计算化学公社

标题: MESS计算速率常数出错 [打印本页]

作者
Author: 413 时间: 2017-10-31 09:03
标题: MESS计算速率常数出错
各位好，有用MESS计算速率常数的吗？有碰到过这个错误的吗？

Lapack::Cholesky::invert: dimensions are different: matrix size = 744 rigt-hand size = 0
terminate called after throwing an instance of 'Error::Range'
Aborted (core dumped)

log文件最后几行内容为:
MasterEquation::low_eigenvalue_method:  starts
   Pressure = 0.01 atm Temperature = 800 K
   collision frequency = 4.57097e+07 1/sec
   MasterEquation::low_eigenvalue_matrix:  starts
      setting up kinetic matrices ... done, cpu time[sec] = 80.31, elapsed time[sec] = 19
      inverting kinetic matrices ...

作者
Author: 登登 时间: 2019-9-16 10:09
请问您现在会使用这个软件了吗？我在网站上下载下来软件包，没找到怎么安装

作者
Author: 413 时间: 2019-10-10 16:20

登登发表于 2019-9-16 10:09
请问您现在会使用这个软件了吗？我在网站上下载下来软件包，没找到怎么安装

你看下readme

作者
Author: hewei8912 时间: 2019-10-25 22:05
你的问题解决了吗，是不是Mess不能算一个异构化的速率常数呀。

作者
Author: 413 时间: 2019-10-26 23:50

hewei8912 发表于 2019-10-25 22:05
你的问题解决了吗，是不是Mess不能算一个异构化的速率常数呀。

我已不用MESS多年。MESS应该算现行最强大的计算速率常数的工具了（至少本人在所涉及的燃烧领域，如果讲的不对请多指正）。MESS可以轻松hold包括异构化反应等类型的反应。既可以获得基元反应的，又可以获得总包反应的速率常数。其他稍简单的还有MESMER等等。你都可以试试。但还是强烈推荐使用MESS。

作者
Author: hewei8912 时间: 2019-11-4 17:15

413 发表于 2019-10-26 23:50
我已不用MESS多年。MESS应该算现行最强大的计算速率常数的工具了（至少本人在所涉及的燃烧领域，如果讲的 ...

谢谢，我做燃烧的，刚接触这个软件，经常报错。

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-6-10 15:22

hewei8912 发表于 2019-11-4 17:15
谢谢，我做燃烧的，刚接触这个软件，经常报错。

您好，我最近载入门让Mess软件，请问能否请教您一些问题吗，谢谢！

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-6-10 16:40

登登发表于 2019-9-16 10:09
请问您现在会使用这个软件了吗？我在网站上下载下来软件包，没找到怎么安装

您好，请问您解决了Mess的安装问题了吗，我也遇到了相同的问题，感谢您的拨冗回复！

作者
Author: doremi 时间: 2020-6-21 09:38

jing-quan63 发表于 2020-6-10 16:40
您好，请问您解决了Mess的安装问题了吗，我也遇到了相同的问题，感谢您的拨冗回复！

搜索这个网站，上面有详细的安装。https://github.com/PACChem/MESS

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-7-8 22:44

doremi 发表于 2020-6-21 09:38
搜索这个网站，上面有详细的安装。https://github.com/PACChem/MESS

谢谢，但是这个网站的教程没法在服务器上正常安装，请问您知道这是为什么吗

作者
Author: doremi 时间: 2020-7-22 10:51

jing-quan63 发表于 2020-7-8 22:44
谢谢，但是这个网站的教程没法在服务器上正常安装，请问您知道这是为什么吗

你出错的那一步可能是“安装过程中，有一些其它安装包的在线下载”，如果网速过慢，一直下载不下来，确实是会存在你说的安装失败的问题。还有，在安装mess之前，需要先把conda安装好。希望能对你有所帮助。

作者
Author: jing-quan63 时间: 2020-8-17 14:47

doremi 发表于 2020-6-21 09:38
搜索这个网站，上面有详细的安装。https://github.com/PACChem/MESS

您好，能否请教一下，Mess输出文件哪些才是最终的速率常数

作者
Author: MUYI 时间: 2021-8-11 09:52
请问mess的安装包在哪里可以获得啊

作者
Author: 发光 时间: 2021-8-15 16:02

MUYI 发表于 2021-8-11 09:52
请问mess的安装包在哪里可以获得啊

http://tcg.cse.anl.gov/papr. (2015)
我目前在研究如何安装，同学，如果知道了如何安装运行MESS，还望不吝指教！

作者
Author: MUYI 时间: 2021-8-30 08:48

发光发表于 2021-8-15 16:02
http://tcg.cse.anl.gov/papr. (2015)
我目前在研究如何安装，同学，如果知道了如何安装运行MESS，还望 ...

好嘞，谢谢！

作者
Author: MUYI 时间: 2021-9-13 14:55

发光发表于 2021-8-15 16:02
http://tcg.cse.anl.gov/papr. (2015)
我目前在研究如何安装，同学，如果知道了如何安装运行MESS，还望 ...

你好，请问你成功安装上了吗

作者
Author: MUYI 时间: 2021-9-14 16:32

MUYI 发表于 2021-8-30 08:48
好嘞，谢谢！

请问每一种类型的反应是不是都会有一个输入文件啊，然后在此基础上修改。如果不是，那输入文件是怎样产生的呢

作者
Author: lm1997 时间: 2022-7-20 21:56
您好，请问下mess算异构化的过程和算双分子的过程有什么区别呢？（虽然您很久不使用mess但也可能对我的疑惑有所帮助），我在mess手册上没有查到异构化的，他给的例子没有。（详细可看我最新的帖子）

作者
Author: 413 时间: 2022-7-22 09:28

lm1997 发表于 2022-7-20 21:56
您好，请问下mess算异构化的过程和算双分子的过程有什么区别呢？（虽然您很久不使用mess但也可能对我的疑惑 ...

印象不是很深了
好像没啥本质区别
都是提供坐标信息，频率信息，能垒信息，还有碰撞参数啥的
要说区别，可能异构化过程会有势垒，双分子反应不一定有势垒

作者
Author: lm1997 时间: 2022-7-22 20:53

413 发表于 2022-7-22 09:28
印象不是很深了
好像没啥本质区别
都是提供坐标信息，频率信息，能垒信息，还有碰撞参数啥的

谢谢老师，我已经解决问题了，是我没仔细按例子，再次感谢您

作者
Author: 竹寺 时间: 2023-3-14 15:47

jing-quan63 发表于 2020-8-17 14:47
您好，能否请教一下，Mess输出文件哪些才是最终的速率常数

输出为两个文件 Log为计算过程 out为反应速率，计算结果同时会输出化学活化反应的速率结果

作者
Author: 竹寺 时间: 2023-3-14 15:49

MUYI 发表于 2021-9-14 16:32
请问每一种类型的反应是不是都会有一个输入文件啊，然后在此基础上修改。如果不是，那输入文件是怎样产生 ...

大致差不多，选择不同的关键词会有一定的不同

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