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标题: MRCC和CFOUR程序的编译和使用 [打印本页]

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Author: Warm_Cloud 时间: 2017-9-8 16:19
标题: MRCC和CFOUR程序的编译和使用
之前社长曾经写过一篇博文 http://sobereva.com/150 里面介绍了CFOUR程序的编译和使用方法简介,今天试了一下编译并行版本，发现ifort2015无法顺利编译（串行版本没问题），原因是2015版的mkl没有了libmkl_solver_ilp64.a，网上搜了一下发现了一个解决办法，如果你的ifort版本较新，可以尝试一下。

把博文中的第5步替换成下面的命令即可：
./configure FC=ifort MPIFC=mpif90 --enable-gimic --with-blas="$MKLPATH/libmkl_intel_ilp64.a -Wl,--start-group $MKLPATH/libmkl_intel_ilp64.a $MKLPATH/libmkl_intel_thread.a $MKLPATH/libmkl_core.a -Wl,--end-group -lpthread -openmp -lpthread" --enable-mpi=mpich --with-mpirun="mpirun -np \$CFOUR_NUM_CORES" --with-exenodes="mpirun -np \$CFOUR_NUM_CORES"

使用方法社长介绍的很清楚了，我在这里不赘述了。

MRCC的简单介绍：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=mrcc
编译方法很简单(用ifort编译)，先解压，然后：串行版本：./build.mrcc Intel ；并行版本：./build.mrcc Intel -pOMP，推荐用并行版本。
然后设置环境变量使之生效即可。

使用方法：同CFOUR一样，输入文件也必须是固定的名字:MINP,但是它不用把基组文件拷贝到输入文件相同的目录下。在MTEST里面有大量的例子（使用的时候务必重命名为MINP），下面拿出一个例子说明一下：

# CCSD(T) calculation for H2O with cc-pVTZ basis
basis=cc-pVTZ
calc=CCSD(T)
mem=500MB

unit=bohr
geom
H
O 1 R1
H 2 R1 1 A

R1=2.00000000000
A=104.2458898548

第一行为注释，basis=cc-pVTZ 是基组，不分大小写；calc=CCSD(T) 是方法，也不分大小写。在=后面改基组和方法即可。mem=500MB 是给定内存，剩下的是坐标，用的内坐标，也可以用笛卡尔坐标。
使用的时候比较简单，在输入文件目录下执行： dmrcc > outfilename 即可。更多的方法可以看它的手册，还是挺详细的。吐槽一下：计算完后产生一大堆文件，还要手动删除，跟计算过程中有着同样行为的ORCA差远了。

作者
Author: youyno 时间: 2017-9-8 17:38
师弟，你用的那个版本CFOUR

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2017-9-8 17:40

youyno 发表于 2017-9-8 17:38
师弟，你用的那个版本CFOUR

社长博文里面的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-9 04:30
CFOUR运行时得把基组文件拷到当前目录下是令我很不爽的事，MRCC已好多了
ORCA虽然自动会删除大部分临时文件，但还是残留一些没用的，这点我也不喜欢

有无比较过官方直接发布的编译好的并行版和自行编译的并行版的速度差异？自行编译还挺花时间的，我都直接用的预编译的版本。

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2017-9-10 09:35

sobereva 发表于 2017-9-9 04:30
CFOUR运行时得把基组文件拷到当前目录下是令我很不爽的事，MRCC已好多了
ORCA虽然自动会删除大部分临时文 ...

OK，我有时间试一下～ORCA留下的文件基本上都是有用的，MRCC,CFOUR基本都是临时文件。

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-9-11 08:51

sobereva 发表于 2017-9-9 04:30
CFOUR运行时得把基组文件拷到当前目录下是令我很不爽的事，MRCC已好多了
ORCA虽然自动会删除大部分临时文 ...

社长，把基组文件拷到工作目录下让我有点像使用VASP时要把POTCAR拷过来一样

作者
Author: xiaobogaga 时间: 2017-9-15 16:29
您好，我也在学习使用CFOUR程序，按照社长博文里的方法编译了串行版本，但是在计算结束后，找不到OUT文件，请问CFOUR的输出文件在哪找，谢谢!1

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-15 16:40

xiaobogaga 发表于 2017-9-15 16:29
您好，我也在学习使用CFOUR程序，按照社长博文里的方法编译了串行版本，但是在计算结束后，找不到OUT文件， ...

xcfour > out.txt

作者
Author: xiaobogaga 时间: 2017-9-15 16:48

sobereva 发表于 2017-9-15 16:40
xcfour > out.txt

老师，我使用了 xcfour > out.txt 命令后，提示我这样的信息（如图），而且输出的OUT.txt里只有部分记录（附件中）。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-15 16:57

xiaobogaga 发表于 2017-9-15 16:48
老师，我使用了 xcfour > out.txt 命令后，提示我这样的信息（如图），而且输出的OUT.txt里只有部分记 ...

当前任务都已经正常结束了，如果你之前此目录下存留了之前运行产生的文件，才会有这种问题。

作者
Author: xiaobogaga 时间: 2017-9-15 18:27

sobereva 发表于 2017-9-15 16:57
当前任务都已经正常结束了，如果你之前此目录下存留了之前运行产生的文件，才会有这种问题。

解决了，非常感谢sob老师！

作者
Author: luyan 时间: 2017-9-15 21:06
您好，我想问下CFOUR的频率VPT2的计算，看到了有人使用了VIB=EXACT，但是我在手册中没有找到EXACT这个关键词。不明白这个是什么意思，不敢随便用，若有知道的，能否告诉下，谢谢。

作者
Author: xiaobogaga 时间: 2017-9-25 08:49

sobereva 发表于 2017-9-15 16:57
当前任务都已经正常结束了，如果你之前此目录下存留了之前运行产生的文件，才会有这种问题。

社长，您知道CFOUR里怎么计算同位素取代的原子吗，比如：我想优化一下SO3分子，其中氧原子是18O

作者
Author: lidanhui2 时间: 2018-2-9 16:12
您好，您有MRCC的安装软件包吗？官网和分享版我都没下载到，您能发一份给我吗？我邮箱是940469319@qq.com.十分感谢

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2018-2-10 08:07

lidanhui2 发表于 2018-2-9 16:12
您好，您有MRCC的安装软件包吗？官网和分享版我都没下载到，您能发一份给我吗？我邮箱是.十分感谢

在我发的社长的博文链接里有

作者
Author: lidanhui2 时间: 2018-2-10 11:58
把解压后的安装包可执行文件放入Linux目录下，还是不能算，输入文件是MINP 不加后缀？执行时dmrcc > xx.out? 问题总出现找不到文件。是解压后还需要添加环境变量？如何添加？大神求教！！！十分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-2-10 15:06

lidanhui2 发表于 2018-2-10 11:58
把解压后的安装包可执行文件放入Linux目录下，还是不能算，输入文件是MINP 不加后缀？执行时dmrcc > xx.out ...

不加后缀
直接运行dmrcc即读取当前目录的MINP进行计算
如果是dmrcc找不到，把MRCC加入$PATH

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