计算化学公社

标题: 请问有绘制dssp漂亮图片的方法吗？ [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2017-9-21 21:18
标题: 请问有绘制dssp漂亮图片的方法吗？
用amber和vmd都可以得到一个二级结构随时间变化的文件和图片，但我觉得这两个程序得出的图片都好丑，而很多文献上做出来的都很炫，请问用哪个程序可以处理得到的二级结构文件，进而做出漂亮的图片。

作者
Author: beyond 时间: 2017-9-22 15:38
可以试试dssp，另外一个程序， vmd用的是stride

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-22 15:41
推荐用VMD里extensions - analysis - timeline来绘制此类图形，有图形界面，用着方便，效果也不错。

作者
Author: zhengaj 时间: 2017-12-22 23:56
最近看到R语言中有个扩展包MDplot，看着好像可以做MD数据的可视化，没有深入研究，楼主如果有了解R语言的话，可以试试。

https://cran.r-project.org/web/packages/MDplot/index.html

MDplot: Visualising Molecular Dynamics Analyses

Provides automatization for plot generation succeeding common molecular dynamics analyses. This includes straightforward plots, such as RMSD (Root-Mean-Square-Deviation) and RMSF (Root-Mean-Square-Fluctuation) but also more sophisticated ones such as dihedral angle maps, hydrogen bonds, cluster bar plots and DSSP (Definition of Secondary Structure of Proteins) analysis. Currently able to load GROMOS, GROMACS and AMBER formats, respectively.

作者
Author: bluberry 时间: 2022-11-3 16:11

sobereva 发表于 2017-9-22 15:41
推荐用VMD里extensions - analysis - timeline来绘制此类图形，有图形界面，用着方便，效果也不错。

老师您好，请问VMD做此类图形时可以按需要（如纵坐标每间隔50个残基标记一个残基序号）调整横纵坐标的刻度吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-4 07:54

bluberry 发表于 2022-11-3 16:11
老师您好，请问VMD做此类图形时可以按需要（如纵坐标每间隔50个残基标记一个残基序号）调整横纵坐标的刻 ...

不能直接指定

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)