计算化学公社

标题: 纳米管与丙氨酸弱相互作用计算问题 [打印本页]
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-26 16:03
标题: 纳米管与丙氨酸弱相互作用计算问题
我算的体系是：碳纳米管（8,0）管中放了一个小分子（丙氨酸），想算它们之间的相互作用能

优化时用的基组和方法是：m062x/6-311g(d,p)， {对应的输入输出文件为：S80_b.com   S80_b.log}

单点时考虑了BSSE校正，用的方法和基组是：m062x/6-311+g(d,p) ,{对应的输入输出文件为：S80_b_SP.com   S80_b_SP.log}
算出的结果：complexation energy =      77.02 kcal/mole (corrected)

想问下老师们这样的结果（弱相互作用）是不是太大了？而且结果是正值？ 具体的输入文件和输出文件放在附录里了，谢谢老师们 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

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作者
Author: agent99    时间: 2017-9-27 00:21
这种体系不加色散校正不太合适吧。
另外，为什么发在了资源分享区？？
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-27 08:41
agent99 发表于 2017-9-27 00:21
这种体系不加色散校正不太合适吧。
另外，为什么发在了资源分享区？？

谢谢，实在不好意思 ，我第一次发帖 ，没注意到
m062x算弱相互作用本身就很好了，校正可以不加吧
作者
Author: 我本是个娃娃    时间: 2017-9-27 08:47
agent99 发表于 2017-9-27 00:21
这种体系不加色散校正不太合适吧。
另外，为什么发在了资源分享区？？

优化可以不加色散校正，不加弥散函数。

单点时可以用高级一点的方法和基组
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-27 09:26
我本是个娃娃 发表于 2017-9-27 08:47
优化可以不加色散校正，不加弥散函数。

单点时可以用高级一点的方法和基组

好的，谢谢老师，可是我算的值那么大（77.02kcal/mol)，而且是正值，这正常吗？
作者
Author: 我本是个娃娃    时间: 2017-9-27 09:31
xueduomei 发表于 2017-9-27 09:26
好的，谢谢老师，可是我算的值那么大（77.02kcal/mol)，而且是正值，这正常吗？

看讲义，讲义上写的明白
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-27 10:10
我本是个娃娃 发表于 2017-9-27 09:31
看讲义，讲义上写的明白

好的，谢谢
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-27 10:31
讲义上说作用越大，数值越负，我的算出来确是那么大的正值
作者
Author: sobereva    时间: 2017-9-27 12:39
注意节约论坛空间，不要发一张高达3MB的照片。已把附件删除。jpg文件压缩根本压缩不掉体积，必须把照片像素减小，保存成jpg的时候选择恰当的压缩比，以确保不超过300KB。真正有压缩油水的是1L你发的4MB多的log文件，我已经给你压缩重新上传了。
作者
Author: sobereva    时间: 2017-9-27 12:41
相互作用能为正多半是你当前的纳米管太小，导致与分子斥力太大。尝试换个大点的纳米管再试
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-27 14:49
sobereva 发表于 2017-9-27 12:39
注意节约论坛空间，不要发一张高达3MB的照片。已把附件删除。jpg文件压缩根本压缩不掉体积，必须把照片像素 ...

谢谢老师，下次我会注意的，非常抱歉
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-27 14:49
sobereva 发表于 2017-9-27 12:41
相互作用能为正多半是你当前的纳米管太小，导致与分子斥力太大。尝试换个大点的纳米管再试

非常感谢老师
作者
Author: xueduomei    时间: 2017-9-27 15:37
xueduomei 发表于 2017-9-27 14:49
非常感谢老师

老师，我的分子径向方向大约是4.0Å多，之前选的管径是6.26Å，所以排斥很大，我这次选个管径8.14的管再试试，老师给的建议太棒了，非常感谢



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