计算化学公社

标题: 如何显示完整的电子密度 [打印本页]

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Author: alonewolfyang 时间: 2017-10-23 11:16
标题: 如何显示完整的电子密度
如图所示，最近用VMD作图，出现下图的情况，由于以坐标轴为边界的盒子截断了分子平面，导致了电子密度只显示一半，很难看，请问各位老师如何处理才能使盒子变大，从而使得做出来的电子密度能完整地显示出来，刚接触VMD，小白一枚，望谅解 (, 下载次数 Times of downloads: 50)

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Author: sobereva 时间: 2017-10-23 14:23
明显是格点数据计算时盒子范围设的不合适，电子密度格点数据用什么程序产生的？如果你用量化程序结合Multiwfn产生，直接用诸如medium/high quality grid设定，盒子肯定会围绕整个分子，不会被截断

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Author: alonewolfyang 时间: 2017-10-23 14:29

sobereva 发表于 2017-10-23 14:23
明显是格点数据计算时盒子范围设的不合适，电子密度格点数据用什么程序产生的？如果你用量化程序结合Multiw ...

老师，cube使用Qchem产生的，我试试您这里说的方法

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Author: sobereva 时间: 2017-10-23 14:31

alonewolfyang 发表于 2017-10-23 14:29
老师，cube使用Qchem产生的，我试试您这里说的方法

直接用Q-Chem产生的.fch作为Multiwfn输入文件，效仿Multiwfn手册4.5节的例子计算格点数据，后处理菜单会看到导出格点数据成为cub文件的选项。

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Author: alonewolfyang 时间: 2017-10-23 16:58

sobereva 发表于 2017-10-23 14:31
直接用Q-Chem产生的.fch作为Multiwfn输入文件，效仿Multiwfn手册4.5节的例子计算格点数据，后处理菜单会 ...

老师，我之前就是用Qchem产生的.fchk文件，只是我用的Locally-Projected SCF Methods的 fragment-ALMOs做的，这种基于局域轨道的方法产生的.fchk文件并没有包含所有片段的波函数信息，迫于无奈我采用了输出.cube文件的方式

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Author: qwoop 时间: 2017-10-23 18:54
你都有cube文件了，写个小脚本把原子坐标和体数据平移到格子中心。或者干脆把数据周期性扩展一下再截图，都可以

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Author: alonewolfyang 时间: 2017-10-23 20:23

qwoop 发表于 2017-10-23 18:54
你都有cube文件了，写个小脚本把原子坐标和体数据平移到格子中心。或者干脆把数据周期性扩展一下再截图，都 ...

整个三聚体就在盒子里面，把盒子填满了，只有这个位于边界处的被截断了，我就是想把盒子扩大

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Author: qwoop 时间: 2017-10-25 10:44

alonewolfyang 发表于 2017-10-23 20:23
整个三聚体就在盒子里面，把盒子填满了，只有这个位于边界处的被截断了，我就是想把盒子扩大

按照周期性把你的晶胞扩展一下就行

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