计算化学公社

标题: HOMA的计算问题 [打印本页]

作者
Author: 落花飘雨679 时间: 2017-9-18 08:45
标题: HOMA的计算问题
老师，我在计算HOMA的过程中，用的是老师给出的例子菲，但是输入后显示的结果是图中的错误，试了还几次还是这样，是我的操作有误吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-18 08:49
你上传一下你用的输入文件
8成是格式不标准，元素没判断对，判断成Mg了

我用自带的examples\phenanthrene.fch分析很正常
Current reference bond length (in Angstrom) and sigma paramters:
C -C :    1.3880 257.7000
C -N :    1.3340    93.5200
C -O :    1.2650 157.3800
C -P :    1.6980 118.9100
C -S :    1.6770    94.0900
N -N :    1.3090 130.3300
N -O :    1.2480    57.2100
Input indices of the atoms involved, e.g. 1,5,6,7,8,12
(Input q can return)
3,4,8,9,10,7
      Atom pair       Contribution  Bond length(Angstrom)
3(C )  -- 4(C ):    -0.065450       1.427037
4(C )  -- 8(C ):    -0.209790       1.457889
8(C )  -- 9(C ):    -0.065450       1.427037
9(C )  -- 10(C ):    -0.095868       1.435245
10(C )  -- 7(C ):    -0.034733       1.359563
7(C )  -- 3(C ):    -0.095868       1.435245
HOMA value is 0.432842

作者
Author: 落花飘雨679 时间: 2017-9-18 08:53
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作者
Author: 落花飘雨679 时间: 2017-9-18 08:54
本帖最后由落花飘雨679 于 2017-9-18 08:56 编辑

落花飘雨679 发表于 2017-9-18 08:53

老师，我测试了苯的也是出现这个情况，是不是因为用xyz的原因

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-18 09:00

落花飘雨679 发表于 2017-9-18 08:54
老师，我测试了苯的也是出现这个情况，是不是因为用xyz的原因

xyz里不要写元素序号，写成元素名

作者
Author: 落花飘雨679 时间: 2017-9-18 09:05

sobereva 发表于 2017-9-18 09:00
xyz里不要写元素序号，写成元素名

老师，写元素名如果是好几个环能区分出来计算的是哪个环吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-18 09:06

落花飘雨679 发表于 2017-9-18 09:05
老师，写元素名如果是好几个环能区分出来计算的是哪个环吗？

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作者
Author: 落花飘雨679 时间: 2017-9-18 09:10

sobereva 发表于 2017-9-18 09:06
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老师我用fchk可以得到结果，谢谢老师的解答

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