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标题: 初用Gamess求助 [打印本页]

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Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-2 17:39
标题: 初用Gamess求助
最近用Gamess做计算常碰到SCF难收敛，看网上有人用调高$SCF模块里的ETHRSH值的方法来解决SCF收敛。（比如$SCF ETHRSH=2.0 $end）
我想问下ETHRSH项调高对计算结果的影响大吗，可靠吗？
而且我试了一下，同一个结构在不同的ETHRSH值下给出的结果（SCF能量）相差很大，说明体系是要在统一的ETHRSH值下才能给出正确的结果。
所以我想知道是不是只要在统一的ETHRSH值下计算出来的结果都是可用的？？
求常用Gamess的大牛帮小弟解答一下困惑。

作者
Author: beefly 时间: 2017-11-2 17:56
你被人忽悠了，这相当于gaussian用了著名的IOp(5/13=1)

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-2 19:33

beefly 发表于 2017-11-2 17:56
你被人忽悠了，这相当于gaussian用了著名的IOp(5/13=1)

首先谢谢您对我问题的解答，那就是说gamess计算也是不允许出现ETHRSH关键词的喽？
另外下面是我在网上查到的一段话，首先我想知道这样操作的结果是否可行？还有下面句子中punch out $vec和readin the $vec mentioned是如何进行的，能帮我解释下吗，或者给我个例子也行，手册没看懂。谢谢喽！
RHF should converge easily, ROHF often has problem, but you can still solve it by:
1. find out from which step the energy getting worse, for example from the 10th iteration
2. run another calculation for only 10 steps, use keyword MAXIT=10 in $contrl, punch out $vec
3. restart the calculation, readin the $vec mentioned, switch DIIS=.T. SOSCF=.F. to DIIS=.F. SOSCF=.T，

作者
Author: beefly 时间: 2017-11-2 21:03

chenzhiyong 发表于 2017-11-2 19:33
首先谢谢您对我问题的解答，那就是说gamess计算也是不允许出现ETHRSH关键词的喽？
另外下面是我在网上查 ...

gamess解决不收敛的技巧比较少，甚至其他程序能很容易收敛的情况下，gamess也不收敛。

建议先用gaussian算，然后用multiwfn把fchk转成gamess能读入的初始轨道。

需要注意的是，gamess存在bug：对于存在对称性的分子，gamess可能会把分子输入坐标转动到标准方位（gamess与gaussian的标准方位往往不一致），但初始轨道不做转动，这种情况下采用gaussian的初始轨道无助于收敛，必须去掉对称性，或者禁止分子转动

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-3 08:42

beefly 发表于 2017-11-2 21:03
gamess解决不收敛的技巧比较少，甚至其他程序能很容易收敛的情况下，gamess也不收敛。

建议先用gaussi ...

好的，谢谢大神，我先试试

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-3 17:29

beefly 发表于 2017-11-2 21:03
gamess解决不收敛的技巧比较少，甚至其他程序能很容易收敛的情况下，gamess也不收敛。

建议先用gaussi ...

您好，我的分子轨道总数是645个，multiwfn给出的$vec是从1开始，逢100就又从0开始，不知道这对读取Gaussian的轨道初猜有没有影响啊，我现在碰到的错误是
INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY MOREAD ROUTINE.
*** ERROR IN READMO: PROBLEM READING ORBITALS!
POSSIBLY A DAMAGED OR MANGLED ORBITAL INPUT GROUP?
ERROR OCCURED AT ORBITAL=    1 (MODULUS 100= 1),
      ITS LINE NUMBER= 130
DATA READ FROM INPUT WAS ORBITAL=    2 LINE=    1
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Sat Nov  4 00:48:45 2017

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-11-3 19:31
这时候高斯计算时最好使用nosymm关键词，Cartesian型基函数（高斯关键词写6D 10F），给GAMESS读入时才不会报错。GAMESS是每过100就重新从0开始计数，这个没问题。

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-3 20:21

zjxitcc 发表于 2017-11-3 19:31
这时候高斯计算时最好使用nosymm关键词，Cartesian型基函数（高斯关键词写6D 10F），给GAMESS读入时才不会 ...

