计算化学公社

标题: ICSS计算问题 [打印本页]

作者
Author: younggood 时间: 2017-10-13 17:40
标题: ICSS计算问题
本帖最后由 younggood 于 2017-10-13 21:35 编辑

sob大神，我正在按照您的帖子http://sobereva.com/216（通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性）研究两个分子的芳香性强弱程度，可是到下面这一步（见下图 (, 下载次数 Times of downloads: 58) ），我选择1：Isotropic时，再选1时，出现的图形是这样的： (, 下载次数 Times of downloads: 61) ，请问这是什么原因呢，我试了很多次，可一直找不到原因，麻烦您能指点我一下，我究竟是在哪里出了错误呢，真的非常感谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-13 21:40
把你的每一步的操作时候的窗口的截图贴上来，要不然说不清楚

PS：发帖注意选择板块，标题注意体现帖子内容

作者
Author: younggood 时间: 2017-10-14 09:49
本帖最后由 younggood 于 2017-10-14 09:50 编辑

好的，老师，我下次注意。
（1）首先我准备了两个文件，结构的fchk文件，和输入文件gjf，这是我的输入文件：
%chk=ts1m.chk
# b3lyp/gen gfinput pseudo=read guess=huckel

Title Card Required

1 1
%chk=ts1m.chk
# b3lyp/gen gfinput pseudo=read guess=huckel

Title Card Required

1 1
C                0.15367800 1.83244600 1.63303100
O                0.46831400 2.39146400 2.85026100
C                0.61904100 0.56830800 1.36973500
C                1.45451600 -0.25797300 2.16657700
H                1.16483900 -1.30234800 2.26626200
N                2.57700000 0.03656400 2.81284300
                                          .
                                          .
                                          .
Rh                1.14380600 -0.37811900 -0.44364000
C                -1.85636600 0.45323300 -0.03555300
C                -0.78897900 -0.39091300 0.21773100
C                -0.95534800 -1.79748400 0.69873900
C                -1.44402900 -2.05435000 1.99825800
C                -0.54620500 -2.89675200 -0.08233400
C                -1.53065100 -3.35588200 2.48578700
H                -1.75912100 -1.22127100 2.61944600
C                -0.63007200 -4.20376800 0.41124400
H                -0.20296200 -2.72895300 -1.09708800
C                -1.11958300 -4.43723300 1.69549000
H                -1.92294400 -3.53132000 3.48367900
H                -0.32422700 -5.03578500 -0.21696200
H                -1.18973100 -5.45103200 2.07881200
C                -3.24389700 -0.09713700 -0.16707800
C                -4.29579700 0.39434700 0.63004000

C H O N 0
6-31G**
****
Rh 0
S 9 1.00
0.18466600E+03 0.69200000E-03
0.21997400E+02 -0.38393000E-01
0.13761600E+02 0.17601900E+00
0.50872000E+01 -0.62992500E+00
0.12294000E+01 0.84954400E+00
0.55681400E+00 0.44572900E+00
0.11406700E+00 0.18204000E-01
0.41415000E-01 -0.23480000E-02
0.15000000E-01 0.00000000E+00
S 9 1.00
0.18466600E+03 -0.17800000E-03
0.21997400E+02 0.94560000E-02
0.13761600E+02 -0.49472000E-01
0.50872000E+01 0.20186700E+00
0.12294000E+01 -0.36980900E+00
0.55681400E+00 -0.26533100E+00
0.11406700E+00 0.58915400E+00
0.41415000E-01 0.58632500E+00
0.15000000E-01 0.00000000E+00
S 9 1.00
0.18466600E+03 0.83700000E-03
0.21997400E+02 -0.40286000E-01
0.13761600E+02 0.15064900E+00
0.50872000E+01 -0.52685100E+00
0.12294000E+01 0.15723820E+01
0.55681400E+00 -0.88764300E+00
0.11406700E+00 -0.14709450E+01
0.41415000E-01 0.15168800E+01
0.15000000E-01 0.00000000E+00
S 1 1.00
0.41415000E-01 0.10000000E+01
S 1 1.00
0.15000000E-01 0.10000000E+01
P 8 1.00
0.13698500E+02 0.31821000E-01
0.66247600E+01 -0.19302800E+00
0.16961300E+01 0.50624200E+00
0.79735100E+00 0.49490200E+00
0.35203400E+00 0.14403000E+00
0.12334200E+00 0.56080000E-02
0.43130000E-01 0.43600000E-03
0.15100000E-01 0.00000000E+00
P 8 1.00
0.13698500E+02 -0.85830000E-02
0.66247600E+01 0.56811000E-01
0.16961300E+01 -0.18017200E+00
0.79735100E+00 -0.20341100E+00
0.35203400E+00 0.84818000E-01
0.12334200E+00 0.60105700E+00
0.43130000E-01 0.46540500E+00
0.15100000E-01 0.00000000E+00
P 8 1.00
0.13698500E+02 -0.15164000E-01
0.66247600E+01 0.10112500E+00
0.16961300E+01 -0.34564100E+00
0.79735100E+00 -0.34548500E+00
0.35203400E+00 0.42210200E+00
0.12334200E+00 0.73047900E+00
0.43130000E-01 0.82894000E-01
0.15100000E-01 0.00000000E+00
P 1 1.00
0.43130000E-01 0.10000000E+01
P 1 1.00
0.15100000E-01 0.10000000E+01
D 6 1.00
0.18737000E+02 0.64810000E-02
0.11704600E+02 -0.13942000E-01
0.22555800E+01 0.25068200E+00
0.94941100E+00 0.45111100E+00
0.36616400E+00 0.38399900E+00
0.12397700E+00 0.15920800E+00
D 6 1.00
0.18737000E+02 -0.75900000E-02
0.11704600E+02 0.16294000E-01
0.22555800E+01 -0.33477300E+00
0.94941100E+00 -0.44639600E+00
0.36616400E+00 0.32996700E+00
0.12397700E+00 0.70816700E+00
D 1 1.00
0.12397700E+00 0.10000000E+01
D 1 1.00
0.42000000E-01 0.10000000E+01
F 1 1.00
0.99360000E+00 0.10000000E+01
F 1 1.00
0.32220000E+00 0.10000000E+01
****

