计算化学公社

标题: gromacs运行过程中的问题 [打印本页]

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-27 17:43
标题: gromacs运行过程中的问题
向大家请教一下：
我在运行gromacs的md的时候，发现会产生step348572b_n7.pdb等很多类似的文件，我检查了我的参数，感觉没有什么问题啊。不知道是什么原因造成的。
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-27 21:48
运行中途出错，或者崩溃，就会把之前的几步结构导出成pdb便于排查错误
如果只是模拟一开始偶尔出现几个警告，自动导出了pdb，之后都一直稳定，轨迹合理，则不用去管。如果直接模拟崩溃，必定是计算问题

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-29 19:48

sobereva 发表于 2017-9-27 21:48
运行中途出错，或者崩溃，就会把之前的几步结构导出成pdb便于排查错误
如果只是模拟一开始偶尔出现几个警 ...

这个主要是力场的问题，还是盒子建立的问题？不知道是哪儿出了问题。我的nvt可以进行下去，到npt的时候就模拟不下去了，盒子的大小是10nm*10nm*10nm。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-29 21:27
原因很多，看看log文件就知道了。我遇到这种现象，经常是LINCS错误，出现上千个这种pdb文件，然后任务就断了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-30 00:36

lujun 发表于 2017-9-29 19:48
这个主要是力场的问题，还是盒子建立的问题？不知道是哪儿出了问题。我的nvt可以进行下去，到npt的时候就 ...

可能原因太多。反复切换设定对比找原因（先从mdp着手，找不着问题再从结构和拓扑文件着手），反复尝试

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-30 11:03

霜晨月发表于 2017-9-29 21:27
原因很多，看看log文件就知道了。我遇到这种现象，经常是LINCS错误，出现上千个这种pdb文件，然后任务就断 ...

谢谢！附件是我的md.mdp，md.log文件，好像就是LINCS的原因。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-30 12:23

lujun 发表于 2017-9-30 11:03
谢谢！附件是我的md.mdp，md.log文件，好像就是LINCS的原因。

你的log文件只有个开头啊？后面没了？
mdp里面，tc-grps 只设了一个 system，可能容易出问题吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-30 14:50

lujun 发表于 2017-9-30 11:03
谢谢！附件是我的md.mdp，md.log文件，好像就是LINCS的原因。

(, 下载次数 Times of downloads: 99)
在这个NPT模板文件上恰当修改然后跑再试，这是比较通用的mdp
死活LINCS解决不了，就把步长减小到1fs，不做约束再试。如果还不行，还报错，和mdp通常就没太大关系了

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-30 21:44

霜晨月发表于 2017-9-30 12:23
你的log文件只有个开头啊？后面没了？
mdp里面，tc-grps 只设了一个 system，可能容易出问题吧。

嗯，这个只有这些输出。tc-grp要设置很多组么

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-30 22:35

sobereva 发表于 2017-9-30 14:50
在这个NPT模板文件上恰当修改然后跑再试，这是比较通用的mdp
死活LINCS解决不了，就把步长减小到1fs ...

Sob大神，我在原来的mdp的基础上直接调整步长为1fs，就work了，没有报类似的错误，这个是怎么回事，感觉太奇怪了。不知道我原来的mdp有没有问题，我的tc-grp只有system，不知道有没有问题。我把同样的体系采用amber做模拟，感觉和gromacs的结果不太一样，很奇怪。

作者
Author: lujun 时间: 2017-9-30 22:53

sobereva 发表于 2017-9-30 14:50
在这个NPT模板文件上恰当修改然后跑再试，这是比较通用的mdp
死活LINCS解决不了，就把步长减小到1fs ...

不好意思，sob大神，看来我乐观估计了，现在即使换成了1fs的步长，任务还是死了，类似的错误。我看了几帧结构，发现盒子都已经散了，溶剂分子全部散开了，不知道是怎么回事。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-1 14:05

lujun 发表于 2017-9-30 22:53
不好意思，sob大神，看来我乐观估计了，现在即使换成了1fs的步长，任务还是死了，类似的错误。我看了几帧 ...

