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标题: 有方法控制生成wfn的原子数目吗 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2017-10-4 10:23
标题: 有方法控制生成wfn的原子数目吗
请教，
我做完QM/MM之后，QM部分是用gaussian程序做的。我想用chk文件生成fchk文件分析其波函数，但转换过程总是提示段错误，已放弃。我想用gaussian输出wfn文件来分析，但周围的点电荷太多，Bq原子太多。有没有什么方法能够控制输出的wfn文件不包含bq原子。
谢谢

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-10-4 10:50
咨询一下楼主，你的qmmm是通过什么做的？ONIOM还是程序对接？谢谢指点

作者
Author: alystone 时间: 2017-10-4 11:05

小范范1989 发表于 2017-10-4 10:50
咨询一下楼主，你的qmmm是通过什么做的？ONIOM还是程序对接？谢谢指点

用的是动力学提供的对接接口。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-4 11:33
手动编辑wfn文件，把里头Bq都删了，开头的原子数也改一下。wfn文件格式见
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55

作者
Author: alystone 时间: 2017-10-4 12:00
本帖最后由 alystone 于 2017-10-4 12:01 编辑

sobereva 发表于 2017-10-4 11:33
手动编辑wfn文件，把里头Bq都删了，开头的原子数也改一下。wfn文件格式见
高斯fch文件与wfn波函数文件的介 ...

谢谢sob老师的解答。是否能请您看一下我的chk文件为什么不能转换为fchk，由于文件大小限制，传到了云端。
谢谢
https://pan.baidu.com/s/1c10zphm

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-4 14:05

alystone 发表于 2017-10-4 12:00
谢谢sob老师的解答。是否能请您看一下我的chk文件为什么不能转换为fchk，由于文件大小限制，传到了云端。 ...

我这里没法看，必须用相同的高斯版本才能转换。转化时候需要注意的在这里说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379

作者
Author: alystone 时间: 2017-10-4 15:34

sobereva 发表于 2017-10-4 14:05
我这里没法看，必须用相同的高斯版本才能转换。转化时候需要注意的在这里说了
详谈Multiwfn支持的输入文 ...

谢谢sob老师。我也认真的拜读了您的博文，很有感触。该注意的地方我都注意了，比如增大内存到12G，用同一个版本的formchk。但不幸的是还有问题。我把输出贴在这里，如果您有类似解决办法，请指教。如果没有的话，没关系，我已经得到了wfn文件。可以进行波函数分析。

[xuyaoxiao@BN007 gaussian]$ formchk  gaussian.chk
Read checkpoint file gaussian.chk
Write formatted file gaussian.fchk
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20698 Len=    15195 IPos=          0 Q= 47290274405096

dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 31 SizExt =    32768 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd =    5599744 FType=2 FMxFil=10000

Number          0       501       502       503       506       507       508       512
Base    5599574 1733880 1734880 5598638 1778980 1784024    45492 2044028
End       5599744 1734880 1778980 5599244 1784024 2044028    45522 2160544
End1    5599744 1734880 1778980 5599244 1784024 2044028    45522 2160544
Wr Pntr 5599574 1733880 1734880 5598638 1778980 1784024    45492 2044028
Rd Pntr 5599574 1734880 1778980 5598638 1778980 1784024    45492 2044028
Length       170    1000    44100       606    5044    260004       30    116516

Number       520       521       522       524       526       536       538       552
Base    3178292 3178346    45622 3178381 3739381 1170630 1452255 3178302
End       3178302 3178381    47118 3739381 4300381 1452255 1733880 3178346
End1    3178302 3178381    47118 3739381 4300381 1452255 1733880 3178346
Wr Pntr 3178292 3178346    45622 3178381 3739381 1170630 1452255 3178302
Rd Pntr 3178292 3178346    45622 3178381 3739381 1170630 1452255 3178302
Length       10       35    1496    561000    561000    281625    281625       44

Number       562       570       584       603       605       619       634       670
Base    2972189 2160544 2400544 5034860 5029794 4300381    47118    40448
End       3178292 2400544 2430934 5598111 5034860 5029794 1170630    45492
End1    3178292 2400544 2430934 5598111 5034860 5029794 1170630    45492
Wr Pntr 2972189 2160544 2400544 5034860 5029794 4300381    47118    40448
Rd Pntr 2972189 2160544 2400544 5034860 5029794 4300381    47118    45492
Length    206103    240000    30390    563251    5066    729413 1123512    5044

Number       674       695       698       989       993       997       998
Base    5598111 2430934 5599244 2587977 2591977 2592177    45522
End       5598638 2587977 5599574 2591977 2592177 2972189    45622
End1    5598638 2587977 5599574 2591977 2592177 2972189    45622
Wr Pntr 5598111 2430934 5599244 2587977 2591977 2592177    45522
Rd Pntr 5598111 2430934 5599244 2587977 2592177 2972189    45622
Length       527    157043       330    4000       200    380012       100
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
Aborted

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-4 21:07

alystone 发表于 2017-10-4 15:34
谢谢sob老师。我也认真的拜读了您的博文，很有感触。该注意的地方我都注意了，比如增大内存到12G，用同一 ...

如果这个chk文件就是这个机子里高斯算出来的，那只能说是chk文件本身有问题了。重算遍单点再转试试

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-10-5 08:13

alystone 发表于 2017-10-4 11:05
用的是动力学提供的对接接口。

你好，是amber+gaussian？还是什么接口呢？谢谢

作者
Author: alystone 时间: 2017-10-5 08:33

小范范1989 发表于 2017-10-5 08:13
你好，是amber+gaussian？还是什么接口呢？谢谢

你好，是amber中提供的gaussian接口。amber程序也提供了其他量化接口，都可以跑QMMM。

作者
Author: alystone 时间: 2017-10-5 08:33

sobereva 发表于 2017-10-4 21:07
如果这个chk文件就是这个机子里高斯算出来的，那只能说是chk文件本身有问题了。重算遍单点再转试试

好的，谢谢sob老师。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-10-5 10:37

alystone 发表于 2017-10-5 08:33
你好，是amber中提供的gaussian接口。amber程序也提供了其他量化接口，都可以跑QMMM。

恩。明白了，谢谢指点

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