磁性耦合体系等，需要特殊关键词才能算，看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
多重度为1的我加了guess=mix算晚的。然后得到的输出文件去multiwfn测试的
A:
不代表你用了这个关键词，就能收敛到对称破缺波函数，而且体系实际是否有对称破缺态还是一回事
而且必须用U
Q:
对的，我是加了。那怎么确认是否是对的呢？
A:
stable检测一下
如果你指的“对”代表的是收敛到了实际基态波函数
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2017.05.11 20:06:10
Q:
Multiwfn
12
5
2
0
result.cub
[图片]
直接用Multiwfn计算的esp极值点和联用cubegen的结果，不一致
***是fortran给的位数少于数据位数了
A:
必定是没正确调用cubegen所致
诸如cubegen读的fch不是当前体系的
Q:
我再确认一下，肯能是我操作有误
过程：
1、
Multiwfn a.fchk
100
2
7
b.fchk
exit
2、
Multiwfn b.fchk
12
5
2
0
ctrl c，得到cubegenpt.txt
3、
cubegen 24 potential b.fchk result.cub -5 h < cubegenpt.txt
4、
Multiwfn b.fchk
12
5
2
0
result.cub
这次结果更不对了
[图片]
步骤有错吗
A:
干嘛把a.fchk转成b.fchk，直接把a.fchk给cubegen就完了
而且第二步，不要ctrl+C关了Multiwfn，你直接用cubegen算出来result.cub，拖入界面里就完了，省得再去做第4步
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2017.05.11 20:12:03
Q1:
我有个问题问老师，为何说第三版的Exploring Chemistry with Electronic Structure Method是垃圾呢？是不是因为操作性不强？我之前看过几十页与第二版有什么区别呢求解答
OA:
错误一堆、废话一堆
恶意在方法、基组选择上误导初学者
Q2:
PWPB95-D3/def2-QZVP请问这个基组可以在高斯上实现吗
Q1:
原来如此那真是太糟糕了
谢谢老师解答
OA:
明显缺乏实际计算常识，比如：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5532
Q3:
用来算单点能
OA:
硬推他们自己开发的垃圾泛函
Q1:
我之前确实看了这个QST3
OA:
这个基组可以在高斯上实现，这个泛函不能
A:
光是第一章我就写了一堆吐槽：
维他命D全是废话，看着都烦
计算中的重要经验技巧，如解决不收敛都没提。没有系统性讲讲关键词的使用。空话却很多。
11页对弥散函数的描述有误导性。哪仅限于sp的弥散。超极化率、偶极矩都不提。
通篇把6-311+G(2d,p)当标准基组，害人！
第12页的表格，明显可见，对于DFT，6-311G*优化和CBS没什么差异，而书中不提3-zeta的重要，却提加了弥散函数比6-31G*的改进。明显6-31+G*和6-311(d)对于当前问题后者更小，结果更好。
也不提CCSD(T)和DFT用的基组要注意差异
一开始就说道密度拟合基组，但这几乎用不着，也没说清楚，干嘛跟初学者提。
14页简直瞎出主意，直接B3LYP优化多好。而且根本不需要弥散函数，还不如把计算量剩下来用混合基组呢。本来算单点也不花多少时间，又是关键，用ONIOM适得其反。或者干脆告诉大家，可以把长链截短。而且表里也没个对比，比如APFD算整个体系当精确结果（或者去掉弥散便宜点，用TZVP这个档），却用ONIOM的当精确值。
23页居然用那么烂的计算级别，还用MP2。还用大基组算频率
55页居然讨论“原子自旋密度”
通篇都在用6-311+G(2d,p)，居然不知道mulliken电荷不兼容弥散函数
p158说g09支持W2，但根本不支持
讲双正交化，还不如用自旋密度容易理解呢。老提到NBO，却不说一下NBO是个啥。
算热力学数据都不提频率校正因子
书中优化总用HF/6-31G*，不知想什么呢，单点用APFD就罢了，优化用HF找审稿人骂呢
76页，居然用CCSD结合那么烂的基组，还算频率，匪夷所思
测试数据老是想往APFD上贴金，老说比更昂贵的MP2好，却不拿对于当前问题好的泛函比，比如M062X
83页的耗时测试很有误导性，线性体系标度低，实际那可能这样。算不同大小的团簇还有得说。
====第三章
各种用QST2、QST3，opt=TS却很少说，但实际上QST3根本没用，QST2也明显不如opt=TS好用。
opt=TS居然不用noeigen
103对虚频的处理方式根本不对。>=1虚频时只有约束到了高对称性时扭曲结构通常才有效。虚频>=1也未必是鞍点
102页找到的TS根本就连不通azirine
108页一大堆都不知道想表达什么。关键的，比如热力学量的关系没说，没用的倒说一堆。
113页的比较莫名其妙，什么也没说明，读者只会看了糊涂。直接拿双杂化算一下多好
117页坑爹。没找对过渡态，换初猜、calcfc啊
=====第四章
APFD/6-311 +G(2d ,p)用B3LYP/6-311+G(3df,2p)的校正因子却不做解释。热力学量至少也应该用ZPE校正因子。
145p，scale根本不影响输出的频率，居然说影响
p154，非要用APFD结合大基组，结果明显没B3LYP/6-31G*与实验相符更好。费力不讨好
p156都没说清楚绝热和垂直IP/EA的区别。
p169，对问题有点回避，对于C7，不考虑权重平均结果反倒好。而且考虑构象平均只考虑了C1。明显是个不成功的例子。这种体系用热力学组合方法多好。
p172 想不出丙酮有什么难优化的。增加积分格点纯粹扯淡。
p189，莫名其妙，明明众所周知B3LYP/6-31G*又快又特别理想，却不用
超极化率计算烂成一锅粥。符号不对。数据混乱，基组太烂
p194 用int=ultrafine纯属胡来，其实CPHF=grid=fine才是关键
p196 BD用6-31G*算单点，APFD用6-311+G(2d,p)优化，简直脑子进水了...
