计算化学公社

标题: 公社群聊Q&A整理:2017.05.12 15 ~ 2017.08.07 22 Concate [打印本页]

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liyuanhe211    时间: 2017-9-1 20:26
标题: 公社群聊Q&A整理:2017.05.12 15 ~ 2017.08.07 22 Concate



本帖由 @wangyj 整理

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  1. 2017.05.12 15:44:34
  2. Q:
  3.     老师,请问如果想看一个化学键的极性大小可以计算什么参数?

  4. A:
  5.     两个原子的原子电荷的差值
  6.     Multiwfn的bond polarity index (BPI)分析
  7.     用Multiwfn计算对应成键的ELF盆的偶极矩
  8.     NBO的dipole分析
  9.     以及multiwfn对体系偶极矩的分解,手册3.200.2节有介绍

  10. ----------------------------------------------------
  11. 2017.05.12 15:52:16
  12. Q:
  13.     请问各位前辈们,狄拉克锥的形成过程中,是不是有两种可能:
  14.     1.能带交叉
  15.     2.能带“接吻”?
  16.     谢谢!

  17. A:
  18.     自旋密度

  19. ----------------------------------------------------
  20. 2017.05.12 16:08:08
  21. Q:
  22.     "As we can see, the first excited state S1 is (nopi2*) state, which is 121.5 kcal/mol over the FC point."老师,请问这里的FC可能指什么啊,文献中没有给出

  23. A:
  24.     franck condon

  25. ----------------------------------------------------
  26. 2017.05.12 16:13:31
  27. Q:
  28.     老师,请问直接写nosymm和写scf=nosymm有什么区别呢?

  29. A:
  30.     scf=nosymm效果是nosymm效果的子集,具体看手册

  31. Q:
  32.     那么我如果想既不保持波函数的对称性,又不保持分子对称性,就应该直接写nosymm对吗?

  33. A:
  34.     和nosymm没有直接关系,关键在于你优化的时候初始结构有无对称性,具体的看
  35.     谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
  36.     http://sobereva.com/297

  37. Q:
  38.     好的,谢谢老师指点~~

  39. ----------------------------------------------------
  40. 2017.05.12 16:31:09
  41. Q:
  42.     [图片]老师您好,我想请问一下,
  43.     1. 这个在做退激发计算的过程中,所谓的“参考波函数”应该是哪个态呢?是退激发后的单重态还是退激发前的三重态呢?
  44.     2. 按照这种关键词写法的话,是不是默认基态结构是闭壳层单线态了呢?如果我想算(假如可以的话)一个双自由基基态的分子的三线态退激发过程有可能吗?谢谢老师啦~~
  45.     [图片]

  46. A:
  47.      参考态还是基态波函数

  48. ----------------------------------------------------
  49. 2017.05.12 16:31:09
  50. Q:
  51.     请教大家一个 Origin 作图的问题。如何绘制下图中红色的曲线。这些曲线不是等高线,只是统计上标记大约95%的数据点在红线区域内。
  52.     [图片]

  53. OA:
  54.     origin里不知道,Mathematica里记得可以把所有点用个高斯函数代替,中心是点的位置,这样就变成了一个连续函数,然后找某个面积最小的等高线使得95%的点在里面

  55. Q:
  56.     谢谢。不过没用过mathematica……

  57. A:
  58.     此文的ddtdp就是类似这样搞的,把散点转化成概率分布。用高斯函数展宽后会更连续一些
  59.     浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
  60.     http://sobereva.com/73

  61. ----------------------------------------------------
  62. 2017.05.12 16:40:49
  63. Q:
  64.     请问multiwfn可以直接绘制NICSzz—scan这样的图吗,像这样的[图片]

  65. A:
  66.       自己写个程序最方便,比如RSC Adv., 2015, 5, 78192–78208这篇就是这样做的。用ICSS模块也可以,但得恰当定义计算的格点,使得格点对应于一条线

  67. ----------------------------------------------------
  68. 2017.05.12 16:48:52
  69. Q:
  70.      老师,现在网上能找到windows64位的高斯吗?
  71.      用32位的高斯计算12个原子的分子能量,用ccsd/aug-cc-pvtz基组,会超过scratch文件夹的读写空间吗?

  72. A:
  73.      可能会
  74.      网上没有

  75. ----------------------------------------------------
  76. 2017.05.12 17:08:30
  77. Q:
  78.     [图片]
  79.     https://item.taobao.com/item.htm?spm=a230r.1.14.100.nj46sh&id=543336936111&ns=1&abbucket=17#detail
  80.     卢老师,看你以前帖子写过这个推荐
  81.     不知道现在还能买吗
  82.     有谁买过淘宝上的工作站说下经验
  83.     [图片]
  84.     这个是v3,能买吗
  85.     [图片]
  86.     这个推荐的是v4吧

  87. A:
  88.     v3

  89. ----------------------------------------------------
  90. 2017.05.12 17:15:44
  91. Q:
  92.     看上面的记录,还有人在用AM1?能发出文章吗?

  93. A:
  94.      用于QM/MM动力学目的还是可以发的

  95. Q:
  96.      QM/MM,大家不是更喜欢PM3?或者PM6?

  97. A:
  98.      能用PM6当然用PM6
  99.     PM3和AM1半斤八两

  100. ----------------------------------------------------
  101. 2017.05.12 17:15:44
  102. Q:
  103.     Sob老师,PM6算过渡金属团簇如何?如Ag

  104. A:
  105.     不行

  106. Q:
  107.     那算小分子在银团簇上的吸附问题,您推荐的计算级别是什么呢?要用纯泛函还是杂化泛函呢?

  108. A:
  109.     B3LYP-D3就可以

  110. Q:
  111.     过渡金属团簇也需要色散校正吗?

  112. A:
  113.     吸附啊
  114.     又不是为了单纯算团簇

  115. Q:
  116.     嗯,是化学吸附
  117.     比如氮氧化物
  118.     b3lyp,气体小分子基组用6-311G**,银用SDD,可以吗?如果要看气体分子的红外光谱,要用什么校正因子呢?用b3lyp/6-311G**的行吗?@Sobereva

  119. A:
  120.     可

  121. Q:
  122.     想看的振动牵涉到了银原子,如Ag—O键的振动,用b3lyp/6-311G**的也行吗?

  123. A:
  124.     干脆就甭乘了

  125. Q:
  126.     不乘差的多啊,差好几十波数呢,记得好像是纯泛函的校正因子更接近于1吧,那用纯泛函算行吗?如PBE,M06

  127. A:
  128.     M06哪是纯泛函
  129.     几十波数又如何,那只不过是系统性偏差

  130. ----------------------------------------------------
  131. 2017.05.12 18:24:35
  132. Q:
  133.     求教如何对密度泛函进行优选,导师让我搞的优化分子和晶体文件对比,完全不会

  134. A:
  135.     简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
  136.     http://sobereva.com/272

  137. ----------------------------------------------------
  138. 2017.05.12 18:46:06
  139. Q:
  140.     请教老师,我用gromacs做一个水中的alpha螺旋的ala8肽,前面nvt npt轨迹看螺旋结构没有松散,但是在md的做完的轨迹里,发现了一个问题:我在vmd里看直到第7000帧的时候小肽还是保持螺旋结构,但后面就开始变成线条状了,后面更长的时间里面也会出现螺旋和线条交替,这样的模拟是不是就是错的呢?谢谢老师

  141. A:
  142.      如果你用newcartoon绘制,你在哪一帧选择new cartoon,二级结构就会根据哪帧判断,不会中途发生变化。
  143.     如果你确实利用sscache等脚本对每帧重新判断了二级结构,那么变成线条状说明没判断出二级结构,此时结构偏离alpha螺旋较大。

  144. Q:
  145.     老师,确实如你所说的那样,结构确实偏离了螺旋,原本是就想做螺旋的2us的模拟,然后再做端端距的输出,但是整个过程中螺旋都没有办法保持了,后面端端距虽然能输出,但已经不是螺旋的,而是coil的了。我想问这种过程中无法保持螺旋结构是问题是应该通过调整初始结构还是md.mdp文件的设置,从而使得整个md过程中小肽一直保持螺旋结构呢?

  146. A:
  147.     力场的影响比初始结构重要得多
  148.     通常和mdp无关,除非设置明显不合理

  149. ----------------------------------------------------
  150. 2017.05.12 18:50:46
  151. Q:
  152.     请教老师们,在做水分子的aRDG图时,氢键强度变化造成了范德华力的isosurface变宽,这是说明了周围形成范德华力的分子数增加了吗?[图片]

  153. A:
  154.      和数目没直接关系。只能说是作用范围增大了,程度可能增强了

  155. ----------------------------------------------------
  156. 2017.05.12 20:05:17
  157. Q:
  158.     请问PBEDH-P在高斯09中如何表示?
  159.     [图片]这个MP2不知道怎么表示

  160. A:
  161.     参考此文,想办法自行通过写IOp来实现
  162.     Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
  163.     http://sobereva.com/344

  164. ----------------------------------------------------
  165. 2017.05.12 20:10:17
  166. Q:
  167.     Sob老师请教一个问题, CP2K计算输出的波函数文件,可以使用multiwfn软件进行分析吗?

  168. A:
  169.     不能

  170. ----------------------------------------------------
  171. 2017.05.12 20:34:32
  172. Q:
  173.     各位老师,我看了一篇文章他的bsse校正居然每个都有15kcal/mol左右,是算氢键捕集小的阴离子的。是不是太大了,有算错的可能么?我以前看到的bsse校正都在1kcal/mol左右。。。。。
  174.     那这种结果是不是不可信度很大?阴离子弱相互作用力不加弥散,而且用的b3lyp(不是D3)去计算,这个结果不太靠谱吧?
  175.     另,再问一下,如果用不加弥散的跑结构优化,用加了弥散的算单点能量可信么?

  176. A:
  177.     都加弥散就完了,优化尽量加,除非实在算不动

  178. ----------------------------------------------------
  179. 2017.05.12 21:02:03
  180. Q:
  181.     刚刚的文章里
  182.     http://sobereva.com/73
  183.     有个typo,应该是principal component analysis, 不是 principle

  184. A:
  185.      我改一下

  186. ----------------------------------------------------
  187. 2017.05.12 21:24:02
  188. Q:
  189.     请教:高斯如何输出原子的范德华半径?

  190. A:
  191.     跟高斯完全无关
  192.     简谈原子半径
  193.     http://sobereva.com/255

  194. ----------------------------------------------------
  195. 2017.05.12 22:05:09
  196. Q:
  197.     请问如何分析苯环结构化学键是介于单双键之间?如果从轨道分布的角度是不是只能用cas分析?

  198. A:
  199.      计算键级

  200. ----------------------------------------------------
  201. 2017.05.12 22:30:50
  202. Q:
  203.     请问Gview中怎么让部分原子显示球棍模型和部分原子是线型?

  204. A:
  205.     定义成ONIOM的不同层,设定不同层的显示方式

  206. ----------------------------------------------------
  207. 2017.05.13 19:36:33
  208. Q:
  209.     老师,请问高斯刚性扫描和柔性扫描有什么区别呢?

  210. A:
  211.      柔性扫描会对其它变量进行优化,相当于每一步都是限制性优化

  212. ----------------------------------------------------
  213. 2017.05.14 04:12:10
  214. Q:
  215.     请问群里有算跃迁偶极矩的经验吗

  216. A:
  217.      Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
  218.     http://sobereva.com/314
  219.     利用Multiwfn计算Gaussian输出的激发态之间的跃迁偶极矩
  220.     http://sobereva.com/227

  221. ----------------------------------------------------
  222. 2017.05.14 09:20:14
  223. Q:
  224.     请教老师如何高斯计算超精细耦合常数和电子自旋密度,对整体流程计算过程不是很了解,希望求解,谢谢各位老师

  225. A:
  226.      谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
  227.     http://sobereva.com/353

  228. ----------------------------------------------------
  229. 2017.05.14 09:22:30
  230. Q:
  231.     各位老师,请问电脑中了昨天说的那个病毒怎么办,有没有补救的办法

  232. OA:
  233.     开放端口只是攻击成功的必要条件之一,按时打过补丁就没事
  234.     没有已知有效的
  235.     你中招了?
  236.     你是我认识的第一个中招的...
  237.     我去年9月份中过招……没解,最后用数据恢复软件回复了一点点。
  238.     然后重新从源头下载了一些文件,还有大部分文件没有办法,还在我电脑里躺尸。[图片]
  239.     。。。我还在期待着哪一天出了解密软件,我再解了,然而已经过去大半年了。。。

  240. Q:
  241.     嗯中招了

  242. OA:
  243.     太吓人了,北京高校还没听说有谁中招,

  244. Q:
  245.     那就没有办法是吗

  246. OA:
  247.     辽宁 山东一些地区中招了
  248.     先去找找一些重要文件有没有曾经无意中备份过,比如给谁发的邮件啊,传的QQ文件啊,云盘啊,还有一些文件看看有没有办法可以重新下载到。
  249.     然后用数据恢复软件对电脑扫描试试,看看能不能恢复一点。
  250.     啊 太恐怖了,你是哪里的高校

  251. Q:
  252.     北大深研院
  253.     我们这里一大片中了

  254. OA:
  255.     杭州不是也说中招了吗。
  256.      通过邮件传染上的吗?
  257.     这次的不是,自动就感染了,不需要你点击网页接收文件什么的。
  258.     好像是……
  259.     我当时是被邮件感染的……

  260. Q:
  261.     没点邮件

  262. OA:
  263.     win7/10 是安全的么?
  264.     不用电脑会中招吗?

  265. Q:
  266.     我是win7,他们说win10是安全的

  267. OA:
  268.     我这收藏了个病毒样本网站。。。
  269.     有没有人想要测试
  270.     实验室的win7 正在操作关闭端口
  271.     我是win7啊
  272.     我们组清一色linux。。。
  273.     什么东西,比特币病毒吗
  274.     对
  275.     怎么操作啊,我也win7
  276.     linux 不会中毒么
  277.     好恐怖啊!求问怎么防止
  278.     百度来的 我也不太熟
  279.     linux不会
  280.     因为做linux病毒吃力不讨好。。
  281.     不用电脑应该没问题吧
  282.     mac都不多
  283.     断网
  284.     不连网一般就没事。
  285.     [图片]
  286.     问题是 在学校肯定连接校园网的
  287.     我是不是得马上断了网线
  288.     装个linux应应急
  289.     有那么紧张吗。。。
  290.     这免疫工具怎么是360的,我不太敢用360的产品……
  291.     在江苏 周围有一个感染的 学校今天也发了紧急的通知

  292. OA:
  293.     为嘛不敢
  294.     360挺好的啊
  295.     病毒啊,流氓啊啥的。
  296.     没必要黑360,虽然流氓,但技术不错
  297.     现在哪个软件不是流氓
  298.     不说这个了。
  299.     我觉得360本身就是个大病毒
  300.     连个Qq 都流氓了
  301.     而且现在最不流氓的就是360了,国产安全软件里

  302. OA:
  303.     这个话题容易挑起无谓的战争,不说了。
  304.     虽然我现在用火绒。。。
  305.     开源软件一般不流氓
  306.     火绒出第一版的时候就开始用。
  307.     好安静

  308. Q:
  309.     我也用的火绒啊,中招了

  310. OA:
  311.     火绒还年轻
  312.     备份很关键
  313.     我已给电脑断网
  314.     现在用的手机
  315.     备份重要文件就可以了
  316.     到底怎么感染的。。

  317. OA:
  318.     打完补丁不用慌
  319.     https://technet.microsoft.com/zh-cn/library/security/MS17-010?f=255&MSPPError=-2147217396
  320.     win7呢?
  321.     win7直接进系统更新去更新
  322.     win7赶紧要更新
  323.     中招的电脑可以重装系统吗
  324.     我的是xp不知是否安全
  325.     非要更新win10吗,好不习惯
  326.     好不喜欢
  327.     还好吧。
  328.     不错的
  329.     win7挺好的,我的办公电脑用的win7,开发和折腾用的win10.
  330.     微软是挺厉害的

  331.     微软黑科技挺多的
  332.     卡巴斯基都说,微软在安全方面的积累超过苹果至少十年
  333.     Win10强制更新不能忍,坚决不换→_→
  334.     我忘了从哪下载的Windows10,是改造的,不强制更新。。
  335.     我当时也没有更新
  336.     据说把网络链接设置为按流量计费就不自动更新了
  337.     因为win10自动更新而不用win10作为办公电脑的+1
  338.     好机智!
  339.     这个好像还真行。
  340.     ?不用这些设置啊,我当时没做什么事,他并没有让我强制更新啊
  341.     我也不太清楚,我下的这个Windows10咋样,应该是动过手脚,没自动更新过。。。
  342.     ……居然不从官网拖原版

  343. OA13:
  344.     http://www.ghost580.com/
  345.     ghost
  346.     好像是从这儿下载的
  347.     一定是做手脚的
  348.     嗯,因为安装好后直接是administrator
  349.     都没让设置用户
  350.     ghost方便
  351.     适合给别人装电脑,修电脑的都是这样弄。
  352.     就是安装好后自动给你安装几个软件,爱奇艺啥的。。。
  353.     删了就可以
  354.     嗯

  355. OA:
  356.     我们学校终于反应过来了,给所有学生和老师群发邮件了。果然是干啥都慢,不过中病毒也慢,还没人中毒……
  357.     把这个表情从weico里提取出来,然后发送图片的方式发到聊天区,再保存成表情就没有黑底儿了
  358.     weibo
  359.     不是,就是weico
  360.     这是啥
  361.     这个doge不是weibo里的那个
  362.     weico是一个第三方新浪微博客户端,简洁
  363.     嗯嗯
  364.     明白了
  365.      破解的系统不能更新啊。
  366.     linux系统不会被攻破吧?
  367.     打算先把数据备份到服务器上
  368.      Lee 破解的系统可以更新,进去更新就行了,大不了更新完又成未激活,然后重新激活一次。
  369.     如果不删掉会怎么样呢?
  370.      我上次更新系统后好多软件必须得重装
  371.     而且很多设置居然不能用了。害得我又装了一遍系统

  372. A:
  373.     根据我当年中类似病毒的经验,怕中毒的,可以把无用文件压缩成一个巨大的叫a.rar的压缩包放到硬盘根目录下,一旦发现根目录下这个文件开始出现被加密的文件,就立刻断网。病毒会先把这个搞定后再加密其它的,而搞定这个花费时间会很长。至于最新的这个病毒是否也这样不晓得。
  374.     是否正在被加密,一听硬盘有连续工作的声音就知道。
  375.     更简单来说,一旦听见硬盘无故地有连续读写的声音或硬盘灯狂闪,就建议马上断网,检查是否出现被加密的文件

  376. OA:
  377.     谢谢sob老师提醒,已转。
  378.     我去年中这个病毒中到一半,一两秒的时候被杀软杀掉了。
  379.     然后就发现所有的txt,Word,Excel,ppt全部被加密,几本pdf沦陷,其它文件没事。
  380.     似乎是按文件格式感染的。

  381. A:
  382.     音乐、视频文件也会被加密
  383.     压缩包也会

  384. OA:
  385.     您用的什么杀毒软件啊?
  386.     改成dll
  387.     改扩展名有用不

  388. A:
  389.     还有图片也会

  390. OA:
  391.     据说感染完成是加密所有格式的,我当时是感染到一半……
  392.     然后病毒当场被杀掉,剩下的就是尽可能恢复文件。
  393.     我的就是腾讯电脑管家。。。
  394.     没杀软。
  395.     腾讯电脑管家还有这本事呢
  396.     8个月前的病毒可能比较low,现在是高级进化版。
  397.     感觉好可怕……
  398.     我赶紧装一个腾讯管家
  399.     多买几块硬盘,多备份
  400.     我突然有个脑洞……这个病毒不会是硬盘商雇人做的吧

  401. A:
  402.     不会

  403. OA:
  404.     把445端口关掉好不好使?
  405.     按照这个想法,我觉得微软的可能性更大……
  406.     win7/10打完补丁应该没事了
  407.     什么病毒?
  408.     想起来,我们实验室的电脑还是XP
  409.     备份时修改后缀
  410.     看你们讨论的,太吓人了:
  411.     xxx.wodewenjian

  412. A:
  413.     最危险的病毒莫过于此
  414.     当年CIH和这个比都不算有什么危害

  415. OA:
  416.     貌似破解不了
  417.     cih硬件破坏啊

  418. A:
  419.     当年中过,很容易就恢复了,当年是用的瑞星还是KV300的特殊恢复工具忘了。反正数据不会被破坏。
  420.     而当前这个病毒,几乎是没有恢复可能的

  421. OA:
  422.     相比于硬件,数据更值钱
  423.     记得当时那个是作者写着玩的
  424.     360有个反勒索服务,不知道要不要收费

  425. A:
  426.     硬件有价,数据无价

  427. OA:
  428.     只能寄希望于国际刑警把制作人找出来
  429.     内附解决办法
  430.     大家可以看看这个帖子,中科院物理所的,值得信赖 http://mp.weixin.qq.com/s/SwAuAk6E0vnH8SNshiNROA

  431. A:
  432.     中过这个病毒的人才真正知道备份的重要,否则怎么强调往往也听不进去

  433. OA:
  434.     NSA的锅
  435.     全球通缉那个制作病毒的人
  436.     +10086
  437.     学校外网已断 估计是出手阻止了
  438.     我用的win10 自动就免疫了这个病毒
  439.     对我系统无压力
  440.     校外VPN会中招吗?
  441.     别高兴太早
  442.      win10不会中招?
  443.     微软三月份已经堵上了漏洞,不过多数人不会去更新,仍然中招
  444.     是的
  445.     我前天把系统更新到最新的版本了
  446.     win 7呢?
  447.     win10又不要钱,为什么不用呢
  448.     这个不知道啊

  449. A:
  450.     为谨慎起见,还是往百度网盘备份了一下

  451. ----------------------------------------------------
  452. 2017.05.14 09:48:03
  453. Q:
  454.     老师好,最近的培训班什么时候开呢

  455. A:
  456.      最近的一次是7月份的第三届基础量子化学培训班

  457. ----------------------------------------------------
  458. 2017.05.14 10:04:22
  459. Q:
  460.     [图片] 老师请问这里面蓝色的部分是不是就是亲核进攻容易的位点,可以这样理解吗?还是必须在做个f+的福井指数才能说明呢?

