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标题: Gromacs中修改LJ方程 [打印本页]

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-1-27 05:30
标题: Gromacs中修改LJ方程
我想修改以下gromacs中的LJ方程,以做一些测试. 但是我都没有找到那个源码, 希望了解的朋友给提点提点,谢谢!

记得之前有一个朋友在向SOB提议把Gromacs里面源码的组织结构图都弄出来, 只是当时没有关注呀.
不知道那位朋友有没有继续这个工作! 要是能有一个源码的基本概况就好了!

谢谢!

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-27 07:28
可以自定义列表势，这样用不着修改代码也能用自己设的势函数。
在手册里搜Tabulated就能找到相关内容

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-1-27 17:33

sobereva 发表于 2015-1-27 07:28
可以自定义列表势，这样用不着修改代码也能用自己设的势函数。
在手册里搜Tabulated就能找到相关内容

好的，谢谢sob！我看看manual去！

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-1-27 19:00

sobereva 发表于 2015-1-27 07:28
可以自定义列表势，这样用不着修改代码也能用自己设的势函数。
在手册里搜Tabulated就能找到相关内容

我看了一下手册中关于自定义Non-bonded interactions的部分。

其中自己需要构建的table必须含有7列数据，但是如果我在LJ(12-6)
方程中额外再添加一项，如12-6-4，那么table就需要9列数据了，
不知道gromacs支持这样的修改吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-28 00:16
应该不支持，除非你把4函数直接和6函数组合到一起，作为一个新的函数将其数值和导数写成列表

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2015-1-28 16:55

sobereva 发表于 2015-1-28 00:16
应该不支持，除非你把4函数直接和6函数组合到一起，作为一个新的函数将其数值和导数写成列表

谢谢SOB！我当时也这么想过，但是考虑到1/r^6 与 1/r^4 项的系数不一样，觉得这样还是不太可行！

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