谢谢您的回复！！！！！
Cartesian型基函数是指$contrl模块里ispher设为-1吗？
高斯关键词写6D 10F是什么意思？能够给个样本吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-11-3 20:29

chenzhiyong 发表于 2017-11-3 20:21
谢谢您的回复！！！！！
Cartesian型基函数是指$contrl模块里ispher设为-1吗？
高斯关键词写6D 10F是什 ...

6D 10F就是在高斯关键词那一行写6D 10F，它就是这样

，这是高斯最短的两个关键词，感觉奇怪是正常的···
GAMESS里不用管ispher，除非你用的是GAMESS自带的cc-pVnZ型基组。高斯关键词punch=gamess，算完就会输出一个fort.7文件，里面就是GAMESS的格式了，基组都写好了。

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-4 09:39
本帖最后由 chenzhiyong 于 2017-11-4 09:47 编辑

zjxitcc 发表于 2017-11-3 20:29
6D 10F就是在高斯关键词那一行写6D 10F，它就是这样，这是高斯最短的两个关键词，感觉奇怪是正常的· ...

不好意思，我就是要用cc-pVnZ型基组，而且是必须的,这种情况用Cartesian基函数不会出问题吧，你看我关键词这么写没有问题吧？#T GFINPUT IOP(6/7=3) ROHF Gen 6D 10F nosymm punch=gamess

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-11-4 13:56
你没看清我说的，如果你用GAMESS自带的cc-pVnZ型基组（即使用$BASIS定义基组），那是要看ispher关键词的；你现在punch=gamess产生fort.7文件里已经有自定义基组信息了，它本质上是cc-pVnZ型基组，但不属于GAMESS自带的cc-pVnZ型基组，即不需要写$BASIS部分了，这时候一般不需要管ispher关键词。那一般之外的特殊是什么：前人明确使用了Cartesian型基组，你需要严格重复其结果。否则不需要管ispher这个词。
另，IOP(6/7=3) 多余···所有的分子轨道能级和轨道系数在fchk文件里都有，如果想在log里也看到轨道系数，加pop=full就行了；
GFINPUT多余，输不输出fort.7文件与这个词没有关系。如果没有其他目的，这两个词完全没必要。

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-4 16:07

zjxitcc 发表于 2017-11-4 13:56
你没看清我说的，如果你用GAMESS自带的cc-pVnZ型基组（即使用$BASIS定义基组），那是要看ispher关键词的； ...

不好意思，我好像没法理解你说的这个。我详细说说我这两天用gamess的问题吧。
1.首先gamess里面RHF是比ROHF好收敛的，我现在就是要在ROHF/aug-cc-pvtz水平下利用Gamess支持的考虑相对论效应的方法（DK3和IOTC或者LUT-IOTC）计算出分子的SCF能量。
目前碰到的主要问题就是SCF不收敛。
2.针对Gamess的SCF不收敛问题，我研究了两天，现在算是有点进展吧，但是还是存在一些问题的。
i. 第一个就是用beefly大神说的先用Gaussian算，然后用multiwfn把fchk转成gamess能读入的初始轨道。这里有个问题，Gaussian得到的fort.7文件里是有坐标，基组和轨道信息的，但是它给出的坐和基组是一个原子接一个原子的形式，和gamess输入文件的格式是不一样的。我的做法是重新把它写成了gamess输入文件的格式。我看了你说的这段话，我的理解是你对这个的处理是直接将fort.7文件里的坐标和基组格式copy到gamess输入文件，然后把$basis模块删掉？不知道我的理解是不是有误？

