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标题: 关于dmol3中TS search时出现极相近的两个虚频时如何消除不需要的虚频的问题 [打印本页]

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-2 11:49
标题: 关于dmol3中TS search时出现极相近的两个虚频时如何消除不需要的虚频的问题
本帖最后由夜夜衣于 2017-9-2 12:38 编辑

我在用DMOL3进行TS search时出现了两个极为相近的虚频（-659.7，-658.9），然后我用vibrational analysis找到了我需要的振动方式，并将其animation之后得到了一个-659.7.xtd文件，然后我是应该对得到的这个-657.xtd文件进行TS optimization，还是应该对TS.xtd文件进行TS optimization呢？还有，这两种我都试了，软件会提示（需要一个海森矩阵），那么怎么导入海森矩阵呢？望各位前辈指导。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-2 12:36
过渡态精修应该用TS optimization做，而不是TS confirnation，是TS search计算后产生的xsd做，Hessian矩阵是通过产生-659.7.xtd的animation之后就可以了。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-2 12:42

卡开发发发表于 2017-9-2 12:36
过渡态精修应该用TS optimization做，而不是TS confirnation，是TS search计算后产生的xsd做，Hessian矩阵 ...

好的谢谢前辈的回答，我是想写optimization来者的，刚刚接触这个，手一抖一下写错了，我已经改过来了。昨天我是对-659.7.xtd进行TS optimization的，但是昨天一直提示要引入矩阵，但是今天我重新将它animation之后，然后惊奇的发现不需要矩阵了，不知道是怎么回事。。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-2 12:50

卡开发发发表于 2017-9-2 12:36
过渡态精修应该用TS optimization做，而不是TS confirnation，是TS search计算后产生的xsd做，Hessian矩阵 ...

我再确认下，您的意思是将我需要的振动方式animation后就会产生海森矩阵，然后我再对TS.xsd进行TS optimization之后，那个我不需要的虚频就会呗消除掉吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-2 13:13

夜夜衣发表于 2017-9-2 12:42
好的谢谢前辈的回答，我是想写optimization来者的，刚刚接触这个，手一抖一下写错了，我已经改过来了。昨 ...

animation之后程序就会自动去读对应模式的Hessian。原则上会跟踪你选中的模式保留虚频，单如果那两个模式耦合很严重的话，TS optimization也不一定能够完全消除另外一个虚频。这有可能会是LST/QST过程两端反应物或产物结构不合理，或者LST/QST的精度太低没搜索到足够合理的初始过渡态结构，也有可能会是路径不合适（比如并非基元过程），甚至还有可能是精度不足导致的，具体的暂时很难说，等出了问题再看具体情况

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-2 13:43

卡开发发发表于 2017-9-2 13:13
animation之后程序就会自动去读对应模式的Hessian。原则上会跟踪你选中的模式保留虚频，单如果那两个模式 ...

好的，我先按前辈的试试。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-5 12:11

夜夜衣发表于 2017-9-2 13:43
好的，我先按前辈的试试。

前辈，我做TS optimization的时候老是报错，找了好久也没找到问题，我上传个文件能不能麻烦你帮我看看是哪里出了问题。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-5 13:04

夜夜衣发表于 2017-9-5 12:11
前辈，我做TS optimization的时候老是报错，找了好久也没找到问题，我上传个文件能不能麻烦你帮我看看是 ...

把outmol文件上传上来。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-5 13:07

卡开发发发表于 2017-9-5 13:04
把outmol文件上传上来。

好的

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-5 13:58

夜夜衣发表于 2017-9-5 13:07
好的

没有找到错误的提示，你重新提交任务看看是否出现其他非正常中断。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-5 14:09

卡开发发发表于 2017-9-5 13:58
没有找到错误的提示，你重新提交任务看看是否出现其他非正常中断。

我是提交到组里的服务器上的，我已经试过几次提交了，都是这种情况，err文件中也没有报错的提示，还有我那两个极为极为相近的虚频其实应该说是一个虚频（类似于一条抛物线被分解成了水平方向和竖直方向的振动方式），不是那种一个很大一个很小的情况（比如-1331，-121 ），这两种情况我都试过了，还是不行。另外input最后一行DMOL3生成的时候Frequency_analysis 是on，但是这样服务器不让算，最后改成了old才让算。前辈你看看有什么建议吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-5 14:20

夜夜衣发表于 2017-9-5 14:09
我是提交到组里的服务器上的，我已经试过几次提交了，都是这种情况，err文件中也没有报错的提示，还有我 ...

这个很难讲，有可能是作业调度导致，也有可能是你PC的MS版本和Console不一致引起，也许还有其他因素，我暂时很难判断。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-5 15:53

卡开发发发表于 2017-9-5 14:20
这个很难讲，有可能是作业调度导致，也有可能是你PC的MS版本和Console不一致引起，也许还有其他因素，我 ...

好的，我和导师分析应该是产物的结构出了问题，这个体系不好找过渡态，我得发邮件问问文献的作者才行，不过还是谢谢前辈你，花这么多时间分析

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-5 16:32

夜夜衣发表于 2017-9-5 15:53
好的，我和导师分析应该是产物的结构出了问题，这个体系不好找过渡态，我得发邮件问问文献的作者才行，不 ...

