公社群聊Q&A整理：2017.09.13 13 ~ 2017.09.18 14 Concate - 计算化学公社

2017.09.13 13:48:30
Q:
[图片][图片]各位大神好，小弟想请教一下为什么用Multiwfn算出的wiberg 键级和高斯输出文件中wiberg的不一样呢写文章时以哪个为准呢，感谢各位大神
A:
NBO是在NAO基下算的，Multiwfn是在原先基函数下算的
只要没用弥散函数，Multiwfn给出的是合理的，但通常更建议用Mayer键级
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2017.09.13 14:11:47
Q:
群主老师，我还想问下我在求HOMO轨道中某个原子的贡献时，能否用高斯输出文件中HOMO轨道中该原子的各个轨道的系数的平方和再去除以HOMO轨道中所有原子轨道的系数平方和来求贡献的百分数呢
A:
这是SCPA方法，Multiwfn直接就能算
Q:
我这样算出来了，但是和Multiwfn中输出的不一样
A:
除非你算错了
Q:
Multiwfn是哪种算法求得呢老师
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
公式、原理在手册里也有
群文件里《分子轨道成份的计算》也写得很详细
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2017.09.13 14:11:47
Q:
请问一下，在gmx manual 中这个等式是负值[图片]如何处理下可以与文献中力场二面角的等式正值对应上呢[图片]
A:
把文献里的形式改写成Ryckaert-Bellemans函数形式，看是否能通过gmx里的Ryckaert-Bellemans函数形式来定义。或者用文献里的函数形式把扭转势能曲线得到，再自行按照gmx里的势函数形式拟合参数。
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2017.09.13 14:17:18
Q:
[图片]
[图片]
一个墨西哥人写的如何定量计算sigma穴
A:
后头有我的回复
Q:
这个老墨的图画的不错
[图片]
A:
伊朗的Multiwfn用户非常多
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2017.09.13 14:32:48
Q:
怎么对Multiwfn进行引用啊，应该怎么写有范例吗？
OA:
[图片]
明明白白地写着呢
A:
[图片]
[图片]
到处都写明了
OA:
引用最主要的那个就行
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2017.09.13 14:32:48
Q:
老师，我在优化反应过渡态逐点优化到键锻炼是什么意思？[图片]
A:
八成指的是柔性扫描，用语很不专业
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2017.09.13 14:41:03
Q:
请问基组格式一般怎么转换啊？比如某个不知格式的基组转成gaussian或者molcas的？
OA:
谷歌，肯定不少
这是培训班讲义里会讲
A:
根据程序要求的格式去写，嫌手敲麻烦就自己写程序自动转换
转换例子见
各种Sadlej基组的Gaussian格式的定义
http://sobereva.com/345
OA:
会不会Multiwfn日后会支持基组格式转换？
A:
不会
太specific了
OA:
不过如果以后ORCA崛起了，其内置的基组能够省去很多的外引基组的烦恼
ORCA程序是我目前见过的内置机组最多的软件了
A:
内置最多的是NWChem，毕竟EMSL就是这伙人弄的，EMSL上所有的都能用
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2017.09.13 15:03:59
Q:
[图片]
求问频率计算突然终止，log文件里显示这个，如何解决呢？
那几个does not exit意味着什么呢？
A:
不用管
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2017.09.13 15:40:45
Q:
做irc时出现这个错误，是什么原因
[图片]
A:
IRC里写LQA
Q:
好的，谢谢老师
A:
LQA算法不做重校正步
Q:
老师为何这irc做出来只要只有一半，只有到反应物的，没有到产物的一半，但是还是正常结束，也没有报错
[图片]
A:
[图片]
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2017.09.13 15:55:26
Q:
[图片]请问配分函数的计算，一般用哪个？单位是什么呢
A:
Q是无量纲的
Q:
好的，谢谢
那一般是用bot还是V呢？还是说只要统一就可以呢
A:
没有什么“一般用”，看具体用到什么公式里
Q:
过渡态理论里面
A:
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
看里头的注释
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2017.09.13 15:59:57
Q:
请问计算一个分子体系，用B3LYP算的比O3lyp算的比实验值差距大，如何解释呢？这两个泛函的主要区别在什么地方呢？
A:
甭用O3LYP，没什么额外好处，更好也只是碰巧
Q:
谢谢，那审稿人要做出解释，我怎么回答好呢？
A:
多半碰巧而已，非要说点什么，就说可能O3LYP在这类问题更好，值得更多检验
Q:
好的，谢谢
能说一下B3LYP和O3lyp的主要区别在什么地方呢？
A:
O3lyp根本没什么人用，基本没有什么额外好处，根本就应该彻底被遗忘
Q:
嗯，是，O3lyp里面的OptX是什么意思？
A:
交换泛函的名字
Q:
我是不是应该结合计算的体系找一下O3lyp更适合此体系的原因呢？
找了很长时间也没找到更好的解释
A:
根本没法解释
Q:
哈哈，审稿人非要解释，我生拉硬扯也得找个理由啊
A:
除非你研究的问题对HF成分敏感，这时候从HF成份不同来说
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2017.09.13 16:10:56
Q:
老师，请问一下福井函数的这个图怎么做出来的呢?还有这个图怎么理解呢?
[图片]
A:
用Multiwfn作
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
是的，但是我没看懂这个图代表什么意思
A:
就是福井函数在分子截面上的分布
Q:
哦哦，相当于把分子一层一层的切开?然后看他的电荷密度的变化?
本身原子所处的那个什么1.05eu啊什么的代表什么呢，老师
A:
看这个了解些福井函数基本知识
概念密度泛函综述和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384
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2017.09.13 17:02:09
Q:
请问各位老师，在高斯里面计算磁化率是加NMR=Susceptibility吗，计算之后的结果搜索什么能看到呢？谢谢
A:
仔细一看就能找到
Q:
谢谢老师，请问磁化率为0的话，是不是就找不到如下结果[图片]
A:
不管是不是0都会输出
Q:
好的谢谢老师，我再好好找找
老师，您好，我不知道是输入文件有误还是输出文件格式有差别，我实在找不到相应的磁化率信息，我能否上传输入输出文件，您如果有空的话帮我看看，谢谢了
A:
别和opt freq 搞在一起
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2017.09.13 17:07:00
Q:
[图片]
活了这么多年，第一次知道自己被木桶原理给骗了
OA:
表示服
Q:
当你牛到宇宙都装不下你的时候，谁还在乎你的缺点……
OA:
比如乔布斯？
Q:
我不佩服乔布斯，但唯独一点，乔布斯能让自己设计出的垃圾产品也能卖出金子的价格
OA:
1. 此桶不平衡的程度越高、增加单位容积所需的木板总量越多
2. 对足够长的木板、增加单位木板所需的精力会指数增长
3. 这样的桶装水很快就挥干了。
Q:
比如IPOD就是垃圾中的战斗机，但是卖的一点不比电脑便宜
OA:
这样的桶要拎起来也很费劲吧
Q:
当板子足够长的时候，那就不是桶了
请以“木桶板的长与短”为话题写一篇800字的文章，体裁不限，诗歌除外
OA:
那张图加上李博士的回答，让我想起了乌鸦衔树枝过大海的高考作文题
A:
此图说明对待天赋异禀的怪才需要相应的方式对待、教育，方可充分发挥其潜在的杰出能力
Q:
此处@Sobereva
OA:
木桶再长也装不下我没法去参加科音培训班的忧伤
社长不算怪才，算计算模拟界的全才🤗
但是只要不是无限延伸，使用跟“有短板的倾斜桶”同样木材量制作的“常规桶”装的水比倾斜桶多多了/托腮
（我就是一个大写的BU HUI LIAO TIAN）
Q:
你的忧伤要时间来抚平
A:
然而对于某些人，把某些长板子进一步加长比起让起某个短板加长更容易
OA:
还是普通桶稳定。。
A:
比如毛**，让其数学及格是很困难的
Q:
就像上天容易，让XX文明执法何其困难
OA:
毛利兰，这个字数也对
A:
对于那些人，与其费劲弥补其短处，还不如进一步发扬其长处
Q:
看来大博士和我的观点相近
OA:
他姓毛。后人总是以他的口，诉说别人的智慧。从他口中吐出的名言，影响了一代人。人无完人，他和妻子犯过最大的过错延续了10年。因他而死的人数不胜数。发生冲突的时候，他总是退居二线。但很幸运，他有一位姓江的晚辈继承了他的事业。在开创新的世界之时，他虽然不是最闪耀的，但他是贯穿整个故事的线索。人们称他为沉睡的雄狮。...他，就是毛利小五郎
话说，像高考这种东西，要是有一门很差
是上不了好大学的。。。。
Q:
高考只是普及型选拔
A:
天朝教育制度害人
Q:
听说超女当年也把很多好苗子给漏掉了
A:
ZZ不及格也考不上研究生
OA:
我现在只想发文章才能毕业
有同事小孩还没满月就开始送幼教了
OA:
因材施教是文明发展、社会分工的必然结果也是最佳做法。不过用图形类比略耍流氓，槽点太多
Q:
所以我要努力学习，留学出去，给我的父母和后代留一个退路
A:
幼教多半是交智商税的
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2017.09.13 17:07:00
Q:
老师，请问在文章中用了Multiwfn软件，如何正确写参考文献？
A:
在主页的download栏目、手册第一章、程序启动一开始显示的信息中、入门贴《Multiwfn入门tips》（http://sobereva.com/167）里都写明了。
Q:
[图片]这个哈！谢谢老师
A:
那张图可以作为一个作文题
OA:
请以Tian Lu, Feiwu Chen, J. Comput. Chem. 33, 580-592 (2012)为题写一篇800字的文章，体裁不限，诗歌除外
A:
我说的是那个桶的图
OA:
嗯…高考话题
作文
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2017.09.13 19:15:11
Q:
[图片]请教Multiwfn主功能0看轨道，没有给出HOMO LUMO及其差值，停在这里，为什么？谢谢！
不是，闭壳层
GV看，轨道没问题
A:
用最新版本
如果还这样，gjf文件和fch文件一起发给我
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2017.09.13 22:17:45
Q:
[图片]请问老师这种的图是直接在Multiwfn里做出来的还是几个图P在一起的呢？虚线的部分是拉普拉斯电子密度图吗？
A:
p的。看不清楚，如果有虚线，就是电子密度拉普拉斯
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2017.09.13 22:58:35
Q:
请问，用amber对一个78个原子的小分子在1000K进行模拟，总共模拟1ns，步长2fs，每5000帧写入一次轨迹，理论上应该有100帧，结果打开mdcrd文件，里面只有30帧，这个是正常的么？
A:
估计参数没设对
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2017.09.13 23:55:04
Q:
咨询一下大家，在利用NBO计算电荷分布的时候，分别用基态、单重激发态和三重激发态的构型去计算NBO，还是可以根据基态的结构，分别利用DFT和TDDFT去计算啊？
A:
结构和电子态是两码事，先弄清楚到底要在什么结构下算什么电子态的电荷
Q:
我想计算基态、单重激发态和三重激发态下的电荷分布情况。
看看电子是否存在这三种状态下，存在转移
如果是这个样子，是不是需要分别优化完三种结构，然后再分别计算NBO
A:
看你研究什么，当然也可以都在基态优化的结构下计算，由此衡量垂直激发过程的电子转移
先去优化各自电子态的结构再计算各自电子态的原子电荷求差，相当于考察的绝热过程电子转移情况
Q:
我想看看金属卟啉分子在这个激发的过程中，他的中心金属的价态变化情况。
您的建议是哪种情况呢？
A:
up to you
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2017.09.14 05:19:39
Q:
Hi Sobereva,看了这个帖子优化长程泛函的omega，模板中的单点文件需要做简单的初始优化吗？
A:
结构需要先优化
Q:
如果有十个结构，是不是每个omega都要单独优化呢？
A:
如果组成不同，需要分别优化，如果只是构象的差异，那倒不必
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2017.09.14 07:05:42
Q:
[图片]各位老师，用g16优化构型正常结束，可用gv5.0.9看构型时出现这个错误，不能打开，这什么原因，谢谢！
A:
用gv6看
Q:
哦，谢谢老师
sob老师，在g16中，隔几个点算一次calcfc的关键词是那个，谢谢
A:
recalc
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2017.09.14 08:16:01
Q:
请问大家一个问题，我用高斯的QM/MM方法对一个体系分了三层，然后优化正常结束了，我想要看看高层的轨道分布情况，用什么方法能看呢
A:
没法看
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2017.09.14 09:46:31
Q:
有个问题请教：acpype力场自动调用antcehchamber得到的GAFF参数（包括电荷和L-J）是基于am1优化的分子构型；而antcehchamber得到的RESP电荷，文献大多数是HF/6-311G*优化的构型；如果用后者去代替前者的am1-bcc电荷，这二者不同构型得到的参数，特别是电荷，会不会有问题？
我的观点是：无所谓，反正MD跑了之后，分子构型都会趋于RESP+GAFF参数所得到的平衡。
请问sob的看法。
控制参数可以得到RESP电荷
A:
不会有问题
Q:
那我的理解对吗？
A:
AM1和HF优化的构性差异对普通分子来说没那么大，而且RESP和AM1-BCC电荷对构象也不是特别敏感，所以这点差异没必要在意
Q:
那am1优化构型的GAFF参数+am1-bcc电荷 vs HF-6-311G*优化构型的GAFF参数+RESP电荷，一般对柔性不大的小分子，二者质量差不多，如果是柔性较大的小分子，后者会好一些。我的理解对吗？
A:
AM1-BCC和RESP还是有不小差异的
只不过结构上的差异没那么明显
按道理上来说应当在DFT级别下优化，诸如M06-2X。HF的结构还是略烂的
Q:
是的。我见过RESP在b3lyp下优化的，但绝大多数还是HF下的。我猜想会不会是因为整体的GAFF力场参数是在基于HF下得到的，所以RESP也是在HF下得到为宜。有点类似于SMD参数m05-2x选用小基组的原因？
A:
GAFF的成键参数不是HF下得到的，而是MP2结合一些实验数据得到的
HF优化是不合适的，没必要效仿一些文献
Q:
那你的意思是用MP2/6-31G**或b3lyp/6-31G**这样的水平优化结构并得到RESP电荷，其余GAFF参数用acypye内置am1下所自动得到的参数？
A:
恩
Q:
好，谢谢耐心解答。
再问一句，如果溶液体系，那么b3lyp/6-311G**(PCM）得到RESP电荷，是不是更为合理？
A:
实际上，用于水当中的模拟，要么HF真空下得到RESP电荷，要么DFT+SCRF下得到电荷，否则不合理
Q:
那水溶液体系除电荷外的GAFF参数（L-J，bond之类），用acyype默认的am1就可以了吧？
A:
恩
Q:
谢谢。感觉计算细节 MD>第一性>QM
A:
细节都很多，只不过MD暴露在用户可以触及的层面上的东西太多
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2017.09.14 09:57:50
Q:
[图片]
左图为结构优化成功后进行频率计算的log文件，在1110出突然停止，昨天群里有老师说可以续算，但是续算后直接没算，右图是续算的log文件，停在了1002，求问如何解决呢？
#p b3lyp/6-311g** freq scrf(water,read) guess=read
然后最后面隔一行加了eps
因为想用优化时的结果
那如果结构是优化后的结构的话，是不是guess=read后把坐标删去，与geom=check效果一样？
guess=read，geom=check两个都写？
好，那我试试，谢谢
A:
拿最后的结构重新算
guess=read写不写对耗时根本没什么影响，无关紧要，相对于freq的耗时来说
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2017.09.14 10:07:00
Q:
老师，您好，请问如何对自然键轨道(NBO)电荷分布进行分析
A:
pop=NPA
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2017.09.14 10:28:44
Q:
sob老师，关于昨天问的amber的问题，我按照您在molclus帖子里的方法设置的，我发现dt设成0.002的时候就只能生成30帧，dt设置成0.001的时候可以正常生成100帧，这是不是跟分子有关？
A:
跟分子无关
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2017.09.14 10:39:08
Q:
Sob老师，要得到两个片段间电荷转移量多少，是不是NBO分析两个片段的净电荷就可以了？
A:
诸多电荷都可以，没必要非得NPA
Q:
还有哪种电荷可以定量分析呢
A:
看《原子电荷计算方法的对比》
我提出的ADCH强烈推荐使用
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2017.09.14 10:53:19
Q:
老师看一下这些关键词哪里错了，我一交上去就报错了
[图片]
A:
