计算化学公社

标题: 如何研究蛋白质残基的亲水疏水性质 [打印本页]

作者
Author:
alystone    时间: 2017-11-1 14:26
标题: 如何研究蛋白质残基的亲水疏水性质
请问,如题,拿到一段MD轨迹之后,用什么方法可以迅速研究蛋白质残基的亲水疏水性质。谢谢

作者
Author:
ruanyang    时间: 2017-11-1 19:30
计算SASA(溶剂可及表面积)
作者
Author:
alystone    时间: 2017-11-2 18:26
ruanyang 发表于 2017-11-1 19:30
计算SASA(溶剂可及表面积)

谢谢!
作者
Author:
sobereva    时间: 2017-11-3 17:41
(, 下载次数 Times of downloads: 62)
作者
Author:
苏玖染    时间: 2018-4-19 08:49
sobereva 发表于 2017-11-3 17:41

请问下sob老师,非蛋白能做亲水区域或者疏水区域的SASA么?
作者
Author:
tomwong4253    时间: 2018-4-19 17:34
苏玖染 发表于 2018-4-19 08:49
请问下sob老师,非蛋白能做亲水区域或者疏水区域的SASA么?

我印象中这个命令不看溶质是不是蛋白质,而是只看charge的相对值,所以应该可以的。
作者
Author:
苏玖染    时间: 2018-4-19 19:00
tomwong4253 发表于 2018-4-19 17:34
我印象中这个命令不看溶质是不是蛋白质,而是只看charge的相对值,所以应该可以的。

好的谢谢!




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