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标题: gromacs中FEP的问题 [打印本页]

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-9-24 00:35
标题: gromacs中FEP的问题
各位大神，
   我在做gromacs的一个的FEP的tutorial的时候有两点不太明白，向大家请教一下：
   (1). 在做FEP的时候，要指定couple-moltype，我看官网上说，这个的指定，一定要与[ moleculetype ]中名称一致。由于我是直接把amber的prmtop和inpcrd文件直接转成了gromacs的top和gro文件，在top文件中[ moleculetype ]成了一个总体的，没有一个小分子的。我想可否直接通过建立一个组的方法，指定组名，可以么？
   (2). 例子算的是乙醇，是只对vdw做微扰，为什么不选择电荷呢？这个选择有什么依据么？
   谢谢大家！

作者
Author: xpyp 时间: 2018-6-12 13:33
（2) 这就是个简单的教程而已，完整的计算要算电荷的。

作者
Author: 李瘦瘦 时间: 2024-10-10 10:30
想请教一下博主，第一个问题解决了吗，我也遇到了同样的问题，求指教

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