CCSD(T)此程序里没解析导数，拿它去优化不是非常小的体系是极度愚蠢的
Q:
这是报错信息[图片]
A:
有calcall还写calcfc干嘛
格式不对，甭用geom=check，省得更不容易搞清楚
OA:
你那个modredundant是要定义坐标？
Q:
想算溶剂化能
OA:
gaussian里面就是用的冗余坐标体系
A:
仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/32
Q:
能帮忙提供个标准的输入文件呢
老师你那个我看了，但是我是菜鸟，不知道输入文件要怎么写
也就是开始的那一行
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
[图片]
已经写得很清楚了
Q:
初级班什么时候可以报名
我感觉我太水了
谢谢老师
A:
看www.keinsci.com
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
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2017.09.14 11:09:20
Q:
请教老师，怎么判断一个物质是双自由基，有一个<S2>指的是什么（2是上角标）？
A:
看自旋密度，或者<S^2>是否偏离单重态理想值
Q:
那老师，<S^2>的值是越大表明越偏离单重态吗？
A:
从自旋污染的角度说偏离越大自旋污染越大
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2017.09.14 11:14:04
Q:
记得卢老师有个博客专述反应路径自由能变化图绘制的，请提供地址，谢谢
A:
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
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2017.09.14 11:36:46
Q:
[图片]各位大神，这里能不能只显示元素符号
不显示数字
A:
改settings.ini里iatmlabtype3D参数
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2017.09.14 11:40:22
Q:
老师，今年夏天的科音培训ppt可以付费购买吗？
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
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2017.09.14 12:37:08
Q:
您好！想请教各位molpro计算的问题。我在利用molpro计算时，活化空间选取的很小（1e,1o）但是分子本身很大。错误提示 TOO MANY ACTIVE ORBITALS: 36 THIS VERSION ALLOWS 32。这要怎么解决呢。谢谢
A:
CAS最小也得(2,2)
Q:
我活化空间换成（2，3）也是这个错误提示
A:
估计输入文件没写对，当前提示明显是程序以为你把活化轨道设成了36
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2017.09.14 12:37:08
Q:
[图片]老师请问这种情况下的任务中断是502错误吗
A:
502都完了，没硬盘了
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2017.09.14 14:08:08
Q:
老师您好，反应体系中存在氢键，在算结构优化、过渡态寻找和IRC时需要加弥散函数吗？谢谢老师
A:
如果当前是3-zeta可以不加
Q:
我选用的是2-zeta基组6-31G，这个时候结构优化、过渡态寻找和IRC时是不是最好改成6-311+G？
A:
[图片]
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2017.09.14 14:15:52
Q:
sob老师，二苯甲烷的柔性扫描实例中，提到：如果用刚性扫描还想让整个苯环转动，则必须让苯环中原子在定义内坐标时参考被转动的原子。麻烦问下，这个参考被转动原子该如何操作啊？
A:
让gv保存出内坐标，然后如果发现实际不是这样，就手工编辑内坐标定义达到这个要求，往往比较费事
Q:
还是不明白
多谢sob老师。我在柔性扫描配合物能量随键长变化势能面时，结构总是突跃，也加了nosymm关键词了，想问下老师有没有其他办法，再就是柔性扫描的时候能不能采用优化时冻结部分原子的方法
A:
突跃是正常的
搞懂柔性扫描的原理自然就明白为什么会出现
可以冻
Q:
各位老师，想问一个问题，在过渡态的寻找中，sob老师写的，在势能面上，过渡态结构的能量对坐标的一阶导数为0，只有对坐标的二阶导数为负，而其他方向为正，是能量面上的一阶鞍点。
想问一下后半句涉及二阶导数的部分如何理解
A:
二阶导数就是曲率
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2017.09.14 14:15:52
Q:
话说unrelaxed scan 和relaxed scan的区别是啥哇
A:
刚性扫描，柔性扫描
OA:
补个一阶鞍点的图[图片]
Q:
好图
已保存
A:
基础班幻灯片里就有
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2017.09.14 15:09:03
Q:
“用opt freq优化结构同时获得焓或自由能的热校正量（获得焓的热校正量时建议用ZPE校正因子）”请教下老师，“用ZPE校正因子”是什么意思？[图片]是用这里面的能量怎么处理吗？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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2017.09.14 15:13:18
Q:
[图片]老师想请教一下，优化结构的log显示这样，是选择继续优化，或者减小收敛精度嘛？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
[图片]谢谢老师~还有个问题请教,还有这个log文件的错误是什么？我没有读懂
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.09.14 15:40:27
Q:
咨询一下老师，用sobMECP运行的时候，runfirst正常结束，我看高斯计算文件也正常结束。但是run MECP的时候，提示[图片]。可能是啥原因呢？我运行例子是可以的，运行自己文件，就卡在这。谢谢指点
A:
看产生的gjf文件末尾是否有足够的空行
并且手动打开中间产生的高斯输出文件来检查
Q:
谢谢sob老师指点。当时我还担心是空格问题，我就多空了几个。我看这个runfirst的高斯输出文件正常结束了，后面runMECP还能与文件有关？谢谢老师
A:
如果高斯输出文件确实没问题，用的关键词也都对，那就是脚本的问题了
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2017.09.14 17:17:25
Q:
请问那个“组态相互作用系数”要怎么获取呢？有没有老师相关的博文呢？谢谢各位老师啦~~
OA:
记得之前跟你说过啊
Q:
我之前在群里问过这个问题么，，，难道我意识模糊了？
OA:
反正有人问过，一模一样的问题
A:
[图片]
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2017.09.14 17:45:55
Q:
请问下sob老师，我配了RECC内存条，但gromacs跑MD时 ECC显示 no，请问这是没编译好还是RECC的问题
A:
GPU版？
Q:
是的...难道要编译另一个版本才能显示ecc？
A:
如果用的geforce，显存是没有ECC的，这和主机内存有无ECC是两码事
跟编译也完全无关
Q:
哦哦，原来是这个样子
那RECC的内存条和ECC的内存条功能也是一样的吧？
A:
简单来说是
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2017.09.14 18:06:41
Q:
想问一下老师，如果一个分子上带两个正电荷(两个质子)，一个质子的位置已经固定，另一个有3个位置可以选择，我想计算一下两个质子间的库仑斥力，应该怎样计算，用哪个量表示？谢谢
A:
没法计算，本身整个体系是耦合在一起的
Q:
sob老师，我可以算第二个质子在不同位置时整个分子的能量，然后能量高低表示库仑斥力的大小吗
是一个长链的多肽分子
A:
不能
质子一旦加到分子里，其本身的独立性就已经丧失了
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2017.09.14 18:12:14
Q:
不可以，显然这个能量差这不只是库伦力的贡献
A:
虽然你仍可以根据库仑公式计算两个质子之间的静电斥力，但显然整个体系的能量不是光靠这个决定的，还得考虑电子与质子之间的库仑吸引等因素
----------------------------------------------------
2017.09.14 18:42:22
Q:
想请教下老师 “resolution of the identity (RI) technique”RI是什么，[图片]
就是在一个方法前面加上RI是一个技术吗
A:
看这里对RI的简介
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
谢谢老师，密度拟合是对方法的一种处理方法？
A:
看了再问
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2017.09.14 18:49:44
Q:
[图片]这样有错吗，老实报错b3lyp/6-31+g(3d,p) 这个信息
[图片]
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
6-31+g(3d,p)非常糟糕
DFT加3d白浪费计算资源
而且还是阳离子体系，加弥散作甚
Q:
变成d也是报错
参考文献的
A:
泛函名哪能写在那
看我博文
哪篇文献这么写的
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
好的
[图片]
我也是这样输入的
A:
[图片]
博文里没这么写
Q:
好的
[图片]这样的错误
A:
格式不对
仔细对照博文
----------------------------------------------------
2017.09.14 18:52:03
Q:
突然想起来一个问题，群主老师有没有想过创办一个计算化学的科学杂志……
A:
没精力
而且办刊手续极为麻烦
弄刊号很费劲
而且不是SCI也没人愿意投
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2017.09.14 19:42:24
Q:
MOPAC半经验方法算贵金属是PM6好点还是PM7好点呢
A:
原理上是PM7
Q:
我在用molclus搜索Ag9团簇，应该可以把
A:
可
Q:
社长，改成PM7就报错啊
OA:
报什么错
Q:
我跑了一遍PM6，又改了PM7就又可以了
不过PM6-DH和PM7做出来最稳定构型差距非常大
我要信哪个
OA:
我做着半经验对过渡金属配合物有时都会给出定性太合理的结果，银团簇的电子结构更复杂，确实有可能超过了半经验的能力了吧
Q:
我是想着先用半经验搜索一下
然后再上M062x什么的
A:
都别信
最便宜的可接受的是BP86/lanl2DZ
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2017.09.14 21:32:37
Q:
请问muitiwfn有时候加载文件就直接关闭，该怎么解决
A:
输入文件有毛病
或者内存不够，或者设置不当
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2017.09.14 21:39:50
Q:
能不能通过计算推断一个物质是怎么分解的？谢谢老师
A:
去搜计算分解反应的文献，一大堆
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2017.09.14 22:16:33
Q:
sobereva老师，我在使用gmx加离子时提示topol.top中没有SOL组，但我确定选择的是SOL组，而且top文件中有SOL。我从头重复了一次还是同样的错误。[图片]
我的top文件是[图片]
A:
pie 估计是一些疏忽所致，远程说不清楚
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2017.09.14 22:49:14
A:
[图片]
IAQMS院士居然还出这种馊主意，还让一些菜鸟信以为真
不信真理，只信名人，求学态度实在要命
这就是小毒虫上的讨论水平
Q:
还好早已弃坑（某虫）
A:
难得前面还有人给出正确回复，后面又被这人给歪了，导致初学者被害
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2017.09.15 06:43:19
A:
pie 本机装个windows版一测试就完了。
能续算的概率极低
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2017.09.15 06:53:29
Q:
请问一下，怎么更新OpenGL
A:
什么意思？什么层面的？
Q:
OpenGL3.2Centos6.5
A:
升级显卡驱动，前提是显卡本身支持OpenGL更高版本
Q:
谢谢了
机器支持，怎么升级一下呢
A:
看去显卡厂商网站上下驱动
Q:
在安装就好了？？
我们本来想装一个ADF结果报这种错误，不知道怎么解决了！
A:
试了再说，不行再问客服，ADF收费那么黑，不骚扰客服亏大了
----------------------------------------------------
2017.09.15 08:02:44
Q:
请教各位老师一个分子动力学的问题，是否全原子的模拟比粗粒化的模拟，更加容易被reviewer或editor接受（或更受欢迎）？谢谢！
A:
用粗粒化模拟必须得能证明这种模型对于当前体系和问题的合理性
越是粗糙的模型，经验程度越高，普适性越差
Q:
谢谢sob老师。那再请问一下，关于合理性的验证，需要进一步开展什么样的工作呢？
A:
找类似的研究文献来说明，或者从模型的原理上来说明，或者从和实验对照结果较好上说明
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2017.09.15 08:11:38
Q:
老师，我的fchk文件的笛卡尔坐标都是零可是我检查了我的输入文件和其他格式的输出文件是没有问题的这是什么原因呢
[图片]
A:
这是笛卡尔梯度，不是笛卡尔坐标
Q:
嗯嗯嗯那为啥会出现这种情况呢
A:
输出文件正常就完了，甭管这个
Q:
输出文件是正常的但是我需要踩梯度数据和Cartesian Force Constants 做其他的计算
A:
这是笛卡尔梯度，又不是笛卡尔力常数
Q:
但是我那个计算的软件里计算速率常数就需要这两个数据
A:
重新算一个最普通的体系的freq
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328
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2017.09.15 08:16:30
Q:
群主您好，我想问一下我之前没有加弥散去优化含氢键的体系的结构、过渡态和IRC结果是不是都不可靠，全部需要重新来？谢谢
A:
否
用3-zeta优化就够了
Q:
我之前用的是2-zeta，6-31g**
A:
凑合
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2017.09.15 08:55:08
Q:
请问各位，gmx跑完后除了用MM-PBSA计算结合能，还想用MM-GBSA法计算一下，这里的GB项计算怎么实现？
A:
gmx本身就能做GB计算
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2017.09.15 08:56:48
Q:
请问各位若在固态环境下其介电常数为a, 那么优化基态构型时直接加上关键词eps=a就可以了吗？优化激发态关键词epsihf怎么写？
A:
没有这种关键词，这叫设置
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
http://sobereva.com/42
先弄明白怎么做GB下的计算，然后自行写个脚本实现提取GB溶解自由能，脚本怎么写手册里显然不会提
Q:
那么请问固态环境怎么来写命令？
A:
没有这种命令
隐式溶剂模型没法用来描述固体环境
Q:
意思是对于一个分子没法在固体环境下计算吗？
A:
除非你截取团簇模型，或者对晶胞做PBC计算
或者通过背景电荷、片段有效势之类，或者借助ONIOM等方式描述周围分子
Q:
恩恩好的谢谢
老师您看下他这个是怎么计算的[图片]
A:
说具体
Q:
固体掺杂的mCP分子介电常数=3
说这部分的我截个图[图片]
A:
怎么算E_ST去论坛里搜贴，一堆说这个的
Q:
恩谢谢我知道我就是问固体环境怎么优化的构型
A:
意义不明
----------------------------------------------------
2017.09.15 08:56:48
Q:
各位老师，请问一下我想用高斯做溶剂化，但是模型里没有所需要的溶剂，怎么自己添加啊？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
里面写了
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2017.09.15 09:18:16
Q:
请问一下，我刚才在力场文件夹里搜索了一下，发现除了gromos之外，好像其他的三种力场里都有gbsa.itp，所以用gromos力场不能用GB模型吗？
A:
对
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2017.09.15 09:27:35
Q:
老师请问下我算的溶剂化能是负值这个负值是越负越容易溶解，还是越不容易溶解？
A:
越负越容易
Q:
好的谢谢
老师还有个问题我计算时考虑了非静电的影响也就是在上面加了 Read 后面写了三个非静电的关键词但是计算结果提示非标准输入
请问老师这是怎么回事呢
A:
上传输入输出文件
Q:
老师不好意思我做的是保密工作不能上传只能描述了
由于是我指定的溶剂
A:
输入文件里去掉坐标部分后上传
这种事不看具体文件根本说不清楚，100%是格式不对
Q:
好的稍等
#p M052X/6-31G(d) scrf(pcm, solvent=generic, read) Dis Cav Rep eps=20 epsinf =60
A:
