计算化学公社

标题: 如何优化一个柔性很大的聚合物？ [打印本页]

作者
Author: Aristotler 时间: 2017-10-23 22:00
标题: 如何优化一个柔性很大的聚合物？
如题，学生尝试优化一个柔性很大的聚合物分子，如下图。首先尝试模拟退火法，但是每次模拟出来的结果都不一致，再采用高斯优化得不到一致的结构。也曾尝试高斯分子力场的方法，但感觉和gview clean 一个效果...组里建议用CONFLEX构象搜索，是否可行？对于柔性很大的分子，如何得到最稳定构型？谢谢
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-23 23:51
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388

高斯的分子力场显然和clean不是一个效果。clean比UFF都粗糙得多。
molclus的gentor+Gaussian的UFF做初筛，然后PM7做二筛，最后DFT做三筛。看molclus帖子里过程表达的思想

每次退火结果不同是非常正常的，你跑100轮退火，再用每一轮的温度最低的构型用量化优化，选出来能量最低的一批再用更高级别进一步优化/算能量，最终取能量最低的。

作者
Author: Aristotler 时间: 2017-10-25 08:44

sobereva 发表于 2017-10-23 23:51
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577 ...

谢谢老师

作者
Author: ikea1984 时间: 2017-10-26 21:01
可以试试Grimme的XTB程序，速度快且自带模拟退火。。。

作者
Author: Aristotler 时间: 2017-10-26 21:25

ikea1984 发表于 2017-10-26 21:01
可以试试Grimme的XTB程序，速度快且自带模拟退火。。。

可否具体说明，我没有找到这个软件？辛苦辛苦

作者
Author: ikea1984 时间: 2017-10-26 22:23

Aristotler 发表于 2017-10-26 21:25
可否具体说明，我没有找到这个软件？辛苦辛苦

申请：https://www.chemie.uni-bonn.de/p ... er/software/xtb/xtb
介绍：http://bbs.keinsci.com/thread-6662-1-1.html

感觉吊打PM6

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-26 22:34

ikea1984 发表于 2017-10-26 22:23
申请：https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb
介绍：http://bbs.keins ...

xTB和PM6互有胜负，还没有能达到完胜PM6的地步
PM6支持比较广泛，而且在MOPAC里执行速度应当是肯定超过xTB的，尤其是大体系开了MOZYME时（虽然我没测试过xTB）

作者
Author: ikea1984 时间: 2017-10-26 22:47

sobereva 发表于 2017-10-26 22:34
xTB和PM6互有胜负，还没有能达到完胜PM6的地步
PM6支持比较广泛，而且在MOPAC里执行速度应当是肯定超过x ...

不开MOZYME感觉PM6并不快，当然XTB也不算快，XTB能跑OpenMP并行而且貌似性能还行
PM6对于有机体系可能还凑合，但是稍微复杂一点的体系经常狗带，而XTB感觉通吃性能强一些，经常优化得挺像那么回事，所以一般用来做DFT计算前的预优化

作者
Author: Aristotler 时间: 2017-10-27 09:42

ikea1984 发表于 2017-10-26 22:23
申请：https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb
介绍：http://bbs.keins ...

太赞了，蟹蟹

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-10-27 11:11

sobereva 发表于 2017-10-26 22:34
xTB和PM6互有胜负，还没有能达到完胜PM6的地步
PM6支持比较广泛，而且在MOPAC里执行速度应当是肯定超过x ...

sob老师，100多个原子组成的大体系做弱相互作用分析时，用orca优化很难优化，用TightOPT优化一直震荡不能收敛，除了用类似calcfc的方法，其他方法都试了，因为我这是在smd隐性溶剂中做的，貌似没有二阶解析导数，是不是计算很慢？只能用looseopt能很快收敛，是不是还是要做振动分析看有没有虚频，但是振动分析也是做二阶解析导数。这种情况一般怎么处理呢？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-27 13:05

苏玖染发表于 2017-10-27 11:11
sob老师，100多个原子组成的大体系做弱相互作用分析时，用orca优化很难优化，用TightOPT优化一直震荡不能 ...

能用高斯还是用高斯，优化算法比几乎其它程序都更稳健，而且导数支持好
tightopt比默认肯定会更难收敛。没有特殊必要不要用
没有二阶解析导数则计算Hessian会超级慢

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