计算化学公社
标题: 请教如何16.5万配置分子动力学模拟服务器和购买便携笔记本 [打印本页]
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-2 19:18
标题: 请教如何16.5万配置分子动力学模拟服务器和购买便携笔记本
各位大神：
现有16.5万预算，要通过学校招标方式购置设备用于分子动力学模拟、分子对接和以后可能会用到的基因组数据分析（目前主要考虑前两个功能）。另外，买个便携笔记本。
实验室目前已经有一台戴尔工作站，配置如下（当时花了5.5万左右，请各位大神看看是否合理
）：
DELL T7910 工作站
CPU:E5-4669 V4(22核心44线程) 2个
内存：128G
硬盘：240G SSD + 8T SATA
显卡: GTX1080TI显卡
本人主要用Gromacs跑分子动力学模拟，体系20万~30万原子，配置这些硬件的主要目的是在本地建立小的集群，即使不能用超算中心的资源，也可以高效地开展工作。
因为Gromacs在GPU加速上做得不错，考虑配置多核CPU+GPU提升速度。
目前想把约15.5万用于买服务器（学校网络中心可托管），1万用于买笔记本。以后有资金的话，再不断扩充服务器集群。想法和疑惑如下：
一.购买服务器2台，并行使用，最好加GPU。
问题：一个infiniband交换机就要好几万，这点预算显然性价比不高。那么两台服务器可以先用千兆交换机连接使用吗，是否影响并行效果？
GPU是使用科学计算系列如P100，还是使用Geforce等游戏显卡？P100的话，预算明显不够。游戏显卡对Gromacs运算准确性影响到底有多大？
联想给出的无GPU配置如下：
功能代码描述 数量
Mellanox ConnectX-4 Lx 1x40GbE QSFP+ 适配器 1
ThinkSystem RAID 530-8i PCIe 12Gb 适配器 1
300GB 10K 12Gbps SAS 2.5" G4HS 2
16GB TruDDR4 2666 MHz (1Rx4 1. 8
550W(230V/115V) Platinum HS PS 1
Mellanox QSFP to SFP+ 1
SFP+ SR Transceiver 1
ThinkSystem Toolless Slide Rai 1
Lenovo ThinkSystem 主流 MB - 2U 1
Xeon 4116 12C/85W/2.1GHz 2
二.集中资源配一台好一点的服务器，如Intel Xeon Gold 6132 14C 140W，256G内存，加GPU。听说Gold系列使Gromacs运算速度提升非常多。
问题：这样一台机器运行gromacs作业能达到两台服务器并行的效果吗？只是以后买机器就不好并行使用了。
三.便携笔记本目前想买Thinkpad X1 carbon，只是出差使用。
如果出差偶尔作图处理数据（如PS，matlab等），不知X1C是否能够承受？
另外，X1C的可扩展性和插口少，影响大吗。请各位有经验的小伙伴支招。
还是 T470系列更值得购入？
真的是很想买个轻的本本，但又要兼顾一丢丢的性能，毕竟大多数时间都在办公室工作。
作者Author: ggdh 时间: 2017-11-2 22:15
不忍直视。。
我真觉得sob可以稍微开展一下配机器的业务。。
其实也不用sob自己配。就是联系一个固定的淘宝商家，贴个sob的牌就行（科音牌workstation？）
sob的作用就是保证所配电脑对计算化学的性价比。（比如这里性价比可以达到dell or 联想2倍）
这样电脑小白也省心。也不花sob的精力。。
作者Author: dreamyeye 时间: 2017-11-2 22:44
4116和2650V4应该差不多价格，性能据说要好一点（10%？）新平台值得一试，不过也许主板什么的会贵一点。
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-3 09:11
我也有同样的愿望
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-3 09:13
谢谢！
供货商报的4116这个配置，一台要5万，是不是贵了
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-3 09:15
能否具体给些指导
早些看到论坛里的帖子就好了，已经摸索了好久，看来还是渣渣
作者Author: fhh2626 时间: 2017-11-3 09:50
