计算化学公社

标题: 请教如何利用GROMACS计算能量分布图 [打印本页]

作者
Author: wx91aaa 时间: 2017-9-23 22:14
标题: 请教如何利用GROMACS计算能量分布图
我最近在做萃取体系的计算。通过gromacs的计算，我能够得出体系中的各种相互作用能。但是得不到如图文献中用Binding Energy Distribution Analysis Method (BEDAM)所得的能量分布图。 (, 下载次数 Times of downloads: 76)

通过学习sob老师的博文“浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtpd+sigmaplot做自由能面图的方法”，我明白了得把能量的散点分布转换成概率分布P(x)，但依旧无法得出文献中的图。

请各位老师不吝赐教。谢谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-23 23:04
可以考虑用energy_grps，把两种物质定义成两个组，然后得到整个模拟过程中两个组之间各个时刻的相互作用能，之后统计相互作用能处于不同范围的分布比例。

作者
Author: 02130213aaa 时间: 2017-9-24 09:44

sobereva 发表于 2017-9-23 23:04
可以考虑用energy_grps，把两种物质定义成两个组，然后得到整个模拟过程中两个组之间各个时刻的相互作用能 ...

谢谢sob老师！

作者
Author: wx91aaa 时间: 2017-9-24 19:18

sobereva 发表于 2017-9-23 23:04
可以考虑用energy_grps，把两种物质定义成两个组，然后得到整个模拟过程中两个组之间各个时刻的相互作用能 ...

sob老师您好。我已经通过修改mdp文件里面的energygrps计算出了具体两个组分之间的相互作用能（如图）。但是统计作用能的分布比例呢？是需要其他的数据处理软件吗？谢谢sob老师！ (, 下载次数 Times of downloads: 90)

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-9-24 19:56

wx91aaa 发表于 2017-9-24 19:18
sob老师您好。我已经通过修改mdp文件里面的energygrps计算出了具体两个组分之间的相互作用能（如图）。但 ...

你给的图依时间相关的能量变化趋势，Sob老师的意思是统计能量在整个模拟过程中的分布，然后做成概率图进行输出。这个你需要编一个小程序，读取你得到的随时间变化的能量数据转换成能量分布的概率图即可！希望对你有帮助

作者
Author: wx91aaa 时间: 2017-9-24 20:54

ruanyang 发表于 2017-9-24 19:56
你给的图依时间相关的能量变化趋势，Sob老师的意思是统计能量在整个模拟过程中的分布，然后做成概率图进 ...

好的。我明白了！谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-25 08:17

wx91aaa 发表于 2017-9-24 19:18
sob老师您好。我已经通过修改mdp文件里面的energygrps计算出了具体两个组分之间的相互作用能（如图）。但 ...

懒得编程序的话，直接用origin就可以做概率统计

作者
Author: wx91aaa 时间: 2017-9-25 08:42

sobereva 发表于 2017-9-25 08:17
懒得编程序的话，直接用origin就可以做概率统计

明白了。谢谢sob老师。

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2020-12-24 10:55

sobereva 发表于 2017-9-25 08:17
懒得编程序的话，直接用origin就可以做概率统计

sob老师，我在做能量分解的时候，想看一下同一种分子之间的相互作用，所以我的energy_grps只写了一个，但是能量算出来特别大，这个是为什么呀？
体系中这种分子只有三个，所以我们每两个进行了一下能量分解然后进行加和，数值就很小，前后两种方法算出来的差一个数量级，我不清楚这是为什么？
我要是想算同一种分子之间的相互作用，我应该怎么设置呢？谢谢sob老师了！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-24 13:06

weiyi8061225 发表于 2020-12-24 10:55
sob老师，我在做能量分解的时候，想看一下同一种分子之间的相互作用，所以我的energy_grps只写了一个，但 ...

我不知道你说的“能量算出来特别大”具体取的是什么能量
如果你的体系里还有其它分子，某个组的能量也包含了这个组的分子与所有其它类型分子的作用能

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2020-12-24 16:47
本帖最后由 weiyi8061225 于 2020-12-24 16:50 编辑

sobereva 发表于 2020-12-24 13:06
我不知道你说的“能量算出来特别大”具体取的是什么能量
如果你的体系里还有其它分子，某个组的能量也包 ...

谢谢sob老师，就只有库伦相互作用，我的体系里只有溶质分子MOL（个数是3）和溶剂，rerun的两个group是MOL和SOL，进行能量计算的时候选择的是coul-sr-MOL-MOL，应该没有包括MOL和其他分子的相互作用。
1. 这样计算MOL-MOL的库伦作用会比我每两个溶质分子之间计算库伦作用的加和要大很多？这是为什么呢？
2. 我想计算溶质MOL之间的库伦相互作用，我的group应该怎么设置呢？
非常感谢sob老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-25 05:32

weiyi8061225 发表于 2020-12-24 16:47
谢谢sob老师，就只有库伦相互作用，我的体系里只有溶质分子MOL（个数是3）和溶剂，rerun的两个group是MOL ...

1 你当前的到的是三对MOL之间的总静电作用，以及每个MOL内部的静电作用，不是两个溶质分子间的
2 把其中两个溶质分别定义为MOL1和MOL2组，rerun一下，得到的这两个组之间的作用能就是一对溶质分子间的

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2020-12-25 09:56
本帖最后由 weiyi8061225 于 2020-12-25 09:59 编辑

sobereva 发表于 2020-12-25 05:32
1 你当前的到的是三对MOL之间的总静电作用，以及每个MOL内部的静电作用，不是两个溶质分子间的
2 把其中 ...

谢谢sob老师的回答，那我要是想计算三个MOL之间的静电相互作用，不包括每个MOL内部的静电相互作用，我应该怎么设置呢？之后体系的MOL会非常多，每两个算一下非常复杂，所以有没有方法直接算出MOL分子间的静电相互作用？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-26 05:35

weiyi8061225 发表于 2020-12-25 09:56
谢谢sob老师的回答，那我要是想计算三个MOL之间的静电相互作用，不包括每个MOL内部的静电相互作用，我应 ...

三个MOL分别定义成三个能量组，rerun后把每一对MOL之间的非键作用项提出来加和

作者
Author: weiyi8061225 时间: 2020-12-27 09:52

sobereva 发表于 2020-12-26 05:35
三个MOL分别定义成三个能量组，rerun后把每一对MOL之间的非键作用项提出来加和

非常感谢sob老师，但是分子数少可以这样做，但是我想计算溶剂分子之间的相互作用，几千个分子，怎样才能排除每个分子内部的相互作用，只计算分子间的相互作用呢？再次感谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-28 07:07

weiyi8061225 发表于 2020-12-27 09:52
非常感谢sob老师，但是分子数少可以这样做，但是我想计算溶剂分子之间的相互作用，几千个分子，怎样才能 ...

把所有溶质作为一个能量组，比如叫做MOL，并且rerun之前把分子的moleculetype里的nrexcel设为很大的值并产生tpr，这样rerun时就不计算分子内的非键作用项了。此时Coul-SR: MOL-MOL就是溶质分子间的静电作用，LJ-SR: MOL-MOL就是溶质分子间的范德华作用。
我没实际试过，原理上应当可行

作者
Author: 李俊利 时间: 2022-4-28 21:15
请问您是怎么把能量的散点分布转换成概率分布的？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-15 22:26

李俊利发表于 2022-4-28 21:15
请问您是怎么把能量的散点分布转换成概率分布的？

Origin等程序都能做频数统计

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)