我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-5 22:26

卡开发发发表于 2017-9-5 16:32
我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

我先试着处理下把，有结果了再跟前辈联系~

作者
Author: jjqaz 时间: 2017-9-11 21:07

卡开发发发表于 2017-9-5 16:32
我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

老师，请问下您DMOL3中过渡态搜索后TS Confirmation获得的xcd图怎么看？从中怎么判断自己获得的过渡态是否正确，以及若是不正确该如何处理？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-11 21:09
本帖最后由卡开发发于 2017-9-11 21:15 编辑

jjqaz 发表于 2017-9-11 21:07
老师，请问下您DMOL3中过渡态搜索后TS Confirmation获得的xcd图怎么看？从中怎么判断自己获得的过渡态是 ...

不太清楚，DMol3的TS confirmation的算法我没有专门研究过。但大概可以确定的是，在NEB过程中能搜索到其他极小点的话，也就意味着你找的过程并非一个基元反应过程，你需要重新在这个极小点和反应物与产物分别在做过渡态搜索。

作者
Author: jjqaz 时间: 2017-9-11 21:24

卡开发发发表于 2017-9-11 21:09
不太清楚，DMol3的TS confirmation的算法我没有专门研究过。但大概可以确定的是，在NEB过程中能搜索到其 ...

好的，谢谢老师，我去研究下~~~~

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-10-6 15:29

卡开发发发表于 2017-9-5 16:32
我倒是不认为不能顺利跑下去的事情和结构有关，如果是结构不合理充其量也就TS opt不收敛而报错。

老师，这个过渡态精修的问题搁置了一段时间，其他的忙完了，最近又开始研究起来了，但总是报错，有错信息在附件里面，老师能麻烦您能帮我看看吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-10-6 15:54

夜夜衣发表于 2017-10-6 15:29
老师，这个过渡态精修的问题搁置了一段时间，其他的忙完了，最近又开始研究起来了，但总是报错，有错信息 ...

报错/opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh: No such file or directory，检查一下环境变量是否有问题，还是确实没有这个文件。你再看看其他DMol3的任务是否能正常运行。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-10-6 16:33

卡开发发发表于 2017-10-6 15:54
报错/opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh: No such file or directory，检查一下环境变量是否有 ...

机房的管理员回家了...我不知道怎样才能检查文件存在不存在或者环境变量有问题，正常的优化是可以进行的但是涉及到频率的总是会报错..

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-10-7 12:56

卡开发发发表于 2017-10-6 15:54
报错/opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh: No such file or directory，检查一下环境变量是否有 ...

我去问了管理员，环境变量的问题是当时写pbs脚本的时候的问题，应该没有影响，我也计算了其他体系的频率是可以的，说明应该是体系本身的问题。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-10-7 14:33

夜夜衣发表于 2017-10-7 12:56
我去问了管理员，环境变量的问题是当时写pbs脚本的时候的问题，应该没有影响，我也计算了其他体系的频率 ...

我不清楚你是否给我全部的报错信息，暂时来说不大好诊断。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-10-17 16:16

卡开发发发表于 2017-10-7 14:33
我不清楚你是否给我全部的报错信息，暂时来说不大好诊断。

老师，我觉得我找到问题了，我的二维材料体系都引入了或多或少的正电荷，应该是引入之后体系的构型变化很大，也很不稳定，导致频率计算不出，现在准备改用VASP计算，但是往里面引入电荷怎么写关键字又是个问题...体系中共有36个硼原子和2个H原子，那是否关键字应该写成NELECT = 109？附BH原子的potcar

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-10-17 18:34

夜夜衣发表于 2017-10-17 16:16
老师，我觉得我找到问题了，我的二维材料体系都引入了或多或少的正电荷，应该是引入之后体系的构型变化很 ...

我觉得应该不是体系的事情，一般带电荷也是能算的。不过周期体系加电荷最好弄清楚意义，否则结果会很诡异。

NELECT就是按照电子数目算，现在是36x3+2=110，如果你要引进一个正电子就是109.

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-10-17 22:35

卡开发发发表于 2017-10-17 18:34
我觉得应该不是体系的事情，一般带电荷也是能算的。不过周期体系加电荷最好弄清楚意义，否则结果会很诡异 ...

好的，非常谢谢老师，其实我对往周期性体系里面加电荷也存在疑问，曾有老师现在也是对这个持保留意见，认为在软件的计算原理上有一点问题，不过导师曾用这个发过JACS，我现在也是在做一些后续的工作，现在导师的想法确实是我不能违逆的，希望以后我能彻底的弄清楚这个问题~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-10-17 22:44

夜夜衣发表于 2017-10-17 22:35
好的，非常谢谢老师，其实我对往周期性体系里面加电荷也存在疑问，曾有老师现在也是对这个持保留意见，认 ...

加电荷本身没问题，一些发散性的问题已经有多种成熟技术可以避免，但是加电荷的意义得弄清楚。

作者
Author: zll12369 时间: 2025-3-7 21:15
前辈您好，我在使用石墨炔负载单原子催化剂催化甲酸脱氢的计算中，也遇到了您之前所遇到的问题，我在TS search后得到了多个虚频，能够确定其中一个虚频是我所需要的路径，请问我是应该对这个虚频animation之后对得到的xtd文件进行频率计算后再对其所产生的xsd文件进行TS opt呢，还是在对所需要的虚频进行animation后直接对TS search目录下的xsd文件进行TS opt 呀。我对所TS search目录下的xsd文件进行TS opt，也是遇到了和您一样的问题，反复的报错。想麻烦您为我解惑一下。

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