计算化学公社

标题: 请问用ADMP跑动力学能计算反应么？或者过渡态？ [打印本页]

作者
Author: gaussian08 时间: 2017-10-10 01:56
标题: 请问用ADMP跑动力学能计算反应么？或者过渡态？
本帖最后由 gaussian08 于 2017-10-10 01:58 编辑

本人是新手，想利用Gaussian的ADMP方法做一个簇的开环反应，实验上，反应在高温100°左右，压力在20bar左右，比较容易进行，转化率很高。我的输入如下:# M062X/6-31+G* ADMP=(maxpoint=1000,stepsize=2000,fullscf) temperature=350.0 pressure=20.0 IOp(1/80=1000000,1/81=5,1/89=20)，但计算过程分子出现不稳定结构，请问一下：
AMDP 能观察到断键-成键的过程么？
我的设置有什么问题么？

非常感谢这个论坛给我这个机会

。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-10 14:13
ADMP能计算反应，也可以观察到成键-断键过程，但是没法计算过渡态。过渡态本身就是在BO近似下的产物，牵扯到核运动就没有过渡态这个概念

pressure的设置没有意义，这只对freq任务输出热力学量有影响（影响平动的贡献）

作者
Author: gaussian08 时间: 2017-10-12 04:27
谢谢sob老师的指点，我想知道计算反应是不是需要很长的时间，甚至到ns级别，这AMDP基本上完成不了啊?

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-12 12:50

gaussian08 发表于 2017-10-12 04:27
谢谢sob老师的指点，我想知道计算反应是不是需要很长的时间，甚至到ns级别，这AMDP基本上完成不了啊?

不用，ns都是经典力场的动力学才跑的。分子反应的研究跑几ps、几十ps的数量级已经够了。

作者
Author: gaussian08 时间: 2017-10-12 22:52
谢谢，但是有的反应，例如SN2反应，可能需要较高的能垒，是不是ADMP动力学无法跨域这个能垒，从而无法观察到反应？是不是进一步需要提高温度？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-12 22:59

gaussian08 发表于 2017-10-12 22:52
谢谢，但是有的反应，例如SN2反应，可能需要较高的能垒，是不是ADMP动力学无法跨域这个能垒，从而无法观察 ...

可以跨越，看你设的条件
如果初始动能非常大打过去，就容易发生反应。或者你可以直接用过渡态的结构跑AIMD，马上就反应了。

作者
Author: lei234 时间: 2018-9-7 07:05
请问哪个是跑分子动力学的呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-8 03:56

lei234 发表于 2018-9-7 07:05
请问哪个是跑分子动力学的呀？

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作者
Author: xylz6188 时间: 2018-12-25 10:02

sobereva 发表于 2017-10-10 14:13
ADMP能计算反应，也可以观察到成键-断键过程，但是没法计算过渡态。过渡态本身就是在BO近似下的产物，牵扯 ...

Sob，您好，楼主温度和压力设置不对吧，控温是通过
IOP(1/80=1000000,1/81=1,1/82=350,1/89=1)，温度控制 350 +/- 1 K来控制的。但我不知道压力这样设置对不对，虽然没有没有意义。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-26 00:15

xylz6188 发表于 2018-12-25 10:02
Sob，您好，楼主温度和压力设置不对吧，控温是通过
IOP(1/80=1000000,1/81=1,1/82=350,1/89=1)，温度控 ...

压力设置对于孤立体系计算没有意义
1L里的temperature不影响AIMD过程的实际温度，写了没有效果。得靠IOp才能设置每次调节速度后对应于多少温度

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-12-26 07:35

sobereva 发表于 2018-12-26 00:15
压力设置对于孤立体系计算没有意义
1L里的temperature不影响AIMD过程的实际温度，写了没有效果。得靠IOp ...

谢谢sob

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