  461. A:
  462.      必须绘制f+

  463. ----------------------------------------------------
  464. 2017.05.14 11:22:22
  465. Q:
  466.     [图片]您好,找过渡态出现这种情况把最终结构做初猜继续就行吗

  467. A:
  468.      先看收敛趋势再说

  469. Q:
  470.     能量是一直降低的

  471. A:
  472.     那就取最后的

  473. ----------------------------------------------------
  474. 2017.05.14 11:27:10
  475. Q:
  476.     通过multiwfn,fukui也能不能像ALIE一样,把预测的反应位点用预极值点表示?
  477.     我的理解是可以的,先准备好三个已经做完差的cub文件,再用12 5读入,之后再2 2分析

  478. A:
  479.     可以实现,但步骤不是你说的这样。
  480.     确切来说是
  481.     1 先用定量分子表面分析功能,把表面极值点位置导出来
  482.     2 用主功能5,计算每个表面极值点位置的福井函数数值,存成文本文件
  483.     3 把这个文本文件里的数据导入到定量分子表面分析过程

  484. Q:
  485.     此时,multiwfn读入的文件是什么
  486.     我主要关心的是亲核反应,因为亲核ALIE做不了
  487.     我知道了,主功能5会要求文件和算符的

  488. A:
  489.     1 载入中性的fch
  490.     2 就是标准的计算f+的过程

  491. Q:
  492.     三中提到的导入,是功能几啊

  493. A:
  494.     [图片]

  495. ----------------------------------------------------
  496. 2017.05.14 11:29:00
  497. Q:
  498.     在绘制RDG散点图时,按照博文步骤顺利画出了p(r)和RDG图像,但是在往后画时,想画sign *p(r)和RDG图时,不会画了,求指导@Sobereva

  499. A:
  500.     没有sign *p(r)这种函数,那叫sign(lambda2)rho
  501.     仔细看博文,我在这里打字也不可能讲得比博文里更详细

  502. ----------------------------------------------------
  503. 2017.05.14 11:42:46
  504. Q:
  505.      老师,23号轨道正常显示,24号部分显示,25号开始不显示

  506. A:
  507.     [图片]
  508.     isovalue设小就显示了

  509. ----------------------------------------------------
  510. 2017.05.14 11:49:14
  511. Q:
  512.     sob老师,在win系统下运行gennbo 做nbo计算中,输出文件显示NBODIM: not enough core storage available,应该是系统内存不够用,请问如何调节内存?谢谢[表情]

  513. A:
  514.     可尝试将源码中PARAMETER(MEMORY = 10000000)改大

  515. Q:
  516.     sob老师,我用的是win系统下打包的.exe程序,这个怎么改啊?

  517. A:
  518.     没法改

  519. ----------------------------------------------------
  520. 2017.05.14 11:57:08
  521. Q:
  522.     非常感谢sob老师,我再请教一个问题,除了用nbo可以分析活性中心nbo轨道与反应底物轨道之间的电子转移外,还有什么更好的方法对这一过程进行分析啊?谢谢![表情]

  523. A:
  524.     看你具体分析什么

  525. Q:
  526.     sob老师,主要分析过渡金属活性中心与不同底物之间的相互作用,用来解释活化能累高低的原因。

  527. A:
  528.     CDA也可以讨论

  529. ----------------------------------------------------
  530. 2017.05.14 11:58:37
  531. Q:
  532.     高斯输入文件里的?s表示自由基?在计算的时候是咋处理的呢?

  533. A:
  534.     删掉

  535. ----------------------------------------------------
  536. 2017.05.14 12:00:41
  537. Q:
  538.      老师您好,请问用MS分子动力学跑完以后如何衡量两个分子之间已经吸附,所测的它们两个分子之间最近的原子之间的键长比它们两个的原子半径之和大三倍?还能证明它们俩之间吸附了吗

  539. A:
  540.     要说约等于范德华半径和还差不多,但也不能光看一瞬间,而得进行统计

  541. ----------------------------------------------------
  542. 2017.05.14 12:52:36
  543. Q:
  544.     请问各位老师,谁有Multiwfn这个软件,可以给我发下吗?

  545. A:
  546.     Multiwfn入门tips
  547.     http://sobereva.com/167

  548. ----------------------------------------------------
  549. 2017.05.14 13:15:37
  550. Q:
  551.     [图片]sober老师 请问一下 在非线性光学中的这个二能级模型 分母的[图片]在高斯中是如何进行计算的呢?@Sobereva

  552. A:
  553.     谈谈计算第一超极化率的双能级公式
  554.     http://sobereva.com/361

  555. ----------------------------------------------------
  556. 2017.05.14 14:22:27
  557. Q:
  558.     请问计算npa电荷时,出现Failed in SchOr1 in NBStor.错误,除了改小基组还能怎么解决?谢谢~我的输入文件关键词#  b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=acetonitrile) pop=(nbo,savenbo)

  559. OA:
  560.     不需要savenbo?

  561. Q:
  562.     这个有影响吗
  563.     好,我试试,谢谢

  564. A:
  565.      你不打算把NBO存到chk里就不要写savenbo

  566. ----------------------------------------------------
  567. 2017.05.14 16:05:48
  568. Q:
  569.     如图,请问多环芳烃分子的电子空间广度用什么理论和基组来算比较好?

  570. A:
  571.      一般的计算级别就够,没有什么特殊性

  572. ----------------------------------------------------
  573. 2017.05.14 16:21:13
  574. Q:
  575.     请问,优化一般金属团簇需要加什么关键词吗

  576. A:
  577.      opt

  578. ----------------------------------------------------
  579. 2017.05.14 17:09:02
  580. Q:
  581.     各位老师好,我用高斯做了两个小分子的opt+freq,一开始报错2070,L9999.exe,然后按照报错的原因程序走下去了,但是现在又出现了这个问题?没有显示error,我对于这最后一段话理解不是很清楚,这是让我增加积分精度的意思吗?
  582.     [图片]

  583. A:
  584.     那是程序在SCF后半段自动增加积分精度,没让你手动这么做
  585.     用#P,重算一遍

  586. ----------------------------------------------------
  587. 2017.05.14 17:26:30
  588. Q:
  589.     请问在给二卤取代的并五苯做ESP电荷分析的时候,为何Br显示正电性,F和Cl显示负电性
  590.     [图片]

  591. A:
  592.      计算双描述符、Hirshfeld电荷再看看

  593. Q:
  594.     Hirshfeld电荷用的Multiwfn自带的,
  595.     双描述符是指?

  596. OA:
  597.     手册里面都有的

  598. A:
  599.     手册里搜dual descriptor
  600.      计算其它原子电荷,诸如ADCH再做比较
  601.     至少当前反映出Br电负性比F和Cl明显更小的事实
  602.     更细节讨论可以计算Br上sigma电子和pi电子,考察是否因为其pi电子流失导致拟合静电势电荷数值为正
  603.     “ESP电荷”这是很不好的称呼,既没反应原子电荷获得过程的本质,也没说明白到底是哪种拟合静电势电荷

  604. ----------------------------------------------------
  605. 2017.05.14 17:58:17
  606. Q:
  607.     [图片]双描述符图象给出的定性是正确的,间位更负,更容易亲电
  608.     [图片]
  609.     由于公式的原因,condensed Fukui function and condensed dual descriptor的结果一定是完全一样的
  610.     又思考了一会,这两种方法就是一样一样的啊
  611.     两个cub也就像克隆版[图片]
  612.     所以,这次尝试用fukui在esp表面的极值点来预测pyrrol的反应位点,是失败的
  613.     好奇怪

  614. OA:
  615.     静电势表面不就是范德华表面

  616. Q:
  617.     其实,也不是表面,是靠近表面的点

  618. OA:
  619.     isovalue =0.001 au ?
  620.     为什么要使用ESP在范德华表面投影的极值点 再算fukui函数值呢?

  621. Q:
  622.     好奇

  623. OA:
  624.     然后fukui值越大,这个点越容易发生反应?

  625. Q:
  626.     他们之间还是有点正相关的

  627. OA:
  628.     为何不直接用fukui等值面判断呢……

  629. Q:
  630.     我的理解,他俩类似于动力学和热力学研究反应的方式,热力学优势并不一定就反应快

  631. OA:
  632.     我不理解为啥要取ESP在范德华表面投影的极值点
  633.     其它极值点不行么
  634.     虽然ESP也能分析反应位点……

  635. Q:
  636.     试试而已

  637. A:
  638.     福井函数、双描述符直接看等值面就完了,投影到电子密度等值面上多此一举还麻烦
  639.     静电势投影到范德华表面(rho=0.001.a.u.)是为了考察方便,虽然也可以看等值面,但是由于其函数分布特征原因,不便于这么考察。
  640.     不知道怎么搞得那么麻烦,光是看HOMO轨道分布,都能表明亲电进攻是在邻位
  641.     [图片]

  642. Q:
  643.     [图片]
  644.     步骤应该是这样的
  645.     但是,如果是这的,算亲自由基的时候,就没法乘0.5了
  646.     怎么处理?
  647.     [图片]
  648.     又算了缩减福井函数,却显示临位最容易亲电反应
  649.     矛盾了

  650. A:
  651.      自行除2就完了

  652. ----------------------------------------------------
  653. 2017.05.14 19:55:31
  654. Q:
  655.     各位老师,为什么我吧wfn的out文件拖进Multiwfn里,出不来计算结果呢?

  656. A:
  657.     “wfn的out”什么鬼
  658.     手册第四章有约100个例子,先照着做

  659. Q:
  660.     就是之前用wfn模板优化好的out文件

  661. A:
  662.     先说明你要算什么,本来out文件就没法提供波函数信息
  663.     只有极少数功能,诸如绘制光谱图、AdNDP分析等,才用得到.out文件
  664.     输入文件怎么选择看
  665.     Multiwfn入门tips
  666.     http://sobereva.com/167

  667. ----------------------------------------------------
  668. 2017.05.14 20:17:19
  669. Q:
  670.      老师请问如何更改设置信息,使得电子密度的拉普拉斯图不显示元素符号呢?

  671. A:
  672.     后处理菜单有选项,仔细一看就能找到

  673. ----------------------------------------------------
  674. 2017.05.14 20:23:36
  675. Q:
  676.     突然有个小问题,PACKMOl在建模的时候,能不能采用多核计算?慢慢发现每次packmol搭建模型时候都是单核,好慢。

  677. A:
  678.     老版本可以多核,目前的版本貌似把并行运算给去掉了

  679. Q:
  680.     哦哦,原来这样,谢谢老师

  681. ----------------------------------------------------
  682. 2017.05.14 20:23:36
  683. Q:
  684.     老师,我再请教一下,就是在有表活剂的模拟体系中,表活剂的位置是否在模拟过程中限制其位置?

  685. A:
  686.     看你具体研究什么,有无具体要求
  687.     比如研究自发形成比如囊泡、膜之类,那就不能乱做限制

  688. Q:
  689.     油+表活剂+水
  690.     界面体系

  691. A:
  692.     只有当你要求形成某个结构/排布,发现直接模拟会不稳定时,才有必要限制

  693. Q:
  694.     哦哦 懂了,谢谢老师
  695.     那LINCS约束,可以用于整个动力学体系吗?

  696. A:
  697.     意义不明。LINCS只能约束键和孤立的键角

  698. ----------------------------------------------------
  699. 2017.05.14 20:29:59
  700. Q:
  701.     用ts搜索过渡态,但是拉开的键长跑的很开,感觉震动趋势偏了很远,但是改变了几次拉开的距离之后,都是跑开的,这种时候有没有什么可以解决的方法?

  702. A:
  703.     拉的距离要合适,如果反应涉及断这个键,一般拉开30~40%比较合适
  704.     而且如果涉及到其它变量的变化,其它变量也应当尽可能调整到接近TS

  705. ----------------------------------------------------
  706. 2017.05.14 21:56:20
  707. Q:
  708.     请问7463722  integer words memory   这个单位是多少M?

  709. A:
  710.     *4/1024/1024

  711. Q:
  712.     为什么*4?

  713. OA:
  714.     因为integer

  715. A:
  716.     y

  717. Q:
  718.     我是8 integer的 是不是要×8
  719.     integer*8 version is running

  720. A:
  721.      是

  722. Q:
  723.     谢谢群主
  724.     为什么CFOUR的CCSD(t)也要这么多内存?

  725. A:
  726.     CCSD(T)哪有不耗内存的

  727. ----------------------------------------------------
  728. 2017.05.14 22:04:08
  729. Q:
  730.     请问下各位老师,液相里多肽多肽链的二级结构统计有什么好用的软件吗?我用了stride一直出错,单链就没事。。
  731.     多条多肽链

  732. A:
  733.     VMD自带的stride对这类体系完全没有问题
  734.     如果stride死活用不成功,改用dssp

  735. Q:
  736.     好奇怪,我在vmd里看的就没事,用stride统计就老出错,那我再研究研究
  737.     再请问下,stride的二级结构判定是否是以酰胺单元与附近的原子所成氢键作为判定依据,不论原子来自于水或者蛋白质?

  738. A:
  739.     显然必须是蛋白质的原子,水直接忽略了

  740. Q:
  741.     好的,谢谢老师!

  742. ----------------------------------------------------
  743. 2017.05.14 22:06:34
  744. Q:
  745.     老师你好,请问在低水平下找到的过渡态在高水平下进行优化和频率计算后的虚频太低,需要再重新寻找过渡态吗

  746. A:
  747.     走IRC验证合理性

  748. ----------------------------------------------------
  749. 2017.05.14 22:17:24
  750. Q:
  751.     丁二烯的振动光谱,怎么这么难,破坏了对称性还是计算不出来
  752.     谁能告诉我丁二烯的激发态的结构是咋样的?

  753. OA:
  754.     振动光谱和激发态有什么关系

  755. Q:
  756.     计算振动光谱要计算激发态啊
  757.     [图片]

  758. OA:
  759.     这是振动分辨的电子光谱,不是振动光谱。

  760. Q:
  761.     振动光谱时叫关键词  freq=anharm?
  762.     我的目的是要看丁二烯的精细结构

  763. OA:
  764.     不叫振动光谱。。
  765.     红外
  766.     叫振动光谱没错  比较专业的英文表述 vibronic spectroscopy
  767.     electronic spectroscopy+vibrationally resolved ~ vibronic
  768.     要是想找些中文的正经分析教材,里面把“振动光谱”指 vibronic 不指 IR 好像不太容易吧

  769. A:
  770.     应当叫电子振动光谱

  771. ----------------------------------------------------
  772. 2017.05.14 23:29:41
  773. Q:
  774.     [图片]还是想请问下老师这个问题。在用sobMECP搜索交叉点时,前面两步都顺利完成了,运行./runMECP.sh提示这错误,不知道从何下手解决这问题,请老师指点,谢谢。

  775. A:
  776.     检查高斯输入输出文件

  777. Q:
  778.     输出文件提示是正常结束呢

  779. A:
  780.     先把自带的例子做一遍,对照例子确认操作过程无误

  781. Q:
  782.     试过了,老师,跑自带的例子没问题

  783. A:
  784.     仔细对照
  785.     该有的数据都有,格式都正确,就不会出问题

  786. ----------------------------------------------------
  787. 2017.05.14 23:36:50
  788. Q:
  789.     请问老师有关于暑假培训班发票的说明吗

  790. A:
  791.     这有什么可说明的

  792. Q:
  793.     老师 我没说清 我是指开的发票是哪种类型 不知学校能不能报销

  794. A:
  795.     必然能报销
  796.     没有回去报不了销的学员,除非学员自己本来就不打算报销

  797. ----------------------------------------------------
  798. 2017.05.15 14:42:11
  799. Q:
  800.     老师,LBO键级是不是只能用您JPCA文献中提到的那方法和基组计算?

  801. A:
  802.     不低于6-31G*就行

  803. ----------------------------------------------------
  804. 2017.05.15 22:16:05
  805. Q:
  806.     [图片]这是amber里面的torsion 参数的描述。
  807.     不太明白里面的IDIVF 是干嘛的?直接给力常数就行了,为啥还要除以一个因子?
  808.     [图片]这是实际的参数形式,第一列是原子类型,第二列就是那个因子。第三列是力常数,第四列是平衡二面角,第五列是周期
  809.     因为公式不一样。。

  810. A:
  811.      Amber力场二面角参数的解释
  812.     http://sobereva.com/1

  813. ----------------------------------------------------
  814. 2017.05.15 23:42:20
  815. A:
  816.      本来就没有严格意义的“真实成键的电子书”
  817.     更何况本来盆积分的数值从原理上就没有必然性非得和形式上成键的电子数相同

  818. ----------------------------------------------------
  819. 2017.05.15 23:54:31
  820. A:
  821.     跟势垒没直接关系
  822.     并不是降低势垒,顶多是从拟合阿仑尼乌斯公式的参数的角度上,当成是降低了表观活化能

  823. ----------------------------------------------------
  824. 2017.05.16 10:50:05
  825. Q:
  826.      multiwfn 能得到交换积分么?

