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标题: LJ参数ε和σ的量子化学计算 [打印本页]

作者
Author: nxh9681 时间: 2017-10-9 22:04
标题: LJ参数ε和σ的量子化学计算
请问分子模拟力场中的非键相互作用L-J函数的ε和σ值是否可以通过量化计算进行拟合？如果可以应该怎样拟合，或者说通过量化计算什么物理量进行拟合？请教计算思路，或者相关文献，谢谢！

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Author: sobereva 时间: 2017-10-9 22:13
看具体体系。
比如就是简单的Ar-Ar的双原子LJ势，直接用比如CCSD(T)/aug-cc-pVQZ做个势能面扫描，然后用Origin根据LJ公式拟合那两个参数就完了。

作者
Author: nxh9681 时间: 2017-10-10 09:54

sobereva 发表于 2017-10-9 22:13
看具体体系。
比如就是简单的Ar-Ar的双原子LJ势，直接用比如CCSD(T)/aug-cc-pVQZ做个势能面扫描，然后用Or ...

老师，如果想计算制冷剂分子（如R134a，CH2FCF3）中原子的ε和σ值，是否可以用量化的方法计算呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-10-10 11:21

nxh9681 发表于 2017-10-10 09:54
老师，如果想计算制冷剂分子（如R134a，CH2FCF3）中原子的ε和σ值，是否可以用量化的方法计算呢？

一般的做法都是固定力场（比如cgenff，gaff）自己生成的vdw参数，通过量化计算拟合静电参数的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-10 13:57

nxh9681 发表于 2017-10-10 09:54
老师，如果想计算制冷剂分子（如R134a，CH2FCF3）中原子的ε和σ值，是否可以用量化的方法计算呢？

这一般不是简单量化方法就能算的，而且算也不好算，因为同时牵扯多种原子对，还牵扯静电作用。建议直接用普适型力场里现成的原子LJ参数

作者
Author: nxh9681 时间: 2017-10-10 16:21

sobereva 发表于 2017-10-10 13:57
这一般不是简单量化方法就能算的，而且算也不好算，因为同时牵扯多种原子对，还牵扯静电作用。建议直接用 ...

好的，明白了，多谢老师

作者
Author: nxh9681 时间: 2017-10-10 16:21

fhh2626 发表于 2017-10-10 11:21
一般的做法都是固定力场（比如cgenff，gaff）自己生成的vdw参数，通过量化计算拟合静电参数的

嗯嗯，多谢指导！

作者
Author: weaey 时间: 2020-12-10 14:29

sobereva 发表于 2017-10-10 13:57
这一般不是简单量化方法就能算的，而且算也不好算，因为同时牵扯多种原子对，还牵扯静电作用。建议直接用 ...

请问这个普适型力场的原子LJ参数去哪里查

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 17:05

weaey 发表于 2020-12-10 14:29
请问这个普适型力场的原子LJ参数去哪里查

比如UFF力场的话，可以查UFF力场的原始文献

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 19:18

weaey 发表于 2020-12-10 14:29
请问这个普适型力场的原子LJ参数去哪里查

UFF原文J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 10024-10039的表1里就是。

作者
Author: Ecust-zy 时间: 2023-6-28 15:17

sobereva 发表于 2020-12-10 19:18
UFF原文J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 10024-10039的表1里就是。

请问sob老师，粗粒化基团的σ和ε怎么得到

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 00:04

Ecust-zy 发表于 2023-6-28 15:17
请问sob老师，粗粒化基团的σ和ε怎么得到

不同力场有不同做法。比如模拟凝聚相性质，通过让误差最小化来调节σ和ε。看你要用的粗粒化力场或者类似目的的粗粒化力场原文里的说明

作者
Author: 吞吞12138 时间: 2023-10-17 12:10

sobereva 发表于 2023-6-29 00:04
不同力场有不同做法。比如模拟凝聚相性质，通过让误差最小化来调节σ和ε。看你要用的粗粒化力场或者类似 ...

老师，我是电气方向准备做一个气体C4F7N的comsol仿真，需要这两个参数，需要怎么计算啊，气体在高压下的流注放电模拟

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-17 18:12

吞吞12138 发表于 2023-10-17 05:10
老师，我是电气方向准备做一个气体C4F7N的comsol仿真，需要这两个参数，需要怎么计算啊，气体在高压下的 ...

你要用σ和ε描述C4F7N分子之间的总相互作用，还是只描述其中的范德华作用部分？是否打算描述Keesom项和Debye项，还是只描述London色散项和交换排斥项？

作者
Author: 吞吞12138 时间: 2023-10-17 21:50

wzkchem5 发表于 2023-10-17 18:12
你要用σ和ε描述C4F7N分子之间的总相互作用，还是只描述其中的范德华作用部分？是否打算描述Keesom项和D ...

老师请问这两个参数对于某个分子来说不是常数吗，仿真中只是因为材料库中没有这种气体，需要输入这两个参数，来自定义这个气体的基本物理量。例如软件中材料库中自带的氩气Ar这个两个参数分别是σ：0.365纳米和σ/Kb：178k。这两个参数不是常数吗对某一确定分子。其他的气体大部分都能从材料库中直接选中，这个比较冷门。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-17 22:44

吞吞12138 发表于 2023-10-17 14:50
老师请问这两个参数对于某个分子来说不是常数吗，仿真中只是因为材料库中没有这种气体，需要输入这两个参 ...

我的意思是说某个分子的σ和ε不是唯一的，适合用来描述总相互作用能的σ和ε，和适合描述范德华相互作用的σ和ε，一般而言并不一样。需要知道你们材料库里的σ和ε是描述什么作用能（总作用能？Keesom+Debye+London+Pauli排斥？只有London+Pauli排斥？）用的

作者
Author: 吞吞12138 时间: 2023-10-18 12:54

wzkchem5 发表于 2023-10-17 22:44
我的意思是说某个分子的σ和ε不是唯一的，适合用来描述总相互作用能的σ和ε，和适合描述范德华相互作用 ...

是用来描述范德华相互作用的σ和ε，不考虑Keesom+Debye，请问老师这个数据需要学习软件自行计算吗，这个数据在分子动力学仿真中是不是属于基础呀。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-18 15:50

吞吞12138 发表于 2023-10-18 05:54
是用来描述范德华相互作用的σ和ε，不考虑Keesom+Debye，请问老师这个数据需要学习软件自行计算吗，这个 ...

那可以这样做：随机产生一些由两个C4F7N分子组成的体系，其中两个分子的距离涵盖从略小于范德华半径之和到远大于范德华半径之和的各种值，分子的初始构象、取向是任意的。然后在固定两个分子质心距离的情况下，做结构优化至收敛。再用任意一种能给出London项和Pauli排斥项的能量分解方法（例如LED）得到当前质心距离下的London项和Pauli排斥项的大小。最后把London项和Pauli排斥项之和对质心距离作图，用Lennard-Jones函数拟合即可。
但前提是你确定你确实不要Keesom和Debye项，这两项对于你的体系或许小，但是也是可以计算的。而且大部分实验只能测到总作用能，对气体的很多宏观性质起作用的也是总作用能，而不仅仅是London项和Pauli排斥项。

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