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标题: 利用pbs批量提交作业的方法 [打印本页]

作者
Author: 三迩- 时间: 2017-9-27 20:23
标题: 利用pbs批量提交作业的方法
目前作业是利用pbs形式提交的
#!/bin/bash
#PBS -N Gauss
#PBS -l nodes=1:ppn=16
##PBS -l walltime=240:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V

#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPUT_FILE=xxx.com

#----> enter the working directory <----
cd $PBS_O_WORKDIR
echo This job begins at: `date`

..........
.........
但是每次都需要替换文件名，
看了一个帖子，尝试了一下以下方法：
#!/bin/bash
counts=$(ls -l *.com|wc -l)

ls -l *.com \
| awk '{print $NF}'\
| sed 's/.com//g' \
| while read each_file
do
sed -i -r "/^\s*INPUT_FILE=/c INPUT_FILE=$each_file" g09E01.pbs.sh
qsub g09E01.pbs.sh &
a=$((a+1))
[[ $a -eq $counts ]]&&break
while((1))
do
      thread=(ps -ef|grep 'qsub g09E01.pbs.sh'|grep -v grep|wc -l)
      [[ $thread -lt 5 ]]&&break||sleep 1
done
sleep 1
done

但也不成功，求问大神有什么好方法能一次同时提交6个或多个作业，然后少于一定数目自动补上提交作业？

作者
Author: samplx 时间: 2017-9-28 00:41
thread=(qstat|grep $USER|wc -l) ?

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-9-28 08:57
类似这样？

#!/bin/bash
for i in `ls -F |grep /`
do
cd $i
for inf in *.pbs
do
echo Running ${inf} ...
time qsub < ${inf}
echo ${inf} is finished
echo
done
cd ..
done

复制代码

作者
Author: milkxx 时间: 2017-9-28 16:13
thread=(ps -ef|grep 'qsub g09E01.pbs.sh'|grep -v grep|wc -l)
这一行并不能实现你的要求。
提交作业是一个很快速的过程，qsub g09E01.pbs.sh命令将在极短的时间内完成，猜想你的要求是查看队列中存在的作业数，建议用qstat命令

作者
Author: abin 时间: 2017-9-29 11:17
cd $PBS_O_WORKDIR
ls *com > joblist
for INPUT_FILE in `cat joblist`
do
g09 $INPUT_FILE &
done

或者g09 $INPUT_FILE & 这句修改为你脚本中的执行高斯的行。

这个会提交一堆。都交给PBS管理。

作者
Author: etoac 时间: 2017-9-29 13:16
本帖最后由 etoac 于 2021-4-14 21:03 编辑

已删除

作者
Author: 三迩- 时间: 2017-10-5 21:07
谢谢各位老师，问题已解决。

作者
Author: Qinqi 时间: 2019-6-11 10:30
请问楼主如何解决的

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