  827. A:
  828.      交换积分得不到,但是你可以自行从量化程序中提取
  829.     从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分
  830.     http://sobereva.com/343

  831. ----------------------------------------------------
  832. 2017.05.16 17:02:53
  833. Q:
  834.     老师,请问您有关于NBO介绍的帖子吗,算了NBO,不太会分析结果

  835. A:
  836.     NBO分析资料汇总 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102

  837. ----------------------------------------------------
  838. 2017.05.17 14:26:05
  839. Q:
  840.     请问用pop=nboread得到的.log文件,怎么查看每个原子的NPA电荷数值。我用gview打开查看不到

  841. A:
  842.      pop=NPA
  843.     找natural charge

  844. ----------------------------------------------------
  845. 2017.05.17 14:40:16
  846. Q:
  847.     Multiwfn 可以计算超精细耦合能级之间裂分能吗?即 hyperfine splitting energy  @Sobereva

  848. A:
  849.     Multiwfn可以得到原子核处自旋密度,可以折算出Fermi contact项对超精细耦合常数的贡献

  850. ----------------------------------------------------
  851. 2017.05.17 15:00:13
  852. Q:
  853.     做IRC时加关键词LQA后,与不加结果有差别,正常么
  854.     LQA后对应是底物,不加对应的是另外一个点东西

  855. A:
  856.      大步长时结果不排除有分歧的可能,减小步长上限再试。如果没有重校正步不收敛的错误,就没必要加LQA

  857. ----------------------------------------------------
  858. 2017.05.17 15:17:52
  859. Q:
  860.     [图片]请问PDOS图是否需要像这样标出2p 3p轨道还是直接标p
  861.     即是否需要标出数字呢?

  862. A:
  863.      能标出主量子数最好,但计算PDOS也得相应地算对应的

  864. Q:
  865.     好的,多谢卢老师

  866. ----------------------------------------------------
  867. 2017.05.17 16:17:14
  868. Q:
  869.     sob老师,在按照你的博文http://sobereva.com/196分析范德华表面穿透程度时,将pdb文件的两个水分子拆开分布用高斯优化,用Multiwfn得到的两套表面顶点在VMD中显示位置重合,请问是那一步出了问题?[图片]

  870. A:
  871.      干嘛分开优化,显然不能这样
  872.     直接优化二聚体,提取两个单体坐标,加上nosymm算单点就完了

  873. Q:
  874.      我直接优化了二聚体,得到的结构不对,是不是应该冻结所有原子?[图片]
  875.     对不起,不知怎么发出了空格

  876. A:
  877.     和冻结完全无关
  878.     你先确保优化出的二聚体结构和实际相符,然后直接提取坐标加nosymm,不可能最后画出来是这样

  879. ----------------------------------------------------
  880. 2017.05.17 16:22:02
  881. Q:
  882.     各位,请问有没有用高斯计算过加电场模型的?

  883. A:
  884.     field关键词

  885. ----------------------------------------------------
  886. 2017.05.17 16:22:45
  887. Q:
  888.     [图片]我想请问下老师我算黄昆因子时,S0的Fron-condon因子出现这种错误应该怎么解决呢?

  889. A:
  890.       当前结构如果有虚频,充分优化去掉虚频再试

  891. Q:
  892.     老师,我这个就是没有虚频
  893.     我是用S0的优化文件另存为的

  894. A:
  895.     看你当前输出文件里的振动分析的频率情况

  896. ----------------------------------------------------
  897. 2017.05.17 16:23:18
  898. Q:
  899.     sob老师,两个分子的激基复合物该如何优化?两个分子的距离可以随意摆放吗

  900. A:
  901.     别摆得太远就行,朝向尽量和预期的激基复合物一致

  902. ----------------------------------------------------
  903. 2017.05.17 16:33:29
  904. Q:
  905.     [图片]请问老师,用WFA算静电势的时候总是出现这个提示,路径正确,没有中文,怎么解决呢

  906. A:
  907.     甭用WFA,用Multiwfn
  908.     使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
  909.     http://sobereva.com/159
  910.     使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
  911.     http://sobereva.com/196
  912.     Multiwfn在分子表面分析上的功能比WFA全面得多得多、强大得多得多

  913. ----------------------------------------------------
  914. 2017.05.17 16:36:44
  915. Q:
  916.     gaussian在中国的代理商有几家呢?分别是哪里呢?

  917. A:
  918.     看高斯官网的代理商列表

  919. ----------------------------------------------------
  920. 2017.05.17 16:40:25
  921. Q:
  922.      老师,我只需要在优化好的分子基础上加强关键词filed就可以吗,是不是不需要再进行优化跟频率分析,只进行单点计算就可以呢?

  923. A:
  924.     看你目的,诸如考察电场下的结构变化自然要重新优化

  925. Q:
  926.     谢谢 老师,如果单纯考虑电场对分子磁性的影响,就只计算单点就行了吧?

  927. A:
  928.     恩
  929.     不过电场很强的时候,结构变化会比较明显,此时应该讨论重新优化后的自旋密度分布

  930. Q:
  931.     老师,那我怎么去定义这个电场的强度呢?
  932.     用多少比较合适

  933. A:
  934.     RTFM field关键词

  935. ----------------------------------------------------
  936. 2017.05.17 16:41:45
  937. Q:
  938.     请问各位老师,水的二聚体的晶体文件哪里能找到?
  939.     二聚体文件已找到,谢谢各位老师http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library/water/water.html

  940. A:
  941.      干嘛分开优化,显然不能这样
  942.     直接优化二聚体,提取两个单体坐标,加上nosymm算单点就完了
  943.      二聚体哪来的晶体文件,晶体文件只有冰的

  944. ----------------------------------------------------
  945. 2017.05.17 16:41:45
  946. Q:
  947.      老师下午好,我想请问一下,分子点群为c1,轨道之间的跃迁是允许的还是禁阻的该用什么判断呢?因为所有表示都是A,计算直积好像都是允许的,但实际上肯定有禁阻的跃迁

  948. A:
  949.     计算跃迁涉及到的轨道间的偶极矩积分,为0则必然只涉及这两个轨道的跃迁是禁阻的。用multiwfn载入诸如fch文件,输入
  950.     200
  951.     10
  952.     1
  953.     然后根据情况选择要算的对象,就可以得到相应轨道间的偶极矩积分

  954. Q:
  955.     谢谢老师,上次您告诉我可以用这种方法计算我已经知道了。只是我想知道用什么来解释点群c1的分子某些轨道间跃迁禁阻

  956. A:
  957.     就是这么解释啊!
  958.     不计算偶极矩积分,还怎么解释
  959.     如果细化到三维空间表述,就计算psi_i(r)*r*psi_j(r)的图像

  960. Q:
  961.     但是轨道不可约表示都是A,怎么看出哪些计算出来不为0,哪些为0呢?有些愚拙,请老师不要生气

  962. A:
  963.     现在都是C1点群了,轨道都是A,显然已经没法按照不可约表示来判断偶极矩积分是否为0了
  964.     所以必须直接计算偶极矩积分
  965.     群论只能对于有对称性的体系用来判断积分是否为0

  966. ----------------------------------------------------
  967. 2017.05.17 16:48:00
  968. A:
  969.     你先搞清楚跃迁偶极矩的定义,弄明白公式是什么样的
  970.     跃迁偶极矩为0即跃迁禁阻

  971. ----------------------------------------------------
  972. 2017.05.17 16:53:13
  973. Q:
  974.     谢谢 ,IRC,设置maxpoint是不是不一定越大越好?有可能找到错误的结构

  975. A:
  976.     否
  977.     没有“找到错误的结构”这种说法

  978. ----------------------------------------------------
  979. 2017.05.17 16:53:42
  980. Q:
  981.     [图片]
  982.     老师,这个错误怎么修改

  983. A:
  984.     opt=cartesian

  985. Q:
  986.     但是我加上这个关键词之后总出现另外一个错误
  987.     [图片]

  988. A:
  989.     上传输出文件

  990. Q:
  991.     好的
  992.     老师,麻烦您帮我看看

  993. A:
  994.     分明没在opt里写cartesian
  995.     #p opt(tight,gdiis) IOP(1/8=3) freq scf(maxcyc=200,qc) nosymm int(NoXC
  996.     Test) b3lyp/6-31+g
  997.     还竟是多余的关键词
  998.     常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
  999.     http://sobereva.com/331
  1000.     即便不报错结果算出来也毫无意义
  1001.     谈谈量子化学中基组的选择
  1002.     http://sobereva.com/336

  1003. Q:
  1004.     我之前加过opt=cartesian关键词,报错结果一样,所以我才去掉了再优化一次试试

  1005. A:
  1006.     不可能一样
  1007.     都不用内坐标了,哪可能有那种错误?
  1008.     这种问题司空见惯

  1009. ----------------------------------------------------
  1010. 2017.05.17 17:06:35
  1011. Q:
  1012.     [图片]老师,文献里这三种偶极矩是怎么得到的呢?
  1013.     中间两组是直接Gaussian优化得到的对么?

  1014. A:
  1015.       miu_SCF完全意义不明,体现出作者自己对基础理论掌握不透彻,居然不知道B3LYP计算本身也是SCF
  1016.     获得MP2偶极矩的时候在MP2下计算就完了,但必须带density关键词,否则给出的是HF偶极矩

  1017. Q:
  1018.     哦~这样啊~谢谢老师
  1019.     [图片]老师,我还有不明白的是,就是第四组的[图片]这个偶极矩怎么来的?

  1020. OA:
  1021.     就是LUMO能级
  1022.     用LUMO能级做电子亲和能的近似缺乏常识。

  1023. A:
  1024.     实际上作者这是在冤枉Koopmans

  1025. ----------------------------------------------------
  1026. 2017.05.17 17:54:57
  1027. Q:
  1028.      用mp2方法,进行NBO分析,得不到二阶微扰能, 怎么回事?

  1029. A:
  1030.      因为MP2下没有单粒子哈密顿

  1031. Q:
  1032.     MP2下没有单粒子哈密顿  
  1033.     那就是用MP2方法, 肯定无法得到二阶微扰能? 还是有其他曲线的办法?

  1034. A:
  1035.     没法得到
  1036.     只有单电子近似的方法才能得到E2
  1037.     本来E2就是基于单电子哈密顿在NBO轨道表象下的非对角元以及对角元得到的

  1038. ----------------------------------------------------
  1039. 2017.05.17 19:56:22
  1040. Q:
  1041.     gaussian怎么打印ecp参数?

  1042. A:
  1043.      gfinput

  1044. Q:
  1045.     当有2个原子的时候,gfinput就歇菜了。。。
  1046.     只打印了AO basis set

  1047. A:
  1048.     不会啊

  1049. Q:
  1050.     ecp的没有。。
  1051.     一个原子可以

  1052. A:
  1053.     [图片]

  1054. ----------------------------------------------------
  1055. 2017.05.17 20:01:55
  1056. Q:
  1057.     请问Multiwfn可以控制输出图片的分辨率吗

  1058. A:
  1059.     看Multiwfn手册2.8节

  1060. ----------------------------------------------------
  1061. 2017.05.17 20:24:30
  1062. Q:
  1063.     请问谁知道怎么算旋光吗?

  1064. A:
  1065.     高斯手册里搜optrot

  1066. ----------------------------------------------------
  1067. 2017.05.17 20:45:47
  1068. Q:
  1069.     [图片]
  1070.     老师您好,我画orbital interaction diagram时,出现这个错误,怎么解决呢?
  1071.     用multiwfn

  1072. A:
  1073.     复合物计算和片段计算用的基组不一致

  1074. Q:
  1075.     [图片]老师这是我用的命令

  1076. A:
  1077.     如果确信在输入文件里写的是一致的,所有计算都加上5d 7f关键词再试
  1078.     最后两个计算都没写gen啊
  1079.     默认用的是STO-3G

  1080. Q:
  1081.     fragment 2和3mei没有金属银,是不是也要用genecep?
  1082.     嗯嗯,原来是这样啊
  1083.     明白了,太好了,我再试试啊

  1084. A:
  1085.     density关键词此时完全多余

  1086. Q:
  1087.     嗯嗯
  1088.     geom=cpnnectivity有用吗

  1089. A:
  1090.     没用

  1091. ----------------------------------------------------
  1092. 2017.05.17 20:53:44
  1093. Q:
  1094.     老师,咱暑期班啥时候开始报名呢?
  1095.     等不及了

  1096. A:
  1097.     6月
  1098.     估计六月中旬

  1099. Q:
  1100.     越快越好
  1101.     老师,我做荧光材料的,最近文献里很多计算双光子吸收截面的,咱的课程里讲吗

  1102. A:
  1103.     不讲

  1104. ----------------------------------------------------
  1105. 2017.05.17 20:55:19
  1106. Q:
  1107.    
  1108.     [图片]请教一下老师们,为什么第一峰这么高呢?
  1109.     体系有256个水分子4对nacl。用的amber力场来模拟。是不是amber力场里面的离子参数还要进行修改呢?还是mdp文件哪里写错了?

  1110. A:
  1111.     不用修改

  1112. Q:
  1113.     老师,那为什么峰值这么高。和文献上对不到啊

  1114. A:
  1115.     观察轨迹,是否出现Cl长期距离Na很近的情况
  1116.     以前用Amber力场跑过浓度较高的NaCl溶液,由于力场的离子参数可能不理想,导致结晶了,此时就会导致rdf峰很尖

  1117. Q:
  1118.     哦,在添加离子的时候 就添加了0.9mol/L
  1119.     系统自己就添加了4对nacl

  1120. A:
  1121.     观察轨迹来分析,rdf总归会与你看到的轨迹相对应的

  1122. Q:
  1123.     学到了很多
  1124.     如果出现老师说的现象,需要怎么处理? 改变离子数量?还是要做退火处理?

  1125. A:
  1126.     换个力场
  1127.     如果你的目的就是为了研究水中的离子,KBFF力场是很好的选择

  1128. Q:
  1129.      哦,老师,能不能增加模拟时间呢?

  1130. A:
  1131.     增加也没用,本身amber力场的离子参数就有点问题
  1132.     模拟氯化钠水溶液,浓度稍微高一点就容易结晶

  1133. Q:
  1134.     哦,那好的,谢谢老师,我再试一试。另外老师,还想请教您一下。就是在做离子在第一水化壳层的滞留时间的计算时,根据网上一个脚本算出来,模拟值有点偏大。个人对写脚本不会,有点看不懂,老师能不能帮帮看看?.

  1135. A:
  1136.     现在实在没时间

  1137. Q:
  1138.     那好吧。谢谢卢老师。我在钻研一下
  1139.     谁有KBFF力场文件啊,网上下不了
  1140.     老师你来了啊。哈哈。卢老师我今天试了几个力场,结果还是峰值还是很高。也照着文献里面用的gromos力场。结果还是峰值很高。NaCl溶液。

  1141. A:
  1142.     KBFF力场这里有,直接就能用
  1143.     http://kbff.chem.k-state.edu/

  1144. Q:
  1145.     打不开
  1146.     我上午找了

  1147. A:
  1148.     力场文件上传了
  1149.     KBFF的结果不会有什么问题,Surface Adsorption of a Solution at Equilibrium这篇里我就用的这个力场算的不同盐浓度,都正常

  1150. Q:
  1151.     好
  1152.     老师,这个是不是要忽略掉?

  1153. A:
  1154.     可以忽略

  1155. Q:
  1156.     哦,卢老师,模拟小体系的离子溶液里面(256水分子),nvt可不可以省略

  1157. A:
  1158.     直接NPT就完了,用不着NVT

  1159. ----------------------------------------------------
  1160. 2017.05.17 20:56:04
  1161. Q:
  1162.     老师,GROMACS高端班什么时候开呢?

  1163. A:
  1164.     没有“GROMACS高端班”
  1165.     分子动力学高级班预计后年
  1166.     量化高级班有可能会提及,但目前还不好说,毕竟是很小众的topic

  1167. Q:
  1168.     哦,后年就毕业啦
  1169.     明年能不能开啊。很期待啊

  1170. A:
  1171.     科音的培训班永远是质量第一,不会为了力求尽早开班而牺牲质量,而是会为了质量而牺牲开班时间
  1172.     不做到我能认为几乎完美的程度是不会开班的

  1173. ----------------------------------------------------
  1174. 2017.05.17 21:02:07
  1175. Q:
  1176.     D3修正的B3LYP方法在高斯的输入文件中如何表达呢

  1177. A:
  1178.     DFT-D色散校正的使用
  1179.     http://sobereva.com/210

  1180. ----------------------------------------------------
  1181. 2017.05.17 21:13:32
  1182. Q:
  1183.     老师您好,我计算一个有机分子在真空下的HOMO和LUMO,用opt b3lyp/tzvp int=grid=ultrafine scf=xqc关键字可以吗?那如果是带一个正电或负电的也适用吗?

  1184. A:
  1185.     int=grid=ultrafine scf=xqc是多余的,除非碰到特殊情况
  1186.     中性、正电用这个都可以
  1187.     带负电应当加弥散

  1188. Q:
  1189.     精读准吗
  1190.     那如果是有机溶剂中呢,该怎么设关键字?

  1191. A:
  1192.     准
  1193.     加scrf关键词
  1194.     谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
  1195.     http://sobereva.com/327

  1196. Q:
  1197.     像四乙二醇二甲醚这种溶剂中,计算一个只含C、H、O、可能也含(N、P、S、Cl)中一种或几种,基组选b3lyp/tzvp也可以吗?

  1198. A:
  1199.     可

  1200. Q:
  1201.     请问老师,关键字 opt b3lyp/tzvp nosymm scrf=(smd,solvent=generic,read),文件末尾空一行,再写eps=11.6,这种模式可以吗

  1202. A:
  1203.     甭写solvent=generic
  1204.     无特殊必要不要写nosymm

  1205. Q:
  1206.     opt b3lyp/tzvp scrf=(smd,read)这样就可以了吗

  1207. A:
  1208.     y

  1209. ----------------------------------------------------
  1210. 2017.05.17 21:33:20
  1211. Q:
  1212.     老师,请问一下,rotational constants (GHz)怎么计算的啊

  1213. A:
  1214.     [图片]

  1215. ----------------------------------------------------
  1216. 2017.05.17 21:40:51
  1217. Q:
  1218.     想问一下,优化一个带有电荷的分子,在关键字中需要加什么?
  1219.     是把结构画成带有电荷的,然后命令和中性没区别?
  1220.     还有就是想知道分子的重组能,应该进行哪些操作?

  1221. A:
  1222.     使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
  1223.     http://sobereva.com/330
  1224.     无区别

  1225. ----------------------------------------------------
  1226. 2017.05.17 21:49:17
  1227. Q:
  1228.     请问高斯找过渡态的时候必须加calcfc计算一次力常数吗?我优化稳态的时候发现加了calcfc慢了超级多,分子比较大

  1229. OA:
  1230.     不一定

  1231. A:
  1232.     有其它做法可以不用提供精确的初始的Hessian,但找过渡态成功几率会大为下降,或者用着麻烦(QST2/3)

  1233. Q:
  1234.     好的,明白了
  1235.     谢谢
  1236.     我已经找到过渡态了,只是加了一个大的底物
  1237.     其它做法是指 能用低level保存的精确hessian,然后高级别优化读取它吗?

  1238. A:
  1239.     不止如此

  1240. ----------------------------------------------------
  1241. 2017.05.17 21:52:42
  1242. Q:
  1243.     [图片]
  1244.     这个一来就报错是什么缘故

  1245. A:
  1246.     甭用counterpoise

  1247. ----------------------------------------------------
  1248. 2017.05.17 21:57:16
  1249. Q:
  1250.     老师,请问我如果做NBO分析的话是用关键词pop=(nbo,savenbo)?如果我只是求opa电荷数值,只需要pop=npa?

