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标题: 求个好用的gromacs的pbs [打印本页]

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-10-24 11:09
标题: 求个好用的gromacs的pbs
我根据官网的方法安装了gromacs，现在可以正常使用了。但是只能用8个核，于是想编个pbs脚本用16核的机器算。
软件的安装目录是：/opt/gromacs-3.3.3 #其实应该是5.1.4，手滑写错了

多谢各位帮忙

作者
Author: zsu007 时间: 2017-10-24 11:23
#PBS -N gromacs
#PBS -q Acb65
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=1000:00:00

source /public/software/ompi144-gnu/ompi144-gnu-env.sh
cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
/public/software/gromacs/gromacs455-gcc-openmpi/bin/grompp -maxwarn 20

mpirun  -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /public/software/gromacs/gromacs455-gcc-openmpi/bin/mdrun >&gromacs.log
----------------------------------------------------------
虚线以上是我单位超算中心gromacs使用的pbs脚本，楼主可以借鉴一下！

作者
Author: zsu007 时间: 2017-10-24 11:25
ompi144-gnu-env.sh 内容：
  export MPIDIR=/public/software/ompi144-gnu
  export PATH=$MPIDIR/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  export INCLUDE=$MPIDIR/include:$INCLUDE
  export MANPATH=$MPIDIR/share/man:$MANPATH
#  export OMPI_MCA_plm_rsh_agent=ssh
#  export OMPI_MCA_btl="self,sm,openib"

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-10-24 11:30

zsu007 发表于 2017-10-24 11:25
ompi144-gnu-env.sh 内容：
export MPIDIR=/public/software/ompi144-gnu
export PATH=$MPIDIR/bin:$ ...

多谢指教，我想知道
/public/software/gromacs/gromacs455-gcc-openmpi是不是应该改成我的gromacs安装目录?
/public/software/ompi144-gnu是不是应该改成我的mpi安装目录?

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-10-24 16:06

zsu007 发表于 2017-10-24 11:23
#PBS -N gromacs
#PBS -q Acb65
#PBS -l nodes=2:ppn=8

返回的结果显示
/home/MyID/.bashrc: line 14: /opt/gromacs-3.3.3/bin/GMXRC.bash: No such file or directory
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/20587.cluster.hpc.org.SC: line 12: /opt/openmpi/ompi144-gnu-env.sh: No such file or directory
但是实际上这两个文件都是真实存在的

作者
Author: zsu007 时间: 2017-10-24 18:01
找你用机器的管理员才好！
楼主需要学习openPBS以及openMPI和linux bash等相关知识才好开展工作。

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2017-10-24 18:06

zsu007 发表于 2017-10-24 18:01
找你用机器的管理员才好！
楼主需要学习openPBS以及openMPI和linux bash等相关知识才好开展工作。

好吧，谢谢。

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