本来想写个系统性的第三版的大批判，但现在没兴致了，上面只是放出了一部分之前忍不住吐槽的
OA:
[图片]发个其中一部分的，让初学者确认这是渣书就行了
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2017.05.11 20:15:17
Q:
[图片]老师，我刚算了下，双氧水两个氧之间的BCP是大于0的 0.055
BCP的拉普拉斯值
A:
改isovalue，以及显示方式
要么你算的不对，要么你的双氧水计算级别不合适。反正b3lyp/6-31G**时BCP的拉普拉斯值是负的
[图片]
Q:
[图片]我是6-311+G**/B3LYP计算的
OA:
[图片]加个弥散H2O2都算这么慢
Q:
老师可不可以只将ELF的填色图引入文章中 [图片]这种相对来说ELF图比较模糊的的分子从图中怎么看成键信息丫
A:
什么叫模糊
如果描述不清楚是因为作图平面选择得不合理
该用等值面图说事就用等值面图
Q:
好的谢谢老师上面那个图选的xy平面 [图片]这个是同一个分子选的xz平面
OA:
[图片]确实6-31G(d)是负的，6-311+G(d,p)是正的
A:
别用笛卡尔平面啊，你要研究的平面又不可能正好在这个平面上
用三个原子定义作图平面
Q:
老师，那我该怎么设置
A:
你要研究哪个平面显然只有你自己清楚
我哪知道当前情况怎么设置
Q:
我再看看手册
谢谢sob老师
A:
选择绘图平面的那一步里直接就能看到用三个原子定义作图平面的选项
手册4.4节一堆例子
Q:
好的谢谢sob老师
A:
用CCSD/def2TZVP密度试了一下，BCP拉普拉斯值是微正的
----------------------------------------------------
2017.05.11 20:15:17
Q:
[图片]刚才用Multiwfn打开.xyz文件出现这种情况，是我的文件有问题吧
A:
.xyz文件里的原子名应当是元素名，否则没法正确识别元素
另外你的载入方式貌似也不对
Q:
老师，我是把xyz文件拖到Multiwfn里
A:
确保xyz里原子名都是元素名，肯定能正常载入
很不建议直接把文件拖到multiwfn图标上的行为，怎么合理载入看
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
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2017.05.11 20:16:09
Q:
这个泛函只能在orca中实现吗
A:
不能。但高斯可以用更好的泛函，看
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
这能有什么资料
[图片]
Q:
这个是审稿人推荐的泛函
A:
如果这个审稿人是中国人，8成是看过我这博文被安利的
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
答曰：你out了
Q:
对的，这个审稿人还给我推荐了老师您的文章
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml就是这个
可能真是
放我一马吧
他推荐我看的文章
以及给我的参考资料都是群里的
那我可以用DSD-PBEP86代替是吧
A:
我表示没接到物化学报的审稿
Q:
如果审稿人在的话一样能同意一下
A:
DSD-PBEP86-D3
----------------------------------------------------
2017.05.11 20:27:45
Q:
请问大家怎么搞懂主板线路连接啊
有没有图解双cpu主板的图
A:
直接看主板说明书
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2017.05.11 22:34:53
Q:
请教社长大人:我用multiwfn计算RDG，结果用vmd显示时发现等值面不是彩色而是灰色的，以前没遇到过，不知什么原因？
A:
换个带有别的显卡的机子
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2017.05.11 22:50:16
Q:
老师，您好，multwfn软件手册有没有中文的，英文看的有点困难
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2017.05.12 04:08:49
Q:
请问一下，投稿时候期刊要求把分子坐标从supporting information 移出去，单独用.xyz文件，这个该怎么生成呢？我看到现在有些文献里面的.xyz文件包含了所有的分子的坐标，求大神
A:
就把结构保存成.xyz格式，作为附件提供
把那个文件选成是属于补充材料的一部分
----------------------------------------------------
2017.05.12 05:06:10
Q:
我看到他一个文件里面包含了所有的结构
这用什么软件合并起来的？
A:
cat *.xyz > all.xyz
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2017.05.12 07:48:22
