计算化学公社

标题: 用ORCA计算CCSD(T)/CC-pvqz出错 [打印本页]

作者
Author: adsdfq 时间: 2017-10-23 15:12
标题: 用ORCA计算CCSD(T)/CC-pvqz出错
求助贴，大家好！上次参加sob老量子化学培训班，sob老师推荐用orca计算能量比较快，所有我回来后准备采用orca算能量选取的 CCSD(T)/CC-PVQZ和CCSD(T)/CC-PVTZ方法.对于CCSD(T)/CC-PVTZ, 我所有的计算都能正常结束不报错. 但是用 CCSD(T)/CC-PVQZ方法计算的时候会出现问题，具体如下：

这是我的输入文件
! cc-pvqz CCSD(T) TightSCF
%pal nprocs 16 end
%maxcore 2500

* xyz 0 2
H -2.31345100 0.44361700 0.92904500
H -2.31351500 0.44358900 -0.92893700
C -0.69392900 -0.76268300 0.00001700
H -0.59099000 -1.38949300 -0.88579600
H -0.59094600 -1.38949400 0.88582400
N 0.60459400 0.06523500 -0.00001400
O 1.63100600 -0.57160700 -0.00001600
O 0.51664800 1.26879000 -0.00003500
C -1.90681800 0.07229500 0.00004600
*
用这样的输入文件，采用CCSD(T)/CC-PVQZ计算小分子的时候也( 例如C2H4,C2H3, NO2)也都能正常结束,但是计算大分子（比如 C2H4NO2, C2H4ONO2, CH2OCH2NO 和 NO2 + C2H4反应的过渡态)就报错. 报错信息如下：
Number of amplitudes to be optimized ... 43430812
Iter E(tot) E(Corr) Delta-E Residual Time <S|S>**1/2
0 --------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 4 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------
ORCA finished by error termination in MDCI
Calling Command: mpirun -np 16 --allow-run-as-root /home/orca/orca_4_0_0_linux_x86-64/orca_mdci_mpi C2H4NO2-TS-CH3CHNO2.mdciinp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 432]:
.... aborting the run

请问要怎么解决这个问题？？？

谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T)-F12 cc-pvdz-F12 cc-pvdz-F12-CABS，精度和CCSD(T)/cc-pVQZ基本一样，耗时能省很多。

作者
Author: adsdfq 时间: 2017-10-23 15:27

sobereva 发表于 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T ...

谢谢老师

作者
Author: 圣人惠 时间: 2017-11-14 08:29

sobereva 发表于 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T ...

老师，那如果涉及到有赝势的，F12还能用吗

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-26 17:28

sobereva 发表于 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T ...

sob老师，之前有建议用DLPNO-CCSD(T)来做，这样的方法和F12是一样的吗？
今天刚安装好ORCA，还有很多没有明白的问题。希望老师答疑解惑。

谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-26 17:35

尚艳磊发表于 2017-12-26 17:28
sob老师，之前有建议用DLPNO-CCSD(T)来做，这样的方法和F12是一样的吗？
今天刚安装好ORCA，还有很多没 ...

DLPNO和F12是两码事
前者是利用定域轨道加速较大体系耦合簇计算的方法，原子数目越多效果越明显；后者是显式相关计算，使得用比较小的F12基组就可以达到较大基组的效果（比如cc-pVDZ-F12的精度和cc-pVQZ基本持平），从而节约耗时。

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2017-12-26 21:15

sobereva 发表于 2017-12-26 17:35
DLPNO和F12是两码事
前者是利用定域轨道加速较大体系耦合簇计算的方法，原子数目越多效果越明显；后者 ...

sob老师，我试过这个简单的测试，可以运行。
! CCSD(T) cc-pvdz
# Test for NO2

*xyz 0 2
N                0.00000000 0.00000000 0.31500700
O                0.00000000 1.09057300 -0.13781600
O                0.00000000 -1.09057300 -0.13781600
*
但是，试了一下您说的方法
! CCSD(T)-F12 cc-pvdz-F12 cc-pvdz-F12-CABS
# Test for NO2

*xyz 0 2
N                0.00000000 0.00000000 0.31500700
O                0.00000000 1.09057300 -0.13781600
O                0.00000000 -1.09057300 -0.13781600
*
就会出错了
Error (ORCA_MAIN): ... aborting the run
终止的原因是什么啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-26 23:30

尚艳磊发表于 2017-12-26 21:15
sob老师，我试过这个简单的测试，可以运行。
! CCSD(T) cc-pvdz
# Test for NO2

用! CCSD(T)-F12/RI cc-pVDZ-F12 cc-pVDZ-F12-CABS cc-pVTZ/C
不带RI的时候不支持UHF参考态。开RI耗时也能降低不少

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2018-1-2 11:47
本帖最后由尚艳磊于 2018-1-2 13:50 编辑

谢谢sob老师~

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2018-1-4 21:00

sobereva 发表于 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T ...

sob老师，我在集群上试了简单的测试。4，8，16的核都可以算完，44核一个节点出错了。
但是所有的文件输出里面都有下面的情况：
Failed to register memory region (MR):

Hostname: n0105
Address: 60001000
Length: 4194304
Error: Cannot allocate memory
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
Open MPI has detected that there are UD-capable Verbs devices on your
system, but none of them were able to be setup properly. This may
indicate a problem on this system.

