fhh2626 发表于 2017-11-4 09:54
分子间的约束,那是restraint吧,就要涉及到定义colvar
可以用plumed实现,具体可以查看一下plumed用户 ...
HarrisLin 发表于 2017-11-4 11:27
妳可以考慮按照這篇 中文教學中(應該就是樓上說的restraint)
第六步: NVT平衡 限制配体
1. 对配体施加 ...
sobereva 发表于 2017-11-5 00:10
没法直接实现,可以把两个分子弄到同一个moleculetype里再约束
jase20 发表于 2017-11-5 00:16
嗯嗯,我去看看plumed的手册,非常感谢,在网上看到有colvar和NAMD联用的
fhh2626 发表于 2017-11-6 11:39
plumed和colvars都是自由能计算引擎,其中colvars支持NAMD和LAMMPS,plumed支持gromacs,amber等等,它们 ...
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