计算化学公社

标题: gromacs中获取原子坐标的命令 [打印本页]

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-26 15:30
标题: gromacs中获取原子坐标的命令
各位gromacs大神，
大家好！有没有谁知道gromacs中如何获取原子的坐标的命令？我在手册上没有找到。
谢谢大家！

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-9-26 20:12
gromacs中如何获取原子的坐标?问题不是很理解，你是需要在轨迹中提取坐标信息吗？
如果是的话：gmx trjconv 可以转换成 .pdb和.gro格式，直接使用文本编辑器打开

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-27 11:01

ruanyang 发表于 2017-9-26 20:12
gromacs中如何获取原子的坐标?问题不是很理解，你是需要在轨迹中提取坐标信息吗？
如果是的话：gmx trjcon ...

谢谢您！我开始表达错了，我想问的是，如何得到一个分子质心的坐标。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-27 12:00
用VMD最灵活省事
先用atomselect命令选择指定的区域，假设叫atomselect0，然后运行
measure center atomselect0 weight mass

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-27 17:09

sobereva 发表于 2017-9-27 12:00
用VMD最灵活省事
先用atomselect命令选择指定的区域，假设叫atomselect0，然后运行
measure center atoms ...

gromacs不行么，因为我这个是gromacs的分析脚本，不想再用VMD了

作者
Author: diaok 时间: 2017-9-28 16:28

lujun 发表于 2017-9-27 17:09
gromacs不行么，因为我这个是gromacs的分析脚本，不想再用VMD了

seq 0 1999 | g_traj -f AA/trajpbc.xtc -s AA/topol.tpr -oxt cg.gro -n mapping.ndx -com -ng 2000 -b 100000
可以用这种粗粒化映射的方法取出来
seq 0 1999 是取2000个
-com就表示计算的是质心
mapping里面一个质心放一组

作者
Author: supersix 时间: 2021-9-23 12:21
先定义好索引，然后 gmx traj -f -s -com -n -ox

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)