You job will continue, but Open MPI will ignore the "ud" oob component
in this run.

Hostname: n0105

请问是怎么回事啊

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-5 03:40

尚艳磊发表于 2018-1-4 21:00
sob老师，我在集群上试了简单的测试。4，8，16的核都可以算完，44核一个节点出错了。
但是所有的文件输 ...

内存不够
maxcore设的是每个并行进程用的内存量，而不是总量。如果设了N核并行，机子里空余物理内存为M，则maxcore必须明显小于M/N才能确保运行

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2018-1-5 15:09

sobereva 发表于 2018-1-5 03:40
内存不够
maxcore设的是每个并行进程用的内存量，而不是总量。如果设了N核并行，机子里空余物理内存为M ...

每个节点是64GB的物理内存，我设置了maxcore=1400，还是出现了如上的提示。sob老师，是不是openmpi没装好啊？
感觉ORCA占用内存太大了，用绝对路径调用算10个原子的CCSD/cc-pVTZ都提示内存不足。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-6 07:10

尚艳磊发表于 2018-1-5 15:09
每个节点是64GB的物理内存，我设置了maxcore=1400，还是出现了如上的提示。sob老师，是不是openmpi没装好 ...

44核才64GB内存太小了
1.4GB*44=61.6GB，本身ORCA实际对内存使用量往往会高于maxcore一些，再加上系统和后台任务本身也占内存，明显超了。不是ORCA太占内存，而是计算设定不合理、本身机子内存也太小

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2018-1-7 18:40

sobereva 发表于 2018-1-6 07:10
44核才64GB内存太小了
1.4GB*44=61.6GB，本身ORCA实际对内存使用量往往会高于maxcore一些，再加上系统和 ...

sob老师，RI加速只支持RHF体系吗？我选择了RHF，但还是出现了问题。我的输入文件如下：
|  1> ! RHF RI-CCSD(T) cc-pVTZ cc-pVTZ/C
|  2> # Test for NO2
|  3>
|  4> *xyz 0 2
|  5>  N                0.00000000 0.00000000 0.31500700
|  6>  O                0.00000000 1.09057300 -0.13781600
|  7>  O                0.00000000 -1.09057300 -0.13781600
|  8> **
而且它提示的也是这样：WARNING: your system is open-shell and RHF/RKS was chosen
  ===> : WILL SWITCH to UHF/UKS

但是结果却说：[file orca_mdci/mdci_uhf_sigma.cpp, line 3388]: Error (ORCA_MDCI): K(C)-RI not implemented in UHF branch
请问老师，这该咋么解决啊？谢谢啦

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-7 18:54

尚艳磊发表于 2018-1-7 18:40
sob老师，RI加速只支持RHF体系吗？我选择了RHF，但还是出现了问题。我的输入文件如下：
| 1> ! RHF RI- ...

CCSD(T)别写RI-，速度不会有提升
只有耦合簇结合F12的时候才有利用RI的意义

作者
Author: 尚艳磊 时间: 2018-1-9 13:55
本帖最后由尚艳磊于 2018-1-9 14:03 编辑

sobereva 发表于 2018-1-7 18:54
CCSD(T)别写RI-，速度不会有提升
只有耦合簇结合F12的时候才有利用RI的意义

好的，老师！
还有个问题，Auxiliary basis set, <basis set>/C 这个关键字是什么意思呢？
比如 cc-pVDZ/C 和 cc-pVTZ/C 有什么区别呢？我看了manual 也没有解释（也可能我看了没找到。。），我也试了一下，算出来的能量差别也不是很大。Auxiliart basis sets for correlation calculations

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-9 14:21

尚艳磊发表于 2018-1-9 13:55
好的，老师！
还有个问题，Auxiliary basis set, /C 这个关键字是什么意思呢？
比如 cc-pVDZ/C 和 cc- ...

cc-pVDZ/C和cc-pVTZ/C分别是适合cc-pVDZ和cc-pVTZ用的电子相关计算时的辅助基组。对辅助基组不了解的话看此文
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-4-30 14:52

sobereva 发表于 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T ...

sob老师，我使用orca ! CCSD(T) cc-pVQZ tightSCF pal4 计算一个大分子单点能出现错误，错误结果如图，后来就试了试小分子CF4，结果还是图片所示；我调小了设置的内存和并行核数还是不行，结果还是那样。输入文件和输出文件放在这里，您帮我看看，我不知道怎么回事。我又试了一个原子F的，结果也是这样。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-30 18:16

长颈鹿先森发表于 2018-4-30 14:52
sob老师，我使用orca ! CCSD(T) cc-pVQZ tightSCF pal4 计算一个大分子单点能出现错误，错误结果如图， ...

