计算化学公社

标题: 请问gaussian09算频率出来的结果中的数据怎么去看？ [打印本页]

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-5 14:18
标题: 请问gaussian09算频率出来的结果中的数据怎么去看？
我用gaussview画一个硝基苯的图，然后优化之后再去用这个优化的图去计算他的频率，在这其中我有两个问题想请教一下各位前辈。第一个问题是，如何看优化出来的这个分子结构是否是最佳的，有学长告诉我多画几个一起优化了然后比较HF能量，能量越低越稳定，请教有没有其他的方法？
第二个问题是，用gaussian算出来的结果中数据如何去看，在result中查看vibration之后如何看？比如我做的这个分子的结果。请求前辈举例说明一下，心中万分感谢！新手菜鸟提的问题可能比较low，望海涵

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-5 14:22
这是另外两个自己画的优化之后测了一下能量，其他都相同

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-9-5 14:47
本帖最后由 zjxitcc 于 2017-9-5 14:48 编辑

（1）强烈怀疑你没有弄清 “算单点” 与 “做结构优化” 的区别。你这几个结构是做单点计算得到的，你难道没有发现这结构与你一开始构建的结构没区别？比如big pi.out 文件里，最后力的收敛指标可以看出，这压根不是局域极小点，做freq几乎无意义，更别提看什么频率。请先优化至局域极小点再说（要用opt关键词的）；
（2）如果只是练习，或者是看看硝基苯有几个稳定的构象，用这么大的基组是在浪费时间，6-31g(d)足矣。而且你写的6-311g+**有误，是6-311+g**；
（3）请用一些量子化学术语，“测了一下能量”是实验术语，这是理论计算，不是实验。举例：我计算了xx结构的单点能，是xxx；我对xx和xx几个结构做了opt，结果xxx，最后xx能量哪个低。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-9-5 16:12
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-5 18:45

zjxitcc 发表于 2017-9-5 14:47
（1）强烈怀疑你没有弄清 “算单点” 与 “做结构优化” 的区别。你这几个结构是做单点计算得到的，你难道 ...

受教了，谢谢，您支出的问题我今后会注意的！再请您指点一下，您说的局域极小点具体是怎样的操作，我现在是用guassview画图，是在里面选择了optmization优化的，怎样用关键词opt呢？谢谢您！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-9-5 19:07
瞎说

你选了optimization就有opt关键词的，看图
(, 下载次数 Times of downloads: 298)
可是你给的文件里没看到opt关键词啊。一个都没有。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2017-9-5 20:56
本帖最后由 ABetaCarw 于 2017-9-6 06:43 编辑

真的建议你别现在找零零散散的资料瞎模仿了。你已经错过了社长的初级班报名了，这个真的是你最大的损失。
我以同是菜鸟的身份建议你，咱看点书吧。你不是想直接算吗？社长和liyuanhe老师推荐的赖文的书你肯定是拒绝看的。Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods这个还是看看吧，真的就是直接教你什么任务怎么算的，官方出品，质量有保证。看第二版！！！第二版还有中文的节选翻译，用心找找，能找到，不过原书看起来那些英文还是能看懂的。如果你还是拒绝，那中文的书总可以看看吧。图书馆有《计算化学实验》胡红智, 马思渝编，这本书清看一看，很薄，算是救命稻草，直接上手带你做几个例子。郭勇写了一个《gaussian使用指南》，0门槛真的。可以看看。Zork翻译过gaussian用户手册，可以全文搜索，遇到关键词不会的就打开搜搜找答案，你比在某虫搜出来的靠谱。
以上这些都不能替代基础知识，基础知识怎么补，看liyuanhe老师给的那个链接。
我记得你的ID，希望你可以认真走下去。

==============以下为新编辑内容=============
楼主，我的话和社长的话出现冲突时候，听社长的。郭勇那本拿掉吧。
郭勇那本，我还拿来当过参考呢。看来要谨慎了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-6 05:17

ABetaCarw 发表于 2017-9-5 20:56
真的建议你别现在找零零散散的资料瞎模仿了。你已经错过了社长的初级班报名了，这个真的是你最大的损失。
...

“...写了一个《gaussian使用指南》”这个千万别看，这就是博文里我说的典型的那种误人子弟资料，如果把科音基础班的东西都掌握扎实了，再看这个会发现错误百出，几乎没法入眼。那个使用指南我没记错的话，是厦大理论化学论坛健在的时候把里面的讨论汇编到一起攒出来的。如果有人肯把计算化学公社论坛的讨论攒成这种资料，那就大可放心。
与其看市面上一些《计算化学实验》类型的书，还不如啃啃exploring。

强烈建议LZ多看看本论坛量化版从刚建站开始到现在的所有讨论，以及置顶的简单量化问题答疑专贴和liyuanhe的FAQ，虽然不可能像参加科音培训那样在很短的时间内就很好地系统性地学一遍，但比起看任何其它乱七八糟资料长进都快，更关键的是，还不会被误导（虽然肯定大部分还看不懂）。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2017-9-6 06:45
本帖最后由 ABetaCarw 于 2017-9-6 06:48 编辑

sobereva 发表于 2017-9-6 05:17
“...写了一个《gaussian使用指南》”这个千万别看，这就是博文里我说的典型的那种误人子弟资料，如果 ...

