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标题: 固定原子坐标进行优化问题 [打印本页]

作者
Author: sky 时间: 2017-9-15 12:46
标题: 固定原子坐标进行优化问题
求问一下如何固定原子坐标进行优化？目前网上搜到的方法有三种，一种是在笛卡尔坐标前加数字0和-1进行标记：
C    0    -0.56896700 0.92704700 -0.82524800
C －1    0.75313300 1.11230300 -0.12571600
Cl －1    -1.01221300 2.35528000 -1.89040700
一种是在坐标末尾用f标记：
C       -0.56896700 0.92704700 -0.82524800
C       0.75313300 1.11230300 -0.12571600 f
Cl       -1.01221300 2.35528000 -1.89040700 f
一种是在文件末尾标记：
C    -0.56896700 0.92704700 -0.82524800
C       0.75313300 1.11230300 -0.12571600
Cl    -1.01221300 2.35528000 -1.89040700

X 2 F
X 3 F
而我使用以上三种方法全部失败，错误全都是Error termination via Lnk1e in l101.exe
比如，使用方法1进行标记，输入文件为：
%mem=20GB
%nprocshared=8
%chk=26T.chk
# opt b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

OPT of 26T

0 1
O 0 14.29622000 14.80350000 10.62794000
Al 0 13.95657000 13.24822000 10.39269000
Si 0 13.95657000 16.35878000 10.39269000
O 0 14.24381000 17.17996000 11.74895000
O 0 14.88669000 16.93915000 9.21254000
O 0 12.40959000 16.52071000 9.98003000
O 0 14.24381000 12.42704000 11.74895000
O 0 14.88669000 12.66785000 9.21254000
O 0 12.40959000 13.08629000 9.98003000
Si -1 14.48087000 18.68004000 12.28120000
Si -1 16.37737000 17.30036000 8.72497000
Si -1 11.36491000 17.35760000 9.08506000
..................

log文件结尾报错：
H                   -1 7.93233 12.44471 7.83644
H                   -1 7.48477 13.20909 10.06884
H                   -1 12.09546 12.62609 5.0489
H                   0    15.08541 14.8035 11.17455

End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in l101.exe at Fri Sep 15 12:44:29 2017.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  2.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

把gjf文件里的opt换成opt=ModRedundant之后还是同样的错误，实在不知道问题出在哪里，求指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-15 13:08
去掉geom=connectivity就完了

作者
Author: sky 时间: 2017-9-15 13:28

sobereva 发表于 2017-9-15 13:08
去掉geom=connectivity就完了

已解决，谢谢老师！

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-12-28 21:46
你好，我想问一下这个第二种方法在gview里面打不开，显示这个报错，说是这是f加的有问题，可以帮忙看一下是为什么吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 52)

作者
Author: gog 时间: 2020-6-8 08:20
如何固定指定原子一个或者2个方向，仅允许结构优化时原子在一个方向或者一个平面内移动

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-10 12:46

gog 发表于 2020-6-8 08:20
如何固定指定原子一个或者2个方向，仅允许结构优化时原子在一个方向或者一个平面内移动

http://bbs.keinsci.com/thread-17113-1-1.html

作者
Author: annaqz 时间: 2021-8-20 10:24

sobereva 发表于 2020-6-10 12:46
http://bbs.keinsci.com/thread-17113-1-1.html

社长，如果是orca，怎么固定基底原子不动呢？试了坐标后面加$，aimd的时候，原子还是动了呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-20 16:24

annaqz 发表于 2021-8-20 03:24
社长，如果是orca，怎么固定基底原子不动呢？试了坐标后面加$，aimd的时候，原子还是动了呢

ORCA的MD是一个比较独立的模块，在ORCA的坐标部分写的有些信息不能传到MD模块里。
你去看ORCA说明书的MD部分，MD模块有单独的固定原子的关键字

作者
Author: annaqz 时间: 2021-8-21 12:21

wzkchem5 发表于 2021-8-20 16:24
ORCA的MD是一个比较独立的模块，在ORCA的坐标部分写的有些信息不能传到MD模块里。
你去看ORCA说明书的MD ...

嗯呢，感谢回复。这个问题已经解决了

作者
Author: JOEEEEEEEEEEEEE 时间: 2024-3-14 15:25

annaqz 发表于 2021-8-21 12:21
嗯呢，感谢回复。这个问题已经解决了

请问怎么解决的呢？我也想在orca中固定原子做优化

作者
Author: annaqz 时间: 2024-3-14 19:29

JOEEEEEEEEEEEEE 发表于 2024-3-14 15:25
请问怎么解决的呢？我也想在orca中固定原子做优化

啊这，时间有点太久远了，我找一下吧。要是还能找到给你说

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