  1251. A:
  1252.     甭写savenbo
  1253.     只算NPA电荷写pop=NPA就够了

  1254. ----------------------------------------------------
  1255. 2017.05.17 21:57:38
  1256. Q:
  1257.     老师您好,溶剂中有机分子带负电加弥散 b3lyp/tzvp++(d,p),这样加吗?

  1258. A:
  1259.     显然不是
  1260.     给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
  1261.     http://sobereva.com/340
  1262.     博文说的是给def2系列加,但给def系列加也可以用类似方法

  1263. ----------------------------------------------------
  1264. 2017.05.17 22:03:11
  1265. Q:
  1266.     B3LYP/6-31+G(d) 可以保证精度吗

  1267. OA:
  1268.     我们做计算溶剂化效应单点能采用的是6-311+G**

  1269. A:
  1270.     仔细看
  1271.     谈谈量子化学中基组的选择
  1272.     http://sobereva.com/336
  1273.    
  1274.     对于结合SMD算溶解自由能,应当用M052X结合6-31G*
  1275.     用更大的基组结果精度不增反降

  1276. ----------------------------------------------------
  1277. 2017.05.17 22:09:31
  1278. Q:
  1279.     用oniom方法计算催化反应机理考虑溶剂效应的文章,适合投哪些杂志呢?谢谢

  1280. A:
  1281.     根据文章水平选择
  1282.     适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子(2016年公布)
  1283.     http://sobereva.com/33

  1284. ----------------------------------------------------
  1285. 2017.05.17 22:28:20
  1286. Q:
  1287.     [图片] 老师,这是我算旋光的关键词,一算就出错了,是关键词哪里错了吗?请你帮我看看!

  1288. A:
  1289.      这根本就不是计算旋光度的关键词

  1290. ----------------------------------------------------
  1291. 2017.05.17 22:46:05
  1292. Q:
  1293.     老师,我想问一下,我优化构型的时候,总是不收敛,小数点后三四位振荡,加了nolinear也不行,应该如何处理比较好
  1294.     总是9999的报错,好几个都这样
  1295.     用6-311++G(3df,3pd)的时候出一两次9999的错,处理之后就可以正常结束了,可是用aug-cc-pVDZ就不行了
  1296.      我这个问题是不是应该换aug-cc-pVTZ试试啊,老师

  1297. OA:
  1298.     优化用这些基组不是好的选择
  1299.     看Sob选择基组的博文

  1300. Q:
  1301.     好的,谢谢老师
  1302.     可是老师,还是想问一下我那个问题有没有什么解决方法,老师您有什么建议吗

  1303. A:
  1304.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
  1305.     http://sobereva.com/164
  1306.     跟基组没有任何直接关系

  1307. ----------------------------------------------------
  1308. 2017.05.17 23:56:38
  1309. Q:
  1310.     [图片]
  1311.     老师,请问这里的转动惯量指的是什么,谢谢

  1312. A:
  1313.     google

  1314. ----------------------------------------------------
  1315. 2017.05.17 23:57:59
  1316. Q:
  1317.     请问有哪位同学有DMPU的介电常数吗?我查了溶剂手册和兰氏化学手册都没找到。
  1318.     高斯溶剂列表中没有的HMPA(介电常数29.6)用DMF(介电常数37.2)代替可以吗

  1319. A:
  1320.     不可
  1321.     自定义溶剂就完了

  1322. ----------------------------------------------------
  1323. 2017.05.18 00:27:57
  1324. Q:
  1325.     谢谢老师。自定义溶剂怎么输入关键词?

  1326. A:
  1327.     谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
  1328.     http://sobereva.com/327

  1329. ----------------------------------------------------
  1330. 2017.05.18 00:32:00
  1331. Q:
  1332.      Multiwfn可以分析分子间作用中库仑力和色散力等  各占的比例么?

  1333. A:
  1334.     Multiwfn结合高斯可以做简单的能量分解,看手册4.100.8节的例子。

  1335. ----------------------------------------------------
  1336. 2017.05.18 02:19:12
  1337. Q:
  1338.     请问我仿照这个教程http://sobereva.com/68做出来的VMD为什么没有颜色区别呢。[图片]教程上是有颜色区别的,我做出来都是灰的[图片]谢谢啦

  1339. A:
  1340.     换个别的显卡的机子

  1341. Q:
  1342.     我换了2个电脑了,还是不知道怎么回事,是不是因为我在国外的原因,之前的时候找国内朋友帮忙画都可以
  1343.     那我还是再等白天的时候找国内的朋友帮忙吧,谢谢sob老师

  1344. A:
  1345.     跟国内外无关
  1346.     GPU以及驱动兼容性的原因
  1347.     用n卡或者A卡,用最新驱动和最新的VMD,一般不会有问题的

  1348. ----------------------------------------------------
  1349. 2017.05.18 10:53:04
  1350. OA:
  1351.     突然看到群成员竟然只有1305了
  1352.     少了不少啊
  1353.     那是在线人数
  1354.     开什么玩笑,在线的都有那么多人了
  1355.     一号群永远是满的。。挤都挤不进来
  1356.     我们这帮幸运儿

  1357. A:
  1358.     2群也快满了。近几个月内一群和二群都会进行一次大清理,都踢出约200人

  1359. OA:
  1360.     要清理了吗
  1361.     不要踢我,每天都在关注,我需要这个群
  1362.     我一直都在线哦
  1363.     我们一天都关注着了

  1364. A:
  1365.     优先踢经常违反群规的

  1366. OA:
  1367.     不要踢我,我一直默默的关注
  1368.     Sob老师的影响力越来越大
  1369.     我也每天都在关注学习

  1370. A:
  1371.     树大招风

  1372. ----------------------------------------------------
  1373. 2017.05.18 10:58:55
  1374. Q:
  1375.     计算晶体中分子间的库仑能,使用了Chelpg拟合的ESP电荷,以及ADCH电荷,但计算出来的库仑能为正值(完全不合理,正值说明排斥),这个这样解释?
  1376.    
  1377.     都是直接提取晶体中的分子进行电荷计算的

  1378. A:
  1379.      原子电荷要用单体的来算
  1380.     如果就是用的单体的原子电荷,而且确信计算库仑作用能的公式无误,有可能说明此体系靠原子电荷不足以合理表现静电作用,需要考虑诸如原子多极矩

  1381. ----------------------------------------------------
  1382. 2017.05.18 11:02:15
  1383. Q:
  1384.      请问氧化石墨烯在gromacs中的力场如何处理?目前通不过

  1385. A:
  1386.     没有专用力场。恰当使用x2top就完了

  1387. ----------------------------------------------------
  1388. 2017.05.18 11:08:35
  1389. Q:
  1390.      老师,如果一个分子本身是二重态,怎么算它的光谱图?如紫外光谱

  1391. A:
  1392.     照常计算照常绘制

  1393. ----------------------------------------------------
  1394. 2017.05.18 11:09:44
  1395. Q:
  1396.     老师,高斯能代替hyperchem吗?

  1397. A:
  1398.     显然能
  1399.     hyperchem给本科生用的

  1400. ----------------------------------------------------
  1401. 2017.05.18 11:11:46
  1402. Q:
  1403.     [图片]计算分子间距离,用半经验可以吗?我觉得体系太大,DFT可能算不动

  1404. A:
  1405.     可

  1406. ----------------------------------------------------
  1407. 2017.05.18 11:26:05
  1408. Q:
  1409.     各位大神,我在用gromacs做限制性动力学时,走了没几步就出现了如下情况,[图片]是pr.mdp里的那个参数不对?求帮助

  1410. A:
  1411.     [图片]

  1412. ----------------------------------------------------
  1413. 2017.05.18 11:33:35
  1414. Q:
  1415.     各位老师好!能不能打扰一下:电子密度Hessian矩阵的第一大的本征值的大小和符号有没有物理意义?

  1416. A:
  1417.     看点AIM基础知识就懂了
  1418.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362

  1419. ----------------------------------------------------
  1420. 2017.05.18 11:35:30
  1421. Q:
  1422.     各位老师,VMD中直接测量氢和氧的距离吗?需要计算相互穿透距离[图片]

  1423. A:
  1424.     点那两个原子就完了,一定要点准中心

  1425. Q:
  1426.     大博士,我就是手比较残。。想按照您博文里的方法,定量分子表面分析后选10得到原子的非键原子半径,再相加减去实际距离来得到相互穿透距离。我想问在VMD里面能直接得到氢和氧的原子实际距离吗?

  1427. A:
  1428.     能啊,就是点那两个原子
  1429.     点完了就标记出了距离了
  1430.     当然,首先得按2进入距离标记模式
  1431.     PS:如果这两个水分子不是在同一个结构文件里的,你得先把他们拷到同一个结构文件里。VMD不能对两个不同的system之间测量距离

  1432. Q:
  1433.     谢谢大博士指导,已测到1.92A

  1434. ----------------------------------------------------
  1435. 2017.05.18 11:35:55
  1436.     如果在文章中涉及到大博士博文里的相互穿透距离计算,除了大博士的Multiwfn和VMD,还应该引其他文章吗,我在google scholar里搜索mutual penetration distance,没有找到很类似的文献

  1437. A:
  1438.     可以引Bader的Atoms in Molecules-A Quantum Theory那本书,里面有这种分析

  1439. ----------------------------------------------------
  1440. 2017.05.18 11:35:55
  1441. Q:
  1442.     [图片]  老师  我算的电子光谱  振子强度为0正常吗

  1443. A:
  1444.     正常

  1445. ----------------------------------------------------
  1446. 2017.05.18 11:35:55
  1447. Q:
  1448.     老师,镁光和现代的DDR4 ECC 16GB的内存比三星的有很大差别吗

  1449. A:
  1450.     没什么差别

  1451. ----------------------------------------------------
  1452. 2017.05.18 11:43:07
  1453. A:
  1454.     花了一夜把积分RDG等值面内空间的功能搞完美了
  1455.     之后RDG分析弱相互作用可以进一步定量讨论了
  1456.     [图片]
  1457.     [图片]
  1458.     而且任何实空间函数都能在任何实空间函数定义的等值面内积分了
  1459.     前两天还给AdNDP模块增加了输出AdNDP轨道能量的功能

  1460. OA:
  1461.     辛苦
  1462.     最新版本什么时候可以下载

  1463. A:
  1464.     过几天,把手册也写好然后更新到主页上
  1465.     最近还令Multiwfn直接支持了GAMESS-US输出文件
  1466.     还增加了转换出.47文件的功能

  1467. OA:
  1468.     .47文件是蛤?

  1469. A:
  1470.     还把pipek-mezey轨道定域化功能支持了
  1471.     GENNBO的输入文件

  1472. OA:
  1473.     嗯嗯

  1474. OA:
  1475.     积分RDG等值面内空间 这个量如何 定量讨论,会有tutorial吗

  1476. A:
  1477.     之后会写个帖子
  1478.     DORI原文已经用这种方法讨论了,不过是积分DORI等值面内区域
  1479.     RDG的作者也写过一篇文章讨论积分等值面内区域的做法,不过普适性很有限
  1480.     另外,姑且还是让Multiwfn又支持了ORCA 4.0 windows版产生的.wfn文件(linux版产生的之前版本也能兼容),如果之后ORCA再不老实,又改格式,就再也不支持了
  1481.     离3.4正式版发布不远了

  1482. ----------------------------------------------------
  1483. 2017.05.18 11:49:49
  1484. Q:
  1485.     老师您好!我是本科生,毕业设计做的是三氯化铝催化的体系,但是用m06(6-311g*)或者是b3lyp优化结构后,结构总是跑飞,振动方式也不对,请问是基组选择错误吗?

  1486. A:
  1487.     M06/6-311G*算这种体系,计算级别并无问题,应当是其它关键词不合理或者初始结构问题等

  1488. ----------------------------------------------------
  1489. 2017.05.18 15:27:51
  1490. Q:
  1491.     sob老师,我在做电子密度显示的时候,Multiwfn给出的显示是这样的,我怎么能把纵坐标变成负值,让它显示出来 啊?
  1492.     [图片]

  1493. A:
  1494.      什么叫负值?弄成负值有何意义?用任意三个点定义作图平面的时候,横纵坐标只是用来标注刻度的,和绝对位置毫无联系

  1495. Q:
  1496.     我想把它完整表示出来,他不是被截断了么

  1497. A:
  1498.     保存完的图像,整张图就这么一条?
  1499.     除非三个点位置选的不合理否则绝对不可能只有这么一条

  1500. Q:
  1501.     我是想能不能设置一下,让它能在纵坐标方向向上走一些,让那些轮廓线显示出来!!

  1502. A:
  1503.     一定是操作过程问题。
  1504.     你把输入文件和完整的操作步骤贴出来
  1505.     除非三个点位置选的不合理否则绝对不可能只有这么一条

  1506. Q:
  1507.     恩恩,我的这个面选择的是八面体的一个面,选择俯视图和主视图的时候就不会存在这个问题了
  1508.     sob老师,那选择八面体的这个面做完的话,就不能那全部显示出来了,能不能有什么办法调整显示坐标让范围变得更广呢

  1509. A:
  1510.     把文件和操作步骤给我,否则没法说

  1511. ----------------------------------------------------
  1512. 2017.05.18 15:50:03
  1513. Q:
  1514.     有会SpecDis软件的吗,问个问题
  1515.     软件里有个.bil文件,是怎么弄的

  1516. A:
  1517.      基本没人用的极小众向程序的问题直接问开发者

  1518. ----------------------------------------------------
  1519. 2017.05.18 16:54:59
  1520. Q:
  1521.     请问下用amber分析二级结构随时间的变化,命令这样写是不是哪里不对啊?
  1522.     trajin prod_str_wation.mdcrd
  1523.     secstruct :1-579 out dssp_7.gnu sumout
  1524.     我得到的结构是每个残基号的二级结构变化而不是时间

  1525. A:
  1526.     直接用VMD自带的timeline插件就完了,方便得多,直接就能看到图像

  1527. ----------------------------------------------------
  1528. 2017.05.18 17:40:53
  1529. Q:
  1530.     那个,两个分子互作用势能,大家有文献值吗
  1531.     先基组大点试试吧
  1532.     那个,两个任意分子互作用势能,大家有文献值吗

  1533. A:
  1534.      显然要看是什么分子,某些典型的很小的分子之间的相互作用势在文献里才有

  1535. Q:
  1536.     你在文献中看到过吗

  1537. A:
  1538.     显然要看是什么分子!

  1539. ----------------------------------------------------
  1540. 2017.05.18 21:41:45
  1541. Q:
  1542.    
  1543.     scrf=smd计算给出了SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =       2.55
  1544.     计算能不能把Dis、Rep、Cav成份?
  1545.     谢谢!

  1546. A:
  1547.     不能区分

  1548. ----------------------------------------------------
  1549. 2017.05.19 02:20:29
  1550. A:
  1551.      因为绿色区域在分子平面上没有节面,因此就是sigma。有节面就是pi
  1552.     isovalue没有具体标准,调整到一个令图像特征比较符合需要的情况就够了

  1553. ----------------------------------------------------
  1554. 2017.05.19 06:28:50
  1555. Q:
  1556.     老师,文章里这样写没有问题吧?
  1557.     The orbital of Fukui function was extracted and created from the output file of Gaussian with multiwfn software (引用) and visualized in VDM software (引用). The condensed Fukui function was extracted from output file of Gaussian with multiwfn software.

  1558. A:
  1559.     Fukui function没法说orbital
  1560.     VMD不是VDM

  1561. Q:
  1562.     [图片]
  1563.     那这个半透明的也该怎么描述
  1564.     应该

  1565. A:
  1566.     Fukui function and condensed Fukui function were calculated by Multiwfn based on wavefunction generated by Gaussian09. VMD was used to plot isosurface of Fukui function.

  1567. Q:
  1568.     那multiwfn 引你那篇英文可以吧

  1569. A:
  1570.     y

  1571. Q:
  1572.     thx a lot

  1573. A:
  1574.     引用方式在主页上download栏目写明了

  1575. ----------------------------------------------------
  1576. 2017.05.19 06:38:33
  1577. Q:
  1578.     sob老师,在您写的水二聚体例子中,范德华表面总共被穿透了2*1.12埃,这叫做相互穿透距离(mutual penetration distance)。在讨论相互穿透距离值时都要把VMD的测量值乘2吗?

  1579. A:
  1580.     随意,文中说清楚怎么定义的就行了

  1581. ----------------------------------------------------
  1582. 2017.05.19 06:50:34
  1583. Q:
  1584.     请问现在寻找过渡态结构用什么方法/软件最好?
  1585.     前提是知道反应物和产物两个点的坐标
  1586.     就是Gaussian的QST2和QST3吗?

  1587. A:
  1588.     过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
  1589.     http://sobereva.com/44

  1590. ----------------------------------------------------
  1591. 2017.05.19 11:25:52
  1592. Q:
  1593.     [图片]请问老师用gamess做能量分解的时候没有最后的能量分解结果是哪里出问题了?

  1594. A:
  1595.     SCF没收敛

  1596. Q:
  1597.     请问老师这个问题应该怎么解决?

  1598. A:
  1599.     看具体情况
  1600.     增加积分格点精度
  1601.     增加迭代次数上限
  1602.     改变收敛方式
  1603.     换基组
  1604.     等等

  1605. ----------------------------------------------------
  1606. 2017.05.19 12:18:25
  1607. Q:
  1608.     请问 老师 multiwfn里可否输出 自旋密度矩阵

  1609. A:
  1610.     在Multiwfn主功能6里选6,就可以输出alpha和beta的密度矩阵,求差就是自旋密度矩阵

  1611. ----------------------------------------------------
  1612. 2017.05.19 12:54:12
  1613. Q:
  1614.     [图片]
  1615.      我做了水分子的wfn,选择 6 check & modify wavefunction 后 没有出现alpha belta的密度矩阵

  1616. A:
  1617.     .wfn不包含基函数信息
  1618.     得用.fch

  1619. Q:
  1620.     啊...原来如此 犯了低级错误
  1621.     谢谢老师

  1622. A:
  1623.     [图片]

  1624. ----------------------------------------------------
  1625. 2017.05.19 14:45:00
  1626. Q:
  1627.     大家好,请教个问题,我在用sob老师调节w程序进行计算的时候,经常出现这样的错误,不知道怎么回事。输出结果文件是这样的[图片]
  1628.     这是全部的输出结果。
  1629.     这个是输入文件[图片](坐标有点长,没有全部贴上来)
  1630.     费解的是,不是全部作业都出错,提交了6个,错了2个,其他的全算好了。错了的再次提交也没用。

  1631. A:
  1632.      检查输出文件是否正常结束

  1633. ----------------------------------------------------
  1634. 2017.05.19 14:55:57
  1635. Q:
  1636.     各位老师,gaussian09优化总是报错Error termination in NtrErr:NtrErr Called from FileIO,查了下有可能是chk文件读写错误,可是我的chk文件与gjf文件文件名一致,同一个文件夹下,硬盘也有空间,请问是什么问题?谢谢
  1637.     不止一个报错,应该怎么处理呢?

  1638. A:
  1639.     甭readfc

  1640. ----------------------------------------------------
  1641. 2017.05.19 15:06:09
  1642. Q:
  1643.     请问老师用Multiwfn怎么把 .fch文件转换成带有SVES的文件?