感谢社长指出问题。我自己在有讲义前是参考那个的，听了社长的话，感觉自己以后需要更加谨慎了。

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-6 10:48

zjxitcc 发表于 2017-9-5 19:07
瞎说你选了optimization就有opt关键词的，看图

可是你给的文件里没看到opt关键词啊。一个都没有。
...

老师你好，我是先用opt优化了图形，再用gaussview打开优化（opt）后的out文件，选择calculate里的frequency，再用gaussian09计算的，不知道我的步骤对不对？

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-6 10:51

sobereva 发表于 2017-9-6 05:17
“...写了一个《gaussian使用指南》”这个千万别看，这就是博文里我说的典型的那种误人子弟资料，如果 ...

谢谢sob老师的指导，培训班今年是老师这边实验比较紧，明年我会争取去一次的

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-6 10:57

ABetaCarw 发表于 2017-9-5 20:56
真的建议你别现在找零零散散的资料瞎模仿了。你已经错过了社长的初级班报名了，这个真的是你最大的损失。
...

谢谢你的回答，很细致，听你和sob老师的

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-6 11:05
这个就是我先选择的opt，优化后用out文件再计算frequency或者energy，出来的结果不带opt我也不知道是怎么回事，还有能否说我一下我这个操作步骤对不对，还有像学长说的多画几个图都优化了看能量最低的那个优化图就是最稳定的，每次画结构找最佳优化的结构是这样找的吗？谢谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-9-6 11:34

huaxuewuli 发表于 2017-9-6 11:05
这个就是我先选择的opt，优化后用out文件再计算frequency或者energy，出来的结果不带opt我也不知道是怎么回 ...

你的描述是对的，但我不知道你具体操作时有没错。你这样算freq时是没有opt关键词的，因为是分步做的，这没问题。但是，要注意（1）opt是否成功？即优化是否收敛；（2）你是否取out文件最后一个结构做的freq？不要拿第一个结构做freq，那是错误；（3）找不同的稳定构象，如果是作为练习，那么手动构建不同初始结构分别优化就好了。如果是搞科研或者一定要求比较全、多的稳定构象，就要用到构象搜索的方法，比如跑MD采样、使用sob社长的gentor、molclus工具等等，这种介绍本论坛首页就有，应自己先看博文而不是直接发问；（4）上面说过的问题要注意看。
如果还有问题，请找一个师兄师姐手把手教你，因为论坛上不可能给你一直仔细截图回复。

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-6 15:35

zjxitcc 发表于 2017-9-6 11:34
你的描述是对的，但我不知道你具体操作时有没错。你这样算freq时是没有opt关键词的，因为是分步做的，这 ...

十分感谢您的回复这么细致！自学高斯确实有点费劲，我也想找个师兄教我但是附近都是做实验的也没有能教我一点的，最后再问您一下：
您的回复有一点每太看懂，1、gaussian09 opt优化提示正常结束是不是就是收敛的？2、你所说的out文件最后一个结构是什么意思，不就是输入一个input输出一个output，还有其他的结构吗？3、不同稳定的构象是什么，比如我的这个硝基苯，NO之间的是大pi键，类似于苯环中的，那么我已经知道他的键型了，我就在gaussview中画出来然后去优化，每次键长健角不同，每次优化出来的结果也不同。
给您点一个大大的赞！

@zjxitcc

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-9-6 16:07

huaxuewuli 发表于 2017-9-6 15:35
十分感谢您的回复这么细致！自学高斯确实有点费劲，我也想找个师兄教我但是附近都是做实验的也没有能教我 ...

（1）正常结束可以认为是收敛的，不过还要再做freq的计算，确认没有虚频，才是稳定的构象（local MIN）；
（2）所谓结构优化，自己想想也知道，当然是经过若干步优化才能完成，完成之后out文件里有每步的中间结构，显然最后一个结构才是想要的。如果不知道怎么看到中间所有的结构，那我是不会回答你的，自己找答案

（3）我还是那句话，你可能没有弄对“单点”与“优化”的区别，“每次优化出来的结果也不同”这话对硝基苯来说，不合实际，硝基苯就1个稳定构象，就算你换不同的初始构型，优化出来的结果是一样的（共平面）。

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-6 16:27

zjxitcc 发表于 2017-9-6 16:07
（1）正常结束可以认为是收敛的，不过还要再做freq的计算，确认没有虚频，才是稳定的构象（local MIN）； ...

谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-6 18:10
发帖时候不要设阅读权限，给你去掉了
硝基苯毕竟又不是什么涉密的东西

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-9-7 19:43

sobereva 发表于 2017-9-6 18:10
发帖时候不要设阅读权限，给你去掉了
硝基苯毕竟又不是什么涉密的东西

好的，下次注意！

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