Dis Cav Rep eps=20 epsinf =60不是写在关键词地方的，是在坐标后头，看我博文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
是在后面
中间是坐标
A:
换个版本
Q:
老师方不方便提供一个标准的输入文件呢
非常感谢
A:
你不上传具体文件我怎么判断格式
该怎么写博文里写得很清楚了
Q:
我电脑上没有QQ
所以写不清楚
我用手机输入的
A:
不会用就用SMD不就完了
Q:
可是我要指定溶剂
A:
SMD怎么不能指定
你就算用PCM，照样没法严格定义自定义溶剂的非极性部分
Q:
老师的博文不是说SMD不太适合指定溶剂吗
我理解错了？
A:
没这么说过
Q:
你博文里有这么一句话 SMD不适合自定义溶剂
A:
那是因为SMD默认有非极性部分，你用PCM而且还非得要非极性部分，照样没法严格自定义溶剂！
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2017.09.15 09:30:33
Q:
sob老师，你好，multiwfn可以分析激发态分子间氢键强度吗？
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.09.15 09:36:27
Q:
老师，我算出复合物的变形能是负值，都在-1左右，我检查了单体和复合物的能量都没有问题，这是为什么呀
A:
如果指弱相互作用的变形能，变形能是对片段而言的，不是对复合物而言的
Q:
对，老师说的对，是对片段而言，出现负值该怎么解释呢
不是，是-1kJ/mol
A:
没算对
变形能计算公式不对，或者自由状态都没优化过
----------------------------------------------------
2017.09.15 09:41:48
Q:
[图片]
每次算到这里就停止推出了，为什么啊
A:
换个版本
Q:
[图片]
老师可以帮我看看么
弄了几次好像都停这边退出了
A:
换个版本
----------------------------------------------------
2017.09.15 09:57:18
Q:
老师，气相下小基组的能量图呈这样是不是说我设计的反应路径已经不合理了，我还未做大基组和溶剂化
[图片]
A:
没法说路径不合理，只能说漏了一些中间体或过渡态
----------------------------------------------------
2017.09.15 09:57:41
Q:
如果只考虑基态的话只需要添加静态介电常数就可以了吧？
A:
看算基态的什么，如果是动态极化率照样要epsinf
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2017.09.15 09:59:17
Q:
请问老师，我现在要优化的体系包含两个铜原子和五十个非金属原子（碳氢氧氮），用什么基组和泛函呢？基组用6-311g**，泛函用m06-2x可以吗，需要用赝势吗
A:
配合物不建议用这个
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
用不用赝势随意，用了能省一丁点时间
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
Q:
泛函用pbe可以吗
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2017.09.15 10:01:27
Q:
各位老师，我使用PBE0/def2-TZVP计算一体系的基态和过渡态时发现，不加任何校正能垒为0.06kcal/mol, 加上零点校正就成-0.12kcal/mol，继而我在CCSD(T)/def2-TZVP水平下计算单点，能垒为-0.047kcal/mol
请问各位老师，能垒为负这种情况该如何解决？
A:
DFT根本精确不到0.1kcal/mol，改用好点的计算级别，PES上这个TS有没有都不一定
Q:
意思我再加大基组，比如def2-qzvp?
A:
这种普通泛函DFT加大到QZ毫无意义
算势垒aug-cc-pvdz比def2-TZVP差远了
Q:
谢谢各位老师，还有就是我觉得会不会是因为TS有虚频，再算零点校正时忽略了这个虚频，从而使得加零点校正后，TS的能量反而比GM的能量低，不知道我这种理解对不对？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.15 10:21:47
Q:
各位老师，一般跑IRC路径用什么方法基组呢？我已经用B3LYP/6-31G*和B3LYP/cc-pVTZ分别跑出来了，比较合适用什么方法基组呢
A:
B3LYP/6-31G*一般够用，如果直接涉及氢再给氢加极化
cc-pVTZ给DFT用糟糕透顶，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
OA:
能用cc-pVTZ的级别最好转成def2-TZVP
A:
opt、IRC用TZVP已经绝对足够了
----------------------------------------------------
2017.09.15 10:29:26
Q:
[图片]我用HF只有10%的TPSSh计算紫外还蓝移，怎么办？
A:
考虑是否应考虑溶剂效应
分子构象也会影响光谱
Q:
这是甲苯，先不计算溶剂效应
紫外不能加弥散么@PIG
A:
考虑溶剂效应又何妨？
耗时才增加20%左右
里德堡激发才需要弥散
----------------------------------------------------
2017.09.15 10:29:26
Q:
[图片]请问这个parmlookup程序是什么啊
A:
用amber自带的parmchk
----------------------------------------------------
2017.09.15 11:16:46
Q:
sob老师，我在使用VMD时，使用Tachyon之后生成dat文件，然后用帖子中的批处理文件处理时，运行bat文件时，总是显示tachyon_WIN32.exe 停止工作，请问是什么原因？
A:
换个体系试试
Q:
我用的是http://sobereva.com/291 里面的例子
A:
直接进入命令行再用那个命令，如果还不行尝试不同参数。还不行尝试不同体系。还不行尝试不同版本。还不行尝试不同机子。
----------------------------------------------------
2017.09.15 11:21:46
Q:
请教一下 BSSE矫正能有没有可能是负值？
A:
没可能
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.15 11:22:43
Q:
老师，我想请问一下，用guess=read读取波函数优化结构，用的基组和方法需不需要和之前得到稳定波函数的基组和方法一致啊？
A:
可以不一样
----------------------------------------------------
2017.09.15 12:15:01
Q:
老师，请问用高斯找过渡态时，发现直接跑到了产物，但是未正常结束，出现了l9999错误，发现能量震荡，[图片]，之后我将最后一步的坐标拷出，加关键词nolinear重新跑ts，又出现l9999错误，[图片]，此时我又将最后的坐标拷出，加maxcyc关键词，最终计算正常结束，但是看振动模式不是我想要的。请问这种问题该如何解决，还是本身初始构型就有问题需要调整结构重新开始找过渡态呢？
A:
nolinear毫无用处，盲目加maxcyc也根本不可能解决问题
没收敛到过渡态说明初猜结构不合适
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2017.09.15 12:41:58
Q:
求助个格式问题，我想输出成wfn格式，然后在高斯输入文件中加入out=wfn，以及结尾的[图片],test.wfn前面空了一行，后面空了两行，但是依然报错：[图片]
可能是哪的原因呢
A:
有多余关键词
Q:
./test.wfn是多余的吗
A:
显然要写
----------------------------------------------------
2017.09.15 15:15:19
Q:
sob老师，我想问下用molpro计算频率，结束后输出的频率在哪里可以看？
A:
仔细看输出文件，肯定找得到
Q:
也可以用multiwfn?
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.09.15 16:11:34
Q:
想探究铁的反磁性耦合作用，做自旋密度分布图，NBO分析做完后，用gaussview打开fchk文件，菜单Results->Surfaces，“New Cube”，然后再Kind下拉菜单选择“Spin Density”，等待很长时间cube文件不能正常产生，显示failed，请问老师有什么建议啊，我的体系105个原子，407个电子
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.09.15 16:25:06
Q:
老师我用C70和一个平面分子进行势能面扫描，感觉扫描出来的图不合理，您能帮我看一下是哪出问题了吗[图片][图片]这是我的扫描图和输入文件，计算正常结束。
OA:
何谓不合理？
Q:
之前扫出来的都是平滑的曲线感觉这个波动性有点大
OA:
看不出来，等其他高手
A:
估计是有的点没收敛到基态波函数
另外，建议加上int=ultrafine甚至superfine再试试
明尼苏达系列泛函对积分格点敏感，可能由于默认的fine不够导致势能面不平滑
----------------------------------------------------
2017.09.15 16:28:16
Q:
请问Multiwfn计算Raman时输出的spectrum_line.txt是按照什么格式组织的数据，不是像spectrum_curve.txt那样第一列波长，第二列Raman强度。 [图片]
A:
spectrum_line是用来在origin里绘制离散竖线图用到的。绘制时候竖线高度就是拉曼活性，如果你在Multiwfn转成了拉曼强度，则origin里绘制时高度也是拉曼强度
----------------------------------------------------
2017.09.15 16:38:40
Q:
老师，请问一下HOMO这种图怎么解读呢，当两个分子靠近的时候蓝色需要跟绿色一起吗?
[图片]
A:
参考里面的轨道相互作用图例子
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
----------------------------------------------------
2017.09.15 16:51:21
Q:
想问一下一般有机大分子平面结构示意图一般用什么软件画啊，电脑自带的画图工具可以么？本人是菜鸟
[图片]
形如这样的
A:
chemdraw
Q:
好的，谢谢老师
有使用手册么
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.15 16:55:39
Q:
请问，优化结构DGDZVP和6-31g*哪个更主干却
更准确
A:
不要用DGDZVP这种非主流基组
Q:
看别人算ECD有用这个的
A:
别学他们
----------------------------------------------------
2017.09.15 17:02:55
Q:
欢迎加入XXXXXXXXX，群号码：XXXXXXX
A:
已踢，发一次也就罢了，都已经发过三次了，之前就警告过
OA:
忍无可忍了……
A:
以前在1号群里就发，被我给踢了，又来二号群发
OA:
估计要上黑名单了
A:
已经设成永久拒绝加入了
----------------------------------------------------
2017.09.15 17:30:02
Q:
[图片]老师，这个静电势的单位是什么啊？
A:
a.u.
----------------------------------------------------
2017.09.15 17:32:18
Q:
请问老师们，用高斯怎么计算吉布斯自由能？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
OA:
建议参加sob的初级班
Q:
嗯嗯，9月23号就参加
OA:
在哪？
Q:
但是现在论文回复意见比较着急
谢谢老师们
A:
看www.keinsci.com
Q:
在北京丰台
OA:
基础班什么时候报名
A:
N个月之后，留意科音官网和论坛上的预告
时间问题看
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
[图片]
[图片]
Q:
[图片]
老师，这个sum of electronic and thermal free energy 怎么看啊
谢谢老师们
A:
参加完培训班就清楚了，远程说不清楚
离培训没多久了
稿件晚点回复不碍事
----------------------------------------------------
2017.09.15 17:40:47
Q:
dgdzvp是双zeta的全电子基组，能覆盖第二过渡系的元素，我不知道是否有明确的计算对比证明这个基组不好，还是只是因为用的人比较少？
A:
DGDZVP是DGauss那个程序里的，没有什么证据能证明它好。
虽然是全电子的虽然覆盖周期表比较全的基组，但是它并不是为相对论计算优化的，所以结合相对论哈密顿直接拿它算重元素结果肯定好不了
用这个的主要也就是一些人用它做全电子的重元素计算，但是实际上比这好得多的为相对论优化的全电子基组有的是
----------------------------------------------------
2017.09.15 17:45:49
Q:
老师，后面再有基础班之类的培训的时候网上报名通知能出一份英文版本的吗？好跟老师商量
A:
不会写英文版的，你可以自行翻译一份
Q:
好的，我们这还有个外国友人想参加……
A:
培训用中文讲的
Q:
那我让他上英文论坛解决问题吧……
A:
问英文问题可以在researchgate上问，现在Multiwfn英文论坛也有个量化板块，一般量化问题在上面问也可以，不过刚建立，目前还没人气
----------------------------------------------------
2017.09.15 18:09:07
Q:
Sob老师，我把Multiwfn计算的拉曼导入origin做图，spectrum_curve做出来的图示正确的，spectrum做出来的图是错的，不知道是什么原因
[图片]
输入输出文件也上传了
A:
bug所致，晚些时候会更新主页上的3.4.1(dev)版修正这个问题
Q:
好的，谢谢，修bug神速
A:
我已经更新了，你试试
Q:
好的社长coding真是神速
正常了谢谢
A:
谢谢报告bug
----------------------------------------------------
2017.09.15 19:01:30
Q:
在使用amber的GAFF力场是遇到一些问题，GAUSSIAN已经生成RESP电荷文件，acpype -i Lig.mol2也转换得到了Lig_gmx.itp。但是在gromacs里调用itp却报错Invalid order for directive atomtypes，尝试了一些方法，未成功解决。有人可以给些参考性的意见么？
运行环境：gaussian 09D，acpype Rev10101，gromacs4.5.6/5.1.2，ambertools16/17
A:
top里的字段出现顺序不对，必须满足程序要求
Q:
大概明白了，我去改写下。
As indicated above, these new types and parameters must appear before any [moleculetype] directive. The force field has to be fully constructed before any molecules can be defined.看到这个提示，但是没处理正确。
A:
[atomtypes]必须在任何[moleculetypes]之前出现
----------------------------------------------------
2017.09.15 19:11:17
Q:
请问一下各位老师，做density of states分析，用gaussian计算时需要加什么关键词啊？
A:
产生fch文件，载入到Multiwfn里绘制DOS图，看Multiwfn手册4.10节的例子
Q:
好的，计算的时候不用多加关键词么，老师
A:
不用
Q:
我不太明白的是，在加了什么关键词后，就可以得到DOS数据，是结构优化，还是频率分析，还是别的？
A:
看Multiwfn手册3.12节的DOS产生原理的介绍
有了轨道能级直接就能产生DOS
----------------------------------------------------
2017.09.15 20:44:16
Q:
咨询一下，做electron和hole分布的时候[图片]蓝色是hole还是electron？谢谢指点
A:
hole
Q:
谢谢sob老师。是电子走了留下hole。显示的是hole的分布？谢谢老师指点
A:
绿的是electron，电子去的地方；蓝色是hole，电子离开的地方
Q:
偶，这样子，明白了，谢谢老师指点
----------------------------------------------------
2017.09.15 20:44:16
Q:
老师，请问如何调整gaussview里绘制分子轨道时的内存？默认内存太小了。
A:
没法调
用Multiwfn绘制多好
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
gv看大体系轨道慢得要死
OA:
强烈鄙视GView看轨道
我一般用avogadro看。。。
[图片]
Q:
是的，就是在看很大分子轨道，多谢多谢
A:
你用过Multiwfn后就再也不想用gv看轨道了
----------------------------------------------------
2017.09.15 21:31:36
Q:
大家好，Sob老师好。高斯跑TD可不可以续算啊？
我的做法是找到上次跑的.rwf文件，然后按照高斯说的，Input只写了下面这三行，其他什么都没有，然后读上次的rwf和chk文件来续算，Input文件和报错结果如下：
******************************************
Gaussian 09: ES64L-G09RevE.01 30-Nov-2015
14-Sep-2017
******************************************
%chk=TiBD-TD_R.chk
%chk=TiBD-TD_R.rwf
----------
#P restart
----------
No route information found on RWF.