ii. 再有Gaussian给出的fort.7文件里的基组和我Gaussian输入文件的基组不一样，他们是不是只是形式上不一样，本质上是一样的？你说的GAMESS自带的cc-pVnZ型基组是不是指EMSL Basis Set网站上的Gamess基组还是说Gamess有内嵌的cc-pVnZ型基组？
iii. 你说的6D 10F两个关键词的作用是什么？不知道的话感觉用起来很心虚。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-11-4 17:03
额，你把问题想和做复杂了。fort.7文件里原子坐标和基组根本不用你改，GAMESS本来就是支持这种格式的，不存在“和gamess输入文件的格式是不一样的”问题。
还有fort.7文件里不可能有、也不可以有$basis模块，因为基组信息在$DATA里面已经全部给出了，不存在“把$basis模块删掉”这个问题。
我说的GAMESS自带的cc-pVnZ型基组，就是指它内嵌的cc-pVnZ型基组。不是指EMSL上的。
5D、6D就是指d轨道究竟是用5个球谐型高斯函数（符合化学直觉，5个d轨道），还是用6个Cartesian型高斯函数（符合数学直觉，6个d轨道），10F类似含义。可以参看官网说明http://gaussian.com/basissets/里的Pure vs. Cartesian页面。
就我目前的经验来看，GAMESS在读取轨道时只能读入Cartesian型基函数的轨道，所以Gaussian里要加60 10F。

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-4 17:11

zjxitcc 发表于 2017-11-4 17:03
额，你把问题想和做复杂了。fort.7文件里原子坐标和基组根本不用你改，GAMESS本来就是支持这种格式的，不存 ...

恩，你说的很明白了，非常感谢。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-11-4 17:17

chenzhiyong 发表于 2017-11-4 17:11
恩，你说的很明白了，非常感谢。

顺便说一下，$GUESS里面的NORB=多少要写。

作者
Author: echa 时间: 2019-3-18 21:16
请问我在结构优化时出现gradient out of range 该怎么调节input文件呢。我发现gamess 的结构优化好麻烦哦

作者
Author: echa 时间: 2019-3-18 21:16
我的最大的grad. Max=10.45

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-19 00:01

echa 发表于 2019-3-18 21:16
请问我在结构优化时出现gradient out of range 该怎么调节input文件呢。我发现gamess 的结构优化好麻烦哦

就是麻烦。如果没有必要非得用GAMESS-US里的理论方法优化，改用Gaussian或者ORCA

不要在与当前你问的问题无关的帖子里跟帖提问，否则影响论坛信息的秩序。

作者
Author: haopengyou 时间: 2021-5-26 18:44

chenzhiyong 发表于 2017-11-3 17:29
您好，我的分子轨道总数是645个，multiwfn给出的$vec是从1开始，逢100就又从0开始，不知道这对读取Gaussi ...

您好，请问轨道读取报错这个问题您最后是怎么解决的呢？在Gaussian计算过程加入关键词6D 10F 和nosymm后也出现了轨道读取报错的问题，谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-26 18:46

haopengyou 发表于 2021-5-26 18:44
您好，请问轨道读取报错这个问题您最后是怎么解决的呢？在Gaussian计算过程加入关键词6D 10F 和nosymm后 ...

fch2inp小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）完美解决这个问题

作者
Author: haopengyou 时间: 2021-5-26 18:51

zjxitcc 发表于 2021-5-26 18:46
fch2inp小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）完美解决这个问题

非常感谢，我尝试一下

作者
Author: haopengyou 时间: 2021-5-26 20:39

zjxitcc 发表于 2021-5-26 18:46
fch2inp小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）完美解决这个问题

谢谢您的回复，使用了fch2inp程序转换得到inp文件进行计算后出现了以下报错，这该怎么解决呢？谢谢！ STATISTICS FOR GENERATION OF SYMMETRY ORBITAL -Q- MATRIX
NUMBER OF CARTESIAN ATOMIC ORBITALS=       232
NUMBER OF SPHERICAL CONTAMINANTS DROPPED= 26
NUMBER OF LINEARLY DEPENDENT MOS DROPPED=    0
TOTAL NUMBER OF MOS IN VARIATION SPACE=    206
*** ERROR: PREMATURE END OF ORBITAL INPUT ENCOUNTERED
  (READMO)  LOOKING FOR ORBITAL 1 LINE 1
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT 20:23:57 26-MAY-2021
               5504632  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-26 20:41

haopengyou 发表于 2021-5-26 20:39
谢谢您的回复，使用了fch2inp程序转换得到inp文件进行计算后出现了以下报错，这该怎么解决呢？谢谢！ STA ...

