计算化学公社

标题: 模拟路径的问题 [打印本页]

作者
Author: Faye 时间: 2017-9-22 13:04
标题: 模拟路径的问题
老师，我所模拟的路径在附件中表达，
1：老师说我高斯用了“闭壳层方法和波函数”，是我在运行高斯的输入文件的问题？请问老师这种路径的模拟，我最好使用怎么样的模拟方法比较恰当？
2：本实验有做温度梯度，溶剂（乙醇）用量梯度，分析实验数据时时也发现有路径因为这几个因素的变化而又些许变化，可能是反应的增强或促进作用，也可能会使另一个路径的出现，我做模拟也在想，模拟软件是否能做这么精细？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-9-24 18:23
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-9-24 18:46 编辑

你画的路径都不是基元反应，不是个完整的反应路径设计

有的画着 CHO-C=C-C=CHOH 不知道到底想表达什么结构

没有认真理解回复。我在http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6797 的9L说“并且你还用了闭壳层的方法和波函数，即使你真要算下面的过程，计算也是错误的。”而你显然并不想真要算我在那个回帖所画“下面”的过程，所以不涉及用三重态或者单重态双自由基的问题。

温度不影响反应路径本身（极小点位置等），但是影响反应路径中各极小点的热力学量，一部分温度对路径的影响可以用不同温度下热力学量（活化自由能）顺序的差异来解释，但这要求活化自由能算的很准，之前提到了你现在计算活化自由能和自由能变的方法很不实惠，看下文及其引文（我记得贴过了，但似乎并没有看）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

溶剂“用量”不知道指什么，如果指反应物浓度，可以去在计算反应速率的时候把浓度的因素考虑进去，不容易考虑准确。如果浓度不同时产物不同，也可以看看会不会有双分子过程之类的问题。

作者
Author: Faye 时间: 2017-10-2 19:51
本帖最后由 Faye 于 2017-10-2 20:09 编辑

liyuanhe211 发表于 2017-9-24 18:23
你画的路径都不是基元反应，不是个完整的反应路径设计

有的画着 CHO-C=C-C=CHOH 不知道到底想表达什么结 ...

非常感谢老师的回复，我所表示的反应只是一个大体的反应路径。看过您给的网址后，我想进行较好的自由能（焓变）的计算，但是由于我用的高斯09，在计算单电能时，一直出错，在群里问了老师们之后，得知用高斯里的双杂化泛函算单点，慢，而且有些高精度的计算方法不支持，不划算，还是ORCA好。在现阶段，我就想用方法（1）了，您看可行吗？
由于计算的活化能变有340KJ/mol左右了，是我的过渡态没找准确吗？
我想通过不断寻找合适过渡态（以活化自由能变为指标，能量越低，越容易发生反应。），请问老师：还有什么好的方法吗？

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