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标题: Amber轨迹转为gromacs轨迹 [打印本页]

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-10-18 14:15
标题: Amber轨迹转为gromacs轨迹
各位大神：
得益于amber在轨迹分析方面强大，我想把amber轨迹转化为gromacs的轨迹，ambertools的cpptraj trajout可以把amber的轨迹转化为gromacs的轨迹，我test了一下，好像是没有问题的。可以正常的结束。大家有没有人试过，最终分析的结果合理么？
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-18 16:46
作为gmx轨迹读入VMD，如果看到轨迹一切正常就没问题

作者
Author: kjxwl3 时间: 2017-10-19 14:54

sobereva 发表于 2017-10-18 16:46
作为gmx轨迹读入VMD，如果看到轨迹一切正常就没问题

我用VMD可以读入，但是用gromacs处理的时候就报错:Float size 1024. Maybe different CPU?

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-19 16:55

kjxwl3 发表于 2017-10-19 14:54
我用VMD可以读入，但是用gromacs处理的时候就报错:Float size 1024. Maybe different CPU?

在VMD里也可以转换成trr轨迹，转一下再用gmx处理下试试

作者
Author: kaiwanxiao 时间: 2019-9-21 18:46
请问使用cpptraj trajout可以将gromacs的xtc轨迹文件直接转化为amber的轨迹文件吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-21 19:01

kaiwanxiao 发表于 2019-9-21 18:46
请问使用cpptraj trajout可以将gromacs的xtc轨迹文件直接转化为amber的轨迹文件吗？谢谢

可

作者
Author: kaiwanxiao 时间: 2019-9-21 20:12
我查阅了一下手册，没找到，sob老师可以指点一下吗？谢谢

作者
Author: puzhongji 时间: 2019-9-21 21:07
可以，使用cpptraj转换轨迹没有问题，如果不嫌占用硬盘，可以输出pdb格式，pdb格式比较通用。使用gmx和amber的分析工具都可以。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-23 08:15

kaiwanxiao 发表于 2019-9-21 20:12
我查阅了一下手册，没找到，sob老师可以指点一下吗？谢谢

amber手册里搜xtc

作者
Author: zkzk 时间: 2020-7-23 08:49

kjxwl3 发表于 2017-10-19 14:54
我用VMD可以读入，但是用gromacs处理的时候就报错:Float size 1024. Maybe different CPU?

请问这个问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，求指教。

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-3-31 16:14
你好！请问amber的.nc轨迹文件可以转化为gromacs的xtc文件吗？应该用什么指令？感谢！

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