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标题: 在用oniom做qmmm时候低层采用amber算，结果出现这个错误 [打印本页]

作者
Author: 沙漠猎人 时间: 2017-9-12 15:43
标题: 在用oniom做qmmm时候低层采用amber算，结果出现这个错误
Include all MM classes
Bondstretch undefined between atoms 545 546 H2-C [L,H]
Bondstretch undefined between atoms 1530 1531 H2-C [L,H]
Bondstretch undefined between atoms 2743 2744 H2-C [L,H]
Bondstretch undefined between atoms 3292 3293 H4-CC [L,H]
Bondstretch undefined between atoms 4672 4674 C-OM [H,H] *
Bondstretch undefined between atoms 4675 4677 C-OM [H,H] *
Angle bend  undefined between atoms 545 546 547 H2-C-O [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 545 546 551 H2-C-N [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 1530 1531 1532 H2-C-O [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 1530 1531 1540 H2-C-N [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 2743 2744 2745 H2-C-O2 [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 2743 2744 2746 H2-C-O2 [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 3292 3293 3298 H4-CC-CV [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 3292 3293 3302 H4-CC-NA [L,H,H]
Angle bend  undefined between atoms 4671 4672 4673 CT-C-CT [H,H,H] *
Angle bend  undefined between atoms 4671 4672 4674 CT-C-OM [H,H,H] *
Angle bend  undefined between atoms 4672 4673 4675 C-CT-C [H,H,H] *
Angle bend  undefined between atoms 4673 4672 4674 CT-C-OM [H,H,H] *
Angle bend  undefined between atoms 4673 4675 4676 CT-C-CT [H,H,H] *
Angle bend  undefined between atoms 4673 4675 4677 CT-C-OM [H,H,H] *
Angle bend  undefined between atoms 4676 4675 4677 CT-C-OM [H,H,H] *
These undefined terms cancel in the ONIOM expression.
MM function not complete

请问应该怎么修改输入文件啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-12 16:26
缺力场参数
看exploring第三版的ONIOM补参数的例子，写得超级烦琐，但也体现出ONIOM(QM:MM)就是这么恶心，没特殊必要尽量不用。

作者
Author: 沙漠猎人 时间: 2017-9-12 16:48

sobereva 发表于 2017-9-12 16:26
缺力场参数
看exploring第三版的ONIOM补参数的例子，写得超级烦琐，但也体现出ONIOM(QM:MM)就是这么恶心， ...

但是现在必须要用qmmm计算，社长有没有其他方法推荐呀

作者
Author: beyond 时间: 2017-9-12 16:57
amber 16 + ambertools 17 的QM/MM感觉挺好用的，手册写的也很好。
可以试试

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-12 18:51

沙漠猎人发表于 2017-9-12 16:48
但是现在必须要用qmmm计算，社长有没有其他方法推荐呀

很多看着需要QMMM的，实际上截取团簇模型来计算完全没问题，并不需要借助MM

作者
Author: 沙漠猎人 时间: 2017-9-13 11:10

beyond 发表于 2017-9-12 16:57
amber 16 + ambertools 17 的QM/MM感觉挺好用的，手册写的也很好。
可以试试

谢谢你，我用amber的试了一下，有个问题想请教：在用amber做完拓扑后，需要先优化吗？还是在优化的时候直接做qmmm？我有点混乱，我做的输入文件是这样的，麻烦指点一下看有没有问题，这是直接做完拓扑文件就调用高斯做qmmm：
Example QM/MM input for Sander-12 - Gaussian interface
&cntrl
  imin = 1, maxcyc = 5000,
  ntb = 0,
  cut = 20.0,
  ifqnt = 1
&end
&qmmm
  qmmask = '@549-562,1538-1541,2746-2748,3295-3302,4670-4684'
  qmcharge = -1,
  spin = 1,
  qm_theory = 'EXTERN',
  qmcut = 20.0
&end
&gau
  method = 'B3LYP',
  basis = 6-31G**,
  num_threads = 28,
  mem = '30GB'
&end

执行：sander -O -i qmmm-1.in -o amber-g09-min1.out -c ../complex.inpcrd -p ../complex.prmtop -r amber-g09-min1.rst

作者
Author: beyond 时间: 2017-9-13 20:06
本帖最后由 beyond 于 2017-9-13 20:07 编辑

沙漠猎人发表于 2017-9-13 11:10
谢谢你，我用amber的试了一下，有个问题想请教：在用amber做完拓扑后，需要先优化吗？还是在优化的时候直 ...

简单的体系可以直接做QMMM优化，复杂点的体系，先做MD优化，再做QMMM优化，视情况而定吧！

in文件看着没有什么问题，但是最好自己先试着跑一跑，有没有问题，跑过后才知道！

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