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标题: 使用超算提交高斯任务 [打印本页]

作者
Author: oucli 时间: 2017-9-15 12:19
标题: 使用超算提交高斯任务
使用超算中心服务器提交高斯任务，vim中已将其改为20节点，超算中心提示任务只是在用一个节点计算，应当如何更改？是否需要在gjf文件中添加语句？请教大家，谢谢。

作者
Author: sky 时间: 2017-9-15 12:30
还需要gjf文件里自行设置：
%nprocshared=20

作者
Author: oucli 时间: 2017-9-15 16:24
添加这一行之后，显示的是我占用了20个节点，但是每个节点只提供了1个核供我使用，其他核都处于空闲状态，这个应该怎么解决呢？

作者
Author: kyuu 时间: 2017-9-16 02:14
本帖最后由 kyuu 于 2017-9-17 06:07 编辑

gjf里设置的是总的cpu核心数量，跨节点需要用linda通过静态tcp节点名称指定，不用linda的情况下，只能使用单节点并利用最大物理核心数，跟系统申请资源的时候，你需要以下的参数（具体参考你自己的使用手册）节点数（node n，默认为1），总任务/线程数量（task n，总的cpu数目）以及单任务/线程所需cpu数量（cpus per task，一般设置为1），我个人的理解Gaussian提供的linda版本不太有能力操控超过7个节点，节点数量不能随意设
下边是个PBS的例子，照你自己的真实情况修改
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=20:00:00
#PBS -l ncpus=4
#PBS -l mem=4GB
#PBS -l jobfs=100GB
#PBS -l software=g16
#PBS -l wd

module load gaussian/g16a03
g16 < inputdeck > outputfile 2>&1

%mem=(4-overhead for your method)Gb (see below)
%NprocShared=4
%chk=checkpoint.chk
# method/basis jobtype Maxdisk=100Gb

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