  1644. A:
  1645.     主功能100里的子功能2,选择输出GAMESS-US输入文件

  1646. ----------------------------------------------------
  1647. 2017.05.19 15:10:07
  1648. OA:
  1649.     刚看到群主准备踢人了,支持,据说维护一个大群每年还要交费呢

  1650. A:
  1651.     可不

  1652. OA:
  1653.     得是QQ年费会员吧

  1654. A:
  1655.     本群是老群,闲杂人员太多了
  1656.     不进行换血,时间长了会失去活力

  1657. OA:
  1658.     支持
  1659.     看到群主周末节假日有时还在回答问题,真是佩服,满满的正能量

  1660. A:
  1661.     我就连生着病、旅游期间都不忘回答问题

  1662. OA:
  1663.     群主365天全年无休
  1664.     大年夜也工作
  1665.     群主该休息还是要休息
  1666.     群主就是我们的神
  1667.     群主醉心科研
  1668.     冒个泡
  1669.     群主这样的好人,国内找不出第二个来
  1670.     冒泡,不要被误伤。

  1671. A:
  1672.     没法休息,群还好点,论坛若是稍微不打理就杂草丛生,休息N天之后就得补回来N天要打理和回复的量,更累

  1673. OA:
  1674.     365天全年无休还不算什么,经常醉心科研到饭也不记得吃,觉也不记得睡[图片]
  1675.     群主应该扩大团队
  1676.     sober老师辛苦
  1677.     是的
  1678.     这样可以减些工作量
  1679.     把精力投入到更艰难的工作中

  1680. A:
  1681.     小木虫论坛是大规模团队管理,看看都搞成什么样了

  1682. OA:
  1683.     sob老师太拼了
  1684.     所以sob 为了持续服务科研
  1685.     冒个泡
  1686.     确应适当休息
  1687.     可以在群里少花点功夫然后搞个微博或者微信公众号

  1688. A:
  1689.     毫无用处
  1690.     然后群也会荒废

  1691. OA:
  1692.     感觉事情更多了

  1693. A:
  1694.     我是极为鄙视公众号的

  1695. OA:
  1696.     现在不是有花钱提问花钱旁听吗?  可以养活几个团队成员
  1697.     我觉得还是专注一点就好

  1698. A:
  1699.     xx理工那种做法我很不欣赏

  1700. ----------------------------------------------------
  1701. 2017.05.19 15:10:23
  1702. Q:
  1703.     如果SCF不收敛,是L502错误吗?还有什么提示表现SCF不收敛?我的优化log文件正常结束了

  1704. Q:
  1705.     我好像找到问题了,计算的时候产生三个单点计算,其中N+1的单点502了,我该怎么办呢?

  1706. A:
  1707.     解决SCF不收敛问题的方法
  1708.     http://sobereva.com/61

  1709. ----------------------------------------------------
  1710. 2017.05.19 15:10:23
  1711. Q:
  1712.     sobereva 老师 Multiwfn 可以导出显示的 spin density 以及 overlap matrix 吗

  1713. A:
  1714.     "导出显示的 spin density"意义不明

  1715. Q:
  1716.     就是显示的自旋密度结果 以输出文件的形式得到 这样可以编辑自旋密度 用在matlab里

  1717. A:
  1718.     什么叫显示自旋密度
  1719.     自旋密度以什么方式显示?格点数据?那样你计算cube文件就完了

  1720. Q:
  1721.     依旧是一样的错误,不知道问题在哪

  1722. A:
  1723.     先确保正常结束再说

  1724. ----------------------------------------------------
  1725. 2017.05.19 15:28:07
  1726. Q:
  1727.     [图片]
  1728.     我想把这个结果复制出来

  1729. A:
  1730.     看手册5.5节,直接从屏幕复制

  1731. ----------------------------------------------------
  1732. 2017.05.19 15:36:22
  1733. Q:
  1734.      老师,我要做的是,以我自己建立的带有电荷(整体显电中性)的有机分子作为溶剂,模拟co2+h2o+我的有机分子的MD,用amber力场,gromacs可以实现吗

  1735. A:
  1736.     可以

  1737. Q:
  1738.     恩,现在面对一个首要问题就是怎么建立我的分子的pdb文件,然后进行下面的生成top文件等

  1739. A:
  1740.     几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
  1741.     http://sobereva.com/266
  1742.     画个结构,量化粗略优化一下,扔到上述工具里处理

  1743. Q:
  1744.     好的,还有一个就是怎么把溶剂水换成我的分子体系组成的溶剂呢?

  1745. A:
  1746.     packmol建模

  1747. ----------------------------------------------------
  1748. 2017.05.19 15:40:56
  1749. Q:
  1750.      sob老师,如果我扫描s1的势能面,是不是需要s0势能面上每个点算一次td?

  1751. A:
  1752.      TD和scan一起用就完了

  1753. Q:
  1754.     谢谢,用mecp 找出的交叉点,比如s0 与s1的这种做出来的图,是不是就可以不用再扫描势能面了吧

  1755. A:
  1756.     如果你只对MECP那个点感兴趣就不需要扫,如果要把附近势能面结构也都得到就得扫

  1757. Q:
  1758.     好的,谢谢老师
  1759.     sob老师,我现在对势能面有个疑惑,比如一个[图片]这种体系,是不是只要定义一个二面角就可以做柔性扫描了?

  1760. A:
  1761.     y

  1762. ----------------------------------------------------
  1763. 2017.05.19 15:45:32
  1764. Q:
  1765.     老师你好,我算的co固体吸附为正,是因为没有考虑BSSE的关系吗

  1766. A:
  1767.     先检查计算级别,以及计算方式的合理性。而且必须先优化

  1768. Q:
  1769.     我用的是B3LYP/6-31G(d)

  1770. A:
  1771.     补补弱相互作用计算常识
  1772.     乱谈DFT-D
  1773.     http://sobereva.com/83

  1774. ----------------------------------------------------
  1775. 2017.05.19 15:45:32
  1776. Q2:
  1777.     [图片]老师你好,问下,这个55碳周围如果是3个氧,这对吗?如果对,2  3 氧是不饱和的吧?@Sobereva

  1778. A:
  1779.     这种电子结构很少见,估计不怎么稳定

  1780. ----------------------------------------------------
  1781. 2017.05.19 15:45:32
  1782. Q:
  1783.     谢谢老师。还有一个问题,吸附能是用吉布斯自由能算还是单点能还是焓值呢?我一直弄不太清

  1784. A:
  1785.     从吸热放热角度讨论用焓

  1786. ----------------------------------------------------
  1787. 2017.05.19 15:46:40
  1788. Q:
  1789.     Multiwfn可以考虑和ORCA一样,对学术继续免费,对商用收费

  1790. A:
  1791.     商用用不着这个
  1792.     虽说可能一些药物设计会用得到

  1793. ----------------------------------------------------
  1794. 2017.05.19 15:53:25
  1795. Q:
  1796.     老师,我计算两分子间的最低相互势能时,为什么会和文献值相差比较大呢?基组和方法都一样

  1797. A:
  1798.     可能因素太多
  1799.     乱七八糟关键词用得不合理
  1800.     结构不相同
  1801.     等等

  1802. Q:
  1803.     也考虑了,BSSE修正了
  1804.     是的,但相差有点大,不知道原因在哪呢

  1805. A:
  1806.     重复不出文章数据理应是直接联系作者,万一造假呢

  1807. ----------------------------------------------------
  1808. 2017.05.19 15:54:30
  1809. Q:
  1810.     说到培训,不知道最近要举办的培训班会是哪个呀

  1811. A:
  1812.     7月的基础量化培训

  1813. Q:
  1814.     哦哦,期待中级班的开班
  1815.     应该没中级的,直接高级

  1816. A:
  1817.     中级班就是基础班,基础班就是中级班
  1818.     高级明年

  1819. Q:
  1820.     0基础什么时候有呀?

  1821. A:
  1822.     0基础是初级班,预计年底有下一届

  1823. Q:
  1824.     好想去
  1825.     四月本来想去的导师没批

  1826. A:
  1827.     高级班预计四天

  1828. Q:
  1829.     我也想去培训班
  1830.     导师再不批都想自费去了

  1831. OA:
  1832.     自费也是超值的呀
  1833.     费用还行相当于北京旅游
  1834.     费用还行相当于北京旅游
  1835.     主要穷学生哎
  1836.     尽管是初级班 从学生学习回来的效果看 仍然感觉讲的太多了 他们短时间内接受有限
  1837.     恩恩,明白了
  1838.     刚才还看见培训班的时间,怎么现在找不到了
  1839.     初级班给研究生当专业课最好不过了。。主要是很多学校的<量子化学>课程实在太水了

  1840. A:
  1841.      有很多东西得通过慢慢复习来消化。
  1842.     如果让所有参加者在培训过程中100%全都能听明白,我感觉那得办个弱智班了

  1843. OA:
  1844.     我现在就在准备量化课的第二次补考
  1845.     确实很多量化课很水,比如讲HF的时候。 老师曰,这个简单, 知道单电子积分,双电子积分,再自洽迭代就完事了, 你自己好好看书推导一下。
  1846.     群主可以在培训后搞个问卷调查 根据结果看看是否有进一步改善的空间
  1847.      培训后有专门针对性的答疑群

  1848. A:
  1849.     我个人认为这种调查倒不好。比如做动画的人,往往刻意不去看动画播放时网上的人的评论,否则容易失去作品的自身
  1850.     参加者水平不一,众口难调,初级班的内容已经调整到,根据我的培训经验和网上答疑经验的最适合参加者的状态了

  1851. OA:
  1852.     可能确实是我们的学生水平太低了

  1853. A:
  1854.     很多极为重要的东西,比如怎么解决SCF不收敛,0基础刚参加的人肯定不知道说这么一堆干嘛,于是可能问卷调查中让去掉,但等到他们做了一段计算之后,才会知道说这些的重要性

  1855. ----------------------------------------------------
  1856. 2017.05.19 15:54:30
  1857. Q:
  1858.     请教两个问题,1。DFT和TDDFT有什么区别?2.B3LYP和LB94分别擅长什么计算?

  1859. OA:
  1860.     这个问题有点大

  1861. A:
  1862.     LB94计算高阶激发态、极化率比B3LYP好,不过现在很少使用,过时了,现在流行的是范围分离泛函

  1863. Q:
  1864.     那TDDFT和DFT有什么区别呢

  1865. A:
  1866.     TDDFT是算基态的DFT往激发态上的扩展

  1867. Q:
  1868.     那意思就是DFT是算基态的,而TDDFT是算激发态的?
  1869.     可以这样说嘛

  1870. A:
  1871.      对于一般计算问题,姑且可以这么说
  1872.     详细的看群文件里的《TDDFT原理介绍文献小合集》

  1873. ----------------------------------------------------
  1874. 2017.05.19 16:01:01
  1875. Q:
  1876.     请问sob老师,如果利用原子化反应计算某个结构单体的气相生成焓,是在DFT b3lyp/6-311G++(2df,2p)水平下优化分子,然后是用G3还是用CBS-QB3算能量好?

  1877. A:
  1878.     不要事先优化,热力学组合方法自动会做
  1879.     能用哪个级别看体系大小
  1880.     CBS-QB3也就用到十几个原子

  1881. Q:
  1882.     8个原子

  1883. A:
  1884.     上G4

  1885. ----------------------------------------------------
  1886. 2017.05.19 16:05:13
  1887. Q:
  1888.     It is now well known that inner orbital ionization occurs readily in molecules in strong fields, A summary of this can be found in E P Fowe et al, in "Coherence and Ultrafast Pulses", chapt 21, (Intech Pub,Vienna 2011). Furthermore in that review and recent PRA papers by EP Fowe ,the authors will find that B3LYP functional in TDDFT does not give satisfactory ionization rates-The LB94 seems to be best. The authors should discuss the validity of their simulations supporting the interesting experimental results.
  1889.     请教这个问题怎么回答

  1890. A:
  1891.     你可以算算
  1892.     NWChem支持LB94

  1893. Q:
  1894.     这个审稿人给了一本书和一篇文献,里面算的电离率,都是LB94好些。可是我算的是基态
  1895.     高斯支持LB94方法吗

  1896. A:
  1897.     不

  1898. Q:
  1899.     LB94是不是算激发态的?

  1900. A:
  1901.     在较老的泛函里算激发态不错

  1902. Q:
  1903.     那基态有没有用LB94做计算的

  1904. A:
  1905.     但是跟如今w调控的泛函比肯定差得多
  1906.     可以算,没好处

  1907. Q:
  1908.     基态是B3LYP好还是LB94好,算环己烷离子氢转移,
  1909.     那我还是用LB94算一下吧
  1910.     这个软件NWCHEM没用过,这个软件是免费的么,网上能不能下得到

  1911. A:
  1912.     NWChem 6.5、6.6编译方法
  1913.     http://sobereva.com/270

  1914. ----------------------------------------------------
  1915. 2017.05.19 16:08:31
  1916. Q:
  1917.     老师您好!计算化合物的气相生成焓时,只有CHON元素,三四十个原子应该有G4好一些还是CBS系列更精确呢?
  1918.     怎么感觉我们的计算目的一样呢@杜琪琦

  1919. A:
  1920.     三四十个用G4根本算不动,也就最烂的CBS-4M能凑合算,但结果还未必用双杂化好
  1921.     b3lyp/6-311++g(2df,2p)根本不准确
  1922.     起码也用个M06-2X
  1923.     基组用这个还不如def2-TZVP

  1924. ----------------------------------------------------
  1925. 2017.05.19 16:20:45
  1926. Q:
  1927.     请问能否计算不同片段对激发态的贡献大小?需要定量分析
  1928.    
  1929.     跃迁方式是多种跃迁方式,请问能否通过计算NTO,再分析各个原子对NTO轨道的贡献值?

  1930. A:
  1931.     可以

  1932. ----------------------------------------------------
  1933. 2017.05.19 16:21:05
  1934. Q:
  1935.     请问这个IOP(9/6=-1)怎么使用呢?后面的Fortran格式I2,D18.13应该写在哪里?
  1936.     [图片]

  1937. A:
  1938.     尝试末尾空一行,然后按这个格式写

  1939. ----------------------------------------------------
  1940. 2017.05.19 16:24:23
  1941. Q:
  1942.     高级班讲哪个方面的内容?

  1943. A:
  1944.     没最终确定
  1945.     目的是上过之后,几乎所有文献里能见到的除了很偏门的问题,基本都会计算

  1946. OA:
  1947.     比如多参考

  1948. A:
  1949.     CASSCF、多参考方法将是重点之一
  1950.     ORCA将是主要使用的程序之一

  1951. ----------------------------------------------------
  1952. 2017.05.19 16:31:33
  1953. Q:
  1954.     sob老师,hirshfeld和ADCH原子电荷适合分析过渡金属吗?

  1955. A:
  1956.     ADCH对过渡金属没充分测试过,可以试试。Hirshfeld肯定能用

  1957. ----------------------------------------------------
  1958. 2017.07.29 13:27:41
  1959. Q:
  1960.     老师,请问标准物质TMS计算化学位移时采用的优化和计算NMR时所采用的理论方法/基组是不是应保持一致?

  1961. A:
  1962.     不需要一致

  1963. Q:
  1964.     sorry,没表达清楚。目标分子和标准物质TMS计算所用的方法/基组应该一致吗?

  1965. A:
  1966.     需要

  1967. ----------------------------------------------------
  1968. 2017.07.29 16:09:10
  1969. Q:
  1970.     xmgrace
  1971.     Can't open display
  1972.     Failed initializing GUI, exiting

  1973. A:
  1974.     [图片]
  1975.      必须在图形界面下才能启动,诸如init 3模式没法启动

  1976. Q:
  1977.     我安装的是centos 7
  1978.     用的是SSH登陆上敲得命令
  1979.     是要在图形界面下才能启动

  1980. A:
  1981.     显然

  1982. Q:
  1983.     不能用ssh登陆啊

  1984. A:
  1985.     ssh登录哪有图形支持,这是纯文本
  1986.     xmgrace又不是文本程序

  1987. ----------------------------------------------------
  1988. 2017.07.29 16:28:30
  1989. Q:
  1990.     怎么通过计算说明水是液体的

  1991. A:
  1992.     可以做动力学,看扩散系数

  1993. ----------------------------------------------------
  1994. 2017.07.29 16:30:00
  1995. Q:
  1996.     老师,高斯能不能从一个分子的优化构型估算出来他的大小,根据优化结果得到分子体积?或者能不能根据优化构型得到分子的范德华半径呢?

  1997. A:
  1998.     谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
  1999.     http://sobereva.com/190

  2000. ----------------------------------------------------
  2001. 2017.07.29 16:41:12
  2002. Q:
  2003.     sob老师,我想知道一个分子A和分子B结合前后,本身极性的变化的话,我可以使用什么分析手段呢? 就是单独A分子,和AB复合物中的A之间的比较。

  2004. A:
  2005.     密度差图

  2006. ----------------------------------------------------
  2007. 2017.07.29 16:47:38
  2008. Q:
  2009.     [图片]老师,packmol建模出现了这个错误,是pdb文件出错了吗?

  2010. A:
  2011.     输入文件不合理

  2012. Q:
  2013.     找到错误了。如果我要使用不同水模型的话是不是,直接在top文件里面把水模型加上就行了

  2014. A:
  2015.     top里引入不同水模型的itp就行

  2016. ----------------------------------------------------
  2017. 2017.07.29 17:16:39
  2018. Q:
  2019.     老师,Multiwfn的哪个功能可以产生某个轨道的cube文件,谢谢

  2020. A:
  2021.     使用Multiwfn观看分子轨道
  2022.     http://sobereva.com/269
  2023.     [图片]

  2024. ----------------------------------------------------
  2025. 2017.07.29 20:09:37
  2026. Q:
  2027.     求助各位牛人:常见的热椭球图,如[图片],大家都是用什么软件画出来的?我在公社里看到有人用XP和diamond,哪位有这个软件的能帮传一份吗?我没有下载到,谢谢了

  2028. A:
  2029.     能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法
  2030.     http://sobereva.com/151

  2031. ----------------------------------------------------
  2032. 2017.07.29 20:32:53
  2033. Q:
  2034.     咨询一下,有机分子中,CHNO元素我用6-31G*。Cu我用lanl2dz。P我用什么呢?谢谢指点

  2035. A:
  2036.     6-31G*

  2037. ----------------------------------------------------
  2038. 2017.07.29 21:06:04
  2039. Q:
  2040.     我想用Multiwfn载入fch文件,求Mulliken重叠布居数
  2041.     需要在g09w里写?

  2042. A:
  2043.     详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
  2044.     http://sobereva.com/379

  2045. ----------------------------------------------------
  2046. 2017.08.02 16:49:20
  2047. Q:
  2048.     请问下群里有人有terachem的安装包吗?谢谢大家了

  2049. A:
  2050.      毛子一个论坛上有
  2051.     https://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=4401801
  2052.     不过这程序并没什么应用价值

  2053. ----------------------------------------------------
  2054. 2017.08.04 15:45:13
  2055. Q:
  2056.     请问哪位老师见过或做过有关脱出CO2的反应?我需要找过渡态想看看这方面的资料,方便找过渡态

  2057. A:
  2058.      最省事就stable=opt

  2059. ----------------------------------------------------
  2060. 2017.08.04 22:19:08
  2061. Q:
  2062.     话说我之前遇到一个苝酰亚胺衍生物,计算的时候发现HOMO和HOMO-1只差了0.1eV,然后用b3pw91算出来的正则分子轨道和用M062x不一样,具体说来就是HOMO和HOMO-1轨道换了个位置……有谁遇到过这种情况啊……

  2063. A:
  2064.      很正常。毕竟HF成份差那么多

  2065. ----------------------------------------------------
  2066. 2017.08.05 09:58:12
  2067. Q:
  2068.      噫  CCSD(T)解析梯度出来了?

