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标题: 嵌入簇模型的背景电荷设置问题 [打印本页]

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Author: lmhzhm 时间: 2017-9-15 16:40
标题: 嵌入簇模型的背景电荷设置问题
最近开始学习建立氧化钙团簇模型，看到下面这篇文献，有几个问题不太懂，想请教一下各位大神（1）该文献中的背景电荷数是怎么计算的，是不是加了两层电荷，如果是的话，我觉得应该是7*7*6-18=276个电荷
（2）给晶体团簇加背景电荷用charge关键词一个一个加不太现实，是否可以用sob在http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3464提到的方法
（3）对于氧化钙这样的离子晶体，电荷值是不是可以直接定为+0.2和-0.2
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-15 17:01
Hg与CaO接触的那一面不增加点电荷，只在簇模型下头才加两层，所以Z方向不是6而是4

应当自行写个脚本去产生背景电荷的位置和电荷值，没必要用帖子里那个工具

应该是+2和-2

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-15 17:40
补充：

不会写脚本也没关系，还是有办法的，可以通过进行下列步骤来完成：

1、MS导入CaO，建立7x7x4的切面模型。
2、替换边缘两圈和底端两层的Ca为Ba，O为S（不是唯一选择，能区分不同即可），这样产生结构的时候外圈原子当中活性区域的原子就会是分开的。
3、导出cif文件，再用Vesta打开，再导出为xyz文件。此时，xyz里面Ca、O、Ba、S原子的坐标都能够很容易按照元素进行分开。
4、单独挑出xyz文件里Ca和O坐标的行直接贴到gjf作为CaO簇的坐标；剩余坐标需要进行列操作（你可以通过vi或ultraedit之类的），先给Ba的行末端添加2.0电荷以及S的行末端添加-2.0电荷，最后删去前面的元素符号（此时应当是四列数），贴到gjf的原子坐标部分的后面作为添加的点电荷。

讨论：我个人觉得直接取±2.0好像也不是十分妥当，不知道能否设计一些外推方案尽可能还原PBC的情形，CaO电子相对还算比较局域，若是电子不太局域的情形簇模型就不是太好用了。

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-15 19:45

卡开发发发表于 2017-9-15 17:40
补充：

不会写脚本也没关系，还是有办法的，可以通过进行下列步骤来完成：

谢谢！刚接触晶体这方面这些步骤对我来说也挺困难了还需要再学习。
另外还想问一下像下面这种团簇的电荷怎么加呢
您说的这种方法还可以用吗

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-15 19:55

sobereva 发表于 2017-9-15 17:01
Hg与CaO接触的那一面不增加点电荷，只在簇模型下头才加两层，所以Z方向不是6而是4

应当自行写个脚本去产 ...

谢谢sob！就是说要吸附分子的那一面不用添加背景电荷是吗还有这个电荷层数一般加几层呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-15 21:33

lmhzhm 发表于 2017-9-15 19:45
谢谢！刚接触晶体这方面这些步骤对我来说也挺困难了还需要再学习。
另外还想问一下像下面这种团簇的电 ...

离子晶体用H饱和我觉得没啥太大好处，直接考虑点电荷就足够了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-15 22:12

lmhzhm 发表于 2017-9-15 19:55
谢谢sob！就是说要吸附分子的那一面不用添加背景电荷是吗还有这个电荷层数一般加几层呢

吸附那面肯定不能加，要不和实际就不符了。

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-16 08:15

sobereva 发表于 2017-9-15 22:12
吸附那面肯定不能加，要不和实际就不符了。

明白了谢谢！！

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-16 08:15

卡开发发发表于 2017-9-15 21:33
离子晶体用H饱和我觉得没啥太大好处，直接考虑点电荷就足够了。

好的，那我按照您说的方法试试

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-16 10:59

sobereva 发表于 2017-9-15 22:12
吸附那面肯定不能加，要不和实际就不符了。

sob老师，我现在把背景电荷加上了，我看到您在高斯说明书中写道必须使用opt=z-matrix NoSymm关键词，那我的坐标都需要用z-矩阵来表示吗，还有背景电荷的坐标也需要用z-矩阵吗

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-16 11:04

lmhzhm 发表于 2017-9-16 10:59
sob老师，我现在把背景电荷加上了，我看到您在高斯说明书中写道必须使用opt=z-matrix NoSymm关键词，那我 ...

