计算化学公社

标题: 求Metadynamics教程 [打印本页]

作者
Author: xxj9618 时间: 2017-9-13 19:54
标题: 求Metadynamics教程
谢谢大家啦

作者
Author: beyond 时间: 2017-9-13 23:26
plumed的官网上面有很多相关的教程，很详细的！
不过最好之前先读读 plumed的manual

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-14 06:10
标题不要太口语化，给你改了

作者
Author: youyno 时间: 2017-9-14 16:01
我最近也在学metadynamic，这是我最近看的两篇文献可以一起学习一下

作者
Author: youyno 时间: 2017-9-14 16:16

beyond 发表于 2017-9-13 23:26
plumed的官网上面有很多相关的教程，很详细的！
不过最好之前先读读 plumed的manual

请问我用CP2K去做涉及成断键的metadynamics有没有程序可以导向性的让我去寻找Collective variable呢？

作者
Author: beyond 时间: 2017-9-14 17:51

youyno 发表于 2017-9-14 16:16
请问我用CP2K去做涉及成断键的metadynamics有没有程序可以导向性的让我去寻找Collective variable呢？

在metadynamics中，CV都是得预先设定好的，与你想要的计算有关，如何选择好CV，则需要多做一些测试。
我没有做过成键断键的metadynamics，不过读到过一些这样的文章，你可以搜搜，很多也都是用cp2k做的。

作者
Author: xxj9618 时间: 2017-10-9 15:48

youyno 发表于 2017-9-14 16:01
我最近也在学metadynamic，这是我最近看的两篇文献可以一起学习一下

谢谢啦

作者
Author: xxj9618 时间: 2017-10-9 15:48

sobereva 发表于 2017-9-14 06:10
标题不要太口语化，给你改了

谢谢sob老师

作者
Author: get-it 时间: 2017-10-11 15:38

youyno 发表于 2017-9-14 16:16
请问我用CP2K去做涉及成断键的metadynamics有没有程序可以导向性的让我去寻找Collective variable呢？

请问编译cp2k和plumed时需要注意什么呢，我编译时会出现undefined reference to `__kmpc_global_thread_num'之类的错误

作者
Author: youyno 时间: 2017-10-11 16:56

get-it 发表于 2017-10-11 15:38
请问编译cp2k和plumed时需要注意什么呢，我编译时会出现undefined reference to `__kmpc_global_thread_n ...

看样子是MPI没有配置好，编译前看一下INSTALL文件，看看自己的机器适合用哪个arch文件

作者
Author: get-it 时间: 2017-10-11 17:11

youyno 发表于 2017-10-11 16:56
看样子是MPI没有配置好，编译前看一下INSTALL文件，看看自己的机器适合用哪个arch文件

集群上有MPI没有openmp，我用VERSION=popt可以编译cp2k，但加上plumed后会报错，似乎这个错误与openmp有关。
你的环境是什么样的，选的是什么arch文件呢？

作者
Author: youyno 时间: 2017-10-11 18:43

get-it 发表于 2017-10-11 17:11
集群上有MPI没有openmp，我用VERSION=popt可以编译cp2k，但加上plumed后会报错，似乎这个错误与openmp有 ...

我也用的popt, mpi用的是intelmpi.我没有接plumed，CP2K本身自带的Metadynamics就可以用

作者
Author: get-it 时间: 2017-10-12 15:35

youyno 发表于 2017-10-11 18:43
我也用的popt, mpi用的是intelmpi.我没有接plumed，CP2K本身自带的Metadynamics就可以用

多谢，我已经解决了

作者
Author: 205lxc001 时间: 2017-10-17 12:07

get-it 发表于 2017-10-12 15:35
多谢，我已经解决了

请问一下是怎么解决的？

作者
Author: get-it 时间: 2017-10-17 13:55

205lxc001 发表于 2017-10-17 12:07
请问一下是怎么解决的？

编译plumed时把openmp关掉

作者
Author: 205lxc001 时间: 2017-10-18 04:08

get-it 发表于 2017-10-17 13:55
编译plumed时把openmp关掉

谢谢。关掉之后确实不会出现这个问题了。但是我又出现另外一个错误，关于libcp2kmpiwrap.a ，不知道是什么原因。
请问可以把arch文件发给我看一下吗？

作者
Author: get-it 时间: 2017-10-26 22:11

205lxc001 发表于 2017-10-18 04:08
谢谢。关掉之后确实不会出现这个问题了。但是我又出现另外一个错误，关于libcp2kmpiwrap.a ，不知道是什 ...

抱歉忘记回复了
你先看下不加plumed是否能够编译

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-1 14:06
借楼请教个问题：

Metadynamics 里面的高斯函数高度和宽度一般该怎么选取？Plumed的tutorial例子是个丙氨酸二肽，height=1.2；大的蛋白该选多少？对结果会有什么影响？

另外这个高度和宽度的选择，对于常规metadynamics 和 well-tempered metadynamics 都是一样的吧？

作者
Author: Lir 时间: 2023-6-15 17:04

beyond 发表于 2017-9-13 23:26
plumed的官网上面有很多相关的教程，很详细的！
不过最好之前先读读 plumed的manual

SOB老师我能请教一 Virtual Atoms
下GROMACS 做meta dynamics 如何添加虚原子吗？

作者
Author: WSM2020 时间: 2024-2-26 19:16

beyond 发表于 2017-9-14 17:51
在metadynamics中，CV都是得预先设定好的，与你想要的计算有关，如何选择好CV，则需要多做一些测试。
我 ...

方便教教我用cp2k计算metadynamics吗，有偿求学,加个好友哈

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