计算化学公社

标题: ONIOM问题:MM function not complete [打印本页]

作者
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霜晨月    时间: 2017-9-30 22:31
标题: ONIOM问题:MM function not complete
本帖最后由 霜晨月 于 2017-9-30 22:32 编辑

用ONIOM优化一个蛋白-配体复合物,将配体和周围的部分残基设为High了。
gjf里面的关键词是
#p opt oniom(pm6:amber) scrf=(smd,solvent=water,oniompcm=x)

给出了这样的错误信息:
Include all MM classes
Bondstretch undefined between atoms   2887   2888 C-OM [L,L]  
Bondstretch undefined between atoms   2888   2889 OM-HO [L,L]  
Bondstretch undefined between atoms   4753   4754 C-OM [H,H] *
......
Angle bend  undefined between atoms   2883   2887   2888 CA-C-OM [L,L,L]  
Angle bend  undefined between atoms   2885   2887   2888 CA-C-OM [L,L,L]  
Angle bend  undefined between atoms   2887   2888   2889 C-OM-HO [L,L,L]  
Angle bend  undefined between atoms   4872   4874   4888 P-O2-MG [H,H,H] *
......
* These undefined terms cancel in the ONIOM expression.
MM function not complete
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l101.exe .

请教一下,这是说需要自己定义这些键长与键角吗?
谢谢



作者
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sobereva    时间: 2017-10-1 14:01
是。补参数的方法参考手册和exploring第三版的例子
作者
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霜晨月    时间: 2017-10-1 16:14
好的,谢谢老师




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