计算化学公社

标题: 超线程好还是不好？ [打印本页]

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Author: youyno 时间: 2015-1-22 16:03
标题: 超线程好还是不好？
本组近期购得一台Xeon，16物理CPU，64GB物理内存，主频2.2GHz的服务器，按部就班的装上RHEL6.5系统和MS7.0，GAUSSIAN09 A02之后开始用，发现CPU个数变为了32个，好奇怪啊！难道是卖家发错货了？然后看配置说明书，确实只有16个，于是问boss，他说是虚拟出来的，然后我就想什么东西还可以虚拟CPU，最后发现是超线程（Hyper-Threading）技术的作用。百度百科http://baike.baidu.com/link?url= ... mfTt6nUsdLX3gxj5apK。中间有段话“英特尔表示，超线程技术让（P4）处理器增加5%的裸晶面积，就可以换来15%~30%的效能提升。但实际上，在某些程序或未对多线程编译的程序而言，超线程反而会降低效能。除此之外，超线程技术亦要操作系统的配合，普通支持多处理器技术的系统亦未必能充分发挥该技术。例如Windows 2000，英特尔并不鼓励使用者在此系统中利用超线程。原先不支持多核心的Windows XPHome Edition却支持超线程技术。”
所以我就很纠结到底是关掉他还是不关他！直观上感觉和本组的另外一台服务器（08年购）也没什么区别，但是也没有真正的做过测试。本组主要用高斯和MS，之前有看到@yjcmwgk做高斯并行效率的测试，但都是关闭了超线程纯粹用物理CPU跑，不知道用超线程的话效果怎么样物理的n核和超线程的2n核的效率对比怎么样？另外我用MS的Sorption模块做一些GCMC，但是该死的这个模块居然没有并行功能，所以每次交任务只能”裸交“，加上又是超线程，岂不是只用半个核，有谁做过MS的这种超线程测试的，告诉我关掉超线程之后能快多少？一直没有关掉它还有一个原因，实验室的资源太少，关掉之后就很容易CPU占满。看着32个核，偶尔意淫一下“好多核啊！”

作者
Author: 冰山 时间: 2015-1-22 16:42
测试没做过，vasp算的时候应该是关掉更快一些。
据说gaussian并行度很高，不知道需要关掉不。
所谓的超线程应该就是逻辑核，应该是做低浮点运算要求的任务快，而高浮点运算则反之。

作者
Author: truemantwo 时间: 2015-1-22 17:44
超线程这玩意，对楼主来说，就是一个鸡肋：食之无肉，弃之有味。

强烈建议楼主测试一下，找一个不太大的任务，1）用32个核心，记录所用的计算时间，假设是T1；2)用16个核心，记录计算时间T2。

我估计，T1和T2近似相等，或许T1>T2也说不定哦

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-22 20:31
关于超线程，在这个帖子比较全面地发表了我的观点
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =583&extra=page%3D1

简单来说，超线程是个有意义的技术，不要关它，但实际运行并行任务时，有多少物理核心（即你的16核）最多就分配多少核来运算。

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-1-23 00:02
你有这时间发帖问，自己试试不就好啦。。。

用NAMD的话，超线程是要快一些的

作者
Author: youyno 时间: 2015-1-23 09:04

fhh2626 发表于 2015-1-23 00:02
你有这时间发帖问，自己试试不就好啦。。。

用NAMD的话，超线程是要快一些的

有懒癌啊！

作者
Author: luwis 时间: 2015-7-22 00:01
谢谢大家的交流。看来还是用物理核数目吧。

作者
Author: shi891018 时间: 2017-2-7 13:18
原来超线程那么坑啊。。。

作者
Author: szp12345 时间: 2017-3-14 09:44
我们学校的集群服务器搭建的时候就把超线程关了，看来意义确实不大

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-3-14 13:13

冰山发表于 2015-1-22 16:42
测试没做过，vasp算的时候应该是关掉更快一些。
据说gaussian并行度很高，不知道需要关掉不。
所谓的超线 ...

据说？据谁说的？揍他
看这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=581

作者
Author: kinkeng 时间: 2017-4-16 17:45
超线程是解决计算量不大的多个任务的，实测的wall time是没区别的，橙色线。软件casino H原子。橙色线是wall time 灰色是每个线程的cpu time。
(, 下载次数 Times of downloads: 148)

作者
Author: tjchkj 时间: 2017-12-4 14:57
本帖最后由 tjchkj 于 2017-12-4 14:58 编辑

实测发现，在windows平台下，无论是win7还是win10，开超线程只有看在任务管理器中到更多的逻辑核心，很好看啊。同时用娱乐大师看cpu分数，巨高。我win7下，单纯看cpu跑分61万多，win10下跑分57万。但是做gaussian16 ,一定要关掉超线程，因为非l502等模块会非常慢。我只做windows下的gaussian16，对这个平台的组合使用已经深有体会了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-4 16:12
在此文中我做了全面测试以辟谣：
正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392
切勿盲目关闭HT。

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-12-5 12:57

sobereva 发表于 2017-12-4 16:12
在此文中我做了全面测试以辟谣：
正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392
...

+1 就算不喜欢超线程，提交任务的时候只用物理核心就行了，完全不明白把超线程关掉的意义。。。

作者
Author: qchem 时间: 2018-4-1 10:32
最近也是把机器的超线程全打开了

作者
Author: chengdi123000 时间: 2018-5-20 21:19
HT这东西好像对于compute intensive的没有啥用。超算很多都没开HT。

参考：http://www.nersc.gov/users/compu ... on/hyper-threading/

作者
Author: chengdi123000 时间: 2018-5-21 05:08

sobereva 发表于 2017-12-4 16:12
在此文中我做了全面测试以辟谣：
正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392
...

HT有助于并发concurrency, 但是对compute-intensive的并行parallel并不一定有优势。NERSC有一些程序对比，我看有的说的是CPI高的程序适合开用HT，但是很难分析CPI。

我觉得单机就开HT吧，东西多，cluster还真不一定要开。

NERSC的cluster edition开了，cori没开。我校的HPC没开。天河我记得没开，但登录节点开了可能为了concurrency。

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