Error termination via Lnk1e in /hpc2n/eb/software/Core/gaussian/09.e.01-AVX/g09/l1.exe at Thu Sep 14 09:23:10 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 1 Int= 0 D2E= 0 Chk= 789947 Scr= 1
关键是我都没有查到准确的说法，高斯TD能不能续算？
A:
怎么写了两个%chk
Q:
%rwf=TiBD-TD_R.rwf 这样就可以续算了吧？，Sob老师，实在对不起，太粗心了。
A:
如果试了不行，就说明没法续算，本身官方也没说TDDFT能续算
----------------------------------------------------
2017.09.15 21:34:26
Q:
老师请问一下，我opt出来的键长和文献中给的键长不一样怎么回事，相差不是很大，就像键长我opt的1.22451，文献的1.2243这种的，健角我opt的124.66371文献中是124.65 用的都是一样的B3LYP 6-311+G**[图片]
A:
程序版本不同，用的一些细碎的设定不同，或者初猜不同所致
----------------------------------------------------
2017.09.15 21:35:55
Q:
[图片]
大神们，对于一个化合物，我怎么知道哪个是第一层哪个是第二层原子？
如果不分哪个第一层，哪个第二层，那么，我怎么知道加的函数是给谁的。。。
A:
第n行=一般说的第n+1周期
Q:
那么氢就是第0行？
A:
没有第0行的说法
Q:
[图片]
那这个第一行过度元素是啥意思？
第二周期没有过度元素吧
按上面那个来看的话
A:
第一行过渡金属指第四周期的过渡金属
----------------------------------------------------
2017.09.15 22:08:53
Q:
freezegrps =
请问gromacs里mdp如果这种写法，系统认为是该选项采用默认值还是这一选项完全不起作用？谢谢！
A:
默认就是不冻结的，这么写了和没写一样
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2017.09.15 23:44:10
Q:
请问高斯09和高斯16，计算求得的能量有差别吗
A:
把积分格点和int=acc2e这两个设置弄一样就精确一样了
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2017.09.16 05:21:19
Q:
请问一下各位老师，lanl3tz这个基组怎么用？有lanl3tz(8)这个基组吗，改怎么用这个基组呢？
A:
没有lanl3tz
----------------------------------------------------
2017.09.16 08:10:36
Q:
sob老师，想按照您博文里介绍的Voronoi格点划分法，将细胞膜表面的蛋白分割成那样的区域（格点），请问可见空间（细胞）中实现的难度大不大呢？谢谢！
A:
看不懂
Q:
是看到了刚才您说的积分格点（虽然不懂）想到的。
哈哈，不好意思啊，我只是受到启发，还没发准确描述。
不好意思，重新排版一下。
[图片]
A:
程序写起来没什么难的，把图分割成均匀分布的网格，对每个网格点判断距离哪个蛋白质颗粒最近就行了
Q:
请原谅没有任何编程基础的人
请问sob老师，这个格点分割功能用什么编程工具更容易些？matlab是否可以？
A:
都差不多
Fortran,C,python,matlab什么都行
Q:
再多请教一下，其中涉及的算法多吗？对外行来说，如果实施起来周期巨长的话，我就放弃了。
A:
本身做这个划分是很简单的事，不过前期把图像变换成数据点坐标，这个费点事，涉及到图像处理
OA:
这个东西，快的话一上午就能搞定。。。
Q:
谢谢sob老师！请问大神会有涉及编程的课程吗？
A:
编程基础知识看书就行了，不值得开班讲
OA:
我两个师妹，没学多久就能开始写了，。
Q:
好的，我准备先学Matlab，我们经常涉及到图像处理。据说matlab不错。
OA:
matlab简单一些
Q:
请问什么语言这么好入门，还是您教的好？
OA:
上手快
fortran啊
matlab要更简单
Q:
fortran不能图形界面吧？
对于我们外行来说，图形界面很重要（估计你们极度鄙视。）。
OA:
不知道你说的界面是指啥
A:
结合DISLIN图形库就可以做图形界面
Q:
可以点点鼠标来操作，运行和分析啊
A:
Multiwfn就是Fortran+DISLIN
Q:
正在犹豫python和fortran，学哪个？python对于生物学还挺有用的。
OA:
推荐py
学起来也很简单
A:
Fortran最容易学，计算效率高；但是如果要牵扯到各种类型五花八门的库，python的选择余地更大
Q:
对于你们内行来说，估计不算难。但是对于我来说，看十行还行，再多了就花眼了。
OA:
我一开始学，看几十行也花。。。
学Python 吧。
Q:
老师开个fortran的课吧？
A:
就看彭国伦的Fortran书就够了
Q:
好的，谢谢各位前辈！
A:
我觉得要开Fortran班，给自学能力差的少年儿童开还行
Q:
已经买了半年多了，还没有翻开过。
好的，被深深地鄙视了。我要发奋
OA:
生物学用R是不是好点
Q:
这下纠结了，一下要学四种语言。
OA:
任意选一门开始看就是，语言基本思想都差不多的
听说R语言还适合做统计，我认识一个老师专门做这个。
Q:
是的，老师。我们做的图像数据量很大，也很需要统计。现在我们是在excel里做，效率和美观程度都很低。
A:
就学py就完了
Q:
嗯，准备先从网上的公开课开始。
可是我纠结的地方是，最好最好能实现图形界面，这样其他的同行也可以容易使用。
A:
py就可以
----------------------------------------------------
2017.09.16 09:21:04
Q:
想咨询一下jpca的投稿格式在哪儿看呢
A:
网站上肯定有author guideline之类的，一找就能找到
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2017.09.16 09:35:26
Q:
[图片]请问各位老师，Au的这个基组怎么输入，谢谢！
A:
通常用SDD就完了
Q:
sob老师，您说的是下面这样输吗，谢谢
Au 0
sdd
****
Au 0
sdd
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2017.09.16 09:37:14
Q:
高斯软件哪里有设置openmp并行的吗，这种并行无法跨节点
A:
Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群
http://sobereva.com/47
OpenMP本身就不能跨节点
Q:
能关了openMP吗
A:
OpenMP没有关这一说
必须用linda，把多个节点虚拟成共享内存，才能让高斯基于OpenMP跨节点并行
----------------------------------------------------
2017.09.16 09:44:08
Q:
求问一下scf=save是什么意思？需要用到上一步计算留下的文件吗？
A:
别写这个
Q:
好的，谢谢老师
A:
本来这就是默认的
代表每轮SCF迭代都把波函数存到chk里
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2017.09.16 09:50:53
Q:
; Include forcefield parameters
; Include Position restraint file
; Include ligand topology
; Include topology for ions
; Include water topology
这样的顺序正确么？
A:
ligand,ions,water顺序都是随意的
你对谁设位置限制，位置限制的设定就应该紧接着在谁下面写，而不是写在所有moleculetype的前头
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2017.09.16 09:54:18
Q:
咨询一下老师，我linux用formchk转化chk的时候，出现：[图片]
确实chk有点大，1.7g
这个如何弄呢？谢谢指点
A:
当转换过大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置比如export GAUSS_MEMDEF=4000000000，即允许formchk调用4GB内存
----------------------------------------------------
2017.09.16 10:09:27
Q:
请问hindawi的杂志是正规期刊吗？
A:
而且此出版社以前有个理论化学期刊后来还停刊了，发在上面说不定N年后别人都检索不到了
----------------------------------------------------
2017.09.16 10:09:27
Q:
请问高斯计算时log文件出现以下错误提示是怎么回事？log文件达到几个T
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 142
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 143
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 144
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 145
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 146
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 147
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 148
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 149
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 150
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 151
WARNING: insufficient num. of quanta (C2) for modes 119 and 152
输入文件是：
[图片]
A:
log几个T估计都死循环了
Q:
对啊，不知道问题出在哪里？
就是不结束，一系列分子，只有一两个出现这种情况
A:
问客服，没准是bug
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2017.09.16 10:28:30
Q:
老师，请问高斯如何做P-M局域化？
A:
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
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2017.09.16 11:09:39
Q:
老师好。我只学了高斯软件，对量化的理论没什么接触。网上也找了很多的教材，但是不知道那些比较适合入门的。您能帮我推荐几本量化的入门书籍么，非常感谢。
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2017.09.16 11:43:18
Q:
老师，苯胺氨基上强行接一个H+(考察低pH值时苯胺质子化情况)，是直接放一个H原子在氨基边上，然后txt里直接改电荷吗？
[图片]
[图片]
为啥我电脑是双核，这里CPU数写的是3，也能跑，不报错?写4就分分钟报错？
那写4为啥报错？
这样说蛮有道理
A:
是
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2017.09.16 13:03:53
Q:
老师，请问一下，multiwfn中色彩刻度的默认值是多少啊[图片]
A:
看你用的作图脚本里的设置
比如Multiwfn自带的examples里的RDGfill.vmd，是-0.04~0.02
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.16 13:39:34
Q:
[图片]请问，这两个ECD图算是符合的好吗？这个应该怎么看符合
A:
不算好
看看别人的例子CHIRALITY 28:466–474 (2016)
Q:
好的
换个高基组可以解决吗
A:
不光是基组的事。有机体系用6-31G*得到的ECD就已经定性正确了。
泛函、溶剂、构象等因素影响更大
Q:
我就是用的这个基组
A:
所以说是其它因素
Q:
难道是构象的问题吗
我需要重新做一下构象搜索
A:
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
Q:
多谢老师，我看看这个帖子
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2017.09.16 14:13:15
Q:
老师，请问全电子基组、赝势用英语怎么表达呀/呲牙
A:
all-electron basis set, pseudopotential
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2017.09.16 14:15:17
A:
使用了Multiwfn发表的第1011~2001篇文章打包下载
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6754
OA:
膜拜这一引用率！
我的要是能破百，就烧高香了。
A:
先定一个小目标
OA:
好的，我先定个10次好了。15年的文章，自引3次，他引3次。羞愧。
Q2:
[图片]哎嘿嘿好开心
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.16 14:19:01
Q:
sob老师你好，请问可不可以用DFT计算自由基和双自由基特征
A:
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
里面UHF怎么做UKS还怎么做
Q:
我听说常规DFT对双自由基描述不太好，想问一下用DFT算双自由基的可靠度如何？
A:
那种说法不实
对于有机体系，诸如M06-2X描述双自由基妥妥的
----------------------------------------------------
2017.09.16 14:28:43
Q:
老师好，刚看到老师的帖子《使用了Multiwfn发表的第1011~2001篇文章打包下载》里面提到波函数班11月初开这个是确定了么？
之前一直纠结十月份会不会和开题撞车呢。
A:
90%的概率是11月初
OA:
呀不是说十月底么
A:
因为9月有初级班，10月开的话，空白发票吃紧
每个月能领的空白发票数目是有限的
Q:
小白脑补了好多场地安排老师档期 ……之类的原因
没想到是发票……
A:
还一个相对次要原因是要对ppt做大幅度修改和补充，也要花不少时间
----------------------------------------------------
2017.09.16 14:46:00
Q:
老师:你好！我计算一个氧化铁单体，10个原子，如果是对称的，是不是磁矩就是0呢。
A:
你先按自旋多重度1算一下，然后做个stable测试
----------------------------------------------------
2017.09.16 15:27:05
Q:
[图片]这个如何操作？
A:
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
用multiwfn，甭用gv6
[图片]
同时绘制多个体系也极为方便，手册4.11.6节有例子
Q:
我需要知道每个峰的标号
[图片]
A:
Multiwfn里直接就能得到每个峰具体位置
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.09.16 16:30:42
Q:
各位老师，用超算资源计算高斯，提交任务用了20个节点，可是每个节点只提供了1个核进行计算，其他核被占用，但是没有参与计算，请问这样的问题怎么解决呢？
[图片]
A:
density完全多余
----------------------------------------------------
2017.09.16 16:38:01
Q:
各位老师，想问一下，用CFOUR程序计算结束后，在目录下为什么没有.OUT文件？计算输出文件在什么位置啊？谢谢大家!!
A:
请勿24小时内同时在群里和论坛里问同一问题
----------------------------------------------------
2017.09.16 16:40:35
OA1:
果然，比特币崩了
Q:
还准备挖矿呢
Q2:
啥啥啥矿难了吗？
A:
有关部门干得漂亮
OA2:
禁止交易
OA3:
终于可以买显卡了
Q3:
不容易....
