计算化学公社

标题: 关于dmol3中绘制纳米材料电子密度图的问题 [打印本页]

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Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-15 12:29
标题: 关于dmol3中绘制纳米材料电子密度图的问题
各位前辈老师，我想使用dmol3绘制纳米材料（C2N）电子密度图，根据导师给的input文件（见附件）计算完成之后，再将文件下载到MS中，然后引入一个xsd文件分析，update，electron density，再import之后得到电子密度图（isovalue=0.2），如图所示。但是根据outmol文件中的密立根电荷分享，碳原子应该是带正电而N原子是带负电的，但是我做出来的图是C和N上的电子密度是差不多的，是我对这个概念有什么误解还是。。？！，求前辈指点~
再然后，我想往材料上引入负电荷（比如1e-），并想了解这些负电荷在材料上是如何分布的，所以我用加入1e-计算得到的density.grd文件中的数减去不带电计算得到的density.grd文件中的数，这样得到了一个新的grd文件，然后再将这个新的grd文件将先前下载到MS中的文件中的grd文件替换掉，再update，然后import，这样得到的图是不是就是我引入的电荷在材料上如何分布的图呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-15 13:36
直接看电子密度等值面图根本没法直接体现原子电荷的差异。原子电荷直接就能说明问题

那不叫密利根，看此文第2条
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

你作的那个密度差图可以体现额外电子的分布

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-15 13:54

sobereva 发表于 2017-9-15 13:36
直接看电子密度等值面图根本没法直接体现原子电荷的差异。原子电荷直接就能说明问题

那不叫密利根，看此 ...

谢谢老师的回复，一定纠正说法~，关于第二点，因为我按导师的说法替换掉了grd文件，但是outmol文件还是计算不带电荷得到的，在update时是更新的outmol文件，所以我一直在想这样做是否合理，导师对这个也不是很清楚，现在sob老师说可以了，我就可以放心的用啦！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-15 16:38
本帖最后由卡开发发于 2017-9-15 16:42 编辑

夜夜衣发表于 2017-9-15 13:54
谢谢老师的回复，一定纠正说法~，关于第二点，因为我按导师的说法替换掉了grd文件，但是outmol文件还是计 ...

没必要去手工做差，麻烦，直接对1e-的体系优化结构做周期性的fukui指数，然后fukui charge按照你添加的电荷设置就可以了，等同于你要做的事情。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-16 23:09

卡开发发发表于 2017-9-15 16:38
没必要去手工做差，麻烦，直接对1e-的体系优化结构做周期性的fukui指数，然后fukui charge按照你添加的电 ...

是老师教我这样做的诶，毕竟新手，额我连前辈说的fukui指数是啥都不懂，具体就更不知道怎么操作了，先用着笨办法把，等以后学了更多的理论了再按前辈的做~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-17 02:45
本帖最后由卡开发发于 2017-9-17 03:47 编辑

夜夜衣发表于 2017-9-16 23:09
是老师教我这样做的诶，毕竟新手，额我连前辈说的fukui指数是啥都不懂，具体就更不知道怎么操作了，先用 ...

性质计算里面有fukui function的计算，勾选上，然后在DMol3 Calculation选项卡当中的Files-Save Files保存计算文件，就会产生input，里面加上Fukui_Charge 1就行，对你而言如果计算N+1电荷下的结构的情形，N和N+1电子的电荷密度差直接用f-(r)就行，另外两个可以不算。如果不清楚你可以看下Fukui_Charge在Help当中的定义。

作者
Author: 夜夜衣 时间: 2017-9-18 19:43

卡开发发发表于 2017-9-17 02:45
性质计算里面有fukui function的计算，勾选上，然后在DMol3 Calculation选项卡当中的Files-Save Files保 ...

这两天一直在挂水~，抱歉现在才回复，感谢前辈写的这么详细，我一定去试试看，再和我自己的对比下！

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