  2069. A:
  2070.      CCSD(T)解析梯度用PSI4、CFOUR都可以算

  2071. ----------------------------------------------------
  2072. 2017.08.05 10:03:03
  2073. Q:
  2074.      Maxwell 这个算的时候没有用DFT,难道要再用DFT算算吗?
  2075.     嗯嗯,老师有什么建议?误差都在0.2ev左右,稍微有点大

  2076. A:
  2077.     TDDFT还能指望误差小于0.2eV?除非用EOM-CCSD才有可能

  2078. ----------------------------------------------------
  2079. 2017.08.05 10:20:38
  2080. Q:
  2081.     请教各位老师 高斯里面的电场方向的规定在哪里能找到?

  2082. OA:
  2083.     x+10 代表 x负方向施加0.0010 au的电场

  2084. Q:
  2085.     +代表从正到负?

  2086. OA:
  2087.     高斯的官网就有介绍

  2088. ----------------------------------------------------
  2089. 2017.08.05 10:22:36
  2090. Q:
  2091.     新集群终于开通了,8个计算节点,每个节点28个线程,128G内存。这个配置算高吗?

  2092. A:
  2093.     不错

  2094. ----------------------------------------------------
  2095. 2017.08.05 10:36:57
  2096. Q:
  2097.     我用hf/6-31g*算的矿物与流体之间的同位素分馏系数跟实验差了一个数量级,搞不懂,模型都那么大了

  2098. A:
  2099.     级别这么烂,居然期望能和实验值在一个数量级,搞不懂

  2100. Q:
  2101.     哈哈,hf算的快就先看看能出什么结果
  2102.     结果竟然差了这么大,用的就是频率的数据算,矫正因子都加了,结果还是会差这么大
  2103.     b3lyp/6-31g*算频率还可以吧,下一步打算试试
  2104.     因为一开始优化时,hf比b3lyp优化的快
  2105.     利用对称性,150个原子,两天就完了
  2106.     对称性c3v

  2107. A:
  2108.     虽然快,但结果是垃圾,等于时间白费了
  2109.     就算碰巧很烂的级别和实验对上了,也发表不出去,人家没准怀疑是恶心的计算级别误差恰好和模型不合理的误差较好抵消了

  2110. Q:
  2111.     只能换高级别接着算了
  2112.     算频率方用b3lyp/6-31g*,换成更高的基组和方法结果会不会更准确?
  2113.     试试吧,尽量提高精度,不然做的就没啥意义了
  2114.     有对称性会快很多吧

  2115. A:
  2116.     先把级别起码用到按照一般理论经验认为的可以达到定量准确的情况,到时候结果还烂,再从计算模型、计算流程角度分析原因

  2117. ----------------------------------------------------
  2118. 2017.08.05 10:47:34
  2119. Q:
  2120.     请问老师,用UFF优化原子限制是多少,刚优化结构就报错了[图片]

  2121. A:
  2122.     按说原子数没限制,应该是其它问题或者bug

  2123. ----------------------------------------------------
  2124. 2017.08.05 10:47:34
  2125. Q:
  2126.     请问各位老师,固定电荷和自旋密度之间有什么样的关系啊?

  2127. A:
  2128.     谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
  2129.     http://sobereva.com/353

  2130. ----------------------------------------------------
  2131. 2017.08.05 11:05:42
  2132. Q:
  2133.     Multiwfn在win10系统上打开图形界面出来就在右下角没法自动

  2134. A:
  2135.     Multiwfn3.4兼容win10

  2136. ----------------------------------------------------
  2137. 2017.08.05 11:09:41
  2138. Q:
  2139.     请问在Gaussian09中,[图片]这个公式中的[图片]是指气相中的电子总能量吗?

  2140. A:
  2141.     式子意义不明,怎么两个delta
  2142.     算溶解自由能的话就是气相中的单点能

  2143. Q:
  2144.     [图片]
  2145.     文献中的说明

  2146. A:
  2147.     写一个delta就够了
  2148.     这里写得很详细
  2149.     谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
  2150.     http://sobereva.com/327

  2151. Q:
  2152.     气相中的单点能是指E(SCF)吗?
  2153.     谢谢
  2154.     但为什么公式中右边第一项用[图片],而不是E(solv,pcm)?

  2155. A:
  2156.     应当是E(solv,pcm)

  2157. Q:
  2158.     按照Sob教师的介绍“在溶剂模型下计算的单点能减去气相下计算的单点能”,那就应是E(solv,pcm)-E(el)
  2159.     [图片]但文献就是这样写的,并且是JACS上的文章,其中的作者也是专门做计算的

  2160. A:
  2161.     除非作者是专门搞溶剂模型的人,否则这个截图毫无意义
  2162.     JACS上的计算哪有JCP、JCC、JCTC上的可信?

  2163. ----------------------------------------------------
  2164. 2017.08.05 11:11:14
  2165. Q:
  2166.     请教各位,[图片]为什么总是闪退,猜测的原因:1.我的系统是07不是xp;2. 我用g09算的,不是g03算的;3.计算单点的log文件中没找到Mulliken atomic charges,只找到了Mulliken charges,然后将其改成了Total atomic charges
  2167.     谢谢解答

  2168. A:
  2169.     甭用molekel就完了,没有任何好处

  2170. ----------------------------------------------------
  2171. 2017.08.05 11:13:15
  2172. Q:
  2173.     卢老师,你来了啊,有问题请教。define   = -DFLEXIBLE  能量最小化使用柔性水和不使用这个定义,对后面的结果是不是没有影响呢?

  2174. A:
  2175.      最小化过程建议用柔性水。反正只要动力学能跑起来,最后都一样

  2176. Q:
  2177.     我也是这样认为的。能量最优化目的就是找最优点。但在nvt的时候,会出现生成一些pdb文件。这个有问题吗?

  2178. A:
  2179.     如果只是MD一开始不稳定,出现一些报错并且导出pdb文件,但之后MD没问题,那就没事

  2180. Q:
  2181.     哦。还有一个问题。我用乙醇溶液(spce)摩尔质量分数10%和50%使用定义柔性水,在最小化时可以最优化。但在30%使用这个定义就不能,不使用这个定义的话就可以最优化.

  2182. A:
  2183.     都是操作或者建模问题

  2184. ----------------------------------------------------
  2185. 2017.08.05 11:49:06
  2186. Q:
  2187.     [图片]请问老师,想用molclus程序做该图分子构象搜索,需要考虑那些位置,是否是与苝二酰亚胺相连接的位置

  2188. A:
  2189.     这体系感觉都没必要构象搜索,直接画出来优化就完了

  2190. ----------------------------------------------------
  2191. 2017.08.05 12:09:07
  2192. Q:
  2193.     Energetics of the reported structures were improved by performing single-point energy
  2194.     calculations at the......,请问,我在文献中经常看到这种语言,这个单点计算是否并不做freq?

  2195. A:
  2196.     是

  2197. Q:
  2198.     老师,同一几何结构,大基组和小基组做freq时,校正能都差不多,是吗?所以在高精度能量计算时,用大基组单点再加小基组校正能就可以了,是吗?

  2199. A:
  2200.     乘上频率校正因子之后,结果相仿佛
  2201.     不乘频率校正因子的话小基组会有明显误差

  2202. Q:
  2203.     请问频率校正因子如何取得?

  2204. A:
  2205.     谈谈谐振频率校正因子
  2206.     http://sobereva.com/221

  2207. ----------------------------------------------------
  2208. 2017.08.05 14:21:00
  2209. Q:
  2210.     请问各位老师,对映异构体的能量是不是应该完全相等呢?

  2211. A:
  2212.      是

  2213. ----------------------------------------------------
  2214. 2017.08.05 15:00:51
  2215. Q:
  2216.     请问 6d(xx,yy,zz,xy,xz,yz)轨道径向部分归一跟 s,p轨道一样么?

  2217. A:
  2218.      笛卡尔基函数归一化因子就一个,不分径向和角度

  2219. ----------------------------------------------------
  2220. 2017.08.05 16:22:18
  2221. Q:
  2222.     恩,那个从EMSL拷下来的有一些不归一
  2223.     skk =<k|k> 不等于 1.

  2224. A:
  2225.     是的,建议自己做归一化。
  2226.     而且,EMSL上的收缩系数有效位数有限,自己再做归一化精度还会更好点

  2227. Q:
  2228.     对,我会给sp做归一,d的出错了。
  2229.     我用6-311g×基组,显示 6个d 轨道不是归一的。
  2230.    
  2231.     X           Y           Z
  2232.     2           0           0  0.63078313050504009
  2233.     1           1           0   1.0925484305920792
  2234.     1           0           1   1.0925484305920792
  2235.     0           2           0  0.63078313050504009
  2236.     0           1           1   1.0925484305920792
  2237.     0           0           2  0.63078313050504009
  2238.     我要是强制归一,最后做出来的密度是错误的。但是不去管d轨道就没事,密度严格正确。

  2239. A:
  2240.     每个d基函数都应当是归一的,高斯等给出的轨道展开系数也都是相对归一化基函数的

  2241. ----------------------------------------------------
  2242. 2017.08.05 16:34:32
  2243. Q:
  2244.     有什么量可以衡量拉电子和给电子能力?
  2245.     比如并五苯和全氟并五苯

  2246. A:
  2247.     IP、EA

  2248. ----------------------------------------------------
  2249. 2017.08.05 16:35:30
  2250. Q:
  2251.     请问在计算俩分子的相互作用能时,结果给出sum of monomers,从结果中能查看每个单体的能量吗?

  2252. A:
  2253.     能

  2254. ----------------------------------------------------
  2255. 2017.08.05 16:38:06
  2256. Q:
  2257.     请教各位老师,我在做计算的过程为什么单做单点能计算时没有零点能修正的输出?

  2258. A:
  2259.     freq

  2260. Q:
  2261.     我是先用了M062X/6-311G(d,p)做的几何优化,然后用M062X/def2-TZVP方法做的单点计算和BSSE修正。这样合理吗?
  2262.     有氢键
  2263.     这样能不能对M062X/6-311G(d,p)计算出来的零点能进行修正

  2264. A:
  2265.     合理

  2266. ----------------------------------------------------
  2267. 2017.08.05 16:45:57
  2268. Q:
  2269.     请问什么是开壳层,闭壳层,满壳层?我看的各个地方的解释怎么都不一样

  2270. A:
  2271.     开壳层:有单电子
  2272.     闭壳层:无单电子
  2273.     满壳层:量化里没这词

  2274. ----------------------------------------------------
  2275. 2017.08.05 16:47:38
  2276. Q:
  2277.     计算零点能,进行频率计算的时候,需不需要加bsse?谢谢

  2278. A:
  2279.     只在算相互作用能时考虑BSSE

  2280. ----------------------------------------------------
  2281. 2017.08.05 16:58:29
  2282. Q:
  2283.     请问荧光计算的关键词是什么

  2284. A:
  2285.     Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
  2286.     http://sobereva.com/314

  2287. ----------------------------------------------------
  2288. 2017.08.05 16:58:29
  2289. Q:
  2290.     [图片]
  2291.     对碘用的aug-cc-pvtz
  2292.     可是我那个是两个分子,有氢键,不加弥散可以吗

  2293. A:
  2294.     优化可以不加

  2295. ----------------------------------------------------
  2296. 2017.08.05 16:58:29
  2297. Q:
  2298.     请问各位老师,一个产物在气相中可以优化出来,但是溶剂下优化一直是反应物,这说明这个产物在溶剂下没法产生吗?

  2299. A:
  2300.     有可能能说明,看具体操作合理性

  2301. ----------------------------------------------------
  2302. 2017.08.05 17:10:03
  2303. Q:
  2304.     g16支持cc-pvnz-pp了吗?

  2305. A:
  2306.     不

  2307. ----------------------------------------------------
  2308. 2017.08.05 17:14:41
  2309. Q:
  2310.     [图片]
  2311.     2016年的图画的这么糙也是没谁了

  2312. A:
  2313.     目前版本的Multiwfn效果好得多,以前版本容易在某些角度下比较暗

  2314. Q:
  2315.     那也不能这样啊,至少用VMD显示吧?而且好像也没引用Multwfn原文

  2316. A:
  2317.     还好图没比例变形。很多IF不算低的文章里图片尺寸变形才叫恶心

  2318. ----------------------------------------------------
  2319. 2017.08.05 17:33:15
  2320. A:
  2321.     听闻ORCA 4.1要加入TDDFT的SOC了,值得期待,这要实现了,ADF...

  2322. OA:
  2323.     共振?
  2324.     估计什么时间可以成型,sob老师

  2325. A:
  2326.     论坛里问neese
  2327.     反正今年我看绝对没戏
  2328.     ORCA要让ADF活不下去

  2329. OA:
  2330.     让高斯活不下去

  2331. A:
  2332.     ADF的ETS-NOCV在ORCA也有了

  2333. OA:
  2334.     ADF有个电荷转移积分和ETS-NOCV,还能混吧

  2335. A:
  2336.     纯泛函速度跟ORCA又没法拼
  2337.     [图片]

  2338. OA:
  2339.     呀!
  2340.     Neese这是要统一量化界吗

  2341. A:
  2342.     ADF的幸福日子不多了
  2343.     以后再搞个ORCA GUI...

  2344. OA:
  2345.     如果Neese在性质计算上能再丰富一点就好了
  2346.     恐怕过几年量化基础班要增开ORCA部分了
  2347.     比如哪天Neese搞到了解析三阶导数/斜眼笑

  2348. A:
  2349.     这次基础班就提了好几次ORCA

  2350. OA:
  2351.     不过是没落在纸面上
  2352.     ORCA各种黑科技
  2353.     “这个问题高斯算的比较慢,如果你用ORCA的话,那么ORCA里面有一个黑科技,处理起来更快”
  2354.     ORCA的很多心思都花在了DLPNO-CCSD(T)

  2355. A:
  2356.     DLPNO-CCSD(T)算不了对称破缺态,有点遗憾
  2357.     只能用在闭壳层和高自旋上

  2358. OA:
  2359.     只支持闭壳层
  2360.     其实我挺期待下一次基础的时候ORCA出现在纸上的样子

  2361. A:
  2362.     [图片]

  2363. OA:
  2364.     X指的是?

  2365. A:
  2366.     距离纳入到基础班,还得有几年,目前还只会用在高级班
  2367.     NOX2是某个闭壳层分子
  2368.     测试CCSD(T)和DLPNO-CCSD(T)
  2369.     基组def2-TZVP

  2370. Q:
  2371.     计算耗时有对比吗?
  2372.     不过很奇怪,为啥ORCA的默认SCF收敛限和网格精度都那么low。。而且如果是DFT计算的话,还默认带有“iop(5/13=1)”的光环
  2373.     Neese就不能修改一下默认值么

  2374. A:
  2375.     8min48(G16) vs 1min50(ORCA tightSCF noRI tightPNO)

  2376. Q:
  2377.     能量差已经到了小数点第三位,速度大幅度提升,果然黑科技

  2378. A:
  2379.     这还只是个小体系,大一点体系节约的耗时以数量级来计

  2380. Q:
  2381.     ORCA的收敛限确实很放的很宽
  2382.     想要严格都得自己加关键词了

  2383. A:
  2384.     CCSD(T)这种级别应该总用tightSCF
  2385.     DFT默认倒还行

  2386. ----------------------------------------------------
  2387. 2017.08.05 17:58:31
  2388. Q:
  2389.     想购买做计算的台式机和服务器,应该怎么选择

  2390. A:
  2391.     看预算
  2392.     没钱就单路服务器,有钱就双路服务器,参考此文末尾配置
  2393.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6310

  2394. ----------------------------------------------------
  2395. 2017.08.05 18:05:29
  2396. Q:
  2397.     老师:你好!玻璃是属于非晶体,通过动力学软件可以模拟玻璃表面和其他原子(在不同温度,压强下)的相互作用吗?谢谢,如果是这样的模拟,是用VASP还是 GROMAS好呢?谢谢!

  2398. A:
  2399.     物理作用可以用GROMACS
  2400.     化学作用得VASP

  2401. ----------------------------------------------------
  2402. 2017.08.05 18:24:29
  2403. Q:
  2404.     Frank jensen和frank neese是一个人吗?

  2405. A:
  2406.     否

  2407. Q:
  2408.     那这个是啥意思呢。。。
  2409.     [图片]

  2410. A:
  2411.     google学术搞错了

  2412. ----------------------------------------------------
  2413. 2017.08.05 19:00:09
  2414. OA:
  2415.     [图片]
  2416.     雪球老大,著名的反360斗士
  2417.     我现在也很讨厌看见360,这都是糊弄小孩子们的软件
  2418.     是啊
  2419.     360误杀
  2420.     而且特别占资源
  2421.     周鸿祎以一个道德圣人自居,我不收费,所以我做什么都大义凛然
  2422.     这和私闯民宅没啥区别了
  2423.     尽管我没偷东西。
  2424.     偷了
  2425.     怎么没偷
  2426.     偷,骗
  2427.     哪一样没占
  2428.     好嘛,哦就调查了一下你家缺啥东西,有啥东西。
  2429.     之前3Q大战的时候罗振宇义愤填膺地指责周鸿祎要穿上道德的内裤,没过几年,又开始讲360的好话,现在佩服这样的嘴巴
  2430.     我就把你家翻一遍,看看你少了啥,我不拿
  2431.     万一有需要的时候,说不准可以拿来用一下。
  2432.     周鸿祎不是雷锋
  2433.     帮管东西还不拿工资。动机好单纯。
  2434.     没有年费的午餐
  2435.     一定是我妈帮我买了年票
  2436.     我觉得国家有必要把微软踢出中国
  2437.     这倒不至于吧
  2438.     漏洞太多
  2439.     任何系统都有漏洞
  2440.     而且,windows这方面做的真是no.1了
  2441.     要求这种强度的攻击量攻击mac的话,mac早就成了筛子了
  2442.     以后抓住病毒的作者,直接剁掉一只手,看你怎么敲键盘
  2443.     不至于吧
  2444.     [分享] 做一个病毒卷土重来时代的幸存者
  2445.     http://url.cn/4E9FGBJ
  2446.     这就是大公司的弊端,你太大,总有人琢磨你
  2447.     任何系统漏洞都必然存在,病毒不可能消灭的。按时打补丁基本很难中招了
  2448.     微软这几十年积累的这方面的经验比苹果多多了
  2449.     漏洞都是卖给大公司的,拿来做病毒就赔本了
  2450.     我中招一次,至今愤恨难平
  2451.     要不是比特币适合交易不易追查,也不会有wannacry,暗网
  2452.     电脑病毒比IS都可恶
  2453.     话说,wine也能运行wannacry
  2454.     然后感染linux下的文件
  2455.     比特币的设计实在是十分精妙,值得一读
  2456.     全平台兼容
  2457.     我真心希望FBI抓住这个烂货后直播斩首过程
  2458.     IS欢迎你。。。
  2459.     WinXP下的WannaCrypt是不安全的
  2460.     可能是一个组织
  2461.     因为WinXP的随机数算法不安全
  2462.     所以WinXP垃圾的连病毒都不安全了233
  2463.     干扰素么
  2464.     WannaCrypt以来系统的随机数,但是WinXP的随机数可以被破解所以WinXP下中了WannaCrypt是可以解密的
  2465.     WannaCrypt以来系统的随机数,但是WinXP的随机数可以被破解/斜眼笑所以WinXP下中了WannaCrypt是可以解密的
  2466.     xp确实漏洞一大堆