尝试linux版

作者
Author: 机智猴 时间: 2021-1-5 17:22

sobereva 发表于 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T ...

老师好，我看文献里（标题：Assessment of basis sets for F12 explicitly correlated molecular electronic-structure methods）评测的cc-pvdz-f12基组的误差明显大于aug-cc-pvtz（我认为aug-cc-pvtz和cc-pvqz的精度差不多）。所以我认为应该是cc-pvtz-f12和cc-pvqz差不多。这里您是笔误了还是说我自己哪部分搞错了？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-5 18:21

机智猴发表于 2021-1-5 17:22
老师好，我看文献里（标题：Assessment of basis sets for F12 explicitly correlated molecular electro ...

这个没问题啊，如果都是CCSD(T)-F12计算，cc-pVDZ-F12的耗时肯定比aug-cc-pVTZ少，误差也大。cc-pVDZ-F12基组的大小类似于aug-cc-pVDZ。
但是如果你比CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12和不用F12的CCSD(T)/aug-cc-pVTZ，那么大概率是前者更好

作者
Author: 机智猴 时间: 2021-1-5 19:05

wzkchem5 发表于 2021-1-5 18:21
这个没问题啊，如果都是CCSD(T)-F12计算，cc-pVDZ-F12的耗时肯定比aug-cc-pVTZ少，误差也大。cc-pVDZ-F12 ...

感谢您的回复。
我刚刚看了一下，可能是我回复错了帖子了还是怎么回事，往上翻没翻到sob老师的那段话。
原贴：http://bbs.keinsci.com/thread-7062-1-1.html。在这个帖子里，sob老师提到“用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T)-F12 cc-pvdz-F12 cc-pvdz-F12-CABS，精度和CCSD(T)/cc-pVQZ基本一样，耗时能省很多。”
因为在平时计算中我认为ccsd(t)结合aug-cc-pvtz或者结合cc-pvqz的耗时是差不多的，相当于一个级别的计算精度。然后看到sob老师这里讲到CCSD(T)-F12 cc-pvdz-F12 cc-pvdz-F12-CABS和CCSD(T)/cc-pvqz精度差不多，结合上述那篇文献里结论“cc-pvdz-f12比aug-cc-pvtz的精度差不少”，才有这个疑惑的。所以我认为，同样的CCSD(T)-F12级别计算，cc-pvdz-F12 cc-pvdz-F12-CABS的精度是比cc-pvqz低不少的。
感谢您的回复和指导。

作者
Author: biogon 时间: 2021-1-5 19:19

机智猴发表于 2021-1-5 19:05
感谢您的回复。
我刚刚看了一下，可能是我回复错了帖子了还是怎么回事，往上翻没翻到sob老师的那段话。
...

那个benchmark我觉得不靠谱，之前看过的几个benchmark里面ccpvdzf12的精度确实是和ccpvqz相仿的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 19:21

机智猴发表于 2021-1-5 19:05
感谢您的回复。
我刚刚看了一下，可能是我回复错了帖子了还是怎么回事，往上翻没翻到sob老师的那段话。
...

取自EXPLICITLY CORRELATED COUPLED-CLUSTER THEORY(from Recent Progress in Coupled Cluster Methods)

(, 下载次数 Times of downloads: 54)
(, 下载次数 Times of downloads: 59)

作者
Author: 机智猴 时间: 2021-1-5 20:49

biogon 发表于 2021-1-5 19:19
那个benchmark我觉得不靠谱，之前看过的几个benchmark里面ccpvdzf12的精度确实是和ccpvqz相仿的

好的，谢谢您的回复

作者
Author: 机智猴 时间: 2021-1-5 20:50

sobereva 发表于 2021-1-5 19:21
取自EXPLICITLY CORRELATED COUPLED-CLUSTER THEORY(from Recent Progress in Coupled Cluster Methods)
...

好的，这么说来确实是有依据的，感谢sob老师的指点

作者
Author: XZDZ 时间: 2021-6-17 13:22

sobereva 发表于 2017-10-23 15:25
maxcore设小点再试，或者适当降低并行核数。
注意此级别计算超级昂贵。
用到QZ级别时建议用F12。写CCSD(T ...

老师，请问ORCA用CCSD(T)-F12时，cc-pVTZ基组不能加弥散吗？不能用aug-cc-pVTZ吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-17 15:11

XZDZ 发表于 2021-6-17 06:22
老师，请问ORCA用CCSD(T)-F12时，cc-pVTZ基组不能加弥散吗？不能用aug-cc-pVTZ吗

CCSD(T)-F12计算应该用专门的F12基组，比如cc-pVTZ-F12。cc-pVTZ-F12和aug-cc-pVTZ差不多大，相当于已经自带弥散了（虽然名字里没有aug），所以不用额外加弥散

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)