A:
很讨厌这种投机行为
----------------------------------------------------
2017.09.16 16:43:51
Q1:
老师，假设我想判断一下B3LYP方法是不是能作为参考态，是将B3LYP方法优化得到的坐标提取出来然后再用CCSD(T1diag)关键词计算一个单点任务吗？还需要先进行CCSD方法下的结构优化？
A:
高斯里没法用DFT波函数做参考态
Q2:
按理说DFT波函数做参考态更精确啊
A:
如果不恰当处理的话，有double counting问题。这里测试也表明结果反倒更烂
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378
----------------------------------------------------
2017.09.16 16:47:28
Q:
请问用antechamber拟合RESP，拟合结果优劣的统计分析怎么看，如果想增大拟合的步数，怎么操作？
以下是统计结果
Statistics of the fitting:
The initial sum of squares (ssvpot) 1.536
The residual sum of squares (chipot) 0.017
The std err of estimate (sqrt(chipot/N)) 0.00181
ESP relative RMS (SQRT(chipot/ssvpot)) 0.10609
antechamber -i acid_HF.out -fi gout -fo mol2 -o acid_HF.mol2 -c resp -at gaff2
还要加什么关键字可以提高循环次数
A:
提高循环次数什么的应该没用
本身原子电荷模型就有很大局限性，只能把ESP重现性误差降到一定程度。而且，RESP也不是完全为了降低ESP重现性误差而搞的。
Q:
那直接拿来用就好了？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.09.16 17:04:45
Q:
[图片] 请问一下，优化完成以后，把chk文件转成fchk文件出现这个警告是为什么？谢谢~
A:
只要fchk用起来正常就不用管它
Q:
但是在Windows下用gview打开显示错误不能打开。
A:
用Multiwfn打开，如果能正常打开，再用主功能100的选项2转换成新的fchk文件，再用gview打开
----------------------------------------------------
2017.09.16 17:06:38
Q:
请各位老师帮我看一下我这个文件里面的基组写法有没有问题，Cu用lanl2tz(f), K Br P 用lanl08(d)。谢谢！
A:
看着没问题
强烈不建议对第三周期元素用赝势基组
Q:
ok.谢谢。我也一直在纠结这个P原子
因为我当初优化结构的时候没仔细考虑，对p用了赝势基组，现在想算一下单点能，如果我现在在计算单点能的过程中对P用全电子基组，应该可以吧？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.09.16 17:26:55
Q:
我想看已有的文献中对一个物质的全部研究，在哪查到的资料比较全面啊
就是我现在想找个体系，做为接下来的研究方向
OA:
就是通过物质查所有提到过它的文章？
Q:
关键字直接是物质么
对的，我是这么想的
我先查查资料
OA:
不客气，我们来自五湖四海，为了一个共同的目的
德国的一个无机化学手册比较全
Q:
啊是德语的吗？
这个手册在哪有啊
有机的怎么查比较全
OA:
盖墨林是无机的
还有个有机的，记不得叫什么名字
A:
贝尔斯坦
也可以在chemspider上搜一搜，能找到一些有用的
OA:
reaxys数据库
----------------------------------------------------
2017.09.16 17:28:55
Q:
高斯用b3pw91/tz2p直接报错，是基组不能识别吗？
A:
y
TZ2P是ADF里的基组
Q:
是的
我看文献中有用这个算VCD
A:
基函数类型都不相同，能用就新鲜了，靠自定义基组都实现不了
至多TZVP足够，一般6-31G*就已经够了
Q:
[图片]
想重现这个结果
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
Multiwfn可以将计算图谱与实验图谱比较吗？
A:
可以导出曲线的txt文件，导入到origin里，和实验的数据一起绘制成曲线图就能直接对比
Q:
之前试过这种比较方法，但理论计算与实验图谱吻合不是很理想，vcd峰值较多，一部分可以对上，用specdis调节也不是完全的吻合。好多文献里，吻合度都很好，想找到一种较好的处理方法。[图片]
A:
影响吻合度的因素很多，不是光作图上的事
单纯说计算级别，B3LYP/TZVP这种级别就已经够用了。不吻合一般是构象选取、构象平均、溶剂的考虑，以及是否考虑非谐振等因素的影响
Q:
非谐振对伸缩振动影响大吗？
A:
如果体系不很大可以先算算试试，Multiwfn也支持读取非谐振VCD计算的输出绘制光谱
[图片]
Q:
好的
非谐振，是在算vcd加？
还是优化那一步也加上？
A:
[图片]
opt不用
Q:
好的，我试试，好在体系不算大
6-31g*就可以了吧
A:
最好6-311G*，贵不了多少
----------------------------------------------------
2017.09.16 17:39:38
Q1:
请问一下各位老师，用高斯计算过渡金属元素时，lanl2dz的准确度怎么样呢，非常感谢~
A:
low
Q2:
lanl2tz或者SDD
A:
必看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
----------------------------------------------------
2017.09.16 18:01:02
Q1:
[图片]
猜一下……
A:
猜一下
[图片]
量化大佬
Q1:
给个提示？
A:
量化里最常用的基函数正交化方法提出者
OA1:
施密特
A:
no
Q1:
波普尔
A:
一看就没写过HF程序
Q1:
被鄙视了……
A:
L开头
不能更多提示了
Q2:
拉格朗日？
OA2:
刚想你樂撤回了一条消息
A:
对称正交化也叫什么正交化来着？
Q1:
拉格朗日比爱因斯坦还早呢
A:
公布答案
[图片]
Q2:
太难了
Q1:
lowdin
我只知道这个人提出lowdin电荷
A:
有闲情逸致可以读读这个
[图片]
[图片]
Q1:
既然是量化之父，怎么名声和成就不如其他的人
A:
知识水平问题
Q2:
其实说实话，做量化L打头的我只认一个人
Q1:
难道是我的水平不够？
Q2:
而且根据中国人的习惯他的L放在后面……
A:
认真看过szabo那本书的人不会不知道答案
Q1:
我还没看过
我打算忙完了找个地方印成书
A:
代购本多好
Dover出版社，很便宜的
Q1:
有链接吗？
A:
[图片]多良心
Dover实乃业界良心
不如一次性买一捆Dover的经典书
Q1:
/斜眼笑问题是，谁给我带回中国呢？
A:
找淘宝代购的
Q1:
/斜眼笑机智
[表情]机智
[图片]
A:
这个应该能认出来吧
[图片]
Q1:
我脸盲症
A:
再来
[图片]
Q1:
neese
A:
还好
Q1:
常去neese的论坛，所以见过
A:
[图片]
Q1:
大博士参加布鲁塞尔的某个会议的时候说过，这是三个北欧大牛，合写过一本书
A:
你记错了
B3LYP其中占了俩
Q1:
/斜眼笑中间那个像是亚洲人
[表情]中间那个像是亚洲人
难道是杨伟涛？
A:
还是拍个BLYP合照就好了，可惜P已仙逝，L消失了
然
Q1:
我去当个3~
A:
学术界见不到了
----------------------------------------------------
2017.09.16 18:39:00
Q1:
LL泛函
A:
nico泛函
OA3:
levine上面也有
Q1:
现在大家一股脑地拟合泛函，都忘记后HF了
OA3:
某个习题
A:
levine书里那部分只是草草一过
Q1:
泛函=交换泛函+相关泛函+参数+HF成分+MP2成分+校正项……
A:
想搞个NICO基组，NCO都能凑出来，Numerically Completely Optimized，I凑不出来
Q1:
intelligently？
A:
nice
看来有好好学英语
Q1:
文章本天成，妙手偶得之
NICO-1，NICO-2？
NICO-1计算量约等于6-31G*
OA4:
23333
A:
让NICO-2耗时等于aug-cc-pVTZ(-f,-d)，但精度比之更好，适合中等有机体系高精度计算超极化率
应该分成三档
NICO-UR
NICO-SR
NICO-R
Q1:
这是用来计算超极化率的……
A:
恩，通用基组已经没油水了
Q1:
ORCA下一个版本开始支持NICO基组
A:
def2已经把油水榨得差不多了
Q1:
def2-D计算超极化率还不错，毕竟相关一致性基组没有K的定义
A:
def2-D算超极化率还是不行，性价比不高
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
这里面算超极化率部分已经把def2-D去掉了
并没有当初想象得好
其实搞个对于K的相关一致性基组怎么也能发出文章，也很有意义，不过冠上那个名字，可能会被peterson他们打
Q:
计算量也没有占到便宜吗？
A:
达到同样精度，有更划算的选择
Q:
没有K是Dunning相关一致性基组的一个软肋
A:
有空我搞一个[图片]
Q:
[图片]
A:
就算不完美，也比没有强
Q1:
有空肯定学习学习
Q2:
用算相关能的辅助基组算J
会很神奇
Q1:
大师到时候把基组内置到自己的软件里
Q2:
今天刚把RIMP2搞出来
A:
和ORCA有一拼不？
Q2:
我一个朋友想搞一个条样函数的基组。
社长别寒碜我了。。。
没做任何优化
只是结果对了
还有ri-k没做
A:
嘛，比不用RI快就好
Q2:
快
A:
自己跟自己比
Q2:
而且节省空间
必须快~
A:
高斯的RI和自己比还是有效果的
Q2:
我的效果很明显。。。
Q1:
不怕不识货，就怕货比货
Q2:
是啊
A:
样条函数基组感觉还不如数值基组
数值基组也很成熟了，Dmol3、FHI-aims都在用
Q2:
数值基就是导数坑爹
嗯嗯
Q1:
就是一些离散的点，导数当然不好弄
Q2:
urimp2比rrimp2计算量大三倍。
A:
我还是有点歧视非GTF基组的程序的
就像资本主义和**主义一样
Q2:
和不用ri一个样
主要是多中心积分坑爹
Q1:
某地风光……
Q2:
ri-k最不好做
A:
不考虑RIJCOSX？
Q2:
要好好琢磨一番
A:
RIJK大体系效率远不如这个
Q2:
考虑。。。只是，一点一点来。。
A:
我觉得有RIJCOSX就够了
Q1:
RIJCOSX我前两天安利给师妹了
Q2:
RIJCOSX近似的更疯狂
主要是它那个格点，还没弄懂怎么搞的
A:
RIJCOSX和DLPNO是Neese两大头号贡献
Q2:
嗯嗯
MP2准备把ri和ao整在一块试试
看看能不能把标度降下来
5次还是略坑
RI一个任性的地方就是可以把电子积分存硬盘。
这种，很多问题都好办了。
存硬盘涉及不少技术活
而且速度也不行。
OA1:
电脑里面我最不相信的就是硬盘
Q2:
post-hf，体系大了，都要存硬盘
A:
硬盘现在也不慢
[图片]
实测发现把内存虚拟成硬盘，比起用这PM961基本也快不了
Q2:
嗯嗯
A:
还是对那种大量读写硬盘的任务测的
Q2:
主要是写程序的时候需要一些手段
Q1:
技术梗还是应该和雷军谈谈
Q2:
但是比GPU好多了。。。
A:
量化用GPU基本靠双精度，双精度够用的卡又死贵，我看没必要折腾
Q2:
GPU我不会考虑。。
A:
ADF2017也开始支持GPU了，但和瓜斯一样也得用tesla
Q2:
嗯嗯
还差个CASSCF，MRCI
Q3:
gpu还是内存问题吧
A:
以前nv的人还联系我问我要不要把Multiwfn支持n卡，我没答应（除非他捐给我一块高端的tesla）
当初GPU双精度性价比高的时候不少量化人一窝蜂去搞GPU加速，现在连titan的双精度都给阉了，他们大量精力全都白费了
Q2:
记得社长有一个博文
A:
感觉老黄也挺贼的
Q2:
专门说GPU
A:
先把GPU市场铺开，然后再变相提价
Q2:
不过，最近用GPU的文章发的IF还是蛮高的。
A:
当初GPU加速的先锋terachem已经都半死不活了
都一年完全没动静了
Q2:
不在沉默中爆发~
就在沉默中死亡~
A:
我审的一篇JCC还是用GPU加速AIM拓扑分析，虽然我没拒，但那东西其实也是搞笑的，也就发发文章
Q2:
老黄打乒乓就还挺厉害。。
A:
他们那东西加速完了还远没我的Multiwfn用CPU快
Q2:
事实上，也确实这样
A:
GPU适合简单粗暴算法
Q2:
做起来很坑爹
双电子积分的递归很麻烦。。。
GPU做d轨道已经坑的人半死不活了。。。
OS的看起来公式最简单，做起来最麻烦
OA2:
简单粗暴（挖矿算哈希值）
OA3:
有专门算SHA256的芯片
处理器只能做SHA256一件事，单位成本/功耗低得多
应该做一个专门算双电子积分的CPU
Q2:
话说
有了RI以后
双电子积分已经不那么耗时了
OA2:
专门计算的CPU 有的
A:
这个难度略大，而且面有点窄
shaw那种专门做MD的芯片倒是简单实用得多
Q2:
三中心积分算的很快的。
高级别的post-hf方法，又不需要双电子积分多么快。
MD的算法和量化比，简直跟玩具一样。。。
[图片]
A:
MD程序给小学生教教fortran都能写
----------------------------------------------------
2017.09.16 20:15:35
Q:
老师请教个问题优化分子结构到S1态 P-Se键断裂有什么解决办法
A:
可能S1态那个键就是断裂的
----------------------------------------------------
2017.09.16 20:50:00
Q2:
这是哪个培训班？
盗图的
A:
近来连续接到举报，有某公司大肆往本群成员QQ邮箱连续、不断发送虚假、低劣的科研培训通知邮件，已形成公害，对群成员造成严重骚扰。请各位提高警惕，并提醒同行，切勿上当受骗！建议阅读本文提高防骗意识：《辨别虚假坑钱科研培训的关键九点》（http://sobereva.com/339）
收到此类邮件后，强烈建议点击“举报垃圾邮件”，以减少潜在受害者。
OA3:
收到。遇到此类邮件，必须举报。
A:
此公司在1群的卧底已经抓到了，欢迎举报在2群的卧底
[图片]
Q1:
各位，在伟大的大博士的明察秋毫下，乱发小广告的人已经被发现
A:
去年这个公司就大肆往群成员邮箱里发邮件，这回卷土重来，不可理喻
OA:
最近邮箱收到很多，谢谢sob大神提醒
Q1:
这种培训机构应该没资格发证书的吧。
然后
证书 site:加上网址
能搜到一堆那啥
A:
他们还无耻地盗用我博客的图
[图片]
图的出处
分子间轨道重叠的图形显示和计算
http://sobereva.com/163
OA1:
这马赛克，真给他们面子
A:
8成是它们的山寨培训在论坛里被小卒骂了，他们看见后，才赶快把全名写上
A:
没有资格
发的证书都是和那种假冒查询证书的网站狼狈为奸，专坑低智商者
最近某公司发骗钱培训发得都快疯了，到处被人骂
OA5:
太恶心了
OA1:
本群无此人，但不排除有马甲的存在
OA2:
唉，太低劣了，这样打广告
A:
9成有马甲
----------------------------------------------------
