计算化学公社

标题: 结构搜索求助 [打印本页]

作者
Author: tobeant 时间: 2017-9-23 12:36
标题: 结构搜索求助
各位老师，
对于一个仅由共价键组成的分子，在已知化学式的情况下，有没有什么高效的算法或者软件可以找到所有或者绝大部分势能面上的极小值结构。例如，对于C6H10分子，能否搜到所有的同分异构体？当元素个数扩展为5到6个、原子数小于50时，是否能实现这样的结构搜索？
感谢回答！！

作者
Author: 三石草祭 时间: 2017-9-23 15:45
可以看一下http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%B9%B9%D0%CD，sob老师写的一个软件可以帮你完成这些

作者
Author: tobeant 时间: 2017-9-24 10:05

三石草祭发表于 2017-9-23 15:45
可以看一下http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%B9%B9%D0%CD，sob老师写的一个软件可以帮你完成 ...

你好，非常感谢！之前也关注过社长大人的程序，是对特定分子基于键的旋转产生的不同构象。我想做的是，仅仅是知道分子的化学式，也就是元素组成，而不知道具体的原子见键联关系，这样能否产生处于不同势能面极小的结构，实际上应该是原子之间如何排列的问题。例如，现在比较好的晶体结构预测软件USPEX和CALPSO，只需知道元素组成，即可预测出无机晶体结构。那么，对于一个分子，不知是否也有这样的软件或者算法？谢谢。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2017-9-24 11:23
之前看过一篇C4H4P2的，DOI为10.1039/c1cp21959f，其中用到了一个叫Coalescence Kick的程序。楼主可以看看这篇文章是否符合你的需求。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-9-24 18:29
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-9-24 18:34 编辑

寻找势能面上全部极小点、过渡态的算法GRRM简介
http://sobereva.com/319
几个原子、差的不能接受的级别都算不懂，几十个原子绝无可能。
最简单的烷烃体系，50个原子的烷烃C16H34，异构体的数量在千万量级，这还只是考虑“经典”的极小点；并且加上其他元素的时候异构体的数量还要几何增长。就算是知道了所有极小点的位置，只给所有极小点算一遍单点都算不动。

作者
Author: tobeant 时间: 2017-9-24 22:06

Daniel_Arndt 发表于 2017-9-24 11:23
之前看过一篇C4H4P2的，DOI为10.1039/c1cp21959f，其中用到了一个叫Coalescence Kick的程序。楼主可以看看 ...

非常感谢！

作者
Author: tobeant 时间: 2017-9-24 22:09

liyuanhe211 发表于 2017-9-24 18:29
寻找势能面上全部极小点、过渡态的算法GRRM简介
http://sobereva.com/319
几个原子、差的不能接受的级别 ...

非常感谢！那能否用一些物性作为限制条件来进行结构搜索？比如将分子VDW体积作为打分函数，按照分子体积从小到大的顺序进行结构搜索。

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