计算化学公社

标题: 这种光影效果，需要什么装备 [打印本页]

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-2 11:36
标题: 这种光影效果，需要什么装备
如图：

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-11-2 13:22
我怎么感觉PyMOL刚打开的界面和这个效果有点像？

(, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: qwoop 时间: 2017-11-2 13:48
渲染静态图片而已，靠CPU就行，只要你愿意等，内存不是太小，五年前的集显机器足够了

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-2 17:05

ChrisZheng 发表于 2017-11-2 13:22
我怎么感觉PyMOL刚打开的界面和这个效果有点像？

还真有点像哎，没用过这个PM，真能搞出那种效果吗？

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-2 17:06

qwoop 发表于 2017-11-2 13:48
渲染静态图片而已，靠CPU就行，只要你愿意等，内存不是太小，五年前的集显机器足够了

谢谢了！这样动静就闹大了，你能省点吗？

作者
Author: 万里云 时间: 2017-11-3 10:16
用blender一下午搞定，我帮同学做过。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-3 17:23
VMD里把display settings里的Shadows和Amb. Occl.都设成On，用内置的tachyon渲染器渲染，不到十秒钟就能出来类似效果，非常简单。

(, 下载次数 Times of downloads: 55)

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-4 20:49

万里云发表于 2017-11-3 10:16
用blender一下午搞定，我帮同学做过。

谢谢关注！

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-4 21:52
win10 64上竟然装不上

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-7 11:46
本帖最后由 hakuna 于 2017-11-7 11:48 编辑

sobereva 发表于 2017-11-3 17:23
VMD里把display settings里的Shadows和Amb. Occl.都设成On，用内置的tachyon渲染器渲染，不到十秒钟就能出 ...

再次感谢社长解惑，现在可以有投影效果了，但还是有个问题没解决，如果是描述表面吸附的话，吸附物原子与表面原子间如果成键的话，怎么定义让它显示出来(如图中蓝色小球与下面的两个大的黄色球)？
我做图时是这么干的：表面原子定义成VDW，表面上的原子定义成CPK（各类原子分别定义，能一起定义吗？），然后再定义一个“bonded”，但此时只有吸附物原子有键连，吸附物原子与表面则没有，如果要把这个也显示出来，该怎么玩儿？谢谢！

作者
Author: abdoman 时间: 2017-11-7 12:54
pymol 应该可以。

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-7 16:41

abdoman 发表于 2017-11-7 12:54
pymol 应该可以。

感谢关注！上面有位社员提到过pymol，所以查了一下有关pymol的信息，一来安装稍繁，二来不支持vasp的结构格式，所以就没再深入，而VMD可以直接读取vasp结构文件，所以就鼓捣了一下，现在知道怎么去作图并渲染了，就是有点如上面描述的小问题，需要完美一下

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-9 15:34

hakuna 发表于 2017-11-7 11:46
再次感谢社长解惑，现在可以有投影效果了，但还是有个问题没解决，如果是描述表面吸附的话，吸附物原子与 ...

比如吸附物原子与金属原子成键的两个原子序号分别是2和8，你就定义一个新的rep，内容是index 2 8，然后设bond显示方式。在VMD里可以用主界面里的mouse - add/remove bonds，然后点击两个原子让它们成键。

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-23 18:57
本帖最后由 hakuna 于 2017-11-23 18:59 编辑

sobereva 发表于 2017-11-9 15:34
比如吸附物原子与金属原子成键的两个原子序号分别是2和8，你就定义一个新的rep，内容是index 2 8，然后设 ...

非常感谢指导！
鼓捣了好长时间，也把VMD换成了最新版本，没搞定

定义了rep，内容是两原子编号：index 5 11
键类型试了好几种，可就是不出来

mouse---add/remove bonds后，还是不出来，倒是表面原子间会有链接（也不是都会连起来），吸附物原子与表面间就是不行。搜了个VMD教程，也没见到讲这问题的

难道还有什么技巧？如果原子显示方式不同就不能连键吗？操作过程抓了个视频附件了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-25 17:30

hakuna 发表于 2017-11-23 18:57
非常感谢指导！
鼓捣了好长时间，也把VMD换成了最新版本，没搞定
定义了rep，内容是两原子编号：ind ...

选mouse---add/remove bonds之后，用鼠标精确点击两个原子的中心位置，它们之间肯定会成键的（line、bonds、CPK等方式都可以显示键）

作者
Author: hakuna 时间: 2017-11-29 17:00
本帖最后由 hakuna 于 2017-11-29 17:04 编辑

sobereva 发表于 2017-11-25 17:30
选mouse---add/remove bonds之后，用鼠标精确点击两个原子的中心位置，它们之间肯定会成键的（line、bond ...

非常感谢！
是我考虑不周，原来index之后，还要再bonded，然后mouse它，两条小腿就出来了
嘿嘿，不觉中又进步了一点点，再次感谢！

作者
Author: muxiachuixue 时间: 2018-1-24 13:57
厉害了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)