2017.09.16 20:50:00
Q:
话说哪位大神有高斯09的教学材料吗？就是那种教我怎么使用软件的那种PPT啊啥的
哪位大神有呀？菜鸟求带
这个是在哪能报名？
A:
仔细看
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
这一届初级班已经报满了
Q:
下一届是啥时候？
A:
[图片]
不实际算一算终究是纸上谈兵
Q:
这届满了啊。。。后知后觉了
A:
每次科音的培训都很快就会满，最快一次正式通知发出去一天就报满
所以要报名建议时不时关注主页上的预告信息
Q:
这就惨了
按往年的规律，大概多久一次班？
A:
看主页预告
----------------------------------------------------
2017.09.16 21:12:06
Q1:
[图片]
[图片]
大博士，这个期刊如何
A:
比欧化稍微低一点
Q:
3-4，也不算低了
----------------------------------------------------
2017.09.16 21:12:06
A:
好哇，可算逮到了[图片]
就是此人干的！
OA:
群主英明[表情]
OA17:
原来如此！
OA45:
[表情][表情]
OA48:
天网恢恢，疏而不漏
OA17:
大博士如何处置
A:
大家赶快围观
OA21:
破案速度堪比少年包青天
OA49:
Sob老师厉害
OA50:
[图片]难道不是直接杀，还要先凌辱玩弄一番
OA51:
垃圾邮件已经举报
OA52:
杀无赦
OA17:
此人可能只是个“老鬼”，背后肯定还有组织者
OA50:
问题是怎么凌辱……这家公司
OA17:
贴在论坛，置顶一个月，轮番吊打
OA50:
对
广而告之，人肉其法人和管理层
OA17:
人肉就算了，我们是合理合法的吊打
OA50:
使其在量化圈永无出头之日
A:
以前这公司就在本群里大肆往群成员QQ邮箱发邮件，还百般抵赖，这回抓了个现行！
OA39:
bhkr这个公司，貌似发过5.6次了吧
OA17:
唉，八点二十分发害死人啊
OA50:
有必要人肉，反正也只有量化圈的人关心
OA53:
那家公司啊
OA50:
人肉也是造福量化学子
OA54:
这种事情都可以起诉侵权的
OA50:
……起诉成本比人肉高多了
OA55:
起诉
OA50:
而且没啥收益
OA54:
胜诉的话对方承担诉讼费用
OA21:
我们学生更需要提高防范意识
OA50:
时间成本，人力成本
比金钱还高
科研党没那个精力
OA54:
但可以起到杀鸡儆猴的效果
OA50:
而且这种培训班适用哪条法律，知道么？量刑如何
OA46:
周周都发
OA50:
估计不划算
还是人肉比较有效，至少挂论坛，圈内黑名单
OA12:
我不用QQ邮箱，不知道大家是不是一直在用。看到你们讨论的这么激烈，我又重新登陆了QQ邮箱。突然发现，原本本不能安利我的邮件，突然让我看到了。不知道发邮件的人是不是在偷着乐你们在通过这种途径给他们做宣传。
A:
挂论坛容易引起法律上的麻烦，希望大家在同行间相互提醒，省得被骗。这伙人疯狂地大面积地发邮件，坑一个是一个
这人是9月10号加进来的
OA56:
程序员有一个公共维护的programmer-job-blacklist，我们搞一个theoretial-chemistry-training-blaklist吧[表情]
A:
此人已被踢，如果还有其它卧底，欢迎举报，查实后有现金奖励(支付宝转账)
OA46:
看他的培训地点就知道是那的了
OA57:
地点，北京。
没有具体地点。
OA58:
骗子已经向高智商人群进军了
OA55:
[图片]
前天收到的
OA39:
都讲的这么透彻了，还有人去的话，那也真没办法了
OA46:
我今天还收到的
OA53:
已经收到十份
OA59:
最近是收到越来越多了。不过我都是在主页上看是否有培训。
OA17:
[图片]
OA54:
我也收到过两份
OA17:
给大家看看一些我发现的
OA46:
[图片]
这个是不是骗子
OA17:
是
OA39:
给我钱，我也去不了。。。你说他图啥
A:
说的就是这个骗子
这种山寨公司邮件发得越多，名声搞得越臭
OA60:
群主英明[表情]
OA61:
群主英明/玫瑰/玫瑰/玫瑰
OA39:
还有就发1个电话号码的。。。骗人也太不专业了
OA56:
vmd吧
OA17:
http://www.bjbhkr.com/
这家公司的官网，有脑子的人应该知道这是个什么货色
OA62:
我试试，谢谢
OA50:
真的是那个博士来讲课吗？还是博士也是假的
A:
就算是真的，那也不是搞量化出身的，质量且不提，收费还是科音培训的三倍，去了真是交智商税了
OA39:
主要是来捡便宜就不对了，商家自己搞个群，论坛都可以，来这里吃现成的就过了
更让人反感，真是能忽悠一个算一个
OA50:
呃，抢生意
OA39:
不是抢生意
sob解答问题收过一分钱吗？
OA63:
吸收峰在什么范围，能大概知道吗？
OA64:
恩肯定有
A:
向一个人还不止发一次，而是往往发N次，完全就是强行贴小广告、强制推销，还没个退订选项，还不断换着邮箱发
OA39:
sob的论坛发帖，提问，回答又快又方便，也是免费的
OA65:
[图片]
OA64:
吸收估计200多点
OA65:
这也是刚才那人吗
OA66:
我遇到的问题其实很多都可以论坛里搜到/笑哭
OA63:
好的，谢谢钟老师，谢谢sob老师
A:
都是一伙人，估计是为了避免内容相同导致被邮件系统容易地屏蔽，所以每次还变着花样发
OA50:
论坛里积累了很多了，已经是很大的数据库
OA63:
他们打广告的，还总是带一句“应广大科研工作者要求”
OA39:
我公司要引入几个ms的license，提问都是要花钱的。。。
OA50:
广告都是这样的……营销
OA65:
看留的电话就知道不是正经玩意。
OA39:
再次吐槽岛国人工服务真贵。。。
A:
科音要这么说我觉得还说得过去
OA58:
[图片]
刚发的......
A:
那公司招不来人，都急红眼了
----------------------------------------------------
2017.09.16 21:12:06
Q:
科音的讲课去不了，等sob的书了
OA:
强烈建议sob老师出两本书，一本量化，一本动力学
Q:
sob，以后再来岛国的话，来大阪联系我
真心感谢你
A:
/OK
OA:
去岛国肯定直奔秋叶原啊
出书太麻烦，直接电子刊物上打赏链接
A:
估计年底就去参加C93
Q:
纸质书有意义
OA:
对的
纸质书其实也就是给出版中介送钱而已……刊号都未必给独立的
Q:
我是一个动漫盲。。。虽然在岛国，但是没看过アニメ
A:
肯定是纸质的，但会提供很多不容易放在书里的电子资料
Q:
我被电子书坑过，然后现在是发现喜欢的书直接买纸质书
gromacs啥时候上市啊，现在能确定时间吗
少量纸质珍藏版以及线上电子版
再贵都要买一本
A:
预计量化高级班、动力学高级班都开展一次后，开始动笔写书
OA:
群主老师，什么书
预计要写多久呢？写好之后，和出版社谈，是不是还得花挺长时间啊
A:
见www.keinsci.com上书目预告
OA:
出版社好像只要自费就能出
A:
现在先不用考虑这个。如果真的和出版社谈不拢，再考虑电子形式发布。不过这样不好保护著作权
以前有化学工业出版社的编辑与我洽谈过出书事宜
Q:
尽我微薄之力，支持sob
出国这几年，和国内几次合作都已不怎么愉快，象sob这样的人太少
OA:
理想主义者一直是稀有生物
这种好解决，一般出版书要求作者购买多少本，可以先在群里发起预定，这样大家可以帮手解决第一批书销售的问题，即可
A:
其实书倒是不愁卖...
OA:
就是没时间写
A:
我说印2000本，一个老编辑还觉得太多了
OA:
我要3本
A:
到时候自己吞一半，在淘宝卖
OA:
有可能签名下不
A:
可
OA:
是不是可以预订了
你出来后预定一些吧，送学生
3本少了，5本
老编辑是用国内职称刚需来衡量跨国技术刚需了
实用计算量子化学（撰写中）
量子化学波函数分析（撰写中）
我一个朋友还欠我一个GW
这两本估计畅销
应用面广
那个编程的小本子还是很期待的
A:
对于你没什么帮助，毕竟是给新人看的
OA:
有没有希望导致国际量化圈开始学汉语
那也要买
A:
当年Multiwfn手册还没有英文版的时候，确实有一些外国人通过google翻译来看Multiwfn手册
现在计算化学公社论坛上也有一些外国人，也是通过google翻译看帖，有的还参与回复
现在Multiwfn英文论坛sobereva.com/wfnbbs里也有量化板块，不知以后有没有可能有外国人开始在那里讨论量化（中国人用英语在那里讨论也非常欢迎）
OA:
好奇外国人怎样回帖？
A:
说英文
OA:
墙外看墙内不用翻墙
怎么没看到啊，只有繁体和简体中文
A:
因为回帖数目较少
当你看到一个头像是北斗神拳风格的人物的人，那个就是外国人
OA:
哦，下次注意下
如果老外买了实体书，八成就是学了点汉语了，那可没法谷歌
A:
[图片]
[图片]
在计算化学公社上说英文也完全可以，这样方便外国人理解，也不妨碍中国人阅读
OA:
老外现在学汉语的挺多
A:
我的博客可能也有些外国人看，这是RG一个人发的信息
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.16 21:44:56
Q:
rpa这个方法咋样？
A:
不是很流行，支持它的程序很少，比如也就FHI-aims等，目前来看比起主流方法没什么太显著优势
OA:
看着貌似是CCD的近似
打算写进去
A:
这篇有兴趣可以看看
[图片]
OA:
ok
趁现在有点热情，把该写的都写了
----------------------------------------------------
2017.09.16 21:44:56
Q:
各位大神，sob老师好。我这个结构，羰基会和C=C双键形成共轭吗？[图片]
如果有共轭，那他们的紫外吸收峰大概在哪个位置呢
A:
你算下那个C-C键Mayer键级就知道，明显>1.0就说明有共轭
Q:
sob老师，[图片]能不能肉眼看出有没有共轭？我是学生物的，不懂Mayer键级。。。
A:
用Multiwfn算，看手册4.9.1节的例子
可能存在
----------------------------------------------------
2017.09.16 21:46:55
Q:
[图片]像这种图用什么软件可以画出来
A:
VMD
----------------------------------------------------
2017.09.16 22:33:32
Q:
我们做的量化计算属于第一性原理计算么？
A:
不属于
第一性原理主要指计算周期性体系
量化主要算孤立体系
OA:
周期性要是用量化算~
Q:
还是有些糊涂啊
第一性原理，英文First Principle，是一个计算物理或计算化学专业名词，广义的第一性原理计算指的是一切基于量子力学原理的计算。
我们知道物质由分子组成，分子由原子组成，原子由原子核和电子组成。量子力学计算就是根据原子核和电子的相互作用原理去计算分子结构和分子能量（或离子），然后就能计算物质的各种性质。
从头算（ab initio）是狭义的第一性原理计算，它是指不使用经验参数，只用电子质量，光速，质子中子质量等少数实验数据去做量子计算。但是这个计算很慢，所以就加入一些经验参数，可以大大加快计算速度，当然也会不可避免的牺牲计算结果精度。
看百度上是这么说的
OA:
你具体哪里不明白
A:
百度根本没法看
OA:
写这个词条的人一定也不懂。。
Q:
额
A:
搞物理的人的管量子力学/量子化学方法研究周期性问题叫第一性原理
Q:
我就是看了这条，觉得第一性原理计算跟量化计算根本就是一回事
OA:
本质上一样
A:
百度那都是误导性的而且是刻板的字面意义的强行解释
OA:
处理起来不一样
Q:
那比如算单分子反应的过渡态 CH3Cl2+----CH3+ + cl+
OA:
这个肯定属于量化
Q:
这种不是周期性的，就不属于第一性原理楼
OA:
比如你要算一个氯化钠晶体。。。
你就这样想。你能数过原子数来的，就是量化
数不过来的，就是第一性
Q:
[图片]
看到这两个都是第一性原理
[图片]
OA:
合金有多少个原子。
薄膜有多少个原子？
Q:
没有看到关于原子个数的相关说明。。
OA:
你看看他研究的东西啊
自己一想不就知道了。。。
Q:
正在找呢，没找到，再找找。。
OA:
我都提示了。。。
Q:
嗯
OA:
薄膜的原子数你数不过来吧
Q:
是啊
OA:
叫它第一性原理没毛病吧。。
Q:
好尴尬，没反应过来。。
[图片]
那这样就不对了吧。。。
A:
不合适
OA:
我觉得你得跟他说一下啥叫孤立系统
A:
除非他是计算一个盒子
Q:
嗯，明白了
A:
建议你看看讲第一性原理计算的这本
Density functional theory-A Practical Introduction (2009,SHOLL)
以及讲量化的Levine的书，一对比书里例子你就知道处理对象明显不同
----------------------------------------------------
2017.09.16 22:46:39
Q:
请问下高斯计算质子亲和能时，基组方面，计算理论方面有没有什么要注意的。对于焓变来说，质子化后和质子化前的能量直接相减吗
A:
没有特殊要注意的
还得考虑质子的热力学数据
----------------------------------------------------
2017.09.16 22:46:39
Q:
老师，研究脂质双分子层和离子液体的动力学模拟，现在只有您的一本gromacs补习班材料在手，请问有没有比较相关的动力学模拟书籍值得推荐
A:
培训班离已经讲了磷脂膜怎么模拟了，离子液体举一反三就能模拟，培训也讲了怎么利用acpype/prodrg产生拓扑文件，模拟这个混合体系稍微琢磨一下，看点类似文献肯定就会了
不可能有专门的书像讲义这样详细告诉你一步一步怎么去做、怎么写输入文件
Q:
好的，谢谢，我再仔细查查文献
老师，molclus 即可以搭在gaussian也可以搭在gromacs上，这两种在寻找多种构形/像(包括cluster)时各有什么优势？比如后者能实现退火，能够跨越两个构形（像）间比较大的势垒？另外因为linux机并不是我们组的，我们只有一个帐号，是否可以在自己的账号里直接编译（设置）molclus（假如我们购买molclus使用权）来实现运行，是否必须通过管理员来弄？@Sobereva
求指导
此外，molclus也有win版本，而gromacs只能在linux下运行，是否意味着只买了win版本就没法搭在gromacs上用了？
那还不如两个版本都买了，源代码看不懂
A:
gromacs也有windows版，虽然不是官方发布的
高斯和gmx在结合molclus使用上起到的作用是完全不同的，gmx跑动力学是产生初猜，高斯是进一步优化到极小点。不用gmx，光靠molclus自带的genmer和gentor往往也够用。
如果你买了源代码，在任何机子上用任何账户下都可以编译。
----------------------------------------------------
2017.09.16 23:11:25
Q:
请教各位老师如何去掉高斯输出最后的archive信息
谢谢
A:
写noarchive
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2017.09.16 23:24:51
Q:
各位大神求教
DFT理论算长程弱作用力用什么方法和基组最好
OK
多谢
A:
能查到晶体结构就直接用
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
----------------------------------------------------