  2467. Q:
  2468.     电脑小白弱弱问一句,现在还有人在用xp?为什么,有什么优势?

  2469. A:
  2470.     界面经典

  2471. OA:
  2472.     xp占用资源特别小
  2473.     和xfce桌面差不多。

  2474. Q:
  2475.     哦这样的,还是有很多用户的

  2476. OA:
  2477.     不换新系统我看大部分原因是有软件依赖
  2478.     一部分是电脑装不了win7及以上的,一部分是留恋xp

  2479. A:
  2480.     有的实验仪器的软件甚至只支持到win98

  2481. OA:
  2482.     软件这些不更新么?

  2483. A:
  2484.     不升级到XP也有的是惰性,去派出所时候看见电脑还是XP的

  2485. OA:
  2486.     本科的时候一台红外光谱仪器还是98
  2487.     xp稳定,兼容性好
  2488.     医院好多xp,结果一波病毒跪了不少

  2489. A:
  2490.     虚拟机里仍保留个XP,有20%的目的也是为了运行老程序

  2491. ----------------------------------------------------
  2492. 2017.08.05 19:37:45
  2493. Q:
  2494.     [图片]分层计算的输入文件,麻烦老师指点一下,这样对吗

  2495. A:
  2496.     光从格式上看没问题

  2497. Q:
  2498.     [图片]老师,请问这个是什么意思,能解释一下吗
  2499.     还有这个H到底是low还是high layer啊[图片]

  2500. A:
  2501.     原子类型
  2502.     L

  2503. ----------------------------------------------------
  2504. 2017.08.05 20:10:58
  2505. Q:
  2506.     [图片]请教两个问题  1,图中轨道激发的系数计算的原理是什么。2 如果是cis计算的激发态,我知道这些轨道对应的是HF的分子轨道(这时候轨道的激发系数我清楚),但是换成eom-ccsd方法,这些轨道还对应hf的分子轨道么(这时候轨道的激发系数不明白是怎么算出来的)?
  2507.     图中的是用sac-ci方法计算的

  2508. A:
  2509.     对应
  2510.     去看方法的原文或者相关综述

  2511. ----------------------------------------------------
  2512. 2017.08.05 20:31:22
  2513. Q:
  2514.     老师,indo的用法是怎么写的,高斯手册中也没有离例子

  2515. A:
  2516.     直接写

  2517. Q:
  2518.     [图片]
  2519.     加上indo后面加上=也不对啊
  2520.     [图片]

  2521. A:
  2522.     你想干嘛?算激发态用zindo啊
  2523.     碰见问题先看手册

  2524. ----------------------------------------------------
  2525. 2017.08.05 20:46:13
  2526. Q:
  2527.     请问一下GAMESS的内存占用是per thread的吗?我感觉无论开多少线程,每个的占用量都是差不多大...然后CPU全负载的时候就爆内存

  2528. A:
  2529.     gamess-US中有两类内存,一个是replicated内存,用MWORDS设;一个是DDI内存,用MEMDDI设。如果MWORDS=x MEMDDI=y,则每个核心独占x内存,并且y在所有核心中共用。假设有n个核,此时最大内存消耗为x*n+y。

  2530. ----------------------------------------------------
  2531. 2017.08.05 21:26:29
  2532. Q:
  2533.     请问各位老师做福井指数和RDG 都用Multiwfn 那么问题是除了引用Multiwfn ,福井指数和RDG的文献如何引用呢?谢谢老师

  2534. A:
  2535.     RDG原文这里有
  2536.     使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
  2537.     http://sobereva.com/68
  2538.     福井函数原文这里有
  2539.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384

  2540. ----------------------------------------------------
  2541. 2017.08.05 21:34:55
  2542. OA:
  2543.     [图片]继续批判

  2544. Q:
  2545.     [图片]没加极化函数。

  2546. A:
  2547.     愚蠢度:6-31+G > 6-31G

  2548. ----------------------------------------------------
  2549. 2017.08.05 21:36:20
  2550. Q:
  2551.     [图片]
  2552.     老师们,这个EOM-CCSD(T)高斯关键词怎么写?

  2553. A:
  2554.     不支持

  2555. Q:
  2556.     哦哦,为啥呀?
  2557.     这个不行
  2558.     那indo/x也不支持?

  2559. A:
  2560.     RTFM

  2561. ----------------------------------------------------
  2562. 2017.08.06 09:17:06
  2563. Q:
  2564.     请问老师,用Multiwfn计算每个盆的电多极矩时候,输出结果中,Basin electric dipole moment表示的是盆内的电子偶极矩,那么Basin electron contribution to molecular dipole moment 表示的含义是什么呢?
  2565.     [图片]

  2566. A:
  2567.      盆偶极矩是相对于盆的吸引子来计算的,可以认为是盆内的偶极矩,但盆对整个分子的偶极矩,还要加上吸引子的坐标与盆的净电荷相乘,这才是对整体偶极矩实际的贡献

  2568. ----------------------------------------------------
  2569. 2017.08.06 09:56:33
  2570. Q:
  2571.     这种服务器上核用不完的感觉真好
  2572.     做IRC计算时,往一个方向走,这个时候需要重新优化过渡态,该怎么调节过渡态的初猜?
  2573.     减少步长用什么关键字呀?

  2574. A:
  2575.     stepsize

  2576. Q:
  2577.     谢谢老师

  2578. A:
  2579.     这是IRC步长
  2580.     几何优化减小步长用maxstep结合notrust
  2581.     看
  2582.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
  2583.     http://sobereva.com/164

  2584. ----------------------------------------------------
  2585. 2017.08.06 10:28:57
  2586. Q:
  2587.     我也郁闷,可是不会调成半角呀。
  2588.     极点五笔
  2589.     [图片]
  2590.     [图片]这个字可以用在IRC计算里吗?
  2591.     [图片]
  2592.     [图片]

  2593. A:
  2594.     没法在IRC里写

  2595. ----------------------------------------------------
  2596. 2017.08.06 11:10:45
  2597. Q:
  2598.     老师,请问高斯软件中nbo分析的电荷单位是什么?我百度没有查到。

  2599. A:
  2600.     e
  2601.     不要用百度

  2602. ----------------------------------------------------
  2603. 2017.08.06 11:14:48
  2604. Q:
  2605.     有没有大神给我解释下开壳层和闭壳层吗
  2606.     感激不尽
  2607.     我能不能理解为带电基团就是开壳层,0价基团就是闭壳层,这样可以吗

  2608. A:
  2609.     [图片]

  2610. ----------------------------------------------------
  2611. 2017.08.06 11:24:42
  2612. Q:
  2613.     老师,我根据您提供的基组外推的表格,外推CCSD(T)/cc-pVTZ和CCD(T)/cc-pVQZ的能量,计算的是叠氮失去氮气生成氮烯的过程,用外推得到的氮烯的电子能加上N2的电子能与叠氮的电子能相比,结果很怪异,而用外推的方法得到氮烯的电子能和氮烯异构体的电子能相比结果与外推之前是在误差范围内,请问这是什么情况导致的

  2614. A:
  2615.     只可能是外推过程有问题所致

  2616. ----------------------------------------------------
  2617. 2017.08.06 11:26:35
  2618. Q:
  2619.     老师,请问在算三分子相互作用能时,比如A...B...C。如何获得A...C之间的相互作用能呢?请指教,谢谢

  2620. A:
  2621.     AC减A+C
  2622.     虽然有三体作用,但没法严格拆分成片段之间的作用和

  2623. ----------------------------------------------------
  2624. 2017.08.06 16:08:12
  2625. Q:
  2626.      老师们,有个小问题请教,我要算一个较大体系的含铀配合物,基函数接近2000,,,目前想用orca的密度弥合近似加速方法的bp86_d3/def2_svp来做,虽然orca4已经支持自动生成拟合函数,和锕系的def2_sd的ecp,但是没有找到def2支持的铀基组,这个我有什么好的解决方案吗?谢谢。。

  2627. A:
  2628.     只能用SDD

  2629. Q:
  2630.     用sdd还能密度拟合加速吗

  2631. A:
  2632.     可以

  2633. ----------------------------------------------------
  2634. 2017.08.06 18:23:31
  2635. Q:
  2636.     大家好,我想把优化前和优化后的结构同时放在一个GV文件里比较,能做到吗?

  2637. A:
  2638.     不能
  2639.     顶多是作为一个group的两帧,同时显示在一个窗口里

  2640. OA:
  2641.     试试ps
  2642.     VMD

  2643. Q:
  2644.     ............
  2645.     VMD?

  2646. OA:
  2647.     其实GV里可以点到一起,手动Align[图片]
  2648.     其实 chemcraft也可以

  2649. A:
  2650.     在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
  2651.     http://sobereva.com/290
  2652.     两个结构同时在gv里虽然可以显示在一帧,手动去旋转平移其中一个试图对齐另一个,但是颜色上没法进行区分

  2653. ----------------------------------------------------
  2654. 2017.08.06 19:51:12
  2655. Q:
  2656.     请问,我CCL里面subscribe了,怎么没收到邮件啊?记得群里有人用过

  2657. A:
  2658.     现在讨论量小,多观望几天
  2659.     人气大不如前了

  2660. OA:
  2661.     CCL的人去哪了?
  2662.     学术会议

  2663. A:
  2664.     researchgate分流了不少
  2665.     很多程序也都有自己的论坛了

  2666. ----------------------------------------------------
  2667. 2017.08.06 19:54:33
  2668. Q:
  2669.     老师,这是什么情况?[图片]

  2670. A:
  2671.     色彩刻度不合理

  2672. Q:
  2673.     老师有默认值么

  2674. A:
  2675.     有
  2676.     不改就是默认值

  2677. Q:
  2678.     另外这个投入为什么显示的不完全

  2679. A:
  2680.     看不懂

  2681. Q:
  2682.     这个图为什么显示的分子不完整

  2683. A:
  2684.     延展距离不够,或者作图设定不合理

  2685. Q:
  2686.     好的  esp

  2687. A:
  2688.     看手册3.5.2节

  2689. ----------------------------------------------------
  2690. 2017.08.06 20:21:45
  2691. Q:
  2692.     [图片]
  2693.     大博士这里CGTF指的是收缩性高斯函数还是笛卡尔型高斯函数?

  2694. A:
  2695.     不是一类事物
  2696.     与收缩并列的是非收缩
  2697.     与笛卡尔型并列的是球谐型
  2698.     CGTF只是说是收缩型

  2699. ----------------------------------------------------
  2700. 2017.08.06 20:46:05
  2701. Q:
  2702.     请问VMD里两帧同时显示如何操作呢?按这个试了,可是不对[图片]

  2703. A:
  2704.     博文没写错

  2705. Q:
  2706.     我是不是少点个确认啥的........
  2707.     能不能帮我试一下呢?我已经试了好几遍了
  2708.     检查了,没有

  2709. A:
  2710.     [图片]

  2711. ----------------------------------------------------
  2712. 2017.08.06 21:48:11
  2713. Q:
  2714.     各位:我计算ZnO的键的解离能,用焓相减,结果与实验值差很大,是不是金属原子在作怪?我该怎么设置呢?%mem=2GB
  2715.     %nprocl=4
  2716.     %nproc=1
  2717.     #p opt freq BLYP/gen
  2718.    
  2719.     ZnO
  2720.    
  2721.     0 1
  2722.     O                 -2.97872472   -3.32457135    0.00000000
  2723.     Zn                -1.18111129   -3.41723183    0.00000000
  2724.    
  2725.    

  2726. A:
  2727.     可能:
  2728.     基组不合理
  2729.     计算过程不合理
  2730.     计算单个原子时自旋多重度或电荷设定不合理
  2731.     和实验数据对应的情况本身就没可比性

  2732. Q:
  2733.     对比的数据是Truhlar的计算结果
  2734.     基组也同样的基组

  2735. A:
  2736.     那怎么说是和实验值差很大
  2737.     和别人理论值对不上,只可能是前面说的前三条

  2738. Q:
  2739.     基组可以排除

  2740. A:
  2741.     没细节没法说
  2742.     仔细对照文献,死活重复不出来直接找作者要文件

  2743. OA:
  2744.     也有可能没加校正因子

  2745. Q:
  2746.     计算过程是De=H(Zn)+H(O)-H(ZnO)
  2747.     ZPE么?

  2748. OA:
  2749.     焓变的校正因子加了没

  2750. Q:
  2751.    
  2752.     这个怎么加呢?

  2753. A:
  2754.     谈谈谐振频率校正因子
  2755.     http://sobereva.com/221
  2756.     加没加校正因子文章里必然写得很清楚
  2757.     truhlar不用自己的泛函用BLYP,真新鲜

  2758. Q:
  2759.     我看看再讨论,谢谢

  2760. OA:
  2761.     大博士写一个泛函,我们一年之内让他过一百引用率

  2762. 1:
  2763.     他自己的也用的。。
  2764.     我随便用其中一种来重复试试

  2765. A:
  2766.      前提是得有主流程序支持
  2767.     明尼苏达随便出一个破泛函,高斯都支持,引用数都低不了
  2768.     诸如M11之流

  2769. OA:
  2770.     GAMESS不是可以作为自写代码的平台吗
  2771.     高斯公司如果没有明尼苏达这些泛函撑着,估计要被ORCA的双杂化完虐

  2772. A:
  2773.     但是自行发布GAMESS-US包终究是不好的,而且也不易用,发布个补丁倒还行
  2774.     高斯傍truhlar,ORCA傍grimme
  2775.     Q-Chem傍Head-Gordon

  2776. OA:
  2777.     [图片]选着傍对它们有啥好处么
  2778.     Becke在现在的江湖上只闻其声不见其人了

  2779. A:
  2780.     也不算选着傍,只是算是紧密合作
  2781.     合作有优先级
  2782.     Becke最后的一个比较有用的成果算是XDM,不过也不流行
  2783.     后来搞的一些Hyper-GGA也不流行

  2784. OA:
  2785.     相比于DFT-D3成本太高

  2786. A:
  2787.     而且有VV10等对手
  2788.     DFT-D4把原子电荷考虑进去了,用XDM这些基于密度的校正的必要性更低了
  2789.     这两年可能会出一波结合DFT-D4的泛函
  2790.     比如wB97X-D4

  2791. ----------------------------------------------------
  2792. 2017.08.06 23:09:39
  2793. Q:
  2794.     泛函带D的时候本身参数好像也有改变的?

  2795. A:
  2796.     对

  2797. ----------------------------------------------------
  2798. 2017.08.07 11:21:49
  2799. Q:
  2800.     各位老师好,我想问个问题,关于氯分子自由基的优化,优化结果两个氯原子分开了,想问下为什么会出现这种情况,怎么解决可以不让它们分开呢[图片]

  2801. OA:
  2802.      氯气分子化成自由基本来就是两个氯原子啊

  2803. Q:
  2804.     氯分子自由基带有一个负电荷,一个单电子

  2805. OA:
  2806.     我去论坛开一个贴,大家晒一晒自己组里的祖传关键词?

  2807. Q:
  2808.     不是分子啊

  2809. OA:
  2810.      没有负电荷

  2811. Q:
  2812.     不带负电荷啊老师
  2813.     我弄错啦吗
  2814.     我想算的是带负电荷的自由基

  2815. OA:
  2816.     那就是Cl2-.
  2817.     电荷和自旋多重度自己没写错?

  2818. Q:
  2819.     -1,2
  2820.     应该没问题吧
  2821.     我试了b3lyp和m052x方法,不同的基组,优化之后,发现两个氯原子都会分开

  2822. OA:
  2823.     带负电荷的那个叫做离子

  2824. Q:
  2825.     接下来自由基攻击化合物的计算就没法进行啦,所以想问下怎么才能让他不分开,或者这个计算怎么进行下去

  2826. OA:
  2827.     电荷和自旋多重度是没问题。分开的话,有两种可能,一种是带一个单位负电荷后分开确实是比较稳定的,这需要自己google或者看看文献;另一种是方法不够精确或者基组不够大,描述精度不够。
  2828.     另外,使用DFT时,你用的UDFT?

  2829. Q:
  2830.     嗯嗯,是的,我说错啦 老师

  2831. OA:
  2832.      Cl2-.是自由基负离子,(Cl2)2-是带2个单位负电荷的负离子。
  2833.     离子也可以是自由基

  2834. A:
  2835.     优化完了2.75埃,并没什么异常
  2836.     本身Cl2-多的电子就会把Cl2的键进一步破坏
  2837.     如果算模糊键级,依然有不可忽略的电子共享
  2838.     B3LYP/6-311+G*算得的频率200cm-1,依然是束缚态

  2839. Q:
  2840.      老师,使用低基组的优化,他们会分离,换成高基组难道不会分离吗
  2841.     我一直觉得基组越高,越难优化
  2842.     不知道理解的对不对

  2843. A:
  2844.     这种体系基组在6-311+G*及以上,就不会对结果有多大影响

  2845. OA:
  2846.      我个人感觉用def2-TZVP是不是更合适

  2847. A:
  2848.     ma-TZVP
  2849.     毕竟这体系负电荷浓度还是很高的

  2850. ----------------------------------------------------
  2851. 2017.08.07 11:26:00
  2852. Q:
  2853.     [图片]请问老师,图中分子结构中的原子结构有显有隐的,是用什么软件做的啊
  2854.     哦哦,谢谢你啊

  2855. A:
  2856.     虽然不是VMD做的,但VMD支持不同深度的原子以不同程度雾化,可以达到类似效果

  2857. ----------------------------------------------------
  2858. 2017.08.07 11:43:49
  2859. Q:
  2860.     老师有两个小问题。。我在用orca得到的molden.input文件做LOBA氧化态计算。。(1)一个问题体系中包含的g角动量的基组,multiwfn建议我先用molden2AIM,如果直接跳过会引入什么误差吗?(2)由于体系非常大1400基函数,感觉做Pipek-Mezey定域化非常慢,好久没有任何输出,有什么方法加速吗

  2861. A:
  2862.     2 基组用小点。LOBA目的,2-zeta这个档足矣

  2863. Q:
  2864.     好的谢谢老师,,我先对比一下用和不用molden2AIM的结果。。。

  2865. A:
  2866.     通常g角动量掺入的程度很小,对LOBA结果影响应该不大,但最好耗时转一下

  2867. Q:
  2868.     [图片]
  2869.     现在问题是,我用的def2-svp基组,感觉不能再小了

  2870. OA:
  2871.     6-31G*

  2872. Q:
  2873.     这个cycle一般要跑几个呀

  2874. A:
  2875.     看你的阈值和体系特征,10个左右吧

  2876. Q:
  2877.     现在20分钟了。才一个cycle

  2878. A:
  2879.     或者你用NBO的NLMO定域化看看

  2880. Q:
  2881.     嗯,我试试

  2882. A:
  2883.     NLMO定域化耗时对大体系可能会更低,对于较新NBO版本,和pipek-mezey结果通常差不多

  2884. OA:
  2885.     或者多核并行

  2886. A:
  2887.     如果是老版本NBO的NLMO别用

  2888. Q2:
  2889.      老师,请教关于500个以上基函数作局域化,我一直有疑惑:意义在哪里···几乎所有局域化方法在基函数很多时局域化速度都慢,局域化效果也不好,特别是虚轨道形状歪七扭八往往也看不出是啥来。比如楼上这位1400个基函数,PM局域化是有什么重要的目的么?

  2890. Q:
  2891.     NLMO定域化,我用NBO6试一下吗。。

  2892. A:
  2893.      对
  2894.     使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
  2895.     http://sobereva.com/362
  2896.     Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
  2897.     http://sobereva.com/380
  2898.     空轨道对于LOBA没必要定域化

  2899. ----------------------------------------------------
  2900. 2017.08.07 12:06:44
  2901. Q:
  2902.     请问,针对模拟小分子nmr计算,基组选择,和体系设置有什么建议吗?或者推荐一下。谢谢。

  2903. A:
  2904.     谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
  2905.     http://sobereva.com/354

  2906. ----------------------------------------------------
  2907. 2017.08.07 12:23:44
  2908. Q:
  2909.     [图片]请问老师,高斯可以算上图中的振动耦合吗,怎样来判断OMO和UMO可能结合?
  2910.     请问一下高斯中是用什么方法计算?

