计算化学公社

标题: 如何将amber的top文件转化为gromacs的top文件 [打印本页]
作者
Author: kjxwl3    时间: 2017-9-18 17:26
标题: 如何将amber的top文件转化为gromacs的top文件
各位大神，
     由于amber有antechamber和parmchk这些比较好的工具，我一般都是用amber的力场，得到amber的top文件。但是amber在分析轨迹时感觉不是很好，可否把amber的top文件转化为gromacs的，这样就可以做gromacs的MD了。
     谢谢大家！
作者
Author: sobereva    时间: 2017-9-18 19:27
可以用amb2gmx.pl转换

也有很多程序直接可以产生gmx的小分子拓扑文件，见
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266
作者
Author: beyond    时间: 2017-9-18 23:43
现在amber有个自带的工具parmed，可以很方便地实现转换：

import parmed as pmd

#convert prmtop and inpcrd into top and gro
amber = pmd.load_file('mol_sol.prmtop','mol_sol.inpcrd')
#
amber.save('mol_sol.top')
amber.save('mol_sol.gro')
作者
Author: kjxwl3    时间: 2017-9-19 00:20
beyond 发表于 2017-9-18 23:43
现在amber有个自带的工具parmed，可以很方便地实现转换：

import parmed as pmd

好像不行，parmed里面就只有这几行：
#!/home/lujb/usr/bin/python
import os
import sys

from parmed.scripts import clapp
clapp()
作者
Author: jase20    时间: 2017-9-19 14:39
同问一下，有没有吧GMX拓扑改写成AMBERtop的工具呀？
作者
Author: beyond    时间: 2017-9-19 15:49
kjxwl3 发表于 2017-9-19 00:20
好像不行，parmed里面就只有这几行：
#!/home/lujb/usr/bin/python
import os

那是因为你系统的python没有装parmed， 而parmed是装在amber下面的python的

你调用amber下面的python，或者在系统下面的python装上parmed就好
作者
Author: beyond    时间: 2017-9-19 15:50
jase20 发表于 2017-9-19 14:39
同问一下，有没有吧GMX拓扑改写成AMBERtop的工具呀？

也可以试一下parmed
作者
Author: laoman    时间: 2018-4-17 02:28
本帖最后由 laoman 于 2018-4-17 02:46 编辑

Jason Swails' parmed program can make this an easy task. The firstthing you need to do is create your prmtop and inpcrd files using tleap.After that, write a script (let's call it convert.py):
  1. import parmed as pmd
  2. parm = pmd.load_file('name-of-your.prmtop', 'name-of-your.inpcrd')
  3. parm.save('gromacs.top', format='gromacs')
  4. parm.save('gromacs.gro')
复制代码
Then run that program using the command
amber.python convert.py

Copy from
http://ambermd.org/parmed_gromacs.html

作者
Author: lonemen    时间: 2018-6-14 20:57
原来还可以互转呢。
作者
Author: chenbq18    时间: 2021-8-25 22:48
beyond 发表于 2017-9-19 15:49
那是因为你系统的python没有装parmed， 而parmed是装在amber下面的python的

你调用amber下面的python ...

我调用了amber下的python，但是报错，提示没有json module. 我进入site-packages, 查看果然没有。在这里，要怎么装上缺少的module呢？
作者
Author: chenbq18    时间: 2021-12-22 16:39
laoman 发表于 2018-4-17 02:28
Jason Swails' parmed program can make this an easy task. The firstthing you need to do is create you ...

>>> import parmed as pmd
>>> parm = pmd.load_file('structure.parm7','structure.rst7')
>>> parm.save('gromacs.top',format='gromacs')
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/opt/program/amber21/amber20/lib/python3.9/site-packages/parmed/structure.py", line 1489, in save
    s = gromacs.GromacsTopologyFile.from_structure(self)
  File "/opt/program/amber21/amber20/lib/python3.9/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py", line 1279, in from_structure
    raise GromacsError('Structure has mixed 1-4 scaling which is '
parmed.exceptions.GromacsError: Structure has mixed 1-4 scaling which is not supported by Gromacs

出现这样报错，是什么原因？怎么改正
作者
Author: sobereva    时间: 2021-12-24 01:52
chenbq18 发表于 2021-12-22 16:39
>>> import parmed as pmd
>>> parm = pmd.load_file('structure.parm7','structure.rst7')
>>> parm.s ...

提示说了，你这种情况1-4作用的考虑方式不统一，parmED不支持转出来这种情况的GROMACS拓扑文件
但可以尝试用acpype转，acpype对这种情况做了专门的考虑，见SoftwareX 10 (2019) 100241（https://doi.org/10.1016/j.softx.2019.100241），也许能成功
作者
Author: 灵芝5    时间: 2023-4-5 18:03
sobereva 发表于 2017-9-18 19:27
可以用amb2gmx.pl转换

也有很多程序直接可以产生gmx的小分子拓扑文件，见

老师，请问amb2gmx.pl这个文件哪里可以下载？
作者
Author: sobereva    时间: 2023-4-6 06:25
灵芝5 发表于 2023-4-5 18:03
老师，请问amb2gmx.pl这个文件哪里可以下载？

just google
amb2gmx已经过时了，用parmED或acpype转



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