拓扑文件有问题的可能性较大

作者
Author: lujun 时间: 2017-10-1 22:26

sobereva 发表于 2017-10-1 14:05
拓扑文件有问题的可能性较大

这个top文件是直接用amber的top生成的，用acpype.py脚本生成的。结构是用packmol搭出来的。

作者
Author: lujun 时间: 2017-10-1 23:54

sobereva 发表于 2017-10-1 14:05
拓扑文件有问题的可能性较大

对了，sob大神，向你请教一下，在做MD的时候，是不是一定要跑nvt后才能跑npt的md。我是直接跑完能量最小化后跑npt的MD，这样会不会有问题。

作者
Author: diaok 时间: 2017-10-2 12:07

lujun 发表于 2017-10-1 23:54
对了，sob大神，向你请教一下，在做MD的时候，是不是一定要跑nvt后才能跑npt的md。我是直接跑完能量最小 ...

nvt npt的选择没那么多限制
npt是为了平衡到合理的密度
起始结构很不合理时的控压效果可能不好，最终达到稳定会浪费更多时间

作者
Author: jase20 时间: 2017-10-2 15:00
你看看是不是你的系宗选错了，如果你的体系有真空存在，npt的时候很容易爆炸的

作者
Author: lujun 时间: 2017-10-9 10:47

jase20 发表于 2017-10-2 15:00
你看看是不是你的系宗选错了，如果你的体系有真空存在，npt的时候很容易爆炸的

我看最后的结构确实是NPT跑爆炸了，这个时候该怎么办。我的体系是在水溶液外面有一堆的有机溶剂。你看看我的盒子

作者
Author: lujun 时间: 2017-10-9 11:49

lujun 发表于 2017-10-9 10:47
我看最后的结构确实是NPT跑爆炸了，这个时候该怎么办。我的体系是在水溶液外面有一堆的有机溶剂。你看看 ...

附件是我最初做MD的盒子

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-9 16:16
跑混合体系出错，首先先确保跑纯体系能正常跑，把问题一点点分解分析，早晚能找到原因
PS：上传文本型文件前请压缩以节约论坛空间。

作者
Author: jase20 时间: 2017-10-9 17:17

lujun 发表于 2017-10-9 11:49
附件是我最初做MD的盒子

我看你的有机溶剂是环己烷？为啥你的环己烷是平面状的...?

作者
Author: Always 时间: 2018-5-10 12:22

lujun 发表于 2017-10-1 22:26
这个top文件是直接用amber的top生成的，用acpype.py脚本生成的。结构是用packmol搭出来的。

麻烦问一下，最后这个问题知道是什么原因了吗？是怎么解决的？谢谢

作者
Author: somniferum 时间: 2018-5-11 11:03
你这个问题我也刚遇到过，就像sob老师说的那样，你看一下产生的step348572b_n7.pdb看看有什么不合理，我当时对比了一下配体发现，有几个氢加的不合理，所以崩了。你可以看看你配体的氢加的合不合理。

作者
Author: 青青青 时间: 2018-5-16 17:04
请问最后怎么解决的？我也有同样的问题。。。

作者
Author: 青青青 时间: 2018-5-16 19:35

diaok 发表于 2017-10-2 12:07
nvt npt的选择没那么多限制
npt是为了平衡到合理的密度
起始结构很不合理时的控压效果可能不好，最终达 ...

请问其实结构不合理的话，一般怎么调整呢？

作者
Author: 青青青 时间: 2018-5-16 20:42

sobereva 发表于 2017-9-27 21:48
运行中途出错，或者崩溃，就会把之前的几步结构导出成pdb便于排查错误
如果只是模拟一开始偶尔出现几个警 ...

老师，我的模拟符合您说的“模拟一开始偶尔出现几个警告，自动导出了pdb，之后都一直稳定，轨迹合理” 但是最后mdrun的时候就出现段错误，直接运行不了啊，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-17 09:21

青青青发表于 2018-5-16 20:42
老师，我的模拟符合您说的“模拟一开始偶尔出现几个警告，自动导出了pdb，之后都一直稳定，轨迹合理” 但 ...

还是反复检查拓扑文件、mdp设置、初始结构合理性。完全没有这些问题的话，一开始都不会有那些警告。

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