  2911. A:
  2912.     使用Multiwfn观看分子轨道
  2913.     http://sobereva.com/269
  2914.     里面说了怎么看轨道能量

  2915. ----------------------------------------------------
  2916. 2017.08.07 13:29:34
  2917. Q:
  2918.     [图片]请问老师该结构在B3LYP/6-31G/LANL2DZ条件下优化和频率分析,结果在二茂铁上出现-289的虚频,该怎么调整啊

  2919. A:
  2920.     Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
  2921.     http://sobereva.com/278

  2922. ----------------------------------------------------
  2923. 2017.08.07 13:33:16
  2924. Q:
  2925.     [图片]
  2926.     大博士,能讲一讲这里的这些基组符号都代表什么吗
  2927.     [图片]

  2928. A:
  2929.      培训班基组部分最后讲了

  2930. ----------------------------------------------------
  2931. 2017.08.07 15:37:17
  2932. Q:
  2933.     配个单路的服务器,U是E5 2696V3  固态250g  机械硬盘4T。打算装win7  装虚拟机  运行gaussian, 请问系统盘如何分配啊?
  2934.     [图片]  看论坛中sobereva老师是这么分配的,我可以 100G作为系统盘。150G安装虚拟机运行gaussian吗?

  2935. OA:
  2936.     sob老师装的是双系统,VM虚拟机最多只能给16个核,你36个核,同时开三个虚拟机跑高斯比较合适,但是这样一来对硬盘压力又比较大。
  2937.     150G似乎不够。
  2938.     还是双系统好

  2939. Q:
  2940.     我的是单路的。
  2941.     就18个核。

  2942. OA:
  2943.     VM给虚拟机分硬盘空间的时候,好像只能给同一个主系统分区的空间,所以你如果虚拟机用固态,就不能用4T那个,用4T那个,就没固态。
  2944.     win10不是有linux内核么

  2945. Q:
  2946.      这样啊,那我的如意算盘白打了 。

  2947. OA:
  2948.     双系统。

  2949. Q:
  2950.     双系统。 我配的又是250G的固态。 那个系统装固态上呢

  2951. OA:
  2952.     windows固态,linux就机械吧
  2953.     那你装2个虚拟机,一个在固态上边,一个在4T上边,占用硬盘多的任务就用机械硬盘,占用硬盘少的任务可以用固态。
  2954.     250G任务一大就不够了

  2955. Q:
  2956.     这么看来 即是固态480的 依然存在这样的问题。

  2957. OA:
  2958.     还不如纯机械盘
  2959.     我突然想到,只有在硬盘大量读写的任务用固态提升才明显,但是这样一来固态空间又不够,所以干脆听X老师的,就用机械吧。
  2960.     个人感觉固态硬盘很多情况为了提高速度,作为存储的话没必要固态
  2961.     算个大一点的post-HF任务。。硬盘分分钟就没了

  2962. Q:
  2963.     恩。

  2964. OA:
  2965.     一块固态根本存不了

  2966. Q:
  2967.     我 用不到后HF  最多就是 TD-DFT
  2968.     那亲爱的sobereva老师 装固态是为了什么呢?  帖子里写的就是后HF方法 要大量读取硬盘。所以虚拟机安装太固态上

  2969. OA:
  2970.     [图片]我先去求证一下我说的这句话。

  2971. Q:
  2972.     装在机械上,好像固态装的意义就不大了,只是window系统开机快点,运行速度快点。老师们,我需要提高固态硬盘的容量吗?换个480g的? 迷茫了......
  2973.      谢谢了  这么认真。

  2974. OA:
  2975.     [图片]
  2976.     可以添加两块硬盘。

  2977. Q:
  2978.     填两块固态吗? 装双系统?

  2979. OA:
  2980.     [图片]虚拟机可以支持两块硬盘,那你直接装在固态上面,然后把机械硬盘再添加进去。

  2981. Q:
  2982.      谢谢了。
  2983.      同时开三个虚拟机。 你三个虚拟机都是怎么设置的  CPU核心数和内存都是多少啊?

  2984. OA:
  2985.     不客气,我也是刚注意到这个问题,才开始探索,如果哪位前辈看出来我哪儿说的不对,请指出来。
  2986.     你一定是黑苹果淘宝店下面评论说开三个虚拟机很爽的那位吧
  2987.     ……我没这么强大的虚拟机主机,开不起三个。。。我是看到别人说的,36个核,开了三个虚拟机同时跑高斯,你18核的话,一两个就行了,不用三个。
  2988.     是我说的
  2989.     不对,我看到了,评论的人不是我。

  2990. A:
  2991.     为了让计算时临时文件读写快而买固态,直接上PM961
  2992.     250G左右的固态,若不分割rwf文件,稍微算大点体系的后HF立马就用完了
  2993.     1T当然贵

  2994. Q:
  2995.      老师好,那我还是把虚拟机老老实实装在机械硬盘是吧?

  2996. A:
  2997.     固态

  2998. Q:
  2999.     固态我只有250G

  3000. A:
  3001.     [图片]

  3002. OA:
  3003.     [图片]读3000写1500!!

  3004. A:
  3005.     我的实测
  3006.     [图片]

  3007. OA:
  3008.     社长壕啊
  3009.     。。。

  3010. A:
  3011.     没壕到买1T

  3012. Q:
  3013.     好吓人啊

  3014. A:
  3015.     也就比一般的廉价SATA3 512GB贵几百而已

  3016. OA:
  3017.     这速度。。快赶上内存了
  3018.     如果继续发展下去

  3019. A:
  3020.     离内存还远

  3021. Q:
  3022.     PM961

  3023. OA:
  3024.     内存七八十G每秒好像。
  3025.     对哦
  3026.     pcie接口速度2~4G/s

  3027. A:
  3028.     Radeon Pro SSG才叫壕

  3029. OA:
  3030.     sata也就6GB

  3031. A:
  3032.     Radeon Pro SSG才叫壕

  3033. OA:
  3034.     那不是显卡么
  3035.     集成了2TB的。。SSD

  3036. Q:
  3037.     突然插不进来话了, 你们在说啥   2TB的  SSD

  3038. OA:
  3039.     经过仔细观察上述留言,sob老师是在黑苹果那里买得主机吧?
  3040.     难道那个评论是sob老师的?
  3041.     开三个虚拟机?
  3042.     不对,ID不是sobereva。。。
  3043.     我也不知道,不过sob老师淘宝id不一定也是sob吧?
  3044.     就这个!
  3045.     [图片]
  3046.     时间戳比社长买的时候早吗?
  3047.     最近也想跟随大神的步伐,买个计算和动力学的主机。sob老师也不说是哪里买得,害怕买到次品或坑品。
  3048.     [图片]
  3049.     7月12

  3050. Q:
  3051.     我有个问题啊。 虚拟机安装在固态上,计算的时候gaussian就只能用固态读写吗?不能用到机械硬盘的 其他盘吗?

  3052. OA:
  3053.     可以。。你可以分配rwf
  3054.     突然发现,内存32G,同时三个高斯??

  3055. A:
  3056.     看来2696v3安利得很成功

  3057. OA:
  3058.     win
  3059.     后果就是涨价了
  3060.     目测32位的
  3061.     涨了300左右

  3062. Q:
  3063.       应该是黑苹果吧。但是他家不理我。我去了另外一家,还不是北京的。如果没问题 再跟大家汇报吧。比北京的报价都贵。

  3064. OA:
  3065.     应该可以开三个

  3066. Q:
  3067.     何止300

  3068. A:
  3069.     发帖前要是屯100颗,就赚3万了

  3070. OA:
  3071.      天啊,已经涨钱了?
  3072.     性价比还在的
  3073.     大博士市场意识开始觉醒

  3074. Q:
  3075.      就是了  那还是去实体店比较好。

  3076. A:
  3077.     只是说说,不做JS

  3078. OA:
  3079.     实体店啊。。
  3080.     科音要倒腾CPU了……

  3081. A:
  3082.     比特币涨之前要是屯GPU也能赚一笔

  3083. Q:
  3084.     这是谁的系统的。每个虚拟机都怎么分配的

  3085. OA:
  3086.     我一眼就明白了JS是啥意思
  3087.     就怕被宰了
  3088.     商品底下的评论,不认识主人。
  3089.     实体店%……%
  3090.      sob老师,我猜测的那家对吗?\

  3091. Q:
  3092.      我是说在北京的就可以去实体店买了。

  3093. OA:
  3094.     装得都是linux,这很sob老师。

  3095. A:
  3096.     [图片]
  3097.     运行仨虚拟机跑高斯这种事我才不干

  3098. OA:
  3099.     我虚拟机装了个win7,用来装一些不怎么用但是偶尔会用的软件,以及测试一些危险的文件,这样主系统不乱。
  3100.     难道猜测错误啦??可是看起来sob老师就是在那里买得呢。

  3101. A:
  3102.     本来前一阵是要发个帖子谈谈并且测试SSD的速度对计算性能的影响的,里面就有PM961,不过因为办基础量化培训暂时耽搁了
  3103.     保不齐之后PM961也要涨
  3104.     PM961就类似于960EVO的工包

  3105. OA:
  3106.     。。。
  3107.     买不起啊……
  3108.     我先去屯点。。。
  3109.     嗯,这次装机就先选PM961啦。
  3110.     你们不当JS,我当

  3111. A:
  3112.     PM961做启动盘可能够呛
  3113.     影驰SSD当系统+软件盘,PM961纯粹当working horse,用坏了就换

  3114. OA:
  3115.     寿命短?
  3116.     为啥够呛?
  3117.     一直计算寿命肯定。。

  3118. A:
  3119.     很多主板不支持PCI-E的当启动盘

  3120. Q:
  3121.     PM961 是笔记本固态啊  和 三星850  EVO 250G  有啥区别

  3122. A:
  3123.     很多主板不支持PCI-E的当启动盘
  3124.     BIOS不认,但是系统认
  3125.     固态哪分台式机笔记本

  3126. OA:
  3127.     所以,用坏就换


  3128. A:
  3129.     PM961号称三年换新

  3130. OA:
  3131.     可以无限续命

  3132. A:
  3133.     前提是得确实用坏了

  3134. ----------------------------------------------------
  3135. 2017.08.07 16:00:32
  3136. Q:
  3137.     请问各位老师,如果我配置好了linux的环境和各种软件,应该如何备份系统?以便以后系统崩溃了后,可以快速恢复?

  3138. OA:
  3139.     虚拟机的话有个快照功能,一周前刚跟sob老师学会的
  3140.     linux下有没有类似ghost的?软件
  3141.     不过现在好像不流行ghost了
  3142.     系统崩坏了,直接重装

  3143. Q:
  3144.      快照功能 保证断电后 可以继续跑 是吗?

  3145. OA:
  3146.     系统好装,软件麻烦。

  3147. Q:
  3148.      谢谢!我准备买了主机后,像sob老师那样,装实体机的win10和linux双系统。

  3149. A:
  3150.     我的固态给/sob分450GB,其它分给/。程序尽量只装在/sob,重装系统时只需要覆盖/,/sob里的东西不会动。手动时不时备份一下/sob里关键文件就完了

  3151. Q:
  3152.      您的固态都给linux系统了

  3153. A:
  3154.     win10相对win7一个好处是自带了ubuntu(虽然不完整,很多程序编译不过去或运行不成功)

  3155. OA:
  3156.      系统不是越新越好吗?买新不买旧。

  3157. A:
  3158.     不过若不是不支持256G我也不会用win10
  3159.     系统越新设计越蠢

  3160. OA:
  3161.     啊,我用win10都一年多了,怎么从没发现ubuntu呢?

  3162. A:
  3163.     需要自行打开,google

  3164. OA:
  3165.     你装win7和centos的双系统。@小马
  3166.     我曾经尝试打开win10的ubuntu,一两天,最后默默地放弃,恢复到之前的系统……
  3167.     社长激活了 内置ubuntu吗?

  3168. A:
  3169.      是

  3170. ----------------------------------------------------
  3171. 2017.08.07 16:03:08
  3172. Q:
  3173.      我目前模拟的蛋白有一个暴露在液相中盐桥,想要破坏它,想在碱性条件下观察这个片段的稳定性,除了改变带电残基的电荷状态,是否可以加入不同弄的OH-实现体相的PH值变化?

  3174. A:
  3175.      浓度太低,应当反映不出来效果。

  3176. ----------------------------------------------------
  3177. 2017.08.07 16:10:31
  3178. Q:
  3179.     请问老师,[图片]这是别的老师写的文件,出现l1错误,说是win可以算,错在哪里  ,求助

  3180. A:
  3181.     拼对loose

  3182. OA:
  3183.     我也想说,设成蓝色眼睛真的不累么

  3184. OA:
  3185.     为啥要设置maxcycle=64?
  3186.     这截图可以上祖传关键词雅座
  3187.     图解电子激发的分类
  3188.     http://sobereva.com/284

  3189. ----------------------------------------------------
  3190. 2017.08.07 16:10:31
  3191. Q:
  3192.     请问一下哈 怎么单独计算配合物中配体激发态的能级

  3193. OA:
  3194.     你是想单独计算这个配体还是配合物中的配体

  3195. Q:
  3196.     老师,您好!配合物中能带的带隙与HOMO,LUMO有联系吗?谢谢老师!

  3197. A:
  3198.     配合物孤立分子不说带隙,带隙是对周期性体系而言的

  3199. Q:
  3200.     恩,就是算周期性的结构得到的结果。

  3201. OA:
  3202.     这应该是两个概念

  3203. A:
  3204.     既然是周期性,就没有HOMO、LUMO的概念了
  3205.     顶多是分子间耦合较弱时,可以近似把HOMO-LUMO gap当做band gap
  3206.     别看一些文献胡说八道

  3207. Q:
  3208.     这样啊

  3209. OA:
  3210.     算能带,用正儿八经的周期性计算软件算,比如VASP
  3211.     crystall

  3212. A:
  3213.     nano letter上甚至还有用MP2算分子轨道的傻事

  3214. Q:
  3215.     所以我一直都比较困惑

  3216. OA:
  3217.     jacs上做计算出身的不多

  3218. A:
  3219.     JACS还有用6-31+G的...

  3220. OA:
  3221.     也是,毕竟不是专门搞计算的
  3222.     JACS几乎都是实验党的天下
  3223.     Nature MP2/6-31G(d)
  3224.     计算只不过是“画龙点睛”
  3225.     虽然比上面好一点

  3226. Q:
  3227.     [图片],然后文章后面还接着说能带的线指认SOMO和LUMO
  3228.     真的是晕运的
  3229.     谢谢各位老师!

  3230. A:
  3231.     这种情况不应该用LUMO,而应该用LUCO以免歧义,CO=crystal orbital

  3232. ----------------------------------------------------
  3233. 2017.08.07 16:33:22
  3234. Q:
  3235.     请问为什么TDDFT中,无法使用wB97X-V这个泛函

  3236. A:
  3237.     RTFM

  3238. ----------------------------------------------------
  3239. 2017.08.07 17:47:02
  3240. Q:
  3241.     计算含Ag原子化合物的超极化率,结果Sob老师在PPT中推荐的基组好像对Ag原子都没有定义,我该换那个基组比较好

  3242. A:
  3243.     aug-cc-pVTZ-PP

  3244. ----------------------------------------------------
  3245. 2017.08.07 19:44:04
  3246. Q:
  3247.     请问:计算一个分子键能的时候,选择足够大的基组时用公式EAB-EA-EB,片段A和B对应的EA和EB是直接把优化的分子拆成A和B片段,然后计算A和B的单点能,还是拆分后分别优化片段A和B得到各自的能量呢?

  3248. A:
  3249.     [图片]

  3250. Q:
  3251.     多谢老师,我还有疑问就是,我研究的体系的...CH2-CH2...单键,对于理论方式研究键能时,是不是就可以直接单点计算得到片段A和B的能量,然后总的减去A和B的单点能。毕竟上图说的是结构要和整体一致。

  3252. A:
  3253.     是

  3254. ----------------------------------------------------
  3255. 2017.08.07 20:19:18
  3256. Q:
  3257.     计算NBO时,是不是可以参考优化输入模板,加上关键词pop=nboread,$NBO plot file=TS-A1A-L1-NBO-plot $END,就可以了?其中的opt要删掉吗?[图片]

  3258. A:
  3259.     删不删显然看你要不要优化结构
  3260.     pop=nbo就完了,没必要nboread

  3261. ----------------------------------------------------
  3262. 2017.08.07 21:35:04
  3263. Q:
  3264.     老师,想继续问问您,我的体系,有过渡金属,在算NBO时,我发现加了gen pseudo=read关键词就交不上作业,去掉之后就可以交上,这样对结果有影响吗? [图片]@Sobereva

  3265. A:
  3266.     格式不对
  3267.     不加这哪行,成了STO-3G计算了

  3268. Q:
  3269.     为什么,不需要和优化结构时的方法基组一致吗?

  3270. A:
  3271.     意义不明
  3272.     本来就不要求一致
  3273.     你当前也不是因为这个问题出错
  3274.     仔细看输出文件里的报错提示

  3275. Q:
  3276.     [图片]

  3277. A:
  3278.     明显格式不对
  3279.     都没定义基组就写了$NBO

  3280. ----------------------------------------------------
  3281. 2017.08.07 21:39:39
  3282. OA:
  3283.     有研究太阳能的好友,欢迎加入太阳能电池与光催化群:XXXXXXXX

  3284. A:
  3285.     不要经常发,非商业性宣传信息最多只发一次,2017-Jul-19的时候已经发过一次了

  3286. Q:
  3287.     黑历史

  3288. A:
  3289.     我都记着呢

  3290. Q:
  3291.     可怕....以后说话可得小心

  3292. A:
  3293.     以前在1号群的时候就发过好几次宣传其它群的信息

  3294. Q:
  3295.     我看到了放在桌面上的小本本

  3296. A:
  3297.     小本本是.txt

  3298. ----------------------------------------------------
  3299. 2017.08.07 22:17:25
  3300. Q:
  3301.     [图片]
  3302.     老师这个LOBA的fragment功能能看片段的氧化态吗。。我设置了fragment然后没有输出fragment的氧化态信息呢?

  3303. A:
  3304.     输入阈值啊

  3305. Q:
  3306.     输入了。。

  3307. A:
  3308.     不应该啊,博文里都能输出

  3309. Q:
  3310.     哦哦OK了,现在看到了。。刚才没看到。。谢谢老师

  3311. ----------------------------------------------------
  3312. 2017.08.07 22:46:44
  3313. Q:
  3314.     大博士,反铁磁耦合态计算时候是不是hf成分越高算的越好?

  3315. A:
  3316.     不是,那岂不M06HF最好了

  3317. Q:
  3318.     我以为和双自由基体系一样,hf成分越高,越容易发生对称破缺

  3319. A:
  3320.     不是越容易破缺越好

  3321. Q:
  3322.     hf成分适中即可?

  3323. A:
  3324.     恩

  3325. Q:
  3326.     可是对于过渡金属体系m062x又不适用
  3327.     b3lyp又太低

  3328. A:
  3329.     b3lyp就行了

  3330. ----------------------------------------------------
  3331. 2017.08.07 22:46:44
  3332. Q:
  3333.     单路的E5 2696 V3+  GTX 1080 Ti  需要配个什么电源啊?750W的?  台达650W 可以支撑下去不?
  3334.     哪位最近买过类似的配置推荐一下哦

  3335. A:
  3336.     650W足够

  3337. ----------------------------------------------------

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