计算化学公社

标题: 过渡态搜索中频率部分出错问题 [打印本页]

作者
Author: CJM1111 时间: 2017-9-20 15:56
标题: 过渡态搜索中频率部分出错问题
本帖最后由 CJM1111 于 2017-9-20 15:58 编辑

我在用Dmol3搜索过渡态时，老是出错。outmol 文件部分已显示过渡态结果已找到，但是在频率计算部分出错，显示没有收敛。如果用过渡态搜索的xsd文件重新提交频率计算任务，还是会出错。精度已经是medium了，那这该怎么解决啊。求各位大神指导！！！附件是outmol, input 文件。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-21 09:19
磁矩初猜的时候只需要猜Fe就行，但几个Fe的磁序到底如何你最好确定一下，或者都试试，非周期性的情况下并不推荐使用smearing。结构本身比较奇怪，我对你的研究体系不很了解，所以结构的可靠性还需要你自己把握。

作者
Author: CJM1111 时间: 2017-9-21 10:16

卡开发发发表于 2017-9-21 09:19
磁矩初猜的时候只需要猜Fe就行，但几个Fe的磁序到底如何你最好确定一下，或者都试试，非周期性的情况下并不 ...

老师，请问您第一句话什么意思啊？我设置的时候没有涉及到磁矩啊。还有我想问一下，如果过渡态任务正常结束，但是结果却没有频率计算结果，该怎么办呐？谢谢您，求指导啊

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-21 10:37

CJM1111 发表于 2017-9-21 10:16
老师，请问您第一句话什么意思啊？我设置的时候没有涉及到磁矩啊。还有我想问一下，如果过渡态任务正常结 ...

……
Start_Spin_Populations on <--
1 5.0000 <-s
2 5.0000 <-s
3 5.0000 <-s
4 5.0000 <-s
5 5.0000 <-s
……

复制代码

这里你可以调整一下。另外我觉得你给的结构挺古怪的，我不知道你的H是本来就有还是后来手工添加用于饱和边缘的。过渡态如果真的能正确找到的话，原则上可以在找到的过渡态上重新做频率计算，没有太多影响。

作者
Author: CJM1111 时间: 2017-9-21 10:57

卡开发发发表于 2017-9-21 10:37
这里你可以调整一下。另外我觉得你给的结构挺古怪的，我不知道你的H是本来就有还是后来手工添加用于饱 ...

结构上的H是后来加上去用于饱和边缘的，看文献上做团簇加了。对于Spin，结构里只有一个Fe, 我只是在modify--Electronic Configuration 里面设定了Fe的电荷。谢谢老师

作者
Author: CJM1111 时间: 2017-9-21 11:08

卡开发发发表于 2017-9-21 10:37
这里你可以调整一下。另外我觉得你给的结构挺古怪的，我不知道你的H是本来就有还是后来手工添加用于饱 ...

搜索出来的过渡态能量怎么比产区还低，但是看结构和搜索路径应该是合理的呀，求老师指导！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-21 11:26

CJM1111 发表于 2017-9-21 10:57
结构上的H是后来加上去用于饱和边缘的，看文献上做团簇加了。对于Spin，结构里只有一个Fe, 我只是在modif ...

你可能没设置好初始磁矩，把其它原子全加上+5的磁矩了。我不明白为啥会有个H挤在固体结构当中（(14.90625 26.83078 15.81995)这个H），非边缘的、暴露在表面的O原子不用饱和。

你的过渡态比产物能量低有可能是由于固定不合理导致的。当然如上所说模型本身也有诸多不合理之处，这样的体系确实不好处理，宁可稍微降低点精度按照PBC做。

作者
Author: CJM1111 时间: 2017-9-21 14:30

卡开发发发表于 2017-9-21 11:26
你可能没设置好初始磁矩，把其它原子全加上+5的磁矩了。我不明白为啥会有个H挤在固体结构当中（(14.90625 ...

老师，我是从叶腊石抠出来一个团簇，然后把本来连接其他原子的位置，添加了H。然后替换了一些原子，模拟了Fe-蒙脱石。您能帮我看看那里有不合理的地方吗，谢谢您！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)