两台 (2696v3+gtx1080ti)*2
估计两台13万左右，剩下3w怎么花都行
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-3 12:29
谢谢！
为什么不用v4，而用v3呢？
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-3 12:39
可能没说清楚，联想给的配置，是5万，两台这样的配置大约10万多一点。
作者Author: ggdh 时间: 2017-11-3 13:08
你去把这个版sob的帖子看看。就知道5万买2台，每台都比这台好。
作者Author: tjchkj 时间: 2017-11-3 15:32
看了sob帖子多次了，打算买一套了。但这两天去淘宝看了，cpu 都涨价了，E5-2696v3 正式版都6630了，两块加一个超威主板，都1.5万多了。sob的cpu那个价成历史了。不用v4是因为v4的价格比v3贵不少吧，从双路cpu排名里看，E5-2696v4 22核心分值30292，E5-2696v3 18核心分值 29548，两个分值的差距不大。从性价比考虑应该是用v3性价比更高一些吧，当然如果是土豪，那就选双路里E5-2699v4应该性能最好了。
作者Author: sobereva 时间: 2017-11-3 16:56
4669是四路的，当成双路用明显白多花钱
不要考虑P100之类Tesla，gmx做MD纯粹看单精度，用tesla白花N倍的钱。geforce跑gmx妥妥的
虽然2696v3的价格现在比我帖子里那时候涨了不少，但是依然不影响此U在性价比上绝对碾压其它正式版产品的地位（我并不理解为什么经常有人拿涨价说事而忽略这关键性的一点）
作者Author: sobereva 时间: 2017-11-3 17:00
当年和服务器厂商曾经有一些合作，也想过这么搞，但后来还是告吹了。其中牵扯到很多麻烦事。比如卖服务器的人老想着赚钱，并没有学术信仰，也不了解科研工作者的很多观念，不容易合得来，在发宣传方式等方式上面都容易影响科音的学术纯粹性、破坏自身形象，大多数人也不想在群里、论坛里老看到卖服务器的广告什么的。所以最后决定还是做绝对中立。
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-4 23:01
手动点赞！
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-4 23:05
谢谢大神详细的解释！
提货的时候，供货商说没有之前定的2xxx系列CPU了，有个4路服务器使用的，每个cup多加了1000块。现在看当时着急了。
作者Author: Daniel_Arndt 时间: 2017-11-5 11:07
我不明白为什么很多人要买Tesla系列。我之前曾经咨询过开发TeraChem的团队，他们自己主要用的都是GTX 1080Ti。可能是因为他们觉得买Tesla不划算吧。。。。。。
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-9 10:22
这样啊
作者Author: my_aman 时间: 2017-11-22 08:38
最佩服社长这点了
作者Author: ChaosChiao 时间: 2017-11-22 10:27
笔记本我觉得t460s比较好，更适合你。虽然是上一代的u，但是这是最轻薄的带独显的本。
我个人的体验来说，有没有独显差别还蛮大的。
我的t450s明显强于同配置的X250。
作者Author: linda091021 时间: 2017-11-23 17:12
非常感谢！我目前买了X1 CARBON，还没测用专业软件能否带得动。
作者Author: hanshan 时间: 2017-11-28 12:23
服务器销售的素质勉强比房产中介强一点点吧
作者Author: sobereva 时间: 2017-11-28 12:46
平均来说是
但是也有很多服务器卖家坑蒙拐骗，仗着掌握的信息不对等，一台机子就坑买家好几万。
作者Author: hanshan 时间: 2017-11-28 14:59
一些大厂商的内部也是有大问题。
上千万的服务器项目，都敢找一个学物理的生手驻场。
就是熟手，也是module之类的没有听说过，而且还没干完就离职跳槽了。。。
| 欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) |
Powered by Discuz! X3.3 |