计算化学公社

标题: 请问autodock tools如何设置过度带电的金属离子呢？ [打印本页]

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Author: jase20 时间: 2017-10-18 14:22
标题: 请问autodock tools如何设置过度带电的金属离子呢？
我用autodock tools打开蛋白的文件，直接判断我的金属离子和残基成键，Zn离子应该是带两个正电荷的，但是grid->marcomolecular->choose保存成pdbqt后，却说ZN不带电，请问该如何设置呢?
另外autodock vina 和autodock4有区别吗？

作者
Author: jase20 时间: 2017-11-4 04:03
哇...我竟然在热门主题里面看到这篇帖子.....好吧，现在我自己回答一下，autodock vina和autodock都是同一组人员开发的，他们自称vina是新一代的dock软件，在准确度和速度上都比autodock要好。如果是用vina对接的话，其实不用考虑活性中心的金属离子的电荷，因为vina貌似根本不管电荷，在它的打分函数里就没有静电这一项..听说好像是把金属离子当作polar hydrogen来考虑的，我实测在最后也不会对对接结果有很大的影响，所以如果有朋友用autodock vina进行对接就不用考虑这个问题啦。（当然还是要具体问题具体对待）

作者
Author: jase20 时间: 2017-11-4 04:05

jase20 发表于 2017-11-4 04:03
哇...我竟然在热门主题里面看到这篇帖子.....好吧，现在我自己回答一下，autodock vina和autodock都是同一 ...

另外还有一点就是，不要太在意对接软件给出的打分评价，其实这个东西并不太靠谱，有时候评价函数得分高的构象与晶体结构不尽相同，反倒是打分靠后的rmsd比较小。

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2017-12-21 10:00
请问，autodock4是一定要考虑受体中离子的电荷是吗

作者
Author: benyagui 时间: 2017-12-22 08:37
I'm not sure in autodock4, but you should take into account that some releases don't include parameters for Ca/Zn/Fe/ and others, and must be parametrized by hand such that autogrid and autodock can recognize them, otherwise, those ions aren't incorporated and may lead to missleading results

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2017-12-27 15:16
请问，为什么我用vina对接后，显示原子类型方面的错误？这个问题可以忽略吗

作者
Author: Minmin 时间: 2020-4-11 21:10

jase20 发表于 2017-11-4 04:03
哇...我竟然在热门主题里面看到这篇帖子.....好吧，现在我自己回答一下，autodock vina和autodock都是同一 ...

楼主，我用autodock4做docking的时候，输出文件中，出现下述输出，是否意味着我可以忽略这个提示继续对接以及结果分析？
Unable to assign HAD type to atom Mg
Unable to assign valence to atom rec:A: MG901:MG type = Mg
Unable to assign MAP type to atom Mg
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom rec:A: MG901:MG

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