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标题: 研究OH-与C2H5Br的反应，BOMD的使用问题 [打印本页]

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-26 23:52
标题: 研究OH-与C2H5Br的反应，BOMD的使用问题
我想研究OH- 与C2H5Br 的反应，反应要这样进行：（OH- 带一个负电荷，C2H5Br是中性）
OH- 在远处（7埃）以一定的速度垂直进攻OH- 与C2H5Br 的2，3，4三原子所在平面的中心，
请问Gaussian的BOMD该如何设置？
1. C2H5Br 的坐标是不是要完全固定?
2.  OH- 负离子沿着上述进攻方向的速度的大小和方向该如何设置？或特定方向上的动能该如何设置？
3. 虚原子需要设置吗？

谢谢大家！
下面是我初步构建的模型坐标：
%chk=bomd.chk
%nprocshared=8
%mem=1GB
#p b3lyp/6-31g(d) BOMD(stepsize=10000)

Title Card Required

-1 1
C
H                1 1.07000000
H                1 1.07000000 2  109.47125056
H                1 1.07000000 2  109.47121818 3 -120.00001381 0
C                1 1.54000000 2  109.47120268 4 -120.00000086 0
H                5 1.07000000 1  109.47120273 2 59.99994357 0
H                5 1.07000000 1  109.47123153 2  -60.00004879 0
Br                5 1.91000000 1  109.47120286 2  180.00000000 0
X                1          B1 2          A1 5          D1 0
O                9          B2 4          A2 1          D2 0
H                10          B3 4          A3 1          D3 0

B1          2.00000000
B2          5.00000000
B3          0.96000000
A1          70.52879850
A2          148.45516287
A3          171.36546756
D1          180.00000000
D2          180.00000000
D3       -180.00000000

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-27 02:22
这种情况应该用笛卡尔坐标。否则方向没法控制。

ReadVelocity可以为每个原子定义初始速度的x,y,z分量，应当让速度矢量的方向正好是OH的质心和平面中心连线的方向。详见手册里BOMD关键词的格式。

用不着虚原子。

可以先用半经验方法做BOMD，由于速度很快所以可以反复尝试，等设定没问题后再改回DFT。

也可以用ADMP来做，输入格式更简洁清楚

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-27 08:54
谢谢sobereva老师，我这就去试试！

作者
Author: smutao 时间: 2016-1-8 13:35
请教sob老师一般的admp或者bomd用来研究多个化合物分子（3-4）个混合进行反应的话总的模拟时间在什么数量级为好？
步长为0.1fs

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-8 18:01

smutao 发表于 2016-1-8 13:35
请教sob老师一般的admp或者bomd用来研究多个化合物分子（3-4）个混合进行反应的话总的模拟时间在什么数量 ...

还是看具体反应，也得反复多次测试。一般AIMD模拟都是在十几、几十ps的长度。BOMD的话步长没必要那么小

作者
Author: Aesar 时间: 2016-1-8 18:05
BOMD和AIMD有什么区别呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-8 19:38

Aesar 发表于 2016-1-8 18:05
BOMD和AIMD有什么区别呢？

BOMD是AIMD中的一种实现
AIMD算法常用的有BOMD、CPMD，以及高斯独有的ADMP

作者
Author: smutao 时间: 2016-1-8 20:54

sobereva 发表于 2016-1-8 18:01
还是看具体反应，也得反复多次测试。一般AIMD模拟都是在十几、几十ps的长度。BOMD的话步长没必要那么小

好的谢谢sob老师

作者
Author: Aesar 时间: 2016-1-9 09:14

sobereva 发表于 2016-1-8 19:38
BOMD是AIMD中的一种实现
AIMD算法常用的有BOMD、CPMD，以及高斯独有的ADMP

感谢老师的解答

作者
Author: fsh 时间: 2019-3-16 00:19

sobereva 发表于 2016-1-8 19:38
BOMD是AIMD中的一种实现
AIMD算法常用的有BOMD、CPMD，以及高斯独有的ADMP

sob老师，有的文章中出现FPMD(first principles molecular dynamics), 这个和AIMD是一个意思吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-16 07:23

fsh 发表于 2019-3-16 00:19
sob老师，有的文章中出现FPMD(first principles molecular dynamics), 这个和AIMD是一个意思吗？

FPMD这个词很少用
和AIMD一般是指同一回事

作者
Author: fsh 时间: 2019-3-16 09:44

sobereva 发表于 2019-3-16 07:23
FPMD这个词很少用
和AIMD一般是指同一回事

嗯嗯，谢谢老师解答

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