Q:
sob老师好，就是我在用multiwfn软件中的HOMA方法分析体系芳香性的时候，会出现报错退出，请问老师有什么解决方法吗？
[图片]
我分析报错的那个环大约是这样
A:
输入的命令不对
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2017.05.12 09:57:18
Q:
请教个问题，想做自然跃迁轨道（NTO）分析，是否是在读取td的结果文件后计算？已完成td计算，并将1-td.chk复制到1-NTO.chk中了，输入文件如下：
%chk=1-NTO.chk
%mem=5000MB
%NProcShared=8
# BHandHLYP/6-31g(d,p) guess=read td=(read,singlets) scrf=(solvent=tetrahydrofuran) pop=(saveNTO,NTO) density=(read,transition=1)
PS3sec_0m_a
0 1
格式是否正确呢？我交任务就出现Erroneous write. Write -1 instead of 311840.
fd = 4
错误
A:
甭用read，直接重算一遍再试
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2017.05.12 10:08:46
Q:
根据HF公式，貌似考虑长程是在电子与电子的相互作用项上引入点什么吗？
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2017.05.12 10:17:14
Q:
老师，NBO5或6从哪下载呀？
谢谢找到啦
老师，linux的.47文件如何产生呢，路径总是输不对。
[图片]
A:
linux版可能会在输出路径时候把所有小写都转化成大写，必须确保实际路径也是大写的。
另外，你可以把.fch文件载入到最新版Multiwfn里，用主功能100里的子功能2的相应选项转换出.47文件。
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2017.05.12 10:23:32
Q:
请问Sob老师的帖子在哪里可以下载？我在这里下了一个‘公社邮箱公告及内容索引(2017-Mar-3)’打开看到的是乱码
A:
sobereva.com。
乱码是你下载有问题或者查看工具有问题。我写的任何博文没有在那个索引里出现过。
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2017.05.12 10:31:03
Q:
请问一下老师，计算双自由基的单线态-三线态能级差是比较两者之间的吉布斯自由能还是比较自洽场计算得到的能量？
A:
看你计算垂直的还是绝热的能级差。只比较单个结构下的，用单点能来比。
----------------------------------------------------
2017.05.12 10:40:04
Q:
老师，我想问一下量化软件计算的旋光值的单位是什么啊。
高斯的。
A:
度
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2017.05.12 14:21:25
Q:
请问各位老师，提交一个任务，跑着跑着就自己C掉了，输出文件最后几行如下图[图片]输入文件为[图片]体系有点大，有1503个原子
请问是什么问题，谢谢
A:
用MOPAC2016。这样大小的体系高斯比MOPAC慢得多，即便用相同的半经验
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2017.05.12 15:08:51
Q:
[图片]请问老师，我选择这个方式得到RDG.cube后怎么让其在VMD显示出来呢
A:
把整个文章读完，用文中的脚本
或者直接拖进VMD，显示方式设isosurface
Q:
文中的脚本是不是mol addfile func2.cub 这句可以去掉
因为只得到了一个cube
A:
是
Q:
那我明白了谢谢老师
[图片]老师，打开后没有出现和Mutiwfn一样的图，也就是说没有那个小片片
A:
自己调整设定
----------------------------------------------------
2017.05.12 15:37:31
Q:
我参考orca手册8.1.6的两个水分子相互作用能的例子计算不同分子距离时的相互作用能，得到的图不是一般的势能曲线，在大概8埃的时候，就开始陡降了，而不是沿着之前的曲线逼近一个值，请教一下
OA:
计算级别？
Q:
小分子体系，两个双原子分子，大神们推荐什么方法和基组
A:
不是说的你这个问题
Q:
好吧
A:
注意群规
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2017.05.12 15:38:17
Q:
AM1和MNDO有什么联系吗？
A:
MNDO比AM1更早，AM1修正了MNDO很多不足
Q:
它们的hamilton用的是一样的吗？
A:
有所不同，又有所相似
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