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标题: Dmol3计算频率计算到一定步骤就进行不下去 [打印本页]

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Author: gxp-SJTU 时间: 2017-10-30 13:05
标题: Dmol3计算频率计算到一定步骤就进行不下去
各位老师、同行、朋友，大家好！
我最近在用Dmol3计算吸附构型的frequency，之前的吸附构型的频率计算都很顺利（最多30个小时就算完了），后面计算别的构型就一直出现计算画面保持不变。
具体是这样的：一个金属原子吸附到载体（50个非金属原子）表面，结构优化完之后进行能量计算，性质勾选frequency。进过一段时间的计算之后，是图中的画面。然后在这个画面一直计算保持两三天状态不变，计算还是在进行着。也不知道什么原因？希望各位老师、同行朋友们多多指点，谢谢大家！

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Author: 1234bubble 时间: 2017-10-30 13:17
可以Remote View，看看程序输出的outmol里面又没写什么有用的信息

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Author: zorow 时间: 2017-10-30 14:12
我貌似遇到过类似问题，频率计算好几天都没动静，试了多次也没算出来只得作罢。但一个月后重新计算这个体系(表面吸附的分子由HCl改成了HgO)就能算出了，耗时也没之前那么长

作者
Author: gxp-SJTU 时间: 2017-10-30 16:25

zorow 发表于 2017-10-30 14:12
我貌似遇到过类似问题，频率计算好几天都没动静，试了多次也没算出来只得作罢。但一个月后重新计算这个体系 ...

谢谢你的回复！
这只是更换了吸附分子的原因么？HCl更换成HgO岂不是更复杂了。

作者
Author: zorow 时间: 2017-10-30 16:47

gxp-SJTU 发表于 2017-10-30 16:25
谢谢你的回复！
这只是更换了吸附分子的原因么？HCl更换成HgO岂不是更复杂了。

是的，所以我也认为不应是Cl原子导致频率算不下去，但是究竟为什么会这样我现在也不是很清楚

作者
Author: gxp-SJTU 时间: 2017-10-30 17:04

1234bubble 发表于 2017-10-30 13:17
可以Remote View，看看程序输出的outmol里面又没写什么有用的信息

我停止了计算，从结果文件里面也没有看到特殊的信息。不知道是不是没有算完。

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Author: 卡开发发 时间: 2017-10-30 18:07
本帖最后由卡开发发于 2017-10-30 18:09 编辑

gxp-SJTU 发表于 2017-10-30 17:04
我停止了计算，从结果文件里面也没有看到特殊的信息。不知道是不是没有算完。

这是因为用了coarse grained原因，这样不同的image被分配到不同的核心，而不是全部的核心通通计算一个image，实际现在的计算应该还没结束。coarse grained方法对大体系效果按手册的说法不错，小体系不一定效率高，如果计算速度还很慢你可以把频率计算中的coarse grained关了。coarse grained的问题你也可以检查你的input文件的freq是on还是old。

你的每一步SCF都要算到100多步这样确实很慢，可以酌情下调density mixing。50多原子如果每一步要SCF做100步，跑1周也很正常。另外，原子的吸附小心磁矩问题。

作者
Author: gxp-SJTU 时间: 2017-10-30 21:33

卡开发发发表于 2017-10-30 18:07
这是因为用了coarse grained原因，这样不同的image被分配到不同的核心，而不是全部的核心通通计算一个ima ...

谢谢你详细的回复!
现在input里面的frequency analysis是on。我准备把这个coarse grained关了再试试。

作者
Author: 努力学计算 时间: 2024-7-24 09:05

gxp-SJTU 发表于 2017-10-30 17:04
我停止了计算，从结果文件里面也没有看到特殊的信息。不知道是不是没有算完。

请问您最后解决了嘛，我这几天跑的频率计算任务，outmol文件里显示finished successfully，我从服务器下载计算结果后进行频率分析，但强度均为0

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