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标题: gromacs计算分子在溶液中的扩散系数 [打印本页]

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-9-24 00:39
标题: gromacs计算分子在溶液中的扩散系数
各位大神，
我看gromacs的gmx msd就可以计算单个分子在溶液中的扩散系数。只不过不太明白这个扩散系数的具体物理意义。我看最终出来的结果是在不同时间处就有一个msd值，这个msd值就对应着分子的扩散系数么？
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-25 08:20
(, 下载次数 Times of downloads: 98)

作者
Author: naoki 时间: 2020-12-13 14:31

sobereva 发表于 2017-9-25 08:20

Sob老师好，我想向您请教一下被统计的分子是不是要多一些才好，能否只计算一个分子的在水中的扩散系数（浓度非常低盒子内就1个。。），这样的结果靠谱吗，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-14 01:22

naoki 发表于 2020-12-13 14:31
Sob老师好，我想向您请教一下被统计的分子是不是要多一些才好，能否只计算一个分子的在水中的扩散系数（ ...

原理上，相同统计的时间尺度，同类分子越多统计误差越小
如果就一个的话，应当跑的尽量长，这样才有充足的采样

作者
Author: naoki 时间: 2020-12-14 07:33

sobereva 发表于 2020-12-14 01:22
原理上，相同统计的时间尺度，同类分子越多统计误差越小
如果就一个的话，应当跑的尽量长，这样才有充足 ...

谢谢您的指点~

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-14 17:14

naoki 发表于 2020-12-13 14:31
Sob老师好，我想向您请教一下被统计的分子是不是要多一些才好，能否只计算一个分子的在水中的扩散系数（ ...

请问你使用MS计算扩散系数的吗

作者
Author: naoki 时间: 2020-12-14 19:13

ocbrother 发表于 2020-12-14 17:14
请问你使用MS计算扩散系数的吗

gromacs

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-14 19:17

naoki 发表于 2020-12-14 19:13
gromacs

你算的结果和文献接近吗。我最近想算氧气在水中的扩散系数和水的自扩散系数，MS算的值和文献差的比较远。

作者
Author: naoki 时间: 2020-12-16 10:42

ocbrother 发表于 2020-12-14 19:17
你算的结果和文献接近吗。我最近想算氧气在水中的扩散系数和水的自扩散系数，MS算的值和文献差的比较远。

对我那个水中离子的体系，重复文献结果是很接近的，你说的氧气这个我没算过，不过做的时候用的力场啥的最好和文献一致。模拟扩散系数一般都要跑比较久，M$跑得慢，力场也主要是ClassII类的。做这种gromacs就挺好，我是不会用M$去模拟扩散系数。

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-16 10:47

naoki 发表于 2020-12-16 10:42
对我那个水中离子的体系，重复文献结果是很接近的，你说的氧气这个我没算过，不过做的时候用的力场啥的最 ...

好的。MS在专业搞计算的人眼里算是入门级的吗。。。。。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-16 10:53
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-12-16 10:54 编辑

ocbrother 发表于 2020-12-16 10:47
好的。MS在专业搞计算的人眼里算是入门级的吗。。。。。

专业做计算的人一般不用M$做计算，也不会拿它入门（但可以用它的界面建模），不是入门的问题，是收费的问题。

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-16 10:54

zjxitcc 发表于 2020-12-16 10:53
专业做计算的人一般不用M$做计算，也不会拿它入门（但可以用它的界面建模），不是入门的问题，是收费的问 ...

好的。。大概明白了。课题组就我一个人搞分子模拟，自己装的还是DB的。

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-30 00:01

sobereva 发表于 2020-12-14 01:22
原理上，相同统计的时间尺度，同类分子越多统计误差越小
如果就一个的话，应当跑的尽量长，这样才有充足 ...

我有一个问题想请教。放入太多溶质分子，溶液性质就会改变，会对计算得到的扩散系数有影响吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-30 11:03

sun666 发表于 2021-8-30 00:01
我有一个问题想请教。放入太多溶质分子，溶液性质就会改变，会对计算得到的扩散系数有影响吗。

显然会

作者
Author: chemistryMaga 时间: 2022-3-22 17:01
如果是分子的话，gmx msd 分组是选取整个分子组？还是选取所有分子中的某一个原子？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 01:13

chemistryMaga 发表于 2022-3-22 17:01
如果是分子的话，gmx msd 分组是选取整个分子组？还是选取所有分子中的某一个原子？

对于小分子，两种选取不会有显著差异

作者
Author: 熊小熊 时间: 2022-12-23 20:47

chemistryMaga 发表于 2022-3-22 17:01
如果是分子的话，gmx msd 分组是选取整个分子组？还是选取所有分子中的某一个原子？

你好，请问一下，这个问题你解决了吗？

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