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标题: 高斯模拟反应路径问题 [打印本页]

作者
Author: Faye 时间: 2017-9-12 11:09
标题: 高斯模拟反应路径问题
   老师好，我做的实验是在高温高压条件下，吡喃葡萄糖在高温高压条件下的裂解或者液化的分解/反应过程。我是基于实验所用反应物物（吡喃葡萄糖）和生成物（一种烯酮类进行分析后，根据文献和断键情况的分析整合出一条或几条反应路径，最后用高斯进行模拟，期望模拟结果与实验结果能很好的吻合。1：请问这个思路可行吗？    经过师兄和上网查资料，形成了一条路径分析的链，但不确定是否准确，烦请老师能否指点下：
   对反应物的处理方式：首先在网上查出需要运算的分子的结构，再打开GV，选一个基本的六元环，在按照查出来的结构在六元环上进行变动，最终画成和文献上分子相近的结构（再opt,freq...)。
   对中间体的处理方式：在假设的过渡态进行TS运算，经opt,freq,IRC,确定过渡态准确性，再设IRC中最后一个分子为其生成物，对其进行opt和freq的计算（需要吗？）。    通过反应物-过渡态1-中间体-过渡态2-，，，，-生成物，这一反应下来，确定整体的反应路径。2：请问这样的处理方式是否可靠呢？

   在做完一小段路径后（比如吡喃葡萄糖-过渡态1-中间体1），确定路径是否正确的方法，我用的是：从freq中得到能量数据，看路径反应的活化能高低，仅此一个指标确定反应路径是否正确，感觉不太准确，3：请问老师还有什么指标来确定吗？
   附上我做的反应物-中间体1-中间体2的两个过渡态IRC走向，

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-9-12 12:15
可行，但注意高温高压下可能存在偏离TST理论的情况

需要。中间体也可以直接自己给出初猜优化，不一定非要从TS走IRC出发

可靠与否取决于你用的级别是否合理、过渡态与中间体的初猜是否合理。

哪个反应最优是靠活化自由能高低，只做一个freq确定活化自由能是"粗鄙"的做法，看下文及其引文（应该给你贴过了）。从实际角度除了用正确的方法、合适的级别获得活化自由能，还得考虑路径是否合理（毕竟依赖你的初猜）、结构是否最优（计算只能保证是极小点、一阶鞍点，不能保证是最优构象、最好的过渡态结构）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

作者
Author: Faye 时间: 2017-9-12 13:25

liyuanhe211 发表于 2017-9-12 12:15
可行，但注意高温高压下可能存在偏离TST理论的情况

需要。中间体也可以直接自己给出初猜优化，不一定非 ...

非常感谢老师的回复！

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