计算化学公社

标题: SWM4-NDP 与 NAMD [打印本页]

作者
Author:
fantasticqhl    时间: 2015-1-27 05:40
标题: SWM4-NDP 与 NAMD
再来请教一个问题:

刚接触NAMD, 想要在NAMD中模拟一个体系, 一个分子A 在一个SWM4-NDP 水盒子中.
A分子的参数文件与psf文件,都可以自己编写, 而SWM4-NDP 水模型可以在
www.ks.uiuc.edu/Research/Drude/  也可以下载到相关的轨迹文件与psf文件.
只是目前vmd不支持SWM4-NDP水模型, 构造起来就麻烦了一些!

希望各位给提提建议, 十分感谢!



作者
Author:
fhh2626    时间: 2015-1-27 12:28
分子A有极化力场的模型吗?没有的话就要确定混合使用极化和非极化模型是否合理

VMD的psfgen目前不能建立DRUDE力场的PSF,有参数和top也白费,除非你有CHARMM生成相应的psf文件

另外CHARMM-GUI  http://www.charmm-gui.org/   按道理来说也能建立这样的psf文件,不过除了纯水的,别的我都没有成功过
作者
Author:
fantasticqhl    时间: 2015-1-27 17:30
本帖最后由 fantasticqhl 于 2015-1-27 17:32 编辑
fhh2626 发表于 2015-1-27 12:28
分子A有极化力场的模型吗?没有的话就要确定混合使用极化和非极化模型是否合理

VMD的psfgen目前不能建立 ...

谢谢回复!

分子A也是按照drude模型自己构建的,属于极化力场!
psfgen与charmm-gui 我都试过,但是都不成功呀,
所以发帖问问!





欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3