Rh 0
ECP28MDF 4 28
G-Komponente
1
2 1.000000 0.000000
S-G
2
2 12.194816 225.312054
2 5.405137 32.441582
P-G
4
2 11.280755 52.872826
2 10.927248 105.745526
2 5.090117 8.619344
2 4.851832 16.973459
D-G
4
2 9.136337 25.108501
2 8.964808 37.695731
2 3.643612 4.202584
2 3.636007 6.292790
F-G
2
2 8.616228 -9.673568
2 8.629435 -12.899847

(2)然后我按照您帖子的步骤，把我的fchk文件

拖进了mutiwfn里 (, 下载次数 Times of downloads: 56) ，依次选择了
200
4
-10
12
1
n
(3)在我的mutiwf文件了，产生了17个gjf文件， (, 下载次数 Times of downloads: 55) ，然后我是自行把它们放到服务器里用高斯算的，只都加了个核数和内存，我发现只有第一个NICS0001和剩下16个的输入文件不太一样，NICS0001的输入文件：

%chk=ts1m.chk
%nprocshared=12
%mem=20000mb
# b3lyp/gen gfinput pseudo=read guess=huckel NMR geom=connectivity

Title Card Required

1 1

其他16个的输入文件：

%chk=ts1m.chk
%nprocshared=12
%mem=20000mb
# b3lyp/gen gfinput pseudo=read guess=huckel NMR geom=connectivity guess=read

Title Card Required

1 1
所以其他16个跑的时候，我把这个结构的chk文件一起放在了服务器里对应的gjf文件下，然后跑出了17个out文件

（4）后来，我把这17个文件放在了一个文件夹下，从multiwfn里输入了c:\1\NICS，mutiwfn就异常关闭了，我又打开mutiwfn，试试把之后在跑NICS001时生成的chk文件转化成了fchk文件拖进去，依次选择
200
4
-10
12
1
y 然后又选了1,1，出现的图是这样的 (, 下载次数 Times of downloads: 56)

作者
Author: younggood 时间: 2017-10-14 09:52
老师，我的所有操作是在windows下进行的，服务器算高斯是linus

作者
Author: younggood 时间: 2017-10-14 09:53
老师，我描述的比较冗长繁琐，还望您不要介意

作者
Author: younggood 时间: 2017-10-14 10:11
老师，之后我又试了，2 Export the grid data to ICSSZZ.cub current folder，把cube文件生成， (, 下载次数 Times of downloads: 57) 在按截图的步骤操作时，每次到了输-40,30，的这一步就会弹出这个对话框，然后mutiwfn就关闭了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-14 10:31
在把博文例子里的苯跑成功之前不要跑别的，以确保基本操作无误。苯的所有输入输出文件在博文一开始都提供了，对照那个。
输入的时候不允许输入全角逗号（开着中文输入法打的逗号），属于计算机常识问题。逗号必须打半角的。
还有你的路径里TS3_TS3后面有个全角的单引号，这也是绝对不能出现的

作者
Author: younggood 时间: 2017-10-14 21:44
老师，我重复出了您帖子里的苯的这个图 (, 下载次数 Times of downloads: 51) ，可是我自己的体系中的分子做出来是这样的： (, 下载次数 Times of downloads: 65) ，很多原子没有显示出来，也看不出分别是哪部分的结构，请问老师，我应该设置一些什么参数，能让我的这个图能比较清晰明了一些呢，谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-14 23:16

younggood 发表于 2017-10-14 21:44
老师，我重复出了您帖子里的苯的这个图，可是我自己的体系中的分子做出来是这样的：，很多原子没有显示出来 ...

结构复杂的体系直接看等值面图

作者
Author: younggood 时间: 2017-10-15 09:01
哦哦。谢谢sob老师

作者
Author: Gianni 时间: 2021-4-16 22:20

younggood 发表于 2017-10-14 09:49
好的，老师，我下次注意。
（1）首先我准备了两个文件，结构的fchk文件，和输入文件gjf，这是我的输入文件 ...

你好，我想问一下你开头准备的两个文件中的gjf文件有什么用吗你后面又没有用到它，你全部都用的fch文件。这个gjf输入文件根本不需要准备吧

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