计算化学公社

标题: Chemcraft: 衡量两个分子结构几何偏差的好帮手 [打印本页]

作者
Author: bomsaude 时间: 2017-9-24 03:57
标题: Chemcraft: 衡量两个分子结构几何偏差的好帮手
本帖最后由 bomsaude 于 2017-9-26 09:51 编辑

Sob以前有博文：在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差（http://sobereva.com/290）。最近用了一下Chemcraft，采用Tools中的RMS功能，只要在两个窗口中分别打开要比较的分子，然后点此功能也可以快速得到这个数据。可以选择比较所有原子，也可以选择一类原子（如C，H或O），也可以选择某些原子，试了一下计算结果和Sob博文结果一样。比较时，两个分子的原子编号应该一致。至于是否能够象VMD一样给出分子在一起比较的示意图，尚不清楚。 (, 下载次数 Times of downloads: 52)

作者
Author: youyno 时间: 2017-9-24 10:52
前一阵也发现了这个功能，还没用过，chemcraft真的是款很不错的可视化软件

作者
Author: get-it 时间: 2017-9-24 12:57
如果比较两个结构差异很大的分子会怎么样？
看过文献，说找到RMSD的全局最小值是NP-hard问题。只有在结构相近时，才能用多项式复杂度算法得到正确的结果。

作者
Author: meatball1982 时间: 2017-9-25 09:20

get-it 发表于 2017-9-24 12:57
如果比较两个结构差异很大的分子会怎么样？
看过文献，说找到RMSD的全局最小值是NP-hard问题。只有在结构 ...

请问，方便告诉一下是哪个文献吗。

作者
Author: get-it 时间: 2017-9-25 09:45

meatball1982 发表于 2017-9-25 09:20
请问，方便告诉一下是哪个文献吗。

10.1063/1.4828704

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-9-25 09:52
这功能之前体验过，似乎在算RMSD这方面比VMD要方便一点。但是还是喜欢用VMD，因为其两个分子并行呈现的灵活度要比chemcraft高。

作者
Author: meatball1982 时间: 2017-9-25 13:36

get-it 发表于 2017-9-25 09:45
10.1063/1.4828704

Thank u.

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-9-25 15:08
我也试了下，它仍然要求两个分子的标号必须一致。我给两个例子，它们标号不同但是结构一样的。大家可以试一下，我用chemcraft比出来RMSD是1.419。

作者
Author: bomsaude 时间: 2017-9-26 17:47

zjxitcc 发表于 2017-9-25 07:08
我也试了下，它仍然要求两个分子的标号必须一致。我给两个例子，它们标号不同但是结构一样的。大家可以试一 ...

你说的很对，需要原子编号一致。ChemCraft就是把把两套原子按编号顺序一一对比它们的坐标差异，若相邻的原子一交换位置，RMSD就是它们之间的键长。这个应该和VMD一样的，你这两个文件的坐标导入到VMD结果也是1.419.

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)