2017.09.17 00:48:13
Q:
XXXXXX
A:
不要发乱七八糟内容，记过一次
----------------------------------------------------
2017.09.17 07:56:39
Q:
请问老师们，Multiwfn可以算两个不同分子间的转移积分吗
老师您好，手册里的[图片]项就可以得到所需轨道间的转移积分对吗？
A:
这个是算分子间轨道重叠积分的，这与转移积分有密切关系，但不等于转移积分。以后会专门写个算转移积分的程序。
----------------------------------------------------
2017.09.17 09:10:27
Q:
各位老师，我帮别人算一个MOF-74，请问初始构型（初始超晶胞）是需要自己构筑，还是查晶体结构，这个MOF-74是我们自己合成的
A:
能查到晶体结构就直接用
Q:
谢谢老师您，我们一般会将MOF-74做一点改性，掺杂了别的金属，文献只是给了晶胞构型，但没有说是构筑的，还是晶体结构
A:
按说会给出处，说明是实验测的还是人为搭建理论优化的
改性就在已有的原先晶体模型上自行做修改，然后再优化
----------------------------------------------------
2017.09.17 09:31:06
Q:
[图片]最近做蛋白的模拟，想比较构象差异，想以一帧的形式比较md前后活性部位的差异，试来试去都如上面所说以两帧形式存在，想问下如何在gromacs操作在vmd中一帧就能看出md前后构型变化
A:
你是指一张图上同时显示两帧结构，便于对比？
Q:
输入命令如下[图片]
嗯
A:
用confrms这多麻烦
Q:
是的，老师
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
Q:
谢谢sob老师
A:
[图片]
先在VMD里叠合轨迹，然后直接用draw multiple frames选择要同时显示的帧
[图片]
VMD里相当灵活
把模拟的最后一帧文件(gro)，和初始结构文件同时载入到一个id里，然后在VMD里叠合，靠draw multiple frames同时绘制出来，一看就非常清楚
----------------------------------------------------
2017.09.17 09:48:43
Q:
那个博什么公司的网站很山寨
记得很久以前参加过一次他们的fluent 培训，学校出钱，烂到无以复加，估计是12年的时候
其实这个就是一锤子买卖，你被坑了，但是钱交了，下次你也不会去了
问题是全国每个人如果都被坑一次，那这个公司也足够运转了
A:
那些培训没有科音这样每一个主题的培训就能一直成功做N届的
Q:
还有那个什么海什么公司，和博什么公司是不是同一帮人？
换了个马甲而已？
A:
他们弄弄CFD、ansys这种乱七八糟其它行业培训也就罢了，还想着在计算化学领域坑钱
Q:
是的，科音没得说的
A:
不知道，说不定幕后都是同一伙人
Q:
计算化学的人的确收入比不过那些别的仿真的
我们主要是科研，哎
最近那个教社交的什么教育，也在风口浪尖了
骗够钱后，再叫它吐出来，那是不可能的，只能大呼，上当
A:
恩。以前研究生时期参加一个收费程序的免费的2天的培训，还是个985大学的老教授讲，几乎课上什么也没讲，还没自己看手册快，白耽误时间
Q:
有些能力不是参加某个培训就能马上拥有的，我觉得，比如说编写量子化学程序/尴尬
A:
对
Q:
但是培训如果能把路指明，这就是好的培训了
科音就是指明路的方向，剩下来靠自己了
但是大部分人都是迷信短平快的，别人十几年掌握的知识，不可能这么快就能学会的
OA:
我估计他们讲的还不如社长的几篇博文价值大。
sob老师课件讲得细，听的扎实，有课件手把手课后也可学，其他培训基本就是列大纲
A:
相对于量化，动力学难在操作复杂上，所以把ppt做得跟菜谱一样详细，回去好复习、好重复
有的其它培训课上也就是照着程序手册随便讲讲
----------------------------------------------------
2017.09.17 10:28:42
Q:
老师，请教一个问题：请问乙醇的最低三重态，可以用基态的优化方法吗？与用TD优化，结果或者本质有什么不同呢?还是结果是一样的？
A:
结果不同，用UKS优化速度更快结果更好
优化T1强烈不建议用TDDFT
Q:
那T2你及后面的triplet也只能用TD吧
A:
通常是
----------------------------------------------------
2017.09.17 10:40:28
Q:
老师，[图片]我用来算还有一个金属钠原子（体系总原子数30个）的有机体系激发态，8核心4GB的机子已经跑了40个小时了，是我的基组选择有问题？
OA:
8核心4GB是什么情况
A:
你先看看跑了多少步，收敛趋势如何
OA:
30个原子的大分子用8个核算得慢很正常啊
----------------------------------------------------
2017.09.17 10:41:05
Q:
Sobereva老师您好，各位前辈好，请教一下，再gromacs跑完了md之后，怎么分析肽插入膜的深度和插入状态（疏水部分插入还是亲水部分插入），分别是用什么命令？谢谢
A:
深度就测量肽的末端原子距离插入的那个平面的垂直距离就行了
VMD里可以直接把蛋白的亲水、疏水残基用不同颜色来着色，一看就知道
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2017.09.17 11:14:15
Q:
用Pipek-Mezey定域化轨道，再轨道成份分析，是不是对定域化后的轨道进行成份分析？
谢谢！
A:
是
Q:
[图片]
原子成份出现负值，合理？
A:
和你用的轨道成分分析法方有关，看群文件里《分子轨道成份的计算》的讨论
Q:
明白了，mulliken有负值，stout-politzer没有。
谢谢！
A:
不建议用stout-politzer
计算原子的贡献推荐用Becke或者Hirshfeld
Q:
谢谢，主要想看看原子轨道或壳层贡献。
A:
用SCPA
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2017.09.17 12:30:49
OA1:
[图片]
A:
看来要毕业了/喝彩
OA1:
红字是被强迫要删除掉的，我发到这里，表明我不是没有良心的人
OA2:
sob成立个杂志，我们投稿。
Q:
红色字不规范
得真名吧
A:
这有啥，我的博士论文里还致谢了MIO
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2017.09.17 12:54:37
Q:
sob老师好，我在用b3lyp*方法计算一个有氢键的配合物体系单点能时，加色散校正关键词empiricaldispersion=GD3BJ，会出现l301错误，对于这个方法，我该怎么用色散校正？
A:
如果你是指HF成份15%那个b3lyp*，没法用DFT-D，因为没有相应的参数
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2017.09.17 13:27:11
Q:
请问老师如果有x，y的散点图，想要利用origin在散点上标出各个点对应的数值z，如何设置，不知道能不能这么操作，
具体的数字，二维，数据太多，没有规律
[图片]
差不多这样子
[图片]
这个是目的
如果将这个数字标上去
A:
[图片]
Q:
谢谢老师
但是不是坐标，而是另外一列数字
A:
[图片]
Q:
是是是
谢谢老师
A:
这种东西随便瞎点点就会了
Q:
[图片]可是我这里只有Group选项，麻烦老师请问一下那个label这么来的
A:
或许是版本问题，我用的Origin 9
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2017.09.17 14:38:01
Q:
[图片][图片]gromacs中得到的二级结构可不可就输出某一段残基的二级结构变化，比如只输出100-300残基的二级结构变化，这样输出整条蛋白的二级结构看起来好模糊
A:
[图片]
你可以在上面直接拉个框，把你要显示的范围放大
比起do_dssp方便很多
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2017.09.17 15:08:50
Q:
声明：
近日，我司经他人转告发现计算化学公社论坛及思想家公社QQ群出现了一些恶意诋毁攻击我公司名誉权的信息。
公司不能继续任由键盘侠无论出于什么目的的肆意诋毁诽谤，必要时不排除采取法律手段维护公司的整体形象。
先不论该篇信口开河的帖子中充斥的诸多语言表述断章取义，歪曲事情本质意义话语。公司作为在国内拥有众多合作伙伴和广大学员，绝对有理由、有责任以正视听。
我司经相关机构依法批准开展各研究领域公开课培训班，本公司自成立以来凭借深厚的技术领域和强大的专家团队。长期与国内外著名高校和权威科研院所合作开展各类信息化技术培训，自主研发出针对各个行业的精品课程，满足客户各层次的培训需求，其目的是希望通过有经验高水平教师的讲授来真正解决客户在工程研发过程中面临的关键难题，切实帮助国内企业及科研院所培养高级技术人才。我司欢迎广大学员对我公司予以严格监督，但绝不接受并坚决反对某些人肆意诽谤侵犯名誉权的行为。
许多客户在与我们取得沟通并了解事实真相后，对我公司所遭受的恶意网络攻击表示愤慨，并纷纷表示愿意配合进行调查查证。对此，我们表示衷心的感谢！
此外我司做为一家培训公司与国内以培训为主要业务来源公司各有优势，都是以通过有经验高水平教师讲授解决科研工作中疑难问题。相关平台在未经同意的情况下一厢情愿地进行抹黑及挑唆，既是对我司名誉的诋毁，也一定程度上损害了我司形象，没有哪个行业希望以私人利益打击同行来牟利，我司希望立即停止一切侵犯我公司名誉权行为及这种不正当竞争的行为，我们希望同行之间互助互利，共同发展。应切实做好自己的服务，让学员满意，而不是为了私人利益，恶意诋毁及污蔑。
最后，望该贴发布者能够恢复我司名誉、消除影响。同时，我司望该帖发布者能够认识到该贴所承担的对我公司产生的不良商业效益，公司保留诉诸法律的权利。
特此声明。
有任何疑问可联系我司，故不在群内做任何回复。
OA:
在别人的地盘上撒野，还有理了！
A:
从未见过有如此厚颜无耻之公司！
Q4:
看了两遍也没看到“我司”是哪个司
Q5:
不踢？
A:
自己退了
夹着尾巴逃了
Q3:
反动派被打倒，帝国主义夹着尾巴逃跑了
Q5:
夹尾巴司
Q3:
真要是有恶意诋毁，你们公司还不得下律师函？在这里张牙舞爪给谁看？悄没声地退群不是显得更心虚？临走了还恶心别人一下，可有良心和道德？
A:
[图片]
Q5:
少了一条肯红心的狗
Q3:
有机会做一次深喉，彻底挖一挖这些道德败坏一副钱串子脑袋的家伙们的根
Q6:
还有这么恶心的公司....这让我想起了在娱乐圈、广告行业有一种炒作叫做“靠恶心大家来赚取眼球”，这样才会让大家记住它。这种公司都不敢报上名来，真是可笑至极啊
A:
号称有专家团队，问几个不是太深的量化问题，能答得上来几个
Q6:
是啊，关键是他都不敢报上名来，隔着屏幕都觉得这公司很尴尬
只顾着秀下限
A:
真是笑料
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2017.09.17 15:11:05
Q:
sob老师，具体能说说vmd中如何做二级结构图，比如倒入哪些文件。Timeline工具在哪，有博文吗
A:
extensions-analysis-Timeline
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2017.09.17 15:17:18
Q:
老师好，我用 # td=(50-50,nstate=200) b3lyp/genecp scrf=(iefpcm,solvent=n,n-dimethyl
acetamide)计算吸收谱，算出来700个峰，不是应该400个吗？
A:
就是400个
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2017.09.17 15:17:18
Q:
请问出现103错误，Error in internal coordinate system，我加了cartesian,没用，请问怎么解决？
OA:
什么计算，什么关键词
Q:
# opt(tight,nolinear,gdiis,cartesian) freq=noraman M062X/cc-PVTZ scf=tight scrf(pcm,solvent=N,N-Dimethylformamide)
这是我的输入
A:
opt里写cartesian的时候gdiis则不生效
不要写nolinear
noraman 、scf=tight完全多余
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2017.09.17 15:33:00
Q:
请问老师，假如用TDDFT做Donor-Acceptor之间电荷转移态的解离能，该怎么求？
A:
CT激发态下的解离能？
Q:
由CT态到CS态的解离能，分子间电荷转移
A:
信息不够清楚不好说
有可能需要利用CDFT
Q:
老师，利用CDFT的话是不是直接用二聚体能量减去单体能量就行了
A:
一般的解离能是那么算
Q:
嗯嗯老师，我知道了，我参考这个公式求，[图片]，还用了Qchem里面的类似于BLW的那个ALMO求解离能，现在想用TD做个比较，可能我没看明白这个文章，我再看看
A:
你就照常求相互作用能Eint那项，然后再把两个分子的IP和EA分别算出来，代进去，就得到了。另外的做法就是直接用CDFT计算电荷转移态能量，再减去两个片段中性基态能量。
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2017.09.17 15:33:15
Q:
[图片][图片]用IOp调整HF成分，算出来的的UV-vis完全没有峰，怎么办？
A:
原先的PBE0有峰？
Q:
3/76的值调整了很多次，一直这样
是有峰的
用PBE1PBE1算的
没有用PBE0
A:
PBE1PBE1是什么？
PBE0=PBE1PBE
从来没听说过PBE1PBE1
Q:
打错了PBE1PBE
A:
怎么正确调看2.2节
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
Q:
用PBE1PBE计算有峰，蓝移了
A:
[图片]
是的
Q:
那就是PBE1PBE不能用IOp调HF成分了？
A:
当然能
仔细看博文
Q:
好的，我先看看，多谢
我用了很多种方法算UV都蓝移
就是文献中的方法
π-π跃迁
找得就是适合做ππ跃迁的方法，还是蓝移，感觉没辙了
A:
[图片]
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2017.09.17 16:02:36
Q:
[图片]sob老师，这上面可以选择我想要的残基105,187,224的二级结构变化吗，这样全部显示317个残基看不清楚，放大了还会卡
A:
这没办法
Q:
放得太大了，可不可以缩小以扩大包括的残基数量
A:
fit all
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2017.09.17 16:29:33
Q:
我从第一性原理优化好的结构挖出一块cluster做AIM和RDG，g09在生成wfn时，经常会出现
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
......
