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标题: Dmol3优化晶胞结构 [打印本页]

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Author: freeEnergy 时间: 2017-10-25 22:40
标题: Dmol3优化晶胞结构
采用Dmol3对晶胞进行优化，发现坐标更新问题是：优化流程不是在满足能量和力的收敛之后就自动停止计算了么，但是输出文件中显示在三个yes满足后仍然更新了一次坐标，这是为什么呢？优化方法是：准牛顿法BFGS计算Hessian矩阵，下面贴出输出文件：

                           Input Coordinates (Angstroms)
      ----------------------------------------------------------------------
            ATOM             X                Y                Z
         1 C          -4.918422          8.522557          0.000000
         2 C          1.233008          0.673441          0.000000
         3 C          -2.439825          8.487515          0.000000
         4 C          3.678439          0.711545          0.000000
         5 C          4.933138          0.001139          0.000000
         6 C          6.131378          0.746922          0.000000
         7 C          7.378530          0.039357          0.000000
         8 C          8.609962          0.711941          0.000000
         9 C          8.576713          2.114678          0.000000
         10 C          -0.039902          2.793742          0.000000
         11 C          1.209402          2.072455          0.000000
         12 N          2.370544          2.796165          0.000000
         13 C          3.600270          2.153601          0.000000
         14 C          4.828301          2.895263          0.000000
         15 C          6.085641          2.169318          0.000000
         16 C          7.340316          2.840948          0.000000
         17 C          7.386997          4.251535          0.000000
         18 C          -1.165062          4.904866          0.000000
         19 N          0.006278          4.161175          0.000000
         20 N          3.685080          5.073315          0.000000
         21 C          4.856516          4.329562          0.000000
         22 C          6.144417          4.982933          0.000000
         23 C          -3.648835          6.393531          0.000000
         24 C          -2.394136          7.065119          0.000000
         25 C          -1.136780          6.339204          0.000000
         26 C          0.091253          7.080788          0.000000
         27 N          1.321080          6.438171          0.000000
         28 C          2.482129          7.162045          0.000000
         29 C          3.731449          6.440750          0.000000
         30 C          4.954819          7.119814          0.000000
         31 Co          1.845932          4.617530          0.000000
      ----------------------------------------------------------------------

Hessian Updated using BFGS Update

New Cartesian Coordinates Obtained by Inverse Iteration
Norm of Displacement of Delocalized Coordinates: 0.001644
Norm of Displacement of Cartesian Coordinates:    0.001216

   Cycle Total Energy Energy change Max Gradient Max Displacement
opt== 7    -1376.0325120    -0.0000053       0.000300    0.000523

                  Step 7                                     <-- DELOC
                                                                  <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
| Parameter |    value    | tolerance | units | OK? | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
|  delta E  | -0.530343E-05 | 0.100000E-04 |    Ha | Yes | <-- DELOC
|  |F|max | 0.299789E-03 | 0.105835E-02 |    au | Yes | <-- DELOC
|  |dR|max  | 0.522838E-03 | 0.944863E-02 |    au | Yes | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC

  Geometry optimization completed successfully in 7 steps.

                           Final Coordinates (Angstroms)
      ----------------------------------------------------------------------
            ATOM             X                Y                Z
         1 C          0.001556          0.000865          0.000000
         2 C          1.232999          0.673403          0.000000
         3 C          2.480171          -0.034182          0.000000
         4 C          3.678423          0.711601          0.000000
         5 C          4.933111          0.001172          0.000000
         6 C          6.131365          0.746949          0.000000
         7 C          7.378535          0.039378          0.000000
         8 C          8.609971          0.711921          0.000000
         9 C          -1.263316          2.114651          0.000000
         10 C          -0.039985          2.793615          0.000000
         11 C          1.209334          2.072320          0.000000
         12 N          2.370487          2.796010          0.000000
         13 C          3.600312          2.153593          0.000000
         14 C          4.828332          2.895247          0.000000
         15 C          6.085573          2.169373          0.000000
         16 C          7.340312          2.840941          0.000000
         17 C          -2.452947          4.251549          0.000000
         18 C          -1.165090          4.904899          0.000000
         19 N          0.006172          4.161048          0.000000
         20 N          3.685344          5.073411          0.000000
         21 C          4.856619          4.329561          0.000000
         22 C          6.144460          4.982926          0.000000
         23 C          -3.648806          6.393534          0.000000
         24 C          -2.394054          7.065088          0.000000
         25 C          -1.136809          6.339223          0.000000
         26 C          0.091201          7.080877          0.000000
         27 N          1.321031          6.438448          0.000000
         28 C          2.482174          7.162152          0.000000
         29 C          3.731518          6.440842          0.000000
         30 C          4.954835          7.119829          0.000000
         31 Co          1.845801          4.617303          0.000000
      ----------------------------------------------------------------------

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-26 11:39
我倒不怎么用dmol3，不过达到判断标准后又更新一次坐标倒也合理。毕竟当前这一步的受力，以及估计出来的位移都算出来了，多走一步所需要的信息都有了，何不多走一步让坐标更精确点？

作者
Author: 菩城 时间: 2017-10-27 17:07
三个YES之后更新坐标应该是最后要打印出来坐标，既然 successfully了，应该没什么问题

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