不需要opt=z-matrix，手册说的有问题
都用笛卡尔坐标

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-17 19:39

sobereva 发表于 2017-9-16 11:04
不需要opt=z-matrix，手册说的有问题
都用笛卡尔坐标

sob老师，我这两天算了一下发现模型不收敛
我是先在MS里建立CaO的3*3*2超胞，然后在VESTA里面去掉边界性导入GV，在GV中删原子、改元素和加电荷，但是一直都不收敛，显示L502错误，麻烦您帮我看看操作过程跟输入文件有没有问题

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-17 23:04

lmhzhm 发表于 2017-9-17 19:39
sob老师，我这两天算了一下发现模型不收敛
我是先在MS里建立CaO的3*3*2超胞，然后在VESTA里面去掉边界性 ...

顺利收敛了。只做了SCF

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-18 08:46

sobereva 发表于 2017-9-17 23:04
顺利收敛了。只做了SCF

老师，我拿您的gjf做了计算也成功收敛了，但是为什么您在文件中删掉了opt关键词，是相当于做了能量计算吗？因为我看到高斯说明书中写“”Charge 关键字指定在计算中包含背景电荷的分布。电荷分布是由点电荷组成的，仅对单点能计算有效。”，但之后的例子里面又加了opt关键词，不知道怎么理解。现在我应该直接拿输出文件的结构加入Hg原子进行opt优化吗，此时是否需要加入背景电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-18 08:59

lmhzhm 发表于 2017-9-18 08:46
老师，我拿您的gjf做了计算也成功收敛了，但是为什么您在文件中删掉了opt关键词，是相当于做了能量计 ...

我删了opt是为了证明SCF部分是可以正常过去的，我不完整做opt是为了省时间
有背景电荷时可以做opt。不要完全信手册，手册有不少地方其实写得并不确切或者不明不白，还是要结合理论知识和实际计算测试来进一步摸清楚。

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-18 09:04

sobereva 发表于 2017-9-18 08:59
我删了opt是为了证明SCF部分是可以正常过去的，我不完整做opt是为了省时间
有背景电荷时可以做opt。不要 ...

好的我明白了，谢谢老师！

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-21 15:49

sobereva 发表于 2017-9-18 08:59
我删了opt是为了证明SCF部分是可以正常过去的，我不完整做opt是为了省时间
有背景电荷时可以做opt。不要 ...

老师，我试了好几天opt还是没办法正常结束，也加了一些解决SCF不收敛的关键词，但是都不能收敛，实在是找不到原因了，麻烦老师指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-21 18:43

lmhzhm 发表于 2017-9-21 15:49
老师，我试了好几天opt还是没办法正常结束，也加了一些解决SCF不收敛的关键词，但是都不能收敛，实在是找 ...

优化到后来结构明显散了
先不加背景电荷，如果优化过程正常，说明背景电荷设置有问题

作者
Author: lmhzhm 时间: 2017-9-21 19:53

sobereva 发表于 2017-9-21 18:43
优化到后来结构明显散了
先不加背景电荷，如果优化过程正常，说明背景电荷设置有问题

我把背景电荷去掉后优化正常了，看来就是背景电荷出了问题，谢谢老师，我再想哪里出错了

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-4 07:19

sobereva 发表于 2017-9-15 17:01
Hg与CaO接触的那一面不增加点电荷，只在簇模型下头才加两层，所以Z方向不是6而是4

应当自行写个脚本去产 ...

老师，用背景电荷体现晶体环境，将周期性问题转化成孤立团簇问题，比如激发问题或者反应过渡态问题，只能体现周围片段的静电作用，不能体现范德华作用的影响或者周围片段可能存在的直接影响，例如分子间的电荷转移或者直接参与反应

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-4 07:31

tjuptz 发表于 2019-12-4 07:19
老师，用背景电荷体现晶体环境，将周期性问题转化成孤立团簇问题，比如激发问题或者反应过渡态问题，只能 ...

这明显不能反映

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-12-4 11:50

sobereva 发表于 2019-12-4 07:31
这明显不能反映

这就需要自己把握这种方法的合理性了

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