首先有一点要注意的：gjf文件里要么写5D 7F，要么写6D 10F。
其次建议你把高斯gjf文件和GAMESS文件贴出，我也不知道你是否对inp文件进行了一些不合理的修改。

作者
Author: haopengyou 时间: 2021-5-26 20:49

zjxitcc 发表于 2021-5-26 20:41
首先有一点要注意的：gjf文件里要么写5D 7F，要么写6D 10F。
其次建议你把高斯gjf文件和GAMESS文件贴出 ...

谢谢您的提醒，这是高斯和GAMESS的输入文件，请您看看有什么问题

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-26 21:05

haopengyou 发表于 2021-5-26 20:49
谢谢您的提醒，这是高斯和GAMESS的输入文件，请您看看有什么问题

你修改了一些不该修改的地方，例如ispher=1表示用球谐函数，但是你却在高斯里写了6D 10F。fch2inp支持球谐型（5D 7F）或笛卡尔型（6D 10F），但是你不能混用，不能高斯里用笛卡尔型，却在GAMESS里想用球谐型。只能选择一种。

PS：我注意到你想做LMO-EDA，官方GAMESS做LMO-EDA是不支持读入轨道的，即使输入文件写对了，后续计算也会报错，你只能在GAMESS里用它自己的SCF算，而这经常会有SCF不收敛的问题。现在比较好的替代方案是用苏培峰老师的修改版GAMESS 做GKS-EDA，它支持读入轨道，例子见MOKIT手册里5.3.3章节。

作者
Author: haopengyou 时间: 2021-5-26 21:10

zjxitcc 发表于 2021-5-26 21:05
你修改了一些不该修改的地方，例如ispher=1表示用球谐函数，但是你却在高斯里写了6D 10F。fch2inp支持球 ...

非常感谢您，刚刚接触GAMESS，有很多不懂的地方，这就去看手册，谢谢您的解答

作者
Author: HZW 时间: 2021-5-26 22:02

zjxitcc 发表于 2021-5-26 20:41
首先有一点要注意的：gjf文件里要么写5D 7F，要么写6D 10F。
其次建议你把高斯gjf文件和GAMESS文件贴出 ...

您好老师，我刚入门GAMESS，我的任务在服务器上直接使用命令可以提交，但是我用PBS提交作业就运行不了：排队然后挂掉，能帮我看下错在哪里吗？：

#!/bin/bash
#PBS -N GMS
#PBS -q phys48
#PBS -l nodes=node7
#PBS -l pmem=1500mb
#PBS -j oe

# mkdir ~/scr
cd $PBS_O_WORKDIR

module load gamess
./rungms /share/home/LuoDi/hzw/ZJH/gamess/1L2Y.inp 00 > & 1L2Y.log &

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-26 22:22

HZW 发表于 2021-5-26 22:02
您好老师，我刚入门GAMESS，我的任务在服务器上直接使用命令可以提交，但是我用PBS提交作业就运行不了： ...

这是看不出问题的，神仙也猜不出来。你起码得给出1L2Y.log末尾报错信息，PBS报错信息，inp文件里的关键词。

作者
Author: HZW 时间: 2021-5-28 09:51

zjxitcc 发表于 2021-5-26 22:22
这是看不出问题的，神仙也猜不出来。你起码得给出1L2Y.log末尾报错信息，PBS报错信息，inp文件里的关键词 ...

有个网名叫剑宗学徒的热心大佬已经帮我远程操控解决了，还是谢谢您的回复

作者
Author: 猫头鹰 时间: 2024-5-6 17:53

HZW 发表于 2021-5-28 09:51
有个网名叫剑宗学徒的热心大佬已经帮我远程操控解决了，还是谢谢您的回复

您好，可以分享一下PBS交gamess作业的脚本吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)