然后就出错退出。我的体系比较大共240个原子，有pi-pi堆积，用了m06-2x/6-311++G(dp)
请问对这种体系，在不微调结构和保持弥散函数的前提下，有什么办法让其scf收敛？
谢谢！
A:
另外最好加上#P看收敛到什么程度了
结构和SCF不收敛是两码事
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.09.17 16:38:58
A:
氢的弥散先去了
加上int=ultrafine
实际上弥散函数对AIM、RDG分析基本没影响，完全可以都去掉
Q:
谢谢！
1）int=ultrafine这个已经加了。2）因为我要进行BCP处电子密度的比较，而且有很明显的vdw作用，想加了弥散会不会结果好一点。3）确实yang的RDG文章都不用弥散。但如果弥散无用，那么RDG里的一些归属于vdw力和排斥力的等值面是怎么反映出来的？困惑。
A:
弥散主要影响能量，对电子密度影响非常轻微，有3-zeta基组就足够描述好了
基组对密度的描述质量和对能量的描述质量，二者完全不是一个画风
Q:
谢谢！第三个问题请为我们解惑。
A:
这个和用不用弥散也没关系，取决于电子密度Hessian特征，不用弥散也能描述对
Q:
通过BCP的参数也可以判断作用类型，它的原理和RDG判断作用类型本质也是一样，都是取决于电子密度Hessian的特征值。是这样吧？
A:
是
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2017.09.17 17:53:59
Q:
请问一下各位老师，CBS-QB3能否算的动14个原子的体系。
A:
机子好的话可以
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2017.09.17 18:33:52
Q:
cuda计算的话是不是主要参照浮点计算能力FLOPS？单精度双精度那个更重要？
A:
MD看单精度，量化看双精度
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2017.09.17 19:30:06
Q:
[图片]谁知道怎么取消在线mdrun吗，我是以提交任务的形式跑完全动力mdrun的
gromacs中
A:
nohup [gmx指令] &就行了，屏幕上的输出就都会被定向到nohup.out
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2017.09.17 20:06:06
Q:
请问一下，在装软件时报这个错误必须得更新OpenGL吗？[图片]
A:
我不用ADF，建议你问客服
Q:
好的谢谢了！
A:
小众向、收费高昂的商业程序，更应当充分利用客服，毕竟花的钱里面有技术支持成份在内
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2017.09.17 20:09:34
Q:
[图片][图片][图片]请问老师，对于我这种激发态，用muitiwfn做出这种电荷-空穴分布图，我该用哪一个？换句话说Isosurface value选择什么范围比较合理
A:
都可以用，如果考察CT的主体特征、想充分去把这个激发说成是CT，用第二个
但如果你想说里面还同时存在一定LE成份，用第一个
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2017.09.17 20:22:53
Q:
我的ORCA计算双杂化泛函还是很慢啊。。。
OA:
开RI啊
A:
没开RI吧
Q:
相对GAMESS而言，请问大家测试结果怎么样
RI？
OA:
不开RI，ORCA就是废物
A:
了解RI基础：
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
你可以把这句话发ORCA论坛上
然后就列入ORCA blacklist了
Q:
并且我的openmpi并行超级慢
无论是并行CFOUR还是ORCA
A:
诸如四核，速度能达到单核2.x就算可以了
Q:
还不如串行的快。。
A:
你肯定配置得有问题
Q:
一度怀疑是不是编译的问题，但是又能正常计算
请问有可能是哪些配置问题？
OA:
我还指望毕业后用ORCA呢……
A:
说不定是根本没有并行成功，四核的时候相当于做了四个单核的运算，结果由于资源争抢，反倒比单核还慢
[图片]
[图片]
[图片]
能
OA:
终于看见PPT的影子了
A:
对最新的ORCA 4.0.1.2，用openmpi 2.0.2是妥妥的
OA:
[图片]大博士，哪个是动态库版本？
A:
shared
OA:
静态库版本也没有问题吧？
A:
y
OA:
上次给师妹安动态库版本没成功，还是静态库好使了
A:
动态库就多做一步而已
OA:
所谓的二次开发也就是开发动态库吧？
然后添加进整个软件体系？
A:
动态库版的一些说明看此贴
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6555
OA:
哎，感觉啥都想学，但是就是没时间
有了ORCA，就不害怕了
你可会做视频？给科音做个宣传片？
我可以采访大博士和你，做一个专访
A:
采访墨家就好
OA:
我就算了，不值一提
社长，你这
你可算我老板了
A:
墨家深藏不露
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2017.09.17 20:49:22
Q:
请教各位大神，有一个比较大的分子，有好几个pka，有一个点加了一个H+,带一个正电，有一个点失去了一个H，带一个负电，总体呈现出电中性，这样的结构在高斯里除了在画结构的时候注意元素的添加或者删除，在txt里的电荷数还是为0，是不是这样？
A:
是
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2017.09.17 21:01:00
Q:
RI-J用def2/jk这类基组居然有问题，用def2/J没毛病。。。是不是我写错了。。。
A:
-J用/JK的不应当有问题，结果比/J的还更好
Q:
我也觉得
但是JK有问题
A:
there must be something wrong
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2017.09.17 23:00:45
Q:
nm和cm-1如何换算
区别紫外和红外吗？感谢！
A:
(1240.7011/n)eV n是nm数；或(1240.7011/k)nm k是eV数
1eV=96.485354kJ/mol=23.058731765kcal/mol=1.602176462E-19J=8065.5447cm^-1
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2017.09.17 23:02:30
Q:
[图片]老师我在冻结原子做npt时报错了，该怎么处理？
A:
NPT最好别用freeze，容易出错。为起到固定原子的目的，建议通过位置限制实现
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10
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2017.09.17 23:17:35
Q:
老师好，请问计算含有苯环的C,H,O的化合物的电子亲和势能用什么泛涵和基组比较合适呢？
A:
看体系大小和计算能力
Q:
体系大约几十个原子，比如蒽琨
A:
M06-2X/jul-cc-pVTZ
如果要更好点，用双杂化泛函
Q:
我用高斯b3lyp/6-31g(d,p)
A:
算电子亲和能不加弥散根本不可能
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2017.09.17 23:18:44
Q:
社长什么时候写个量化编程的学习帖子？
怎么样从入门到精通？
A:
量化编程是小册子，暂时处于搁浅阶段，没时间写
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2017.09.17 23:20:55
Q:
老师，加上一个电子后要开壳层是不？
A:
显然是开壳层
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2017.09.17 23:22:19
Q:
biochemistry这个期刊怎么样？
有人投过吗
A:
不错
09年投过一篇
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2017.09.17 23:28:41
Q:
谢谢老师，原来结构是带一个负电荷，计算电子和空穴重组能在原结构上把电荷变为-2或0这种做法没有问题吧？那就从scf不收敛去考虑
A:
没问题
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2017.09.18 08:50:25
Q:
请问体系有5000水分子，60个溶质分子，平衡后打算跑3ns的轨迹文件用于后续分析。那么多少步输出一帧到轨迹文件较合适？10 step or 100step？谢谢！
A:
看具体情况，我建议保留起码600帧
Q:
不是，我的意思是间隔多少步数输出一帧到轨迹文件？感觉不可能是每步都输出，也不太可能1000步输出一次。前者体系文件会很大，但体系波动小，后者文件小，但体系波动可能会比较大
A:
不同问题所需的帧数不同。比如绘制rdf，要是存的帧数不够多，那结果完全乱糟糟的
写错了，是sdf
rdf要求就明显没那么高
Q:
或者具体说 nstxout, nstvout等这些参数设为多少合适？10？100？
A:
没有统一规则
轨迹之后干什么
轨迹的重要性多高
硬盘有多大
都是要考虑的问题
Q:
是，所以我想问一下。我的小分子过饱和水溶液体系，平衡后，主要拿来做一些静态分析，RDF，angle，distance之类分析。那么nstxout, nstvout等这些参数设为多少合适？100以内应该都可以吧？这个数值太大，有时担心轨迹文件不够平滑。
A:
如果你硬盘存的下，可以比如nstxout=500或1000。等最后文章都接受了，再用trjconv转一下，把保留的帧数减小，省得占太多硬盘。
nstvout如果你的分析不依赖于原子速度信息，那直接设0就完了。
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2017.09.18 08:53:22
Q:
请教一下，手性分子是否也有圆二色谱信号。我用tddft计算之后用multiwfn模拟的丙烷的ECD谱中还是有信号，这是否正常以及为什么？谢谢
[图片]
说错了，是问非手性分子是否也有圆二色谱信号
A:
也可能有。直接去考虑整体，由于并不对称，可以理解为“等效地”有手性
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2017.09.18 09:14:44
Q:
[图片]各位老师，这个鬼样子的应该如何处理呢
看了看能量较低的几个点，都是四个no
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
从23步添加恰当关键词继续优化
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2017.09.18 09:37:05
Q1:
[图片]请问各位这里是什么时间？是从提交任务到结束任务的时间还是每个核运行时间的和？
A:
wall clock time
Q1:
gaussian里面是CPUtime？
A:
看平台，看版本
linux版输出CPU time，但从g16开始也直接输出wall clock time
Q2:
下次运行用time测量一下就知道
A:
g16输出的wall time和time命令测的差异甚微
也就相差一两秒钟
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2017.09.18 10:04:28
Q:
老师我把中心分子进行了位置限定，结果跑完npt后限制的分子到边上了
A:
用position_restraint，不会莫名其妙跑到边上，除非盒子变化巨大，说不定才会有什么诡异的事情
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2017.09.18 10:07:03
Q:
[图片]请教一个问题，画ECD的时候如果曲线趋势很相近，然而位置对不上，是不是因为没有进行位shift矫正。我看有些教程中提到，与实验CD进行比较的时候，需要用到实验的紫外数据和计算的紫外数据对计算得到的ECD进行shift矫正。
A:
可以进行shift来消除系统偏差
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2017.09.18 10:49:30
Q:
请问老师，[图片]这两个量的单位可以用 a.u.表示么，谢谢
A:
可
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2017.09.18 10:52:51
Q:
老师好，有哪位老师知道要计算反铁磁结构怎么设置参数吗？就是说输入文件怎么设置不同愿意的自旋方向。谢谢。
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2017.09.18 11:06:09
Q:
采用高斯可以研究温度对反应活化能的影响么
那这个怎么研究呢[表情]
A:
不同温度下计算自由能垒。但这对温度的依赖性比较小，除非是熵起到很大因素的情况
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2017.09.18 11:31:07
Q:
请问如何快速的确定分子的光谱项呢？比如是sigma，pi还是delta态呢？我目前用的是在不可约表示下优化单点能，然后看哪个不可约下能量最小，然后再确定对应哪个光谱项。这样对吗？
A:
如果你的目的是考察基态的谱项，是这样
Q:
能量不严格相等呢？比如下面这两个能量-177.59175438是在sym=1下的， -177.59174855是在sym=4下的。我用的是c2v点群。这个可以算是delta态吗？
A:
可以视为两个态能量简并
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2017.09.18 11:37:45
Q:
sob老师，vmd中可以计算gromacs中完全动力学gmx mdrun跑完后，gmx trjconv将traj.trr转换成.xtc,计算.xtc中所有帧结构的一个RMSD值吗
A:
可以
Q:
打开vmd界面后，拖入.xtc文件，Trajectory Tool之后AliGN直接就死机
有1001帧
A:
先载入gro再载入xtc
1001帧死机是软件环境的事，我这里比这帧数多一个数量级的情况都没事
----------------------------------------------------
2017.09.18 12:05:18
Q:
请问，分子动力学模拟时，模拟对象分子的数目和盒子大小如何来确定呢？
A:
必须更具体一些，什么体系，算什么
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2017.09.18 12:44:40
Q:
ORCA的COSX更快
A:
30个原子以内我考虑RIJK，再多了我都用RIJCOSX
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2017.09.18 13:02:33
Q:
[图片] 老师我在算SDF时先跑完md然后用中心分子平移的方法来完成sdf结果报错，怎么解决呢？
A:
也许命令行不合理之类，不好说
反正算sdf最好一开始就固定在盒子中心，否则虽然能通过trjconv做一些修正然后能够算sdf，结果可能也是错的
Q:
因为我一开始做位置限制时，跑完npt之后限制的分子从中心又返回到了边上，不知道该如何处理了
A:
没具体情况不好说，如果是模拟过程慢慢低自发跑到边上，那是位置限制没设对，要从轨迹判断原因
Q:
恩恩，那我再看看，谢谢老师
老师我是这么限制目标分子的，比如：我要限制我的体系中的最靠近中心的一个ch4分子，我把这个ch4分子单独标记为一个残基，另外单独写了它的itp文件，这样做有问题吗？
A:
没问题
建议你先跑个NVT，NVT模拟过程中确实看到这个分子老老实实呆在那里，说明拓扑文件没问题，之后再做NPT
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2017.09.18 13:15:37
A:
看到有相关法律专门制约发垃圾邮件行为
如果某公司再敢轰炸式发垃圾培训邮件，可以收集证据，去举报他们
看到有相关法律专门制约发垃圾邮件行为
http://www.gov.cn/gongbao/content/2007/content_554185.htm
[图片]
[图片]
[图片]
如果某公司再敢轰炸式发垃圾培训邮件，可以收集证据，去举报他们
OA:
谢谢提醒
Q:
我邮箱里已经有一大堆证据了
A:
到时候他们坑的钱还没被罚得多
Q:
违法成本太低
A:
邮箱经常接到卖家电、卖鞋什么的垃圾邮件，但即便这种垃圾邮件，往往都有退订选项
----------------------------------------------------
2017.09.18 13:29:17
Q:
请问，如果加入PCM隐式溶剂模型，对计算机的耗时来说，大概提高多少个数量级？
A:
多20%左右
气相算得动，隐式溶剂下就一定算得动，除非用外迭代方式考虑溶剂效应，这样会增加一个多数量级
----------------------------------------------------
2017.09.18 13:32:44
Q:
限制性优化得到的过渡态，放开限制性后，从限制性优化时的chk文件里读取力常数再次计算过渡态，这种行为正确吗
A:
不会增加太多
还是calcfc稳妥
----------------------------------------------------
2017.09.18 13:51:22
Q:
写gmx命令，各选项的出现的先后顺序没有严格要求吧？
A:
没
----------------------------------------------------
2017.09.18 14:14:52
Q:
sob老师，您给的速率计算表格里，winger校正的公式里乘以了3000000000，这是为什么？
[图片]
A:
单位转换
Q:
计算公式里，1+1/24(hIm(v≠）/Kb/T)^2这里Im(v≠）是虚频取整数的意思么？
A:
就是取虚频的数值
比如Im(345i)=345
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2017.09.18 14:26:00
Q:
老师们，用高斯可以算零场分裂能吗？
A:
适合ORCA算，手册有例子
Q:
嗯嗯，文献看到有，可是orca不会用
A:
没人天生会用
Q:
嗯嗯，明白了老师
A:
看手册啊
